Opis projektu
Symulacja dynamiki molekularnej w badaniach z zakresu biologii i chemii
Symulacje dynamiki molekularnej znalazły szerokie zastosowanie w wielu dyscyplinach naukowych i zaowocowały ogromnym postępem w szeregu obszarów. Miliony godzin pracy superkomputerów poświęcane są na zbieranie trajektorii w celu zgromadzenia dużych zbiorów danych symulacyjnych. Problemów nastręcza jednak ich analiza ze względu na brak odpowiedniej infrastruktury oraz niechęć badaczy do udostępniania danych. Skutkiem ograniczonej dostępności analiz często jest utrata danych. Z tego powodu zespół finansowanego ze środków Unii Europejskiej projektu MDDB zaprojektuje europejskie repozytorium symulacji dynamiki molekularnej oraz powiązanych narzędzi analitycznych, które znajdą zastosowanie w badaniach głównego nurtu w dziedzinie biologii i chemii. Badacze zoptymalizują zasoby obliczeniowe, przyczynią się do usprawnienia analiz oraz metaanaliz trajektorii na potrzeby szeregu dziedzin oraz zadbają o szybką i skuteczną wymianę informacji między grupami.
Cel
After decades of development and a Nobel prize, Molecular Dynamics (MD) has reached maturity. It is no longer an exotic technique used by a small group of theoreticians but rather a method extensively used by a very large community of users. Millions of supercomputer hours are devoted to collecting trajectories, thus producing a deluge of simulation data that the community is unable to handle. A poor tradition of data sharing and the lack of appropriate infrastructures to do so lead to the loss of data after limited analysis that most likely revealed only a small fraction of the information contained. Sparse initiatives to build trajectory repositories have encountered difficulties related to: i) the lack of trust of the community in the reliability of the data deposited; ii) the lack of interoperable standards and simulation ontologies; iii) uncertainties regarding the database technology required; v) difficulties of the users to interact in an open manner with the data; and vi) disconnection of the MD-field with neighboring communities. The MDDB projects intends to design a European-scale repository of MD simulation (and associated analysis tools), which will: i) optimize computational resources; ii) favor the analysis (and meta-analysis) of trajectories for many different perspectives and fields; iii) guarantee a fast and efficient interchange of information between groups; and iv) facilitate the integration of the MD simulation field into neighboring communities. The overall result will be a more efficient use of MD and the integration of the MD field into mainstream biology and chemistry research.
Dziedzina nauki
Not validated
Not validated
Słowa kluczowe
Program(-y)
Zaproszenie do składania wniosków
Zobacz inne projekty w ramach tego zaproszeniaSystem finansowania
HORIZON-RIA - HORIZON Research and Innovation ActionsKoordynator
08028 Barcelona
Hiszpania