Badanie epidemiologii zakażeń pierwotniakiem Trypanosoma cruzi
Choroba Chagasa jest spowodowana zakażeniem pierwotniakiem Trypanosoma cruzi. Pasożyt jest przenoszony na człowieka przez insekty żywiące się krwią a zakażenie trwa przez całe życie, niezależnie od wystąpienia odpowiedzi immunologicznej. T. cruzi namnaża się w różnych tkankach skutkując złożonym obrazem klinicznym choroby. Istotne jest również, że występuje przynajmniej sześć linii genetycznych w obrębie tego samego gatunku pasożyta. Uwzględniając dodatkowo złożoną epidemiologię choroby Chagasa, zapobieganie tej chorobie jest niezwykle trudne. Aby opisać epidemiologię zakażeń tym zróżnicowanym genetycznie gatunkiem zainicjowano finansowany przez UE projekt CHAGASEPINET ("Comparative epidemiology of genetic lineages of Trypanosoma cruzi") z zastosowaniem technologii o wysokiej rozdzielczości. Dla ułatwienia i przyspieszenia badań przesiewowych i identyfikacji linii T. cruzi konsorcjum opracowało oznaczenie oparte na technologii PCR (reakcja łańcuchowa polimerazy) i badaniach polimorfizmu długości fragmentów restrykcyjnych. Do przeprowadzania badania wymagana była izolacja pasożytów z próbek klinicznych. Uzyskano swoiste, wiarygodne i powtarzalne wyniki identyfikacji linii genetycznych pasożytów. Co więcej dostosowano do identyfikacji linii T. cruzi takie techniki, jak sekwencjonowanie MLST (ang. multilocus sequence typing) i sekwencjonowanie mikrosatelit MLMT (ang. multilocus microsatellite typing). Zaletą sekwencjonowania MLMT jest to, że mikrosatelity szybko ewoluują, a więc ich analiza pozwala na ustalenie pochodzenia i śledzenie rozprzestrzeniania się poszczególnych genotypów. Jest to idealna technika analizy genetyki populacyjnej o wysokiej rozdzielczości. Niestety te modele genotypowania ukazują tylko linie pasożytów występujące w badanych próbkach, a nie te, które mogą występować w innych częściach ciała. Z kolei badania serologiczne linii genetycznych umożliwiają wykrycie przeciwciał w surowicy krwi skierowanych przeciwko określonym białkom pasożyta. Głównym osiągnięciem projektu było zebranie dużej liczby próbek klinicznych i utworzenie banku materiału biologicznego obejmującego próbki DNA, surowicy i pasożytów. Te próbki porównywano stosując metody genotypowania i badań serologicznych linii genetycznych opracowane w trakcie projektu. W projekcie ściśle współpracowali naukowcy z Europy i Ameryki Południowej, aby opisać złożoną epidemiologię molekularną zakażeń T. cruzi, zwłaszcza w Boliwii, Brazylii, Kolumbii, Ekwadorze i Wenezueli. Uzyskane informacje mogą mieć duże znaczenie społeczno-ekonomiczne. Oczekuje się, że zwiększą świadomość społeczną tej choroby i poprawią jej monitorowanie.
