Analiza oporności na środki przeciwdrobnoustrojowe w całym łańcuchu żywnościowym
Celem projektu EFFORT, realizowanego ze środków UE, było dostarczenie decydentom, społeczności naukowej i innym zainteresowanym stronom dowodów naukowych i wysokiej jakości danych na temat skutków oporności na środki przeciwdrobnoustrojowe w łańcuchu żywnościowym. Dr Jaap Wagenaar, koordynator projektu, wyjaśnia: „Zrozumienie eko-epidemiologii oporności na środki przeciwdrobnoustrojowe u zwierząt pozwoliło nam skupić się na przewidywaniu i ograniczaniu rozwoju oporności o największej istotności klinicznej u ludzi”. Zespół projektu EFFORT opracował nowe metody do rozpoznawania genów oporności w odchodach zwierząt, sekwencjonując całą pulę DNA w próbkach kału (tzw. metagenom). Dzięki temu, jak mówi dr Wagenaar, zespół uzyskał niesamowitą ilość informacji w formie sekwencji DNA, które należało następnie przeanalizować za pomocą narzędzi bioinformatycznych. Żeby móc przetworzyć wszystkie pozyskane dane, zespół musiał zastosować zupełnie nowe podejścia. „Metody laboratoryjne i programy komputerowe, które opracowaliśmy w ramach projektu, szybko ewoluowały. Tak naprawdę uczyliśmy się podczas pracy! Opracowywanie innowacyjnych rozwiązań w tej dziedzinie było bardzo ekscytujące”. Zespół zebrał tak dużo danych, że do tej pory udało mu się przeanalizować tylko 0,5 % wszystkich informacji. Dodatkowo, jako że dane dostępne są także dla innych europejskich naukowców, jeszcze trochę potrwa, zanim wszystkie wnioski zostaną sformułowane. „Opierając się na genach oporności, wykorzystaliśmy modelowanie do wykrywania poziomów oporności u ludzi”. Naukowcy przeprowadzili również badania szczepów bakterii wyizolowanych od zwierząt i ze środowiska, aby sprawdzić, jak się zachowują. Wśród pytań, jakie zadał sobie zespół, znalazły się m.in: Czy bakterie z genami oporności na środki przeciwdrobnoustrojowe są tak samo żywotne jak te bez tych genów? Dlaczego niektóre klony tak łatwo się rozprzestrzeniają? Czy wpływa na to presja selektywna wywierana przez środki przeciwdrobnoustrojowe czy bakterie mogą się rozprzestrzeniać bez nich? „Więcej danych oznacza bardziej precyzyjne szacunki dotyczące rozprzestrzeniania się bakterii”. Mimo że badania nad wyizolowanymi bakteriami pozwoliły naukowcom dojść do interesujących wniosków, zespół przeprowadził także badania interwencyjne w warunkach rzeczywistych, których celem było ograniczenie stosowania środków przeciwdrobnoustrojowych w praktyce weterynaryjnej. Miejscem badań były hodowle drobiu i trzody chlewnej. Pracując bezpośrednio z hodowcami, zespołowi projektu udało się zachęcić ich do ograniczania stosowania środków przeciwdrobnoustrojowych. „Gdy patrzy się na hodowlę jak na cały proces, można zaproponować zmiany w takich obszarach jak higiena, wentylacja i pasza. Kluczowa jest także zmiana starych nawyków i podejścia »ale ja zawsze je stosuję«. Niektórzy hodowcy nie chcą ryzykować i są przekonani, że na określonym etapie produkcji po prostu muszą zastosować środki przeciwdrobnoustrojowe. Są pewni, że bez tego ich zwierzęta zachorują. Zatem koniecznie trzeba zbadać, czy w takim przekonaniu jest chociaż cień prawdy”. Zespół badawczy składał się z 19 partnerów z 10 krajów europejskich. Naukowcy połączyli siły, aby dzielić się swoją wiedzą z wielu różnych dziedzin, od epidemiologii genów oporności, przez mikrobiologię weterynaryjną i sekwencjonowanie genomu bakterii po ekonomię hodowli zwierząt. Wyniki projektu EFFORT będą bardzo przydatne dla decydentów i społeczności naukowej: „Jesteśmy dumni z tego, że udało nam się zgromadzić takie ilości danych z 9 krajów. Jedna z naszych pierwszych publikacji ukazała się na łamach czasopisma »Nature Microbiology«, co pokazuje ogromne znaczenie naukowe naszej pracy”, podsumowuje dr Wagenaar.
Słowa kluczowe
EFFORT, oporność na środki przeciwdrobnoustrojowe, eko-epidemiologia, antybiotyki, rolnictwo, przetrwanie bakterii
