Une analyse «de la ferme à l’assiette» de la résistance aux antimicrobiens
Le projet EFFORT, soutenu par l’UE, s’est donné pour objectif de réunir des preuves scientifiques et des données de haute qualité pour informer les décideurs politiques, la communauté scientifique et les autres parties prenantes des conséquences de la résistance aux antimicrobiens dans la chaîne alimentaire. Comme l’explique le Dr Jaap Wagenaar, coordinateur du projet: «En nous efforçant de mieux comprendre l’éco-épidémiologie de la résistance aux antimicrobiens d’origine animale, nous avons entrepris de prédire et de limiter les développements futurs et l’exposition des êtres humains aux résistances les plus importantes d’un point de vue clinique.» L’équipe d’EFFORT a mis au point de nouvelles techniques pour détecter les gènes de résistance dans les fèces des animaux. Elle y est parvenue en séquençant tout l’ADN d’échantillons de fèces («métagénomique»). Le résultat, comme le décrit le Dr Wagenaar, consiste en une quantité incroyable d’informations sous la forme de séquences d’ADN qui ont toutes été analysées grâce à des outils bio-informatiques. L’équipe a conçu de nouvelles approches permettant d’exploiter l’ensemble des données obtenues. «Les méthodes de laboratoire et les programmes informatiques mis au point au cours du projet ont évolué très rapidement. Nous avons appris sur le tas! C’était passionnant de se trouver ainsi à la pointe du progrès dans ce domaine de recherche.» La quantité de données collectées était si importante que seul 0,5 % de la totalité a pu être analysé jusqu’ici. Mais, dans la mesure où d’autres projets européens ont accès à ces données, de nouvelles découvertes sont attendues. «Sur la base des gènes de résistance, nous avons eu recours à des modèles permettant d’identifier les niveaux de résistance auxquels les individus sont exposés.» Les chercheurs ont également mené des études sur des souches bactériologiques isolées à partir d’animaux ou de l’environnement, afin d’en analyser le comportement. L’équipe s’est posé la question suivante: Les bactéries disposant de gènes de résistance aux antimicrobiens sont-elles aussi adaptées que celles qui n’en possèdent pas? Pourquoi certains clones se propagent-ils si efficacement? Ont-ils besoin de la pression sélective des antimicrobiens ou peuvent-ils se propager sans? «Plus vous collectez d’informations, plus vous pouvez estimer précisément comment les bactéries vont se propager.» Parallèlement, alors que les recherches sur des bactéries isolées apportaient aux chercheurs des perspectives intéressantes, ces derniers ont également réalisé des études d’intervention dans la vie réelle afin de réduire le recours aux antimicrobiens dans la pratique vétérinaire. Cette partie du projet a été menée dans des fermes avicoles et porcines. En encadrant les éleveurs, le projet est parvenu à favoriser la réduction du recours aux antimicrobiens. «Si vous considérez une exploitation d’un point de vue systématique, il est possible d’établir une liste de conseils pour modifier certains domaines comme l’hygiène, la ventilation et l’alimentation. L’enjeu était également de repenser les vieilles habitudes, de remettre en question la mentalité du “mais j’ai toujours utilisé...” Certains éleveurs ne veulent prendre aucun risque et sont convaincus du fait qu’ils ont besoin des antimicrobiens à certaines étapes de leur production. Ils pensent que leurs animaux tomberont malades s’ils ne les administrent pas. Il est donc nécessaire de vérifier si cette supposition est justifiée.» L’équipe de recherche était constituée de 19 partenaires venant de 10 pays d’Europe. Ils se sont réunis pour partager leur expertise dans des domaines aussi divers que l’épidémiologie des gènes de résistance, la microbiologie vétérinaire, le séquençage complet du génome des bactéries ou l’économie de l’élevage. Les conclusions d’EFFORT intéresseront tout autant les décideurs politiques que la communauté scientifique: «Nous sommes fiers d’être parvenus à réunir de manière systématique autant de données en provenance de neuf pays. Une de nos premières publications figurait dans Nature Microbiology, ce qui démontre l’importance scientifique de nos travaux» explique le Dr Wagenaar.
Mots‑clés
EFFORT, résistance aux antimicrobiens, éco-épidémiologie, antibiotiques, élevage, survie des bactéries