Convertir de gros volumes de données de génome de plantes
Le séquençage du génome de l'Arabidopsis et les grandes collections de séquences d'autres plantes générées au cours des dernières années ont suscité de nombreuses recherches en génomique fonctionnelle. Cependant, l'utilisation de ces données est inefficace, car les collections de données de biologie moléculaire sont dispersées et hétérogènes et les travaux visant à leur intégration complète ont du retard. L'objectif ultime du projet PLANET était de surmonter les insuffisances des efforts individuels et des collections indépendantes de données de biologie moléculaire. À la différence de nombreuses autres approches en matière de stockage de données, les partenaires du projet PLANET n'ont pas proposé une solution de dépôt de données où toutes les données relatives au mappage du génome des plantes seraient réunies dans une même base de données. Des technologies web ont été développées à la place pour accéder à des ensembles de données à jour qui restent réparties auprès des spécialistes qui les annotent. YAdumper a été développé par les partenaires du projet du Conseil national de la recherche scientifique espagnol comme un outil dédié à cet objectif pour faciliter les téléchargements de données structurées provenant de bases de données distribuées. Cette application Java n'effectue aucune hypothèse quant aux capacités des bases de données. Elle exige en entrée un ensemble de variables globales, les fonctions de formatage et le nom du fichier de sortie qui peut être au format XML ou dans un autre format de fichier plat. Les données de modèle sont le seul fichier stocké de manière permanente en mémoire. Toutefois, YAdumper ne se contente pas seulement de limiter les exigences en matière de mémoire. En permettant l'envoi de requêtes à plusieurs bases de données, ainsi que l'utilisation de requêtes corrélées, l'extraction de milliers d'enregistrements associés dans les bases de données de biologie moléculaire se trouve facilité. YAdumper n'est qu'une des technologies web développées par le projet PLANET et elle devrait contribuer à l'exploration systématique du génome de l'Arabidopsis et du génome d'autres plantes.
