Trasferimento di grandi volumi di dati sul genoma vegetale
Il completamento del genoma dell'Arabidopsis e l'ampia raccolta di altre sequenze vegetali generata negli ultimi anni hanno dato il via ad una vasta ricerca di genomica funzionale. Tuttavia, l'utilizzo di questi dati è inefficace dato che le raccolte di dati di biologica molecolare sono distribuite ed eterogenee e i tentativi di un'integrazione totale sono ancora in ritardo. Lo scopo finale del progetto PLANET era di superare i limiti degli sforzi individuali e delle raccolte indipendenti di dati sulla biologia molecolare. Rispetto a molti altri approcci di conservazione dei dati, i partner del progetto PLANET non hanno proposto una soluzione di un magazzino di dati nel quale tutti i dati sulla mappatura del genoma vegetale sono raccolti in un singolo database. Al contrario, sono state sviluppate tecnologie web per accedere a set di dati aggiornati che rimanevano distribuiti mentre gli specialisti li annotavano. YAdumper è stato sviluppato dai partner di progetto del Consiglio nazionale di ricerca spagnolo come strumento specifico per facilitare i download di informazioni strutturate da database distribuiti. Questa applicazione Java non presume le capacità del database. Come input richiede una serie di variabili globali, le funzioni di formattazione e il nome del file di output che può essere in formato XML o in un altro formato flat. Il template data è l'unico file sempre salvato in memoria. Tuttavia, YAdumper non riduce solo i requisiti di memoria. Consentendo di inviare query a più database e di usare le query correlate, facilita il recupero di migliaia di righe correlate dai database di biologia molecolare. YAdumper è solo una delle tecnologie web sviluppate dal progetto PLANET e si prevede che contribuirà all'esplorazione sistematica del genoma dell'Arabidopsis e di altre piante.
