Un coup de main pour les chercheurs en protéomique
De la découverte de nouveaux marqueurs de protéines pour diagnostiquer des maladies à l’étude de nouvelles cibles moléculaires pour des médicaments efficaces, la protéomique — l’étude du protéome — joue un rôle essentiel dans la recherche médicale. Les protéines agissent principalement dans les cellules et ont de nombreuses fonctions essentielles dans le corps. Lorsque des mutations surviennent dans l’ADN d’une personne, ce sont les protéines qui sont en réalité affectées. Les médicaments administrés pour combattre une maladie le font en interagissant avec les protéines. Pour parvenir à de nouvelles avancées, la recherche en protéomique doit combiner équipements avancés et efforts de collaboration de la part des experts dans ce domaine. Toutefois, les scientifiques n’ont souvent pas accès à ce genre de ressources. Le projet EPIC-XS, financé par l’UE, donne aux chercheurs un accès aux dernières technologies et ressources en protéomique qui leur seraient autrement indisponibles.
Savoir-faire et équipements de pointe aux sites d’accès du projet
Un an et demi après le début de ce projet de quatre ans, EPIC-XS a accepté plus de 260 demandes pour utiliser ses ressources. L’un des projets approuvés est mené par le docteur Esteban Gurzov de l’Université libre de Bruxelles. Pour sa recherche sur le rôle des phosphatases dans le métabolisme et l’impact des complications liées à l’obésité comme le cancer, le groupe d’Esteban Gurzov a bénéficié d’un accès au Hecklab de l’Université d’Utrecht, aux Pays-Bas, coordinateur du projet EPIC-XS. «Au cours des derniers mois, ma recherche a considérablement profité de l’initiative EPIC-XS», explique Esteban Gurzov dans un article publié sur «TechnologyNetworks». «Il est devenu possible de réaliser des examens complets pour le protéines tyrosines phosphatases (PTP) exprimé et actif à partir de biopsies du tissu hépatique humain extrêmement limitées», poursuit-il. Le chercheur étudie les troubles du métabolisme pour trouver de nouvelles cibles thérapeutiques. Un autre site d’accès d’EPIC-XS, situé au Bavarian Center for Biomolecular Mass Spectrometry de l’Université technique de Munich (TUM), partenaire du projet, a fourni une aide précieuse aux chercheurs comme le docteur Sven Van Bael de la KU Leuven, en Belgique. Sven Van Bael examine la fonction des neuropeptides et leurs effets correspondants sur le comportement. Sa recherche en peptidomique reposait à ce jour essentiellement sur la spectrométrie de masse (SM) d’acquisition dépendante des données — une technique idéale pour la découverte, mais inadaptée à des études différentielles précises en raison de son incapacité globale à produire des résultats cohérents dans des expériences répétées. Le site d’accès de la TUM a ouvert de nouvelles voies avec son expertise dans différentes stratégies de protéomique ciblées telles que la surveillance de réaction parallèle et l’acquisition indépendante de données. «EPIC-XS m’a permis d’interagir directement avec des experts dans le domaine de la SM ciblée. Leur expérience et leurs contributions ont été très utiles pour ma recherche actuelle, et ce sera quelque chose qui me servira dans ma future carrière», a souligné Sven Van Bael. Bénéficiant également de la technologie et de l’expertise du site d’accès de la TUM, le docteur Sylvester Holt de l’Université de la Côte d’Azur, dont la recherche porte sur les effets moléculaires des perturbations dérivées des mutations du cancer humain dans le système modèle de levure. «Sans EPIC-XS, ce projet n’aurait jamais atteint le niveau actuel d’excellence scientifique. Obtenir la contribution d’EPIC-XS a été une expérience extrêmement positive pour moi et un nouvel élan pour ma carrière scientifique», fait remarquer Sylvester Holt. Des demandes pour utiliser les sites d’accès d’EPIC-XS (European Proteomics Infrastructure Consortium providing Access) ont non seulement été reçues de la part de pays européens, mais aussi du Canada et des États-Unis, ce qui souligne la reconnaissance mondiale du projet. EPIC-XS s’achèvera en décembre 2022. Pour plus d’informations, veuillez consulter: site web du projet EPIC-XS
Mots‑clés
EPIC-XS, protéomique, protéine, spectrométrie de masse, troubles du métabolisme, neuropeptides, cancer