Opis projektu
Kompleksowe podejście do omijania układu odpornościowego przez nowotwory
Zrozumienie odporności na nowotwory jest kluczowe dla opracowania skutecznych strategii immunoterapii, jednak klonalny charakter guzów skutkuje różnorodnymi reakcjami na leczenie, a nawet lekoopornością. Naukowcy z finansowanego ze środków UE projektu TxImmuneOrganoids proponują podejść do tego problemu, opracowując odpowiednie modele z materiału uzyskanego od pacjentów. Stworzą oni organoidy z pozyskanych od pacjentów komórek niedrobnokomórkowego raka płuc (NSCLC) i zbadają ich interakcje z limfocytami T pochodzenia autologicznego lub allogenicznego. Uzyskane wyniki zapewnią kompleksowe i mechanistyczne informacje na temat nadzoru immunologicznego oraz unikania układu odpornościowego w przypadku NSCLC. Co więcej, ustalenie potencjalnych czynników molekularnych wpływających na te procesy może pomóc w opracowaniu nowatorskich terapii przeciwnowotworowych.
Cel
Immune checkpoint blockade (ICB) has revolutionised treatment of patients with non-small cell lung cancer (NSCLC), but is effective in only ~20% of patients. Anti-tumour immunity is highly heterogeneous within tumours, and intra-tumour heterogeneity (ITH) is a major driver for treatment resistance. However, the mechanistic basis of intra-tumour immune heterogeneity (ITIH) is unclear, largely due to the absence of appropriate functional models.
Here, I aim to identify the genetic or transcriptomic drivers of ITIH, and their impact on immune surveillance and control. I have recently developed an organoid – T-cell co-culture system that I will use to generate personalised models of ITIH. Leveraging the TRACERx lung cancer evolution study, I will establish multiple clonal organoid lines from the same tumour from NSCLC multi-region biopsies. Each organoid subline will be co-cultured with autologous T-cells to evaluate how they differ in sensitivity to T-cells. For each patient, the 6 most sensitive and 6 most resistant sublines will be used for DNA and RNA sequencing to identify mutations (including neo-antigens), copy number alterations and differentially expressed genes associated with resistance to T-cells. Candidate subclonal immune evasion factors will be validated in organoids by CRISPR-Cas9. I will prioritise genes by cross-referencing with genes associated with immune-cold regions in the TRACERx cohort. I will also perform pooled enrichment screens as a less biased approach.
The integration of novel organoid technology with ‘big data’ from TRACERx allows moving beyond merely descriptive studies of ITIH. This will result in the most fine-grained mechanistic study of ITIH to date.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
- nauki przyrodniczenauki biologicznegenetykaDNA
- medycyna i nauki o zdrowiumedycyna klinicznaonkologiarak płuc
- nauki przyrodniczeinformatykanauka o danychduże zbiory danych
- nauki przyrodniczenauki biologicznegenetykamutacja
- nauki przyrodniczenauki biologicznegenetykaRNA
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Słowa kluczowe
Program(-y)
Temat(-y)
System finansowania
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Koordynator
NW1 1AT London
Zjednoczone Królestwo