Des scientifiques s'attaquent à la prévention et au contrôle d'une infection
Une équipe internationale de chercheurs a développé une méthode innovante permettant de suivre la transmission de la bactérie de type SARM (staphylococcus aureus résistant à la méthicilline) au sein d'un établissement de soins. Présentés dans la revue Science, les résultats montrent la façon dont cette méthode unique permet d'observer des phases de transmission à l'échelle intercontinentale, mais également d'obtenir une vision plus précise de la transmission de personne à personne dans un seul hôpital. Les résultats de cette étude seront d'un grand secours aux chercheurs, qui pourront examiner la façon dont les souches se répandent aussi rapidement. Ils permettront également de stimuler la création et la mise en place de nouvelles stratégies de contrôle d'infections, pour le SARM mais aussi pour d'autres superbactéries connues. En utilisant de nouvelles technologies de séquençage de l'ADN (acide désoxyribonucléique) à haut débit, les chercheurs ont pu comparer des isolats de SARM individuels prélevés sur des patients afin de montrer avec précision leurs liens génétiques. L'équipe a rapidement identifié des changements d'une seule lettre dans le code génétique ainsi que des différences entre les isolats étroitement liés. «Nous avons étudié deux ensembles distincts d'échantillons», explique le co-auteur de l'article Dr Simon Harris, de l'institut Sanger de la fondation Wellcome Trust au Royaume-Uni. «Nous avons prélevés 42 échantillons sur des personnes infectées par le SARM entre 1982 et 2003 à travers le monde. La deuxième série provenait d'un hôpital du Nord-est de la Thaïlande, et comprenait 20 échantillons de patients qui avaient développé une infection au SARM l'un après l'autre sur une période de 7 mois. Ces infections pourraient être liées par une chaîne de transmission de personne à personne. «Nous souhaitions déterminer si cette méthode nous permettait d'examiner et de suivre l'infection sur une échelle mondiale, d'un continent à un autre, mais aussi sur une échelle plus petite, d'une personne à une autre.» Le séquençage des génomes entiers de chaque échantillon a été possible grâce à technique de séquençage de l'ADN ultra sophistiquée. Cette technique a permis à l'équipe de découvrir les détails des changements génétiques de lettres uniques dans les échantillons de l'hôpital. D'après les données, les chercheurs ont découvert qu'aucune infection n'était déclenchée par des bactéries totalement identiques. L'équipe a partagé les échantillons provenant de l'hôpital thaïlandais en deux groupes en fonction de leurs légères différences génétiques. Les chercheurs ont découvert que 5 des 13 bactéries dans l'un des deux groupes étaient très proches et ne différaient que par 14 changements au niveau d'une lettre de leur code génétique. «Le groupe de cinq souches de SARM très semblables a causé des infections chez des patients en soins intensifs dans les blocs adjacents à l'hôpital, et toutes ont été isolées à quelques semaines d'intervalle», fait remarquer le Dr Ed Feil du département de biologie et biochimie de l'université de Bath au Royaume-Uni. «En revanche, les bactéries collectées auprès de patients résidant dans d'autres parties de l'hôpital se ressemblaient beaucoup moins», ajoute-il. «Ces faits ont confirmé notre théorie (basée sur la comparaison de séquences), selon laquelle deux différents groupes d'isolats avaient été introduits dans l'hôpital séparément.» D'après leurs travaux, les chercheurs ont pu déterminer la vitesse à laquelle les séquences d'ADN ont muté. Ces résultats offrent aux chercheurs un meilleur aperçu de la vitesse d'évolution in vitro. Et selon l'équipe de chercheurs, la souche de SARM qu'ils ont étudiée a subi un changement d'une lettre toutes les six semaines. Les chercheurs ont évalué des échantillons provenant d'Amérique du Nord et du Sud, d'Asie, d'Australie et d'Europe. La comparaison des génomes complets est à la base du succès de cette nouvelle méthode. «Cette méthode nous permet de comprendre les processus fondamentaux d'évolution de S. aureus, l'un des agents pathogènes bactériens les plus importants au monde dans le domaine des soins de santé», explique le Dr Sharon Peacock, du département de médecine de l'université de Cambridge et de la faculté de médecine tropicale de l'université de Mahidol, à Bangkok, en Thaïlande. «Les implications pour la santé publique sont claires: cette technologie représente le moyen le plus sûr de suivre les voies de transmission du SARM pour que des interventions et des traitements soient pratiqués avec précision et en fonction des besoins.» Les chercheurs participant à l'étude provenaient du Portugal, de Thaïlande, du Royaume-Uni et des États-Unis.