Les tourterelles peuvent être porteuses de mauvaises nouvelles pour les moineaux – et les humains
La présence du virus du Nil occidental (VNO) en Europe est connue depuis des décennies. Le VNO, dont des oiseaux sont les hôtes, est la première cause d’encéphalite virale dans le monde. Au début des années 2000, il est clairement apparu que le virus était endémique dans plusieurs pays d’Europe, notamment en Italie et en Espagne. De 2011 à 2019, 3 549 cas humains ont été décelés en Europe, avec un pic de cas en 2018. Il s’étend actuellement vers le nord, et de nouveaux cas ont été recensés en Allemagne en 2018 et aux Pays-Bas en 2020. Le système de suivi du VNO de l’UE témoigne de sa propagation. Au cours de l’été 2020, l’Espagne a connu une épidémie de VNO, qui fut la plus grande épidémie d’une maladie transmise par un moustique en Espagne depuis l’éradication du paludisme en 1964. Le projet TransWNV a voulu mieux comprendre la dynamique de la propagation du VNO en identifiant la manière dont différentes espèces d’oiseaux réagissent à l’infection. «Lorsque l’on examine ces chiffres, il est important de tenir compte du fait que 80 % des personnes infectées sont asymptomatiques, que 20 % développent des symptômes et qu’un pourcentage beaucoup plus faible (de 1 à 2 %) développe une maladie grave. Le nombre de personnes exposées au virus est donc beaucoup plus important», explique la chercheuse principale María José Ruiz-López. Basée à la Station biologique de Doñana à Seville, qui fait partie du Conseil national de la recherche espagnol, María José Ruiz-López a bénéficié d’une bourse individuelle Marie Skłodowska-Curie.
Des messages inscrits dans l’ADN
L’expression génétique est un processus étroitement régulé qui nous permet de répondre à des conditions changeantes. L’expression de certains gènes est activée ou désactivée, ou augmente ou diminue, lorsque l’individu doit répondre à différentes conditions. «L’étude des gènes qui sont plus ou moins exprimés, ou même activés ou désactivés, nous aide à comprendre la façon dont l’organisme réagit à des situations changeantes», ajoute María José Ruiz-López. Le projet TransWNV s’est concentré sur la transcription et le transcriptome, c’est-à-dire l’ensemble des ARN présents chez un individu ou dans un organe. «En analysant le transcriptome, nous pouvons identifier les gènes qui sont exprimés et en quelle quantité», explique María José Ruiz-López. Les chercheurs ont, dans un premier temps, identifié les gènes à l’aide de la séquence de l’ARNm, pour ensuite compter les copies de chaque ARNm. Ils ont ensuite comparé les données des échantillons provenant d’oiseaux infectés ou non par le VNO. «Si un gène n’est pas présent dans certains échantillons mais qu’il l’est dans d’autres, nous pouvons supposer qu’il est désactivé/activé. Si un gène possède de nombreuses copies dans certains échantillons et très peu dans d’autres, nous pouvons également supposer que son expression change dans certaines conditions, dans le cas présent, selon qu’il soit infecté ou non», explique María José Ruiz-López. Elle explique: «Dans cette étude, en comparant les transcriptomes des individus infectés par le VNO et des individus non infectés par le VNO, nous pouvons comprendre quels gènes sont activés pour répondre à l’infection.»
Une pièce maîtresse du puzzle
Le projet a établi que trois oiseaux présentaient une sensibilité différente au VNO: les moineaux peuvent en mourir, tandis que les tourterelles des bois européennes et les cailles sont des porteurs asymptomatiques. «Cela a été confirmé par les données d’expression génétique, où nous avons trouvé l’expression de différents gènes impliqués dans différentes phases de la réponse immunitaire», fait remarquer María José Ruiz-López. Comprendre la dynamique de l’infection chez différentes espèces et acquérir des informations sur les espèces les plus susceptibles d’être des réservoirs, peut permettre d’identifier les zones où le risque d’infection est plus élevé pour l’homme. «L’épidémiologie du VNO est très compliquée, et elle dépend également des espèces de moustiques présentes, et d’autres facteurs environnementaux. La meilleure manière de réduire la propagation à l’homme consiste à empêcher la reproduction des moustiques dans les zones peuplées, tout en assurant une surveillance adéquate des zones à haut risque afin d’y réduire la transmission», explique María José Ruiz-López.
Mots‑clés
TransWNV, virus du Nil occidental, ADN, ARN, ARNm, oiseaux, transcription, transcriptome, maladies infectieuses émergentes
