Faciliter la recherche transfrontalière sur le cancer fondée sur des données
Dans un certain nombre de secteurs, y compris les soins de santé, nous dépendons de plus en plus de l’aide informatique pour gérer l’augmentation drastique du volume et de la complexité des données. Cependant, pour que l’Europe puisse bénéficier pleinement de ces innovations, ces données doivent être harmonisées, et les chercheurs et le personnel clinique doivent pouvoir accéder aux informations et les partager par-delà les frontières. Pour ce faire, le projet EOSC4Cancer, financé par l’UE, a été lancé. Jusqu’en mars 2025, il réunit des centres de recherche sur le cancer, des infrastructures de recherche, des hôpitaux et des centres de supercalcul dans 14 pays européens.
De la prévention du cancer au diagnostic et au traitement
Le consortium du projet EOSC4Cancer applique ces principes à un certain nombre de cas d’utilisation qui couvrent le parcours du patient. Il est essentiel de veiller à ce que ces ensembles de données soient harmonisés, exploitables par des machines et se prêtent à des approches d’intelligence artificielle. L’un des cas d’utilisation concerne les programmes de dépistage du cancer, qui sont essentiels pour améliorer les taux de survie grâce à une détection précoce. Les programmes de dépistage produisent généralement des ensembles de données qui peuvent être utilisés pour d’autres recherches fondées sur des données. L’équipe du projet a corrélé un sous-ensemble de données, extraites des programmes de dépistage de trois pays, afin d’évaluer le rapport bénéfice/risque du dépistage du cancer colorectal et d’aider à optimiser les stratégies en la matière. L’un des principaux objectifs est d’améliorer la circulation des données et de faciliter la recherche collaborative en rendant ces informations accessibles via des espaces de données fédérés. Un deuxième cas d’utilisation concerne la multiomique pour un diagnostic et un traitement efficaces du cancer colorectal. L’équipe a collecté des ensembles de données couvrant les images médicales, la génomique et d’autres facteurs, en mettant l’accent sur l’harmonisation de ces données. L’équipe du projet prévoit de fournir des modèles standardisés que les chercheurs et le personnel clinique pourront utiliser pour partager des données multiomiques telles que celles-ci. Un autre cas d’utilisation est l’exploration de la manière dont les données moléculaires des tumeurs peuvent être optimisées, dans le contexte de la médecine de précision du cancer. L’objectif est de créer un système d’aide à la décision clinique (CDSS) pour aider les cliniciens à effectuer des interventions de médecine de précision basées sur les biomarqueurs. L’équipe du projet étudie actuellement les infrastructures de données et les spécifications de format nécessaires au CDSS pour remplir cette tâche. Cet élément du projet s’appuie sur les travaux menés par le portail Molecular Tumor Board Portal, qui utilise des outils bioinformatiques pour identifier les possibilités de traitement.
Recherche médicale efficace fondée sur des données probantes
Les ensembles de données collectées à partir de ces cas d’utilisation spécifiques et d’autres, ainsi que le travail de projet effectué pour garantir que ces données sont accessibles, partageables et réutilisables, contribueront à jeter les bases d’une recherche collaborative plus poussée sur le cancer. La nature complexe du cancer souligne la nécessité d’une large coopération pour apporter de nouvelles thérapies efficaces aux patients. La principale contribution du projet EOSC4Cancer est de veiller à ce que divers types de données sur le cancer – génomique, imagerie, données médicales, cliniques, environnementales et socio-économiques – puissent être traitées et réutilisées en toute sécurité au-delà des frontières, à l’aide de systèmes fédérés et interopérables. L’investissement dans une telle infrastructure de recherche finira par porter ses fruits, en favorisant une recherche médicale efficace, fondée sur des données probantes, qui aboutira à de meilleurs résultats en matière de santé.
Mots‑clés
EOSC4Cancer, cancer, diagnostic, génomique, données médicales, multiomique