Des microbes au service des poissons juvéniles
L'aquaculture européenne est confrontée à un certain nombre de «goulots d'étranglement» qui limitent la production; un problème auquel il est nécessaire de remédier. L'une des difficultés concerne l'effet négatif que les microorganismes ont sur la production de poissons juvéniles. Les problèmes provoqués par les microorganismes pourraient cependant être résolus en utilisant la symbiose naturelle qui existe entre l'organisme hôte et la communauté microbienne qu'il supporte. Cette relation, qui a évolué sur des millions d'années, profite aussi bien à l'hôte qu'à la communauté microbienne. Financé par l'UE, le projet PROMICROBE («Microbes as positive actors for more sustainable aquaculture») a étudié la morue, le bar et le tilapia, ainsi que leur interaction avec les communautés microbiennes qu'ils hébergent. Ces espèces représentent le poisson carnivore versus le poisson omnivore, ainsi que le poisson marin et le poisson d'eau douce. Le but de l'initiative était de clarifier la relation complexe qui existe entre les différents éléments du système de l'aquaculture. Une meilleure compréhension de celle-ci permettra aux scientifiques et aux pisciculteurs de travailler avec plutôt que contre les bactéries présentes dans le système, entraînant ainsi une diminution de l'usage des antibiotiques. Les scientifiques voulaient savoir comment une communauté microbienne évoluait au cours des différentes étapes de la vie de l'hôte et comment elle était influencée par les conditions environnementales changeantes. Par ailleurs, ils souhaitaient comprendre l'effet des microorganismes sur le métabolisme de l'hôte et sa vulnérabilité aux maladies. Les facteurs environnementaux tels que la salinité et la composition alimentaire ont un effet significatif sur la composition des communautés microbiennes. Les chercheurs ont donc étudié jusqu'à quel point il était possible d'influencer la composition et l'activité des communautés microbiennes. Le consortium a également étudié la façon dont les microorganismes présents dans les systèmes d'élevage de poissons pouvaient être utilisés pour retenir les déchets organiques et les nutriments et réduire ainsi l'impact sur l'environnement. Le projet a recommandé de modifier les techniques de culture et les additifs alimentaires. Ces changements engendreront des taux de croissance et de survie supérieurs parmi les larves et les juvéniles et contribueront à une plus grande résistance à la maladie. Les résultats du projet PROMICROBE ont servi à élaborer de nouvelles procédures pour élever le poisson de façon à la fois biologique et économiquement stable. Cela favorisera la protection de l'environnement aquatique tout en aidant le secteur aquacole à être compétitif sur le marché mondial.
Mots‑clés
Communauté microbienne, aquaculture, morue, bar, tilapia, poisson juvénile, larves, taux de croissance, taux de survie