L'influence des microbes sur le cancer colorectal
Le microbiome humain joue un rôle essentiel dans la modulation de la santé et de la maladie chez l'homme, mais les mécanismes biologiques à l'œuvre restent souvent obscurs. Le projet TRANSVIVOME, financé par l'UE, a confirmé que la co-colonisation de nombreuses espèces de bactéries dans la bouche et l'intestin pourrait avoir des implications au niveau de la compréhension de la pathologie de certaines maladies, dont le cancer colorectal. «L'association entre des bactéries intestinales et le développement du cancer colorectal a été rapportée par plusieurs études à grande échelle, qui ont souvent trouvé un surplus de microbes buccaux dans les échantillons de selle des patients», explique le Dr Peer Bork du Laboratoire européen de biologie moléculaire d'Heidelberg en Allemagne, coordinateur du projet. «Cette découverte ouvre la voie à la mise au point de nouveaux tests de diagnostic du cancer colorectal.» Jusqu'à présent toutefois, les scientifiques ne comprennent pas clairement la biologie sous-jacente; par exemple, on ne sait pas si ces bactéries proviennent de la bouche du patient, si elles sont déjà présentes dans l'intestin et se développent au cours de la maladie, ou si elles proviennent de l'environnement. Des progrès en matière d'analyse Tel a été le point de départ du projet TRANSVIVOME. Le Dr Bork et son équipe ont entrepris de développer et tester de nouvelles méthodes pour mieux comprendre la transmission bactérienne, de déterminer si des souches buccales sont impliquées dans le développement du cancer colorectal et si ces bactéries sont vivantes. Un résultat important du projet a été la mise au point d'une méthode ne nécessitant pas de culture et permettant de déterminer si des bactéries sont vivantes dans un échantillon. En utilisant des données sur l'ADN et l'ARN, le projet a déterminé qu'il était possible d'identifier les espèces de bactéries présentes dans un échantillon donné quelconque, et de savoir si elles exprimaient ces gènes. «L'ARN se dégrade très rapidement (en quelques heures). On peut donc en déduire que si l'on détecte l'ARN d'une espèce, cela signifie qu'elle était vivante lorsque l'échantillon a été prélevé», explique le Dr Bork. «Il s'agit d'un progrès méthodologique important car seules les cellules vivantes ont le potentiel de se transmettre et de coloniser différents environnements.» Le projet a également éclairé la façon dont se produit une transmission bactérienne entre la bouche et l'intestin. De fines différences d'échelle dans les séquences ADN de plus de 1 700 espèces de bactéries ont été déterminées à partir d'échantillons buccaux et intestinaux isolés de personnes provenant du monde entier (Fidji, Chine, France, Amériques, Luxembourg et Allemagne). «À notre surprise et à l'encontre des idées reçues, nous avons trouvé qu'un grand nombre de bactéries buccales peuvent coloniser l'intestin», déclare le Dr Bork. «D'autres espèces, qu'on trouve à la fois dans la bouche et l'intestin, présentaient des versions distinctes (souches) spécialisées en fonction de chaque site corporel.» Un potentiel pour de nouveaux diagnostics Les méthodes analytiques inaugurées et testées au cours du projet TRANSVIVOME pourraient à terme conduire à la mise au point d'outils de diagnostic viables pour le cancer colorectal et d'autres maladies. La capacité de détecter des bactéries vivantes, qu'elles soient ou non transmises de la cavité buccale vers l'intestin, pourrait considérablement améliorer les études de contrôle des maladies à partir d'échantillons de selles. «Avec ces méthodes, il est maintenant aussi possible de tester si des souches spécifiques d'une espèce bactérienne donnée peuvent 'fuir' de la bouche vers l'intestin», explique le Dr Bork. «Dans ce cas, on pourrait développer de nouvelles techniques pour évaluer le risque de cancer colorectal. En déterminant les facteurs de développement du cancer colorectal provenant de la bouche du patient, on pourrait même élaborer des thérapies ciblant cette communauté.» Dans l'ensemble, le projet constitue un solide point de départ pour des études de suivi sur le diagnostic des maladies. «Même si nous n'avons pas pu collecter une cohorte suffisamment importante d'échantillons de cancer colorectal et d'échantillons témoins au cours du projet, nous avons depuis lancé un autre projet pour obtenir les données nécessaires pour développer des marqueurs de diagnostic du cancer colorectal», conclut le Dr Bork.
Mots‑clés
TRANSVIVOME, cancer, colorectal, buccal, intestin, bactérien, microbien
