Usprawnianie międzynarodowych badań nad rakiem opartych na danych
Komputery i ich moce obliczeniowe pomagają nam w wielu obszarach życia, w tym między innymi w ochronie zdrowia. Wszystko to z powodu geometrycznego wzrostu ilości i złożoności dostępnych danych. Wykorzystanie pełnego potencjału tych innowacji wymaga jednak harmonizacji danych – zarówno badacze, jak i pracownicy ochrony zdrowia potrzebują sposobów dostępu do informacji i dzielenia się nimi ponad granicami. Realizacją tego celu zajmuje się finansowany ze środków Unii Europejskiej projekt EOSC4Cancer. Ta trwająca do marca 2025 roku inicjatywa skupia ośrodki zajmujące się badaniami nad nowotworami, infrastruktury badawcze, szpitale oraz ośrodki superkomputerowe z 14 państw europejskich.
Od profilaktyki po diagnostykę i leczenie raka
Konsorcjum projektu EOSC4Cancer zajmuje się wdrażaniem tych zasad w wielu obszarach obejmujących całą historię leczenia pacjenta. W tych działaniach kluczowe znaczenie ma zapewnienie harmonizacji zbiorów danych, umożliwienie ich przetwarzania przez maszyny oraz zapewnienie możliwości analizy przez modele sztucznej inteligencji. Jedno z opracowanych rozwiązań koncentruje się na programach badań przesiewowych w kierunku nowotworów, które mają kluczowe znaczenie dla poprawy wskaźników przeżywalności dzięki wczesnemu wykrywaniu. Takie programy zwykle prowadzą do generowania dużych zestawów danych, które można wykorzystać na potrzeby dalszych badań. Zespół projektowy skorelował podzbiór danych zgromadzonych w ramach programów badań przesiewowych realizowanych w trzech krajach, aby na ich podstawie dokonać oceny ryzyka oraz korzyści z diagnostyki przesiewowej w kierunku raka jelita grubego i optymalizacji strategii badań przesiewowych. Głównym celem tych prac jest zapewnienie sprawniejszego przepływu danych i ułatwienie współpracy badawczej poprzez udostępnienie tych informacji za pośrednictwem federacyjnych przestrzeni danych. Drugi obszar jest związany z wykorzystaniem badań wieloomicznych w celu skutecznego diagnozowania i leczenia raka jelita grubego. Zebrane na potrzeby tej inicjatywy zestawy danych obejmują dane obrazowe, dane genomiczne oraz inne rodzaje informacji, a głównym celem jest ich harmonizacja. Zespół projektowy planuje opracować znormalizowane modele, które badacze i lekarze mogą wykorzystywać do przygotowywania danych wieloomicznych w celu ich udostępniania. Kolejny obszar dotyczy badań nad optymalizacją danych molekularnych guzów nowotworowych na potrzeby medycyny precyzyjnej. Celem tych działań jest zbudowanie systemu wspomagania decyzji klinicznych, który pomoże lekarzom w przeprowadzaniu precyzyjnych interwencji medycznych opartych na biomarkerach. Zespół zajmuje się obecnie analizą infrastruktury danych i opracowywaniem specyfikacji formatu na potrzeby takiego rozwiązania. Działania te opierają się na pracach realizowanych przez zespół Molecular Tumor Board Portal, który wykorzystuje narzędzia bioinformatyczne do identyfikacji możliwości leczenia.
Skuteczne badania medyczne oparte na danych
Zbiory danych gromadzonych w ramach tych działań, a także prace projektowe prowadzone w celu zapewnienia ich dostępności oraz możliwości ponownego wykorzystania, pomogą położyć podwaliny pod dalsze wspólne badania nad rakiem. Złożony charakter chorób nowotworowych oznacza, że szeroka współpraca ma kluczowe znaczenie dla zapewnienia pacjentom dostępu do skutecznych i nowatorskich sposobów leczenia. Kluczowym osiągnięciem projektu EOSC4Cancer jest zapewnienie, że różne rodzaje danych dotyczących raka – genomiczne, obrazowe, medyczne, kliniczne, środowiskowe i społeczno-ekonomiczne – mogą być bezpiecznie przetwarzane i ponownie wykorzystywane w wielu państwach dzięki sfederalizowanym i interoperacyjnym platformom. Inwestycje w taką infrastrukturę badawczą przyniosą szereg korzyści, wspierając skuteczne badania medyczne oparte na danych, które prowadzą do lepszych wyników leczenia.
Słowa kluczowe
EOSC4Cancer, rak, nowotwór, diagnoza, genomika, dane medyczne, badania wieloomiczne