Infrastructure for transnational access and discovery in structural biology

Leistungen

Initial Data Management plan
Second update of the iNEXT-Discovery Data Management plan

Second update of the iNEXTDiscovery Data Management plan

API for structure refinement and model building pipeline for fragment screening
Generation of PDB-Dev-compatible mmCIF files from models / restraints

Generation of PDBDevcompatible mmCIF files from models restraints

Report on standardized data model for fragment screening data

Report on standardized data model for fragment screening data EMBLEBI

Protocol and standards for NMR fragment screening experiments
API enabling communication between crystallization facilities and synchrotrons

API enabling communication between crystallization facilities and synchrotrons (EMBL-GR)

First update of the iNEXT-Discovery Data Management plan
Tools and protocols for BMRB deposition of protein interaction data
Database blueprint for NMR (meta)data for fragment screening

Database blueprint for NMR metadata for fragment screening

Protocols for joint NMR/cryo-EM structural refinement of membrane proteins and viral capsids

Protocols for joint NMRcryoEM structural refinement of membrane proteins and viral capsids

Instrument for automated measurement of ice thickness in cryo-EM

Instrument for automated measurement of ice thickness in cryoEM EMBLHD

Characterization of RNA refolding by in-cell NMR

Characterization of RNA refolding by incell NMR

Protocol isotope labelled photochemically locked RNAs in prokaryotes
New statistical model implemented in PanDDA software
NMR for kinetics and thermodynamics of protein-ligand interaction

NMR for kinetics and thermodynamics of proteinligand interaction

Approved schematic plan for iNEXT-Discovery ARIA
Scripts for automatization of 3D fiducialisation in SRCLXM
Report on Thematic Calls
Protocols for lamella production with cryo-FIB

Protocols for lamella production with cryoFIB

Provide grid maps scored based on ice thickness to microscope

Provide grid maps scored based on ice thickness to microscope EMBLHD

Workflow for real-time in-cell NMR measurements in the bioreactor

Workflow for realtime incell NMR measurements in the bioreactor

Data exchange standards for dataset exchange and analysis
First report on training activities
Data collection protocols optimized for ligand detection

Data collection protocols optimized for ligand detection (EMBL-GR)

Dissemination plan
First report on outreach and dissemination
Review of implementation quality and improved usage
Report on networking within the consortium and with (potential) users
Robust, automated sample evaluation workflow for single-particle cryo-EM

Robust automated sample evaluation workflow for singleparticle cryoEM

Optimised NMR experiments for light-induced kinetics and transitions

Optimised NMR experiments for lightinduced kinetics and transitions

In situ NMR laser illumination device combing at least 3 wavelengths
NMR methods for site-specific measurement of dynamical parameters

NMR methods for sitespecific measurement of dynamical parameters

Protocols for 3D fiducialisation for SRCLXM and SRCLEM
Scripts for cryo-FIB automatization

Scripts for cryoFIB automatization EMBLHD

Robust, automated implementation of sample evaluation workflow for cryo-ET

Robust automated implementation of sample evaluation workflow for cryoET

List of ARIA captured data for proposal and user experience evaluation approved
Web report of capabilities to conduct time-resolved NMR experiments
Report on outreach activities to attract industry users

Report on outreach activities to attract industry users EMBLGR

Proof of concept for advance data analysis pipelines at EMBL-GR
Protocol isotope labelled photochemically locked RNAs in eukaryotes
Sustainability Working Group meeting report
Analysis of binding location and affinity increase of ligated fragments
Second progress report
Software framework for custom-built data analysis pipelines

Software framework for custombuilt data analysis pipelines

Protocols to correlate cellular ssNMR with cryo-EM and microscopy readouts

Protocols to correlate cellular ssNMR with cryoEM and microscopy readouts

Report on expanding interaction possibilities with industry

Report on expanding interaction possibilities with industry (EMBL-GR)

Report on measures to compensate for the absence of hands-on on-site training

Report on measures to compensate for the absence of handson onsite training M24 NKI

ssNMR methods for kinetics of drug-receptor interaction in cell surfaces

ssNMR methods for kinetics of drugreceptor interaction in cell surfaces

First progress report
Investigation of RNA refolding from user application
Tool for identification of follow-up compounds from fragment hits

Tool for identification of followup compounds from fragment hits

Combining solution NMR and SAXS/SANS data for IDPs

Combining solution NMR and SAXSSANS data for IDPs

Light-induced transition in a photo-switchable fluorescent protein

Lightinduced transition in a photoswitchable fluorescent protein

Software tool for automated analysis of spectra
Management Guidelines in place
Cryo-EM image-based quality scores by on-the-fly image processing

CryoEM imagebased quality scores by onthefly image processing

Veröffentlichungen

Ligand-Based Competition Binding by Real-Time 19F NMR in Human Cells

Autoren: Luchinat E, Barbieri L, Davis B, Brough PA, Pennestri M, Banci L.
Veröffentlicht in: Journal of Medicinal Chemistry, 2024, ISSN 1520-4804
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.3c01600

The CCP4 suite: integrative software for macromolecular crystallography

Autoren: Agirre J, Atanasova M, Bagdonas H, Ballard CB, Baslé A, Beilsten-Edmands J, Borges RJ, Brown DG, Burgos-Mármol JJ, Berrisford JM, Bond PS, Caballero I, Catapano L, Chojnowski G, Cook AG, Cowtan KD, Croll TI, Debreczeni JÉ, Devenish NE, Dodson EJ, Drevon TR, Emsley P, Evans G, Evans PR, Fando M, Foadi J, Fuentes-Montero L, Garman EF, Gerstel M, Gildea RJ, Hatti K, Hekkelman ML, Heuser P, Hoh SW,
Veröffentlicht in: Acta Crystallogr D Struct Biol., 2023, ISSN 2059-7983
Herausgeber: IUCr
DOI: 10.1107/s2059798323003595

Overarching control of autophagy and DNA damage response by CHD6 revealed by modeling a rare human pathology

Autoren: Yulia Kargapolova, Rizwan Rehimi, Hülya Kayserili, Joanna Brühl, Konstantinos Sofiadis, Anne Zirkel, Spiros Palikyras, Athanasia Mizi, Yun Li, Gökhan Yigit, Alexander Hoischen, Stefan Frank, Nicole Russ, Jonathan Trautwein, Bregje van Bon, Christian Gilissen, Magdalena Laugsch, Eduardo Gade Gusmao, Natasa Josipovic, Janine Altmüller, Peter Nürnberg, Gernot Längst, Frank J. Kaiser, Erwan Watr
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-23327-1

Studies on the Interaction between Model Proteins and Fluorinated Ionic Liquids

Autoren: Alves MMS, Melo MN, Mertens HDT, Pereiro AB, Archer M
Veröffentlicht in: Pharmaceutics, 2023, ISSN 1999-4923
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/pharmaceutics15010157

Modulation of Aβ42 Aggregation Kinetics and Pathway by Low‐Molecular‐Weight Inhibitors

Autoren: Marie‐Theres Hutchison, Giovanni Bellomo, Alexey Cherepanov, Elke Stirnal, Boris Fürtig, Christian Richter, Verena Linhard, Elina Gurewitsch, Moreno Lelli, Nina Morgner, Thomas Schrader, Harald Schwalbe
Veröffentlicht in: ChemBioChem, Ausgabe 24, 2023, ISSN 1439-4227
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cbic.202200760

Algorithmic robustness to preferred orientations in single particle analysis by CryoEM

Autoren: C.O.S. Sorzano, D. Semchonok, S.-C. Lin, Y.-C. Lo, J.L. Vilas, A. Jiménez-Moreno, M. Gragera, S. Vacca, D. Maluenda, M. Martínez, E. Ramírez-Aportela, R. Melero, A. Cuervo, J.J. Conesa, P. Conesa, P. Losana, L. del Caño, J. Jiménez de la Morena, Y.C. Fonseca, R. Sánchez-García, D. Strelak, E. Fernández-Giménez, F. de Isidro, D. Herreros, P.L. Kastritis, R. Marabini, B.D. Bruce, J.M. Caraz
Veröffentlicht in: Journal of Structural Biology, Ausgabe 213/1, 2021, Seite(n) 107695, ISSN 1047-8477
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jsb.2020.107695

Discovery of novel druggable pockets on polyomavirus VP1 through crystallographic fragment-based screening to develop capsid assembly inhibitors

Autoren: Osipov EM, Munawar AH, Beelen S, Fearon D, Douangamath A, Wild C, Weeks SD, Van Aerschot A, Von Delft F, Strelkov SV.
Veröffentlicht in: RSC Chemical Biology, 2022, ISSN 2633-0679
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2cb00052k

Site-Selective Functionalized PD-1 Mutant for a Modular Immunological Activity against Cancer Cells

Autoren: Fallarini S, Cerofolini L, Salobehaj M, Rizzo D, Gheorghita GR, Licciardi G, Capialbi DE, Zullo V, Sodini A, Nativi C, Fragai M.
Veröffentlicht in: Biomacromolecules, 2023, ISSN 1526-4602
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.biomac.3c00893

Whole-proteome structures shed new light on posttranslational modifications

Autoren: Robbie P. Joosten, Jon Agirre
Veröffentlicht in: PLoS Biol, 2022, ISSN 1545-7885
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001673

UBAP2L ensures homeostasis of nuclear pore complexes at the intact nuclear envelope

Autoren: Liao Y, Andronov L, Liu X, Lin J, Guerber L, Lu L, Agote-Arán A, Pangou E, Ran L, Kleiss C, Qu M, Schmucker S, Cirillo L, Zhang Z, Riveline D, Gotta M, Klaholz BP, Sumara I
Veröffentlicht in: Journal of Cell Biology, 2024, ISSN 1540-8140
Herausgeber: Rockefeller University Press
DOI: 10.1083/jcb.202310006

Monitoring Protein-Ligand Interactions in Human Cells by Real-Time Quantitative In-Cell NMR using a High Cell Density Bioreactor

Autoren: Letizia Barbieri, Enrico Luchinat
Veröffentlicht in: Journal of Visualized Experiments, Ausgabe 169, 2021, ISSN 1940-087X
Herausgeber: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/62323

High-resolution structure of stem-loop 4 from the 5'-UTR of SARS-CoV-2 solved by solution state NMR

Autoren: Vögele J, Hymon D, Martins J, Ferner J, Jonker HRA, Hargrove AE, Weigand JE, Wacker A, Schwalbe H, Wöhnert J, Duchardt-Ferner E.
Veröffentlicht in: Nucleic Acid Research, 2023, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad762

A bitopic agonist bound to the dopamine 3 receptor reveals a selectivity site

Autoren: Sandra Arroyo-Urea, Antonina L. Nazarova, Ángela Carrión-Antolí, Alessandro Bonifazi, Francisco O. Battiti, Jordy Homing Lam, Amy Hauck Newman, Vsevolod Katritch, Javier García-Nafría
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-51993-4

Comprehensive Fragment Screening of the SARS-CoV-2 Proteome Explores Novel Chemical Space for Drug Development

Autoren: Berg H, Wirtz Martin MA, Altincekic N, Alshamleh I, Kaur Bains J, Blechar J, Ceylan B, de Jesus V, Dhamotharan K, Fuks C, Gande SL, Hargittay B, Hohmann KF, Hutchinson MT, Korn SM, Krishnathas R, Kutz F, Linhard V, Matzel T, Meiser N, Niesteruk A, Pyper DJ, Schulte L, Trucks S, Azzaoui K, Blommers MJJ, Gadiya Y, Karki R, Zaliani A, Gribbon P, Almeida MDS, Anobom CD, Bula AL, Buetikofer M, Caruso
Veröffentlicht in: Angew Chem Int Ed Engl., 2022, ISSN 1433-7851
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202205858

An integrative structural study of the human full-length RAD52 at 2.2 Å resolution

Autoren: Beatrice Balboni, Roberto Marotta, Francesco Rinaldi, Giulia Milordini, Giulia Varignani, Stefania Girotto, Andrea Cavalli
Veröffentlicht in: Communications Biology, Ausgabe 7, 2024, ISSN 2399-3642
Herausgeber: Nature Portfolio
DOI: 10.1038/s42003-024-06644-1

Structural conservation of antibiotic interaction with ribosomes

Autoren: Paternoga H, Crowe-McAuliffe C, Bock LV, Koller TO, Morici M, Beckert B, Myasnikov AG, Grubmüller H, Nováček J, Wilson DN.
Veröffentlicht in: Nature Structural and Molecular Biology, 2023, ISSN 1545-9993
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-023-01047-y

Protein delivery to living cells by thermal stimulation for biophysical investigation

Autoren: Torricella F, Barbieri L, Bazzurro V, Diaspro A, Banci L.
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 20452322, 2022, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-022-21103-9

Phage T3 overcomes the BREX defense through SAM cleavage and inhibition of SAM synthesis by SAM lyase

Autoren: Andriianov A, Trigüis S, Drobiazko A, Sierro N, Ivanov NV, Selmer M, Severinov K, Isaev A.
Veröffentlicht in: Cell Reports, 2023, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2023.112972

Solution structure of the voltage-gated Tim23 channel in complex with a mitochondrial presequence peptide

Autoren: Shu Zhou, Maosen Ruan, Yunyan Li, Jing Yang, Suwen Bai, Christian Richter, Harald Schwalbe, Can Xie, Bing Shen & Junfeng Wang
Veröffentlicht in: Cell Research, 2020, ISSN 1001-0602
Herausgeber: Kexue Chubaneshe/Science Press
DOI: 10.1038/s41422-020-00452-y

Characterization of a glycoside hydrolase endolysin from Acinetobacter baumannii phage AbTZA1 with high antibacterial potency and novel structural features

Autoren: Premetis GE, Stathi A, Papageorgiou AC, Labrou NE.
Veröffentlicht in: FEBS Journal, 2022, ISSN 1742-464X
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/febs.16686

On bias, variance, overfitting, gold standard and consensus in single-particle analysis by cryo-electron microscopy

Autoren: Sorzano COS, Jiménez-Moreno A, Maluenda D, Martínez M, Ramírez-Aportela E, Krieger J, Melero R, Cuervo A, Conesa J, Filipovic J, Conesa P, Del Caño L, Fonseca YC, Jiménez-de la Morena J, Losana P, Sánchez-García R, Strelak D, Fernández-Giménez E, de Isidro-Gómez FP, Herreros D, Vilas JL, Marabini R, Carazo JM.
Veröffentlicht in: Acta Crystallogr D Struct Biol, 2022, ISSN 2059-7983
Herausgeber: John Wiley and Sons Inc.
DOI: 10.1107/s2059798322001978

New restraints and validation approaches for nucleic acid structures in PDB-REDO

Autoren: Ida de Vries, Tim Kwakman, Xiang-Jun Lu, Maarten L. Hekkelman, Mandar Deshpande, Sameer Velankar, Anastassis Perrakis, Robbie P. Joosten
Veröffentlicht in: Acta Crystallographica Section D Structural Biology, Ausgabe 77/9, 2021, ISSN 2059-7983
Herausgeber: IUCr
DOI: 10.1107/s2059798321007610

Integrated NMR/Molecular Dynamics Determination of the Ensemble Conformation of a Thermodynamically Stable CUUG RNA Tetraloop

Autoren: Oxenfarth A, Kümmerer F, Bottaro S, Schnieders R, Pinter G, Jonker HRA, Fürtig B, Richter C, Blackledge M, Lindorff-Larsen K, Schwalbe H
Veröffentlicht in: Journal of the American Chemical Society, 2023, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.3c03578

Studies of proline conformational dynamics in IDPs by 13C-detected cross-correlated NMR relaxation

Autoren: Marco Schiavina, Ruth Konrat, Irene Ceccolini, Borja Mateos, Robert Konrat, Isabella C. Felli, Roberta Pierattelli
Veröffentlicht in: Journal of Magnetic Resonance, Ausgabe 354, 2023, Seite(n) 107539, ISSN 1090-7807
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmr.2023.107539

A Sample Preparation Pipeline for Microcrystals at the VMXm Beamline

Autoren: Adam D. Crawshaw, Emma V. Beale, Anna J. Warren, Andrew Stallwood, Graham Duller, Jose Trincao, Gwyndaf Evans
Veröffentlicht in: Journal of Visualized Experiments, Ausgabe 172, 2021, ISSN 1940-087X
Herausgeber: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/62306

The Intriguing mitoNEET: Functional and Spectroscopic Properties of a Unique [2Fe-2S] Cluster Coordination Geometry

Autoren: Camponeschi F, Piccioli M, Banci L.
Veröffentlicht in: Molecules, 2022, ISSN 1420-3049
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/molecules27238218

A morpheein equilibrium regulates catalysis in phosphoserine phosphatase SerB2 from Mycobacterium tuberculosis

Autoren: Pierson E, De Pol F, Fillet M, Wouters J.
Veröffentlicht in: Commun Biol., 2023, ISSN 2399-3642
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s42003-023-05402-z

Determinants of receptor tyrosine phosphatase homophilic adhesion: structural comparison of PTPRK and PTPRM extracellular domains

Autoren: Hay IM, Shamin M, Caroe ER, Mohammed ASA, Svergun DI, Jeffries CM, Graham SC, Sharpe HJ, Deane JE.
Veröffentlicht in: Journal of Biological Chemistry, 2022, ISSN 0021-9258
Herausgeber: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.jbc.2022.102750

Toward protein NMR at physiological concentrations by hyperpolarized water — Finding and mapping uncharted conformational spaces

Autoren: Epasto LM, Che K, Kozak F, Selimovic A, Kadeřávek P, Kurzbach D.
Veröffentlicht in: Science Advances, 2022, ISSN 2375-2548
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.abq5179

Structural basis for different membrane-binding properties of E. coli anaerobic and human mitochondrial β-oxidation trifunctional enzymes

Autoren: Sah-Teli SK, Pinkas M, Hynönen MJ, Butcher SJ, Wierenga RK, Novacek J, Venkatesan R.
Veröffentlicht in: Structure, 2023, ISSN 0969-2126
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.str.2023.04.011

Fixed Target Serial Data Collection at Diamond Light Source

Autoren: Sam Horrell, Danny Axford, Nicholas E. Devenish, Ali Ebrahim, Michael A. Hough, Darren A. Sherrell, Selina L. S. Storm, Ivo Tews, Jonathan A. R. Worrall, Robin L. Owen
Veröffentlicht in: Journal of Visualized Experiments, Ausgabe 168, 2021, ISSN 1940-087X
Herausgeber: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/62200

Identification of potential aggregation hotspots on Aβ42 fibrils blocked by the anti-amyloid chaperone-like BRICHOS domain

Autoren: Kumar R, Le Marchand T, Adam L, Bobrovs R, Chen G, Fridmanis J, Kronqvist N, Biverstål H, Jaudzems K, Johansson J, Pintacuda G, Abelein A.
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-45192-4

Structural plasticity of NFU1 upon interaction with binding partners: insights into the mitochondrial [4Fe-4S] cluster pathway

Autoren: Da Vela S, Saudino G, Lucarelli F, Banci L, Svergun DI, Ciofi-Baffoni S.
Veröffentlicht in: J Mol Biol, 2023, ISSN 0022-2836
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2023.168154

Evaluation of the Higher Order Structure of Biotherapeutics Embedded in Hydrogels for Bioprinting and Drug Release

Autoren: Domenico Rizzo, Linda Cerofolini, Anna Pérez-Ràfols, Stefano Giuntini, Fabio Baroni, Enrico Ravera, Claudio Luchinat, Marco Fragai
Veröffentlicht in: Analytical Chemistry, 2021, ISSN 0003-2700
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c01850

Chaperoning of the histone octamer by the acidic domain of DNA repair factor APLF

Autoren: Corbeski I, Guo X, Eckhardt BV, Fasci D, Wiegant W, Graewert MA, Vreeken K, Wienk H, Svergun DI, Heck AJR, van Attikum H, Boelens R, Sixma TK, Mattiroli F, van Ingen H
Veröffentlicht in: Science Advances, 2022, ISSN 2375-2548
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.abo0517

High-Resolution Studies of Proteins in Natural Membranes by Solid-State NMR

Autoren: David Beriashvili, Raymond D. Schellevis, Federico Napoli, Markus Weingarth, Marc Baldus
Veröffentlicht in: Journal of Visualized Experiments, Ausgabe 169, 2021, ISSN 1940-087X
Herausgeber: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/62197

Experiences From Developing Software for Large X-Ray Crystallography-Driven Protein-Ligand Studies.

Autoren: Pearce NM, Skyner R, Krojer T.
Veröffentlicht in: Front. Mol. Biosci., Ausgabe Section Structural BIology, 2022, ISSN 2296-889X
Herausgeber: Lausanne
DOI: 10.3389/fmolb.2022.861491

In-cell NMR: Why and how?

Autoren: Theillet FX, Luchinat E.
Veröffentlicht in: Progress in Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy, 2022, ISSN 0079-6565
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.pnmrs.2022.04.002

1H, 13C, and 15N backbone chemical-shift assignments of SARS-CoV-2 non-structural protein 1 (leader protein)

Autoren: Ying Wang, John Kirkpatrick, Susanne zur Lage, Sophie M. Korn, Konstantin Neißner, Harald Schwalbe, Andreas Schlundt, Teresa Carlomagno
Veröffentlicht in: Biomolecular NMR Assignments, 2021, ISSN 1874-2718
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s12104-021-10019-6

Intrinsically disordered plant protein PARCL co-localizes with RNA in phase-separated condensates whose formation can be regulated by mutating the PLD

Autoren: Ostendorp A, Ostendorp S, Zhou Y, Chaudron Z, Wolffram L, Rombi K, von Pein L, Falke S, Jeffries CM, Svergun DI, Betzel C, Morris RJ, Kragler F, Kehr J
Veröffentlicht in: Journal of Biological Chemistry, Ausgabe 00219258, 2022, ISSN 0021-9258
Herausgeber: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.jbc.2022.102631

Dissociation of β2m from MHC class I triggers formation of noncovalent transient heavy chain dimers

Autoren: Cindy Dirscherl, Sara Löchte, Zeynep Hein, Janine-Denise Kopicki, Antonia Regina Harders, Noemi Linden, Andreas Karner, Johannes Preiner, Julian Weghuber, Maria Garcia-Alai, Charlotte Uetrecht, Martin Zacharias, Jacob Piehler, Peter Lanzerstorfer, Sebastian Springer
Veröffentlicht in: Journal of Cell Science, Ausgabe 135, 2023, ISSN 0021-9533
Herausgeber: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/jcs.259498

Targeting the Main Protease (Mpro, nsp5) by Growth of Fragment Scaffolds Exploiting Structure-Based Methodologies

Autoren: Altincekic N, Jores N, Löhr F, Richter C, Ehrhardt C, Blommers MJJ, Berg H, Öztürk S, Gande SL, Linhard V, Orts J, Abi Saad MJ, Bütikofer M, Kaderli J, Karlsson BG, Brath U, Hedenström M, Gröbner G, Sauer UH, Perrakis A, Langer J, Banci L, Cantini F, Fragai M, Grifagni D, Barthel T, Wollenhaupt J, Weiss MS, Robertson A, Bax A, Sreeramulu S, Schwalbe H.
Veröffentlicht in: ACS Chemical Biology, 2024, ISSN 1554-8929
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acschembio.3c00720

Binding adaptation of GS-441524 diversifies macro domains and downregulate SARS-CoV-2 de-MARylation capacity

Autoren: A.C. Tsika, A. Gallo, N.K. Fourkiotis, A.I. Argyriou, S. Sreeramulu, F. Löhr, V.V. Rogov, C. Richter, V. Linhard, S.L. Gande, N. Altincekic, R. Krishnathas, I. Elamri, H. Schwalbe, J. Wollenhaupt, M.S. Weiss, G.A. Spyroulias
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Biology, 2022, ISSN 0022-2836
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2022.167720

Progression of herpesvirus infection remodels mitochondrial organization and metabolism

Autoren: Leclerc S, Gupta A, Ruokolainen V, Chen JH, Kunnas K, Ekman AA, Niskanen H, Belevich I, Vihinen H, Turkki P, Perez-Berna AJ, Kapishnikov S, Mäntylä E, Harkiolaki M, Dufour E, Hytönen V, Pereiro E, McEnroe T, Fahy K, Kaikkonen MU, Jokitalo E, Larabell CA, Weinhardt V, Mattola S, Aho V, Vihinen-Ranta M
Veröffentlicht in: PLoS Pathog, 2024, ISSN 1553-7374
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.ppat.1011829

Phase distortion-free paramagnetic NMR spectra

Autoren: Enrico Ravera
Veröffentlicht in: Journal of Magnetic Resonance Open, Ausgabe 8-9, 2021, Seite(n) 100022, ISSN 2666-4410
Herausgeber: Elsevier Inc
DOI: 10.1016/j.jmro.2021.100022

Disentangling Chromophore States in a Reversibly Switchable Green Fluorescent Protein: Mechanistic Insights from NMR Spectroscopy

Autoren: Nina Eleni Christou, Karine Giandoreggio-Barranco, Isabel Ayala, Oleksandr Glushonkov, Virgile Adam, Dominique Bourgeois, Bernhard Brutscher
Veröffentlicht in: Journal of the American Chemical Society, Ausgabe 143/19, 2021, Seite(n) 7521-7530, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.1c02442

Molecular Basis of Multiple Mitochondrial Dysfunctions Syndrome 2 Caused by CYS59TYR BOLA3 Mutation

Autoren: Giovanni Saudino, Dafne Suraci, Veronica Nasta, Simone Ciofi-Baffoni, Lucia Banci
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe 22/9, 2021, Seite(n) 4848, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms22094848

The folding landscapes of human telomeric RNA and DNA Gquadruplexesare markedly different

Autoren: Diana Müller, Irene Bessi, Christian Richter, and Harald Schwalbe
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie (International Edition), 2021, ISSN 1433-7851
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202100280

Cost-Effective Protein Production in CHO Cells Following Polyethylenimine-Mediated Gene Delivery Showcased by the Production and Crystallization of Antibody Fabs

Autoren: Meskova K, Martonova K, Hrasnova P, Sinska K, Skrabanova M, Fialova L, Njemoga S, Cehlar O, Parmar O, Kolenko P, Pevala V, Skrabana R.
Veröffentlicht in: Antibodies, 2023, ISSN 2073-4468
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/antib12030051

OUP accepted manuscript

Autoren: Tamas Lazar, Elizabeth Martínez-Pérez, Federica Quaglia, András Hatos, Lucía B Chemes, Javier A Iserte, Nicolás A Méndez, Nicolás A Garrone, Tadeo E Saldaño, Julia Marchetti, Ana Julia Velez Rueda, Pau Bernadó, Martin Blackledge, Tiago N Cordeiro, Eric Fagerberg, Julie D Forman-Kay, Maria S Fornasari, Toby J Gibson, Gregory-Neal W Gomes, Claudiu C Gradinaru, Teresa Head-Gordon, Malene Rin
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2020, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa1021

Intracellular Binding/Unbinding Kinetics of Approved Drugs toCarbonic Anhydrase II Observed by in-Cell NMR

Autoren: Enrico Luchinat, Letizia Barbieri, Matteo Cremonini, Alessio Nocentini, Claudiu T. Supuran, and Lucia Banci
Veröffentlicht in: ACS Chemical Biology, 2020, ISSN 1554-8929
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acschembio.0c00590

Structural studies of β-glucosidase from the thermophilic bacterium <i>Caldicellulosiruptor saccharolyticus</i>

Autoren: Anastasia I. Sotiropoulou, Dimitris G. Hatzinikolaou, Evangelia D. Chrysina
Veröffentlicht in: Acta Crystallographica Section D Structural Biology, Ausgabe 80, 2024, Seite(n) 733-743, ISSN 2059-7983
Herausgeber: IUCr Journals
DOI: 10.1107/s2059798324009252

Controlling the incorporation of fluorinated amino acids in human cells and its structural impact

Autoren: Azzurra Costantino, Lan B. T. Pham, Letizia Barbieri, Vito Calderone, Gili Ben‐Nissan, Michal Sharon, Lucia Banci, Enrico Luchinat
Veröffentlicht in: Protein Science, Ausgabe 33, 2024, ISSN 0961-8368
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1002/pro.4910

Exploring the druggability of conserved RNA regulatory elements in the SARS‐CoV‐2 genome

Autoren: Sridhar Sreeramulu, Christian Richter, Hannes Berg, Maria A Wirtz Martin, Betül Ceylan, Tobias Matzel, Jennifer Adam, Nadide Altincekic, Kamal Azzaoui, Jasleen Kaur Bains, Marcel J.J. Blommers, Jan Ferner, Boris Fürtig, M. Göbel, J Tassilo Grün, Martin Hengesbach, Katharina F. Hohmann, Daniel Hymon, Bozana Knezic, Jason Martins, Klara R Mertinkus, Anna Niesteruk, Stephen A Peter, Dennis J Pype
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie International Edition, 2021, ISSN 1433-7851
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202103693

Structure of the drug target ClpC1 unfoldase in action provides insights on antibiotic mechanism of action

Autoren: Weinhäupl K, Gragera M, Bueno-Carrasco MT, Arranz R, Krandor O, Akopian T, Soares R, Rubin E, Felix J, Fraga H
Veröffentlicht in: Journal of Biological Chemistry, Ausgabe 00219258, 2022, ISSN 0021-9258
Herausgeber: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.jbc.2022.102553

Cryo-EM density maps adjustment for subtraction, consensus and sharpening

Autoren: E. Fernández-Giménez, M. Martínez, R. Sánchez-García, R. Marabini, E. Ramírez-Aportela, P. Conesa, J.M. Carazo, C.O.S. Sorzano
Veröffentlicht in: Journal of Structural Biology, Ausgabe 213/4, 2021, Seite(n) 107780, ISSN 1047-8477
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jsb.2021.107780

Real-Time Quantitative In-Cell NMR: Ligand Binding and Protein Oxidation Monitored in Human Cells Using Multivariate Curve Resolution

Autoren: Enrico Luchinat, Letizia Barbieri, Timothy F. Campbell, Lucia Banci
Veröffentlicht in: Analytical Chemistry, Ausgabe 92/14, 2020, Seite(n) 9997-10006, ISSN 0003-2700
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.0c01677

The Extended Hadamard Transform: Sensitivity-Enhanced NMR Experiments Among Labile and Non-Labile 1Hs of SARS-CoV-2-derived RNAs

Autoren: Kim J, Novakovic M, Jayanthi S, Lupulescu A, Kupče Ē, Grün JT, Mertinkus K, Oxenfarth A, Schwalbe H, Frydman L.
Veröffentlicht in: ChemPhysChem, 2022, ISSN 1439-4235
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cphc.202100704

Molecular mechanisms and evolutionary robustness of a color switch in proteorhodopsins

Autoren: Mao J, Jin X, Shi M, Heidenreich D, Brown LJ, Brown RCD, Lelli M, He X, Glaubitz C.
Veröffentlicht in: Science Advances, 2024, ISSN 2375-2548
Herausgeber: AAAS
DOI: 10.1126/sciadv.adj0384

A thermosensitive gel matrix for bioreactor-assisted in-cell NMR of nucleic acids and proteins

Autoren: Dzurov M, Pospíšilová Š, Krafčíková M, Trantírek L, Vojtová L, Ryneš J
Veröffentlicht in: J Biomol NMR, 2023, ISSN 0925-2738
Herausgeber: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10858-023-00422-7

Rapid protein delivery to living cells for biomolecular investigation

Autoren: Francesco Torricella, Alessio Bonucci, Panagis Polykretis, Francesca Cencetti, Lucia Banci
Veröffentlicht in: Biochemical and Biophysical Research Communications, Ausgabe 570, 2021, Seite(n) 82-88, ISSN 0006-291X
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.bbrc.2021.07.006

Biochemical and Structural Characterization of CRH-1, a Carbapenemase from Chromobacterium haemolyticum Related to KPC β-Lactamases

Autoren: Brunetti F, Ghiglione B, Gudeta DD, Gutkind G, Guardabassi L, Klinke S, Power P.
Veröffentlicht in: Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 2024, ISSN 1098-6596
Herausgeber: ASM Journals
DOI: 10.1128/aac.00061-23

Modulation of the substrate specificity of the kinase PDK1 by distinct conformations of the full-length protein

Autoren: Sacerdoti M, Gross LZF, Riley AM, Zehnder K, Ghode A, Klinke S, Anand GS, Paris K, Winkel A, Herbrand AK, Godage HY, Cozier GE, Süß E, Schulze JO, Pastor-Flores D, Bollini M, Cappellari MV, Svergun D, Gräwert MA, Aramendia PF, Leroux AE, Potter BVL, Camacho CJ, Biondi RM.
Veröffentlicht in: Science Signaling, 2023, ISSN 1937-9145
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/scisignal.add3184

Ultrastructure of macromolecular assemblies contributing to bacterial spore resistance revealed by in situ cryo-electron tomography

Autoren: Bauda E, Gallet B, Moravcova J, Effantin G, Chan H, Novacek J, Jouneau PH, Rodrigues CDA, Schoehn G, Moriscot C, Morlot C
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-45770-6

Crystal structure of the Phospholipase A and acyltransferase 4 (PLAAT4) catalytic domain

Autoren: Wehlin A, Cornaciu I, Marquez JM, Perrakis A, von Castelmur E.
Veröffentlicht in: Journal of Structural Biology, Ausgabe 10478477, 2022, ISSN 1047-8477
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jsb.2022.107903

Frag4Lead: growing crystallographic fragment hits by catalog using fragment-guided template docking

Autoren: A. Metz, J. Wollenhaupt, S. Glöckner, N. Messini, S. Huber, T. Barthel, A. Mehrabed, H.-D. Gerber, A. Heine, G. Klebe and M. S. Weiss
Veröffentlicht in: Acta Crystallographica Section D Structural Biology, Ausgabe 77/8, 2021, ISSN 2059-7983
Herausgeber: IUCr
DOI: 10.1107/s2059798321008196

Blood pH Analysis in Combination with Molecular Medical Tools in Relation to COVID-19 Symptoms

Autoren: Siebert H-C, Eckert T, Bhunia A, Klatte N, Mohri M, Siebert S, Kozarova A, Hudson JW, Zhang R, Zhang N, Li L, Gousias K, Kanakis D, Yan M, Jiménez-Barbero J, Kožár T, Nifantiev NE, Vollmer C, Brandenburger T, Kindgen-Milles D, Haak T, Petridis AK.
Veröffentlicht in: Biomedicines, 2023, ISSN 2227-9059
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/biomedicines11051421

Structure-function studies of a novel laccase-like multicopper oxidase from Thermothelomyces thermophila provide insights into its biological role

Autoren: Kosinas C, Zerva A, Topakas E, Dimarogona M.
Veröffentlicht in: Acta Crystallogr D Struct Biol, 2023, ISSN 2059-7983
Herausgeber: IUCr
DOI: 10.1107/s2059798323004175

A modular platform for automated cryo-FIB workflows

Autoren: Klumpe S, Fung HKH, Goetz SK, Zagoriy I, Hampoelz B, Zhang X, Erdmann PS, Baumbach J, Müller CW, Beck M, Plitzko JM, Mahamid J
Veröffentlicht in: Elife, 2021, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.70506

Single Particle Cryo-Electron Microscopy: From Sample to Structure

Autoren: Joshua B.R. White, Daniel P. Maskell, Andrew Howe, Martin Harrow, Daniel K. Clare, C. Alistair Siebert, Emma L. Hesketh, Rebecca F. Thompson
Veröffentlicht in: Journal of Visualized Experiments, Ausgabe 171, 2021, ISSN 1940-087X
Herausgeber: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/62415

Determination of intracellular protein–ligand binding affinity by competition binding in-cell NMR

Autoren: Enrico Luchinat, Letizia Barbieri, Matteo Cremonini, Matteo Pennestri, Alessio Nocentini, Claudiu T. Supuran, Lucia Banci
Veröffentlicht in: Acta Crystallographica Section D Structural Biology, Ausgabe 77/10, 2021, Seite(n) 1270-1281, ISSN 2059-7983
Herausgeber: IUCr
DOI: 10.1107/s2059798321009037

Updated restraint dictionaries for carbohydrates in the pyranose form

Autoren: Atanasova M, Nicholls RA, Joosten RP, Agirre J.
Veröffentlicht in: Acta Crystallogr D Struct Biol, 2022, ISSN 2059-7983
Herausgeber: IUCr/Wiley
DOI: 10.1107/s2059798322001103

Structural and functional features of a broad-spectrum prophage-encoded enzybiotic from Enterococcus faecium

Autoren: Premetis GE, Stathi A, Papageorgiou AC, Labrou NE.
Veröffentlicht in: Scientific Reports, 2023, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-34309-2

Bio-SAXS of single-stranded DNA-binding proteins: radiation protection by the compatible solute ectoine

Autoren: Hallier DC, Smales GJ, Seitz H, Hahn MB.
Veröffentlicht in: Phys Chem Chem Phys, 2023, ISSN 1463-9076
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2cp05053f

Image processing tools for the validation of CryoEM maps

Autoren: C.O.S. Sorzano, J.L. Vilas, E. Ramírez-Aportela, J. Krieger, D. del Hoyo, D. Herreros, E. Fernandez-Giménez, D. Marchán, J.R. Macías, I. Sánchez, L. del Caño, Y. Fonseca- Reyna, P. Conesa, A. García-Mena, J. Burguet, J. García Condado, J. Méndez García, M. Martínez, A. Muñoz-Barrutia, R. Marabini, J. Vargas, J.M. Carazo
Veröffentlicht in: Faraday Discussions, 2022, ISSN 1364-5498
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2fd00059h

The Coming of Age of In-Cell Solution NMR

Autoren: Luchinat E, Cremonini M, Banci L
Veröffentlicht in: Chemical Reviews, 2022, ISSN 0009-2665
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.chemrev.1c00790

Staphylococcus aureus sacculus mediates activities of M23 hydrolases

Autoren: Razew A, Laguri C, Vallet A, Bougault C, Kaus-Drobek M, Sabala I, Simorre JP.
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-42506-w

Common transthyretin-derived amyloid fibril structures in patients with hereditary ATTR amyloidosis

Autoren: Steinebrei M, Baur J, Pradhan A, Kupfer N, Wiese S, Hegenbart U, Schönland SO, Schmidt M, Fändrich M.
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43301-3

Facilitated crystal handling using a simple device for evaporation reduction in microtiter plates

Autoren: Tatjana Barthel, Franziska U. Huschmann, Dirk Wallacher, Christian G. Feiler, Gerhard Klebe, Manfred S. Weiss, Jan Wollenhaupt
Veröffentlicht in: Journal of Applied Crystallography, Ausgabe 54/1, 2021, Seite(n) 376-382, ISSN 1600-5767
Herausgeber: IUCr
DOI: 10.1107/s1600576720016477

Protocol for image registration of correlative soft X-ray tomography and super-resolution structured illumination microscopy images

Autoren: Nina Vyas, Stephan Kunne, Thomas M. Fish, Ian M. Dobbie, Maria Harkiolaki, Perrine Paul-Gilloteaux
Veröffentlicht in: STAR Protocols, Ausgabe 2/2, 2021, Seite(n) 100529, ISSN 2666-1667
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.xpro.2021.100529

Cryo-EM and Single-Particle Analysis with Scipion

Autoren: A. Jiménez-Moreno, L. del Caño, M. Martínez, E. Ramírez-Aportela, A. Cuervo, R. Melero, R. Sánchez-García, D. Strelak, E. Fernández-Giménez, F.P. de Isidro-Gómez, D. Herreros, P. Conesa, Y. Fonseca, D. Maluenda, J. Jiménez de la Morena, J.R. Macías, P. Losana, R. Marabini, J.M. Carazo, C.O.S. Sorzano
Veröffentlicht in: Journal of Visualized Experiments, Ausgabe 171, 2021, ISSN 1940-087X
Herausgeber: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/62261

Advances in Xmipp for Cryo–Electron Microscopy: From Xmipp to Scipion

Autoren: Strelak D, Jiménez-Moreno A, Vilas JL, Ramírez-Aportela E, Sánchez-García R, Maluenda D, Vargas J, Herreros D, Fernández-Giménez E, de Isidro-Gómez FP, Horacek J, Myska D, Horacek M, Conesa P, Fonseca-Reyna YC, Jiménez J, Martínez M, Harastani M, Jonić S, Filipovic J, Marabini R, Carazo JM, Sorzano COS
Veröffentlicht in: Molecules, 2021, ISSN 1420-3049
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/molecules26206224

Oxidation of the Mycobacterium tuberculosis key virulence factor Protein Tyrosine Phosphatase A (MptpA) reduces its phosphatase activity

Autoren: Niesteruk A,Sreeramulu S, Jonker HRA, Richter C, Schwalbe H.
Veröffentlicht in: FEBS letters, 2022, ISSN 1873-3468
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/1873-3468.14348

Real-time NMR spectroscopy in the study of biomolecular kineticsand dynamics

Autoren: György Pintér, Katharina F. Hohmann, J. Tassilo Grün, Julia Wirmer-Bartoschek, Clemens Glaubitz, Boris Fürtig, Harald Schwalbe
Veröffentlicht in: Magnetic Resonance Discussions, 2021, ISSN 2699-0059
Herausgeber: Copernicus Publications
DOI: 10.5194/mr-2021-16

Identification and Characterization of an RRM‐Containing, RNA Binding Protein in Acinetobacter baumannii

Autoren: Ciani C, Pérez‐Ràfols A, Bonomo I, Micaelli M, Esposito A, Zucal C, Belli R, D’Agostino VG, Bianconi I, Calderone V, Cerofolini L, Massidda O, Whalen MB, Fragai M, Provenzani A.
Veröffentlicht in: Biomolecules, 2022, ISSN 2218-273X
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/biom12070922

Towards Consistency in Geometry Restraints for Carbohydrates in the Pyranose form: Modern Dictionary Generators Reviewed

Autoren: Joosten RP, Nicholls RA, Agirre J.
Veröffentlicht in: Curr Med Chem., 2022, ISSN 1875-533X
Herausgeber: Bentham Science Publishers
DOI: 10.2174/0929867328666210902140754

Beta and Gamma Amino Acid-Substituted Benzenesulfonamides as Inhibitors of Human Carbonic Anhydrases

Autoren: Balandis B, Šimkūnas T, Paketurytė-Latvė V, Michailovienė V, Mickevičiūtė A, Manakova E, Gražuli S, Belyakov S, Kairys V, Mickevičius V, Zubrienė A, Matulis D.
Veröffentlicht in: Pharmaceuticals, 2022, ISSN 1424-8247
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ph15040477

FragMAXapp : crystallographic fragment-screening data-analysis and project-management system

Autoren: Gustavo M. A. Lima, Elmir Jagudin, Vladimir O. Talibov, Laila S. Benz, Costantino Marullo, Tatjana Barthel, Jan Wollenhaupt, Manfred S. Weiss, Uwe Mueller
Veröffentlicht in: Acta Crystallographica Section D Structural Biology, Ausgabe 77/6, 2021, ISSN 2059-7983
Herausgeber: IUCr
DOI: 10.1107/s2059798321003818

Optimization of the Lead Compound NVP-BHG712 as Colorectal Cancer Inhibitor

Autoren: Tröster A, DiPrima M, Jores N, Kudlinzki D, Sreeramulu S, Gande SL, Linhard V, Ludig D, Schug A, Saxena K, Reinecke M, Heinzlmeir S, Leisegang MS, Wollenhaupt J, Lennartz F, Weiss MS, Kuster B, Tosato G, Schwalbe H.
Veröffentlicht in: Chemistry, 2023, ISSN 0947-6539
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/chem.202203967

The missing link: covalent linkages in structural models

Autoren: Robert A. Nicholls, Marcin Wojdyr, Robbie P. Joosten, Lucrezia Catapano, Fei Long, Marcus Fischer, Paul Emsley, Garib N. Murshudov
Veröffentlicht in: Acta Crystallographica Section D Structural Biology, Ausgabe 77/6, 2021, ISSN 2059-7983
Herausgeber: IUCr
DOI: 10.1107/s2059798321003934

A high-field cellular DNP-supported solid-state NMR approach to study proteins with sub-cellular specificity

Autoren: Beriashvili D, Yao R, D'Amico F, Krafčíková M, Gurinov A, Safeer A, Cai X, Mulder MPC, Liu Y, Folkers GE, Baldus M
Veröffentlicht in: Chemical Science, 2023, ISSN 2041-6520
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d3sc02117c

Structural and molecular insights into a bifunctional glycoside hydrolase 30 xylanase specific to glucuronoxylan

Autoren: Christina Pentari, Christos Kosinas, Efstratios Nikolaivits, Maria Dimarogona, Evangelos Topakas
Veröffentlicht in: Biotechnology and Bioengineering, Ausgabe 121, 2024, Seite(n) 2067-2078, ISSN 0006-3592
Herausgeber: Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
DOI: 10.1002/bit.28731

Structural Heterogeneity in a Phototransformable Fluorescent Protein Impacts its Photochemical Properties

Autoren: Maity A, Wulffelé J, Ayala I, Favier A, Adam V, Bourgeois D, Brutscher B
Veröffentlicht in: Advanced Science, 2023, ISSN 2198-3844
Herausgeber: WIley
DOI: 10.1002/advs.202306272

Small molecule MMRi62 targets MDM4 for degradation and induces leukemic cell apoptosis regardless of p53 status

Autoren: Lama R, Xu C, Galster SL, Querol-García J, Portwood S, Mavis CK, Ruiz FM, Martin D, Wu J, Giorgi MC, Bargonetti J, Wang ES, Hernandez-Ilizaliturri FJ, Koudelka GB, Chemler SR, Muñoz IG, Wang X
Veröffentlicht in: Frontiers in Oncology, 2022, ISSN 2234-943X
Herausgeber: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fonc.2022.933446

Program VUE: analysing distributions of cryo-EM projections using uniform spherical grids

Autoren: Urzhumtseva L, Barchet C, Klaholz BP, Urzhumtsev AG.
Veröffentlicht in: Journal of Applied Crystallography, 2024, ISSN 1600-5767
Herausgeber: IUCr
DOI: 10.1107/s1600576724002383

High-resolution cryo-EM performance comparison of two latest-generation cryo electron microscopes on the human ribosome

Autoren: Fréchin L, Holvec S, von Loeffelholz O, Hazemann I, Klaholz BP
Veröffentlicht in: Journal of Structural BIology, 2022, ISSN 1047-8477
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jsb.2022.107905

Polθ is phosphorylated by PLK1 to repair double-strand breaks in mitosis

Autoren: Gelot C, Kovacs MT, Miron S, Mylne E, Haan A, Boeffard-Dosierre L, Ghouil R, Popova T, Dingli F, Loew D, Guirouilh-Barbat J, Del Nery E, Zinn-Justin S, Ceccaldi R.
Veröffentlicht in: Nature, 2023, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-023-06506-6

A Fijivirus Major Viroplasm Protein Shows RNA-Stimulated ATPase Activity by Adopting Pentameric and Hexameric Assemblies of Dimers

Autoren: Gabriela Llauger, Roberto Melero, Demián Monti, Gabriela Sycz, Cristián Huck-Iriart, María L. Cerutti, Sebastián Klinke, Evelyn Mikkelsen, Ariel Tijman, Rocío Arranz, Victoria Alfonso, Sofía M. Arellano, Fernando A. Goldbaum, Yann G. J. Sterckx, José-María Carazo, Sergio B. Kaufman, Pablo D. Dans, Mariana del Vas, Lisandro H. Otero
Veröffentlicht in: mBio, Ausgabe 14, 2024, ISSN 2150-7511
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mbio.00023-23

Di-phosphorylated BAF shows altered structural dynamics and binding to DNA, but interacts with its nuclear envelope partners

Autoren: Agathe Marcelot, Ambre Petitalot, Virginie Ropars, Marie-Hélène Le Du, Camille Samson, Stevens Dubois, Guillaume Hoffmann, Simona Miron, Philippe Cuniasse, Jose Antonio Marquez, Robert Thai, François-Xavier Theillet, Sophie Zinn-Justin
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2021, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab184

The complex structure of Fomes fomentarius represents an architectural design for high-performance ultralightweight materials

Autoren: Pylkkänen R, Werner D, Bishoyi A, Weil D, Scoppola E, Wagermaier W, Safeer A, Bahri S, Baldus M, Paananen A, Penttilä M, Szilvay GR, Mohammadi P.
Veröffentlicht in: Science Advances, 2023, ISSN 2375-2548
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.ade5417

Evasion of cGAS and TRIM5 defines pandemic HIV

Autoren: Zuliani-Alvarez L, Govasli ML, Rasaiyaah J, Monit C, Perry SO, Sumner RP, McAlpine-Scott S, Dickson C, Rifat Faysal KM, Hilditch L, Miles RJ, Bibollet-Ruche F, Hahn BH, Boecking T, Pinotsis N, James LC, Jacques DA, Towers GJ.
Veröffentlicht in: nature microbiology, Ausgabe 20585276, 2022, ISSN 2058-5276
Herausgeber: Nature Portfolio
DOI: 10.1038/s41564-022-01247-0

SARS-CoV-2 M pro inhibition by a zinc ion: structural features and hints for drug design

Autoren: Deborah Grifagni, Vito Calderone, Stefano Giuntini, Francesca Cantini, Marco Fragai, Lucia Banci
Veröffentlicht in: Chemical Communications, Ausgabe 57/64, 2021, Seite(n) 7910-7913, ISSN 1359-7345
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1cc02956h

Dynamic interactions and Ca2+-binding modulate the holdase-type chaperone activity of S100B preventing tau aggregation and seeding

Autoren: Guilherme G. Moreira, François-Xavier Cantrelle, Andrea Quezada, Filipa S. Carvalho, Joana S. Cristóvão, Urmi Sengupta, Nicha Puangmalai, Ana P. Carapeto, Mário S. Rodrigues, Isabel Cardoso, Güenter Fritz, Federico Herrera, Rakez Kayed, Isabelle Landrieu, Cláudio M. Gomes
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-26584-2

Innovative Approach for a Classic Target: Fragment Screening on Trypanothione Reductase Reveals New Opportunities for Drug Design

Autoren: Fiorillo A, Colotti G, Exertier C, Liuzzi A, Seghetti F, Salerno A, Caciolla J, Ilari A.
Veröffentlicht in: Frontiers in molecular biosciences, 2022, ISSN 2296-889X
Herausgeber: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fmolb.2022.900882

Structural Insights into the Role of β3 nAChR Subunit in the Activation of Nicotinic Receptors

Autoren: Giastas P, Papakyriakou A, Tsafaras G, Tzartos SJ, Zouridakis M.
Veröffentlicht in: Molecules, 2022, ISSN 1420-3049
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/molecules27144642

Secondary structure determination of conserved SARS-CoV-2 RNA elements by NMR spectroscopy

Autoren: Anna Wacker, Julia E Weigand, Sabine R Akabayov, Nadide Altincekic, Jasleen Kaur Bains, Elnaz Banijamali, Oliver Binas, Jesus Castillo-Martinez, Erhan Cetiner, Betül Ceylan, Liang-Yuan Chiu, Jesse Davila-Calderon, Karthikeyan Dhamotharan, Elke Duchardt-Ferner, Jan Ferner, Lucio Frydman, Boris Fürtig, José Gallego, J Tassilo Grün, Carolin Hacker, Christina Haddad, Martin Hähnke, Martin Hengesb
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 48/22, 2020, Seite(n) 12415-12435, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa1013

Principal component analysis is limited to low-resolution analysis in cryoEM

Autoren: Carlos Oscar S. Sorzano, Jose Maria Carazo
Veröffentlicht in: Acta Crystallographica Section D Structural Biology, Ausgabe 77/6, 2021, Seite(n) 835-839, ISSN 2059-7983
Herausgeber: IUCr
DOI: 10.1107/s2059798321002291

Solid-state NMR - a complementary technique for protein framework characterization

Autoren: Cerofolini L, Ramberg KO, Padilla LC, Antonik P, Ravera E, Luchinat C, Fragai M, Crowley PB.
Veröffentlicht in: Chemical Communications, 2023, ISSN 1364-548X
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2cc05725e

Targeting EPHA2 with Kinase Inhibitors in Colorectal Cancer

Autoren: Tröster A, Jores N, Mineev KS, Sreeramulu S, DiPrima M, Tosato G, Schwalbe H.
Veröffentlicht in: ChemMedChem, 2023, ISSN 1860-7179
Herausgeber: Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
DOI: 10.1002/cmdc.202300420

A 3D Cartographic Description of the Cell by Cryo Soft X-ray Tomography

Autoren: Johannes Groen, Andrea Sorrentino, Lucía Aballe, Robert Oliete, Ricardo Valcárcel, Chidinma Okolo, Ilias Kounatidis, Maria Harkiolaki, Ana Joaquina Pérez-Berná, Eva Pereiro
Veröffentlicht in: Journal of Visualized Experiments, Ausgabe 169, 2021, ISSN 1940-087X
Herausgeber: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/62190

Unraveling the mechanism of [4Fe‐4S] cluster assembly on the N‐terminal cluster binding site of NUBP1

Autoren: Beatrice Bargagna, Sara Matteucci, Simone Ciofi‐Baffoni, Francesca Camponeschi, Lucia Banci
Veröffentlicht in: Protein Science, Ausgabe 32, 2023, ISSN 0961-8368
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1002/pro.4625

Strategies for Optimization of Cryogenic Electron Tomography Data Acquisition

Autoren: Felix Weis, Wim J. H. Hagen, Martin Schorb, Simone Mattei
Veröffentlicht in: Journal of Visualized Experiments, Ausgabe 169, 2021, ISSN 1940-087X
Herausgeber: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/62383

EFFECTS of BORON SUPPLEMENTATION on DAIRY CALVES’ HEALTH: A METABOLOMICS STUDY

Autoren: Abdullah Basoglu, ADAM ABDEL-AZIZ ADAM, NURI BASPINAR, ALESSIA VIGNOLI, GAIAI MEONI, Leonardo Tenori, Erdem Gullersoy, Rumeyhisa Bicici
Veröffentlicht in: Assiut Veterinary Medical Journal, 2023, Seite(n) 0-0, ISSN 2314-5226
Herausgeber: The Faculty of Veterinary Medicine, Assiut University, Assiut, Egypt
DOI: 10.21608/avmj.2023.218730.1157

Epitope Mapping and Binding Assessment by Solid-State NMR Provide a Way for the Development of Biologics under the Quality by Design Paradigm

Autoren: Domenico Rizzo, Linda Cerofolini, Stefano Giuntini, Luisa Iozzino, Carlo Pergola, Francesca Sacco, Angelo Palmese, Enrico Ravera, Claudio Luchinat, Fabio Baroni, Marco Fragai
Veröffentlicht in: Journal of the American Chemical Society, 2022, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.2c03232

Structure of the Borrelia bacteriophage φBB1 procapsid

Autoren: Rūmnieks J, Füzik T, Tārs K.
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Biology, 2023, ISSN 0022-2836
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2023.168323

Multitasking Pharmacophores Support Cabotegravir-Based Long-Acting HIV Pre-Exposure Prophylaxis (PrEP)

Autoren: Wan Z, Shi M, Gong Y, Lucci M, Li J, Zhou J, Yang X-L, Lelli M, He X, Mao J.
Veröffentlicht in: Molecules, 2024, ISSN 1420-3049
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/molecules29020376

The COVID19-NMR Consortium: A Public Report on the Impact of this New Global Collaboration

Autoren: Duchardt-Ferner E, Ferner J, Fürtig B, Hengesbach M, Richter C, Schlundt A, Sreeramulu S, Wacker A, Weigand JE, Wirmer-Bartoschek J, Schwalbe H.
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie, 2023, ISSN 1433-7851
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/ange.202217171

The future of integrated structural biology

Autoren: Harald Schwalbe, Pauline Audergon, Natalie Haley, Claudia Alen Amaro, Jon Agirre, Marc Baldus, Lucia Banci, Wolfgang Baumeister, Martin Blackledge, Jose Maria Carazo, Kristina Djinovic Carugo, Patrick Celie, Isabella Felli, Darren J. Hart, Thomas Hauß, Lari Lehtiö, Kresten Lindorff-Larsen, José Márquez, André Matagne, Roberta Pierattelli, Antonio Rosato, Frank Sobott, Sridhar Sreeramulu, Jan
Veröffentlicht in: Structure, 2024, ISSN 0969-2126
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.str.2024.08.014

Structural and biochemical characterization of the C‐terminal region of the human <scp>RTEL</scp>1 helicase

Autoren: Giuseppe Cortone, Melissa A. Graewert, Manil Kanade, Antonio Longo, Raghurama Hegde, Amaia González‐Magaña, Belén Chaves‐Arquero, Francisco J. Blanco, Luisa M. R. Napolitano, Silvia Onesti
Veröffentlicht in: Protein Science, Ausgabe 33, 2024, ISSN 0961-8368
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1002/pro.5093

X-ray structure and enzymatic study of a bacterial NADPH oxidase highlight the activation mechanism of eukaryotic NOX

Autoren: Isabelle Petit-Hartlein, Annelise Vermot, Michel Thepaut, Anne-Sophie Humm, Florine Dupeux, Jerome Dupuy, Vincent Chaptal, Jose Antonio Marquez, Susan ME Smith, Franck Fieschi
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 13, 2024, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.93759

NMR characterization and ligand binding site of the stem loop 2 motif (s2m) from the Delta variant of SARS-CoV-2

Autoren: Matzel T, Wirtz Martin M, Herr A, Wacker A, Richter C, Sreeramulu S, Schwalbe H.
Veröffentlicht in: Matzel T, Wirtz Martin M, Herr A, Wacker A, Richter C, Sreeramulu S, Schwalbe H., 2024, ISSN 1469-9001
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1261/rna.079902.123

Protein in-cell NMR spectroscopy at 1.2 GHz

Autoren: Enrico Luchinat, Letizia Barbieri, Matteo Cremonini, Lucia Banci
Veröffentlicht in: Journal of Biomolecular NMR, 2021, ISSN 0925-2738
Herausgeber: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10858-021-00358-w

Ultra-high Performance Liquid Chromatography−Ion Mobility−High-Resolution Mass Spectrometry to Evaluate the Metabolomic Response of Durum Wheat to Sustainable Treatments

Autoren: Riboni N, Bianchi F, Mattarozzi M, Caldara M, Gullì M, Graziano S, Maestri E, Marmiroli N, Careri M.
Veröffentlicht in: J Agric Food Chem, 2023, ISSN 0021-8561
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jafc.3c04532

Backbone and side chain resonance assignment of the intrinsically disordered human DBNDD1 protein

Autoren: Wiedemann C, Obika KB, Liebscher S, Jirschitzka J, Ohlenschläger O, Bordusa F.
Veröffentlicht in: Biomol NMR Assign., 2022, ISSN 1874-2718
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s12104-022-10086-3

Large-Scale Recombinant Production of the SARS-CoV-2 Proteome for High-Throughput and Structural Biology Applications

Autoren: Nadide Altincekic, Sophie Marianne Korn, Nusrat Shahin Qureshi, Marie Dujardin, Martí Ninot-Pedrosa, Rupert Abele, Marie Jose Abi Saad, Caterina Alfano, Fabio C. L. Almeida, Islam Alshamleh, Gisele Cardoso de Amorim, Thomas K. Anderson, Cristiane D. Anobom, Chelsea Anorma, Jasleen Kaur Bains, Adriaan Bax, Martin Blackledge, Julius Blechar, Anja Böckmann, Louis Brigandat, Anna Bula, Matthias Büt
Veröffentlicht in: Frontiers in Molecular Biosciences, Ausgabe 8, 2021, ISSN 2296-889X
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fmolb.2021.653148

Approximating deformation fields for the analysis of continuous heterogeneity of biological macromolecules by 3D Zernike polynomials

Autoren: David Herreros, Roy R. Lederman, James Krieger, Amaya Jiménez-Moreno, Marta Martínez, David Myška, David Strelak, Jiri Filipovic, Ivet Bahar, Jose Maria Carazo, Carlos Oscar S. Sanchez
Veröffentlicht in: IUCrJ, Ausgabe 8/6, 2021, ISSN 2052-2525
Herausgeber: IUCrJ
DOI: 10.1107/s2052252521008903

Scipion3: A workflow engine for cryo-electron microscopy image processing and structural biology

Autoren: Conesa P, Fonseca YC, Jiménez de la Morena J, Sharov G, de la Rosa-Trevín JM, Cuervo A, García Mena A, Rodríguez de Francisco B, del Hoyo D, Herreros D, Marchan D, Strelak D, Fernández-Giménez E, Ramírez-Aportela E, de Isidro-Gómez FP, Sánchez I, Krieger J, Vilas JL, del Cano L, Gragera M, Iceta M, Martínez M, Losana P, Melero R, Marabini R, Carazo JM, Sorzano COS.
Veröffentlicht in: Biological Imaging, 2023, ISSN 2633-903X
Herausgeber: Cambridge University Press
DOI: 10.1017/s2633903x23000132

Structural deficits in key domains of Shank2 lead to alterations in postsynaptic nanoclusters and to a neurodevelopmental disorder in humans

Autoren: Hassani Nia F, Woike D, Bento I, Niebling S, Tibbe D, Schulz K, Hirnet D, Skiba M, Hönck HH, Veith K, Günther C, Scholz T, Bierhals T, Driemeyer J, Bend R, Failla AV, Lohr C, Alai MG, Kreienkamp HJ
Veröffentlicht in: Molecular Psychiatry, 2022, ISSN 1359-4184
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41380-022-01882-3

Directed Evolution of Phi Class Glutathione Transferases Involved in Multiple-Herbicide Resistance of Grass Weeds and Crops

Autoren: Ioannou E, Papageorgiou AC, Labrou NE.
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, 2022, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms23137469

Analysis and validation of overall N-glycan conformation in Privateer

Autoren: Dialpuri JS, Bagdonas H, Atanasova M, Schofield LC, Hekkelman ML, Joosten RP, Agirre J.
Veröffentlicht in: Acta Crystallogr D Struct Biol, 2023, ISSN 2059-7983
Herausgeber: IUCr
DOI: 10.1107/s2059798323003510

Teixobactin kills bacteria by a two-pronged attack on the cell envelope

Autoren: Shukla R, Lavore F, Maity S, Derks MGN, Jones CR, Vermeulen BJA, Melcrová A, Morris MA, Becker LM, Wang X, Kumar R, Medeiros-Silva J, van Beekveld RAM, Bonvin AMJJ, Lorent JH, Lelli M, Nowick JS, MacGillavry HD, Peoples AJ, Spoering AL, Ling LL, Hughes DE, Roos WH, Breukink E, Lewis K, Weingarth M.
Veröffentlicht in: Nature, 2022, ISSN 1476-4687
Herausgeber: Nature Research (subsidiary of Springer Nature)
DOI: 10.1038/s41586-022-05019-y

Cryo-EM structure of transcription termination factor Rho from Mycobacterium tuberculosis reveals bicyclomycin resistance mechanism

Autoren: Saridakis E, Vishwakarma R, Lai-Kee-Him J, Martin K, Simon I, Cohen-Gonsaud M, Coste F, Bron P, Margeat E, Boudvillain M
Veröffentlicht in: Commun Biol., Ausgabe 5(1):120, 2022, ISSN 2399-3642
Herausgeber: Springer Nature Limited
DOI: 10.1038/s42003-022-03069-6

Amyloid fibril structure from the vascular variant of systemic AA amyloidosis.

Autoren: Banerjee S, Baur J, Daniel C, Pfeiffer PB, Hitzenberger M, Kuhn L, Wiese S, Bijzet J, Haupt C, Amann KU, Zacharias M, Hazenberg BPC, Westermark GT, Schmidt M, Fändrich M.
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-34636-4

AlphaFill: enriching AlphaFold models with ligands and cofactors

Autoren: Hekkelman ML, De Vries I, Joosten RP, Perrakis A
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 15487091, 2022, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-022-01685-y

The structured organization of Deinococcus radiodurans' cell envelope

Autoren: Farci D, Haniewicz P, Piano D.
Veröffentlicht in: Proc Natl Acad Sci U S A., 2022, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2209111119

splitSMLM, a spectral demixing method for high-precision multi-color localization microscopy applied to nuclear pore complexes

Autoren: Andronov L, Genthial R, Hentsch D, Klaholz BP.
Veröffentlicht in: Communications Biology, Ausgabe 23993642, 2022, ISSN 2399-3642
Herausgeber: Nature Portfolio
DOI: 10.1038/s42003-022-04040-1

The SDBC is active in quenching oxidative conditions and bridges the cell envelope layers in Deinococcus radiodurans

Autoren: Farci D, Graça AT, Iesu L, de Sanctis D, Piano D.
Veröffentlicht in: Journal of Biological Chemistry, 2022, ISSN 0021-9258
Herausgeber: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.jbc.2022.102784

Improved detection of magnetic interactions in proteins based on long-lived coherences

Autoren: Ianc O, Teleanu F, Ciumeică A, Lupulescu A, Sadet A, Vasos PR.
Veröffentlicht in: Communications Chemistry, 2024, ISSN 2399-3669
Herausgeber: Nature Portfolio
DOI: 10.1038/s42004-024-01195-2

Purification and Structural Characterization of the Auxiliary Activity 9 Native Lytic Polysaccharide Monooxygenase from Thermoascus aurantiacus and Identification of Its C1- and C4-Oxidized Reaction Products

Autoren: Weishuai Yu, Imran Mohsin, Anastassios C. Papageorgiou and Duochuan Li
Veröffentlicht in: Catalysts, 2022, ISSN 2073-4344
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/catal12020139

In-cell NMR suggests that DNA i-motif levels are strongly depleted in living human cells

Autoren: Víšková P, Ištvánková E, Ryneš J, Džatko Š, Loja T, Živković ML, Rigo R, El-Khoury R, Serrano-Chacón I, Damha MJ, González C, Mergny JL, Foldynová-Trantírková S, Trantírek L.
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-46221-y

PAXX binding to the NHEJ machinery explains functional redundancy with XLF

Autoren: Seif-El-Dahan M, Kefala-Stavridi A, Frit P, Hardwick SW, Chirgadze DY, Maia De Oliviera T, Britton S, Barboule N, Bossaert M, Pandurangan AP, Meek K, Blundell TL, Ropars V, Calsou P, Charbonnier JB, Chaplin AK
Veröffentlicht in: Science Advances, 2023, ISSN 2375-2548
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.adg2834

Cryo-EM structure of a lysozyme-derived amyloid fibril from hereditary amyloidosis

Autoren: Sara Karimi-Farsijani, Kartikay Sharma, Marijana Ugrina, Lukas Kuhn, Peter Benedikt Pfeiffer, Christian Haupt, Sebastian Wiese, Ute Hegenbart, Stefan O. Schönland, Nadine Schwierz, Matthias Schmidt, Marcus Fändrich
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-54091-7

Structural rearrangement of amyloid-β upon inhibitor binding suppresses formation of Alzheimer’s disease related oligomers

Autoren: Tobias Lieblein, Rene Zangl, Janosch Martin, Jan Hoffmann, Marie J Hutchison, Tina Stark, Elke Stirnal, Thomas Schrader, Harald Schwalbe, Nina Morgner
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 9, 2020, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.59306

NMR quality control of fragment libraries for screening

Autoren: Sridhar Sreeramulu, Christian Richter, Till Kuehn, Kamal Azzaoui, Marcel Jules José Blommers, Rebecca Del Conte, Marco Fragai, Nils Trieloff, Peter Schmieder, Marc Nazaré, Edgar Specker, Vladimir Ivanov, Hartmut Oschkinat, Lucia Banci, Harald Schwalbe
Veröffentlicht in: Journal of Biomolecular NMR, 2020, ISSN 0925-2738
Herausgeber: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10858-020-00327-9

Development of in vitro-grown spheroids as a 3D tumor model system for solid-state NMR spectroscopy

Autoren: Reinier Damman, Alessandra Lucini Paioni, Katerina T. Xenaki, Irati Beltrán Hernández, Paul M. P. van Bergen en Henegouwen, Marc Baldus
Veröffentlicht in: Journal of Biomolecular NMR, Ausgabe June 19 2020, 2020, ISSN 0925-2738
Herausgeber: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10858-020-00328-8

The basics of small-angle neutron scattering (SANS for new users of structural biology)

Autoren: Cy M. Jeffries, Zuzanna Pietras, Dmitri I. Svergun
Veröffentlicht in: EPJ Web of Conferences, Ausgabe 236, 2020, Seite(n) 03001, ISSN 2100-014X
Herausgeber: EDP Sciences
DOI: 10.1051/epjconf/202023603001

Structure-Based Identification and Functional Characterization of a Lipocalin in the Malaria Parasite Plasmodium falciparum

Autoren: Paul-Christian Burda, Thomas Crosskey, Katharina Lauk, Aimo Zurborg, Christoph Söhnchen, Benjamin Liffner, Louisa Wilcke, Emma Pietsch, Jan Strauss, Cy M. Jeffries, Dmitri I. Svergun, Danny W. Wilson, Matthias Wilmanns, Tim-Wolf Gilberger
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 31/12, 2020, Seite(n) 107817, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2020.107817

Anomeric Selectivity of Trehalose Transferase with Rare l -Sugars

Autoren: Luuk Mestrom, Stefan R. Marsden, Hessel van der Eijk, Jesper U. Laustsen, Cy M. Jeffries, Dmitri I. Svergun, Peter-Leon Hagedoorn, Isabel Bento, Ulf Hanefeld
Veröffentlicht in: ACS Catalysis, Ausgabe 10/15, 2020, Seite(n) 8835-8839, ISSN 2155-5435
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.0c02117

19F‐NMR‐based fragment screening for 14 different biologically active RNAs and 10 DNA and protein counter‐screens

Autoren: Oliver Binas, Vanessa de Jesus, Tom Landgraf, Albrecht Eduard Völklein, Jason Martins, Daniel Hymon, Hannes Berg, Jasleen Kaur Bains, Thomas Biedenbänder, Boris Fürtig, Santosh Lakshmi Gande, Anna Niesteruk, Andreas Oxenfarth, Nusrat Shahin Qureshi, Tatjana Schamber, Robbin Schnieders, Alix Tröster, Anna Wacker, Julia Wirmer-Bartoschek, Maria Alexandra Wirtz Martin, Elke Stirnal, Kamal Azzaoui
Veröffentlicht in: ChemBioChem, Ausgabe Aug 14 2020, 2020, ISSN 1439-4227
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cbic.202000476

Cryo-Structured Illumination Microscopic Data Collection from Cryogenically Preserved Cells

Autoren: Nina Vyas, Nina Perry, Chidinma A. Okolo, Ilias Kounatidis, Thomas M. Fish, Kamal L. Nahas, Archana Jadhav, Mohamed A. Koronfel, Johannes Groen, Eva Pereiro, Ian M. Dobbie, Maria Harkiolaki
Veröffentlicht in: Journal of Visualized Experiments, Ausgabe 171, 2021, ISSN 1940-087X
Herausgeber: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/62274

Scipion Flexibility Hub: an integrative framework for advanced analysis of conformational heterogeneity in cryoEM

Autoren: Herreros D, Krieger JM, Fonseca Y, Conesa P, Harastani M, Vuillemot R, Hamitouche I, Serrano Gutiérrez R, Gragera M, Melero R, Jonic S, Carazo JM, Sorzano COS
Veröffentlicht in: Acta Crystallogr D Struct Biol, 2023, ISSN 2059-7983
Herausgeber: IUCr
DOI: 10.1107/s2059798323004497

3D Heteronuclear Magnetization Transfers for the Establishment of Secondary Structures in SARS-CoV-2-Derived RNAs

Autoren: Jihyun Kim, Mihajlo Novakovic, Sundaresan Jayanthi, Adonis Lupulescu, Eriks Kupce, J. Tassilo Grün, Klara Mertinkus, Andreas Oxenfarth, Christian Richter, Robbin Schnieders, Julia Wirmer-Bartoschek, Harald Schwalbe, Lucio Frydman
Veröffentlicht in: Journal of the American Chemical Society, 2021, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.1c01914

Heteronuclear decoupling with Rotor-Synchronized Phase-Alternated Cycles

Autoren: Simion A, Schubeis T, Tanguy Le Marchand T, Vasilescu M, Pintacuda G, Lesage A, Filip C
Veröffentlicht in: The Journal of Chemical Physics, 2022, ISSN 0021-9606
Herausgeber: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0098135

Conservation and divergence of the G-interfaces of Drosophila melanogaster septins

Autoren: de Freitas Fernandes A, Leonardo DA, Cavini IA, Rosa HVD, Vargas JA, D'Muniz Pereira H, Nascimento AS, Garratt RC
Veröffentlicht in: Cytoskeleton (Hoboken), 2022, ISSN 1949-3584
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/cm.21740

The Automated Crystallography Pipelines at the EMBL HTX Facility in Grenoble.

Autoren: Irina Cornaciu, Raphael Bourgeas, Guillaume Hoffmann, Florine Dupeux, Anne-Sophie Humm, Vincent Mariaule, Andrea Pica, Damien Clavel, Gael Seroul, Peter Murphy, José Antonio Márquez
Veröffentlicht in: Journal of Visualized Experiments, Ausgabe 172, 2021, ISSN 1940-087X
Herausgeber: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/62491

An automated platform for structural analysis of membrane proteins through serial crystallography

Autoren: Robert D. Healey, Shibom Basu, Anne-Sophie Humm, Cedric Leyrat, Xiaojing Cong, Jérome Golebiowski, Florine Dupeux, Andrea Pica, Sébastien Granier, José Antonio Márquez
Veröffentlicht in: bioRxiv, Ausgabe June 3, 2021, 2021, ISSN 0362-4331
Herausgeber: New York Times Company
DOI: 10.1101/2021.06.03.446146

Direct Expression of Fluorinated Proteins in Human Cells for 19F In-Cell NMR Spectroscopy

Autoren: Pham LBT, Costantino A, Barbieri L, Calderone V, Luchinat E, Banci L.
Veröffentlicht in: J Am Chem Soc, 2023, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.2c12086

Shedding Light on Osteosarcoma Cell Differentiation: Impact on Biomineralization and Mitochondria Morphology

Autoren: Rossi F, Picone G, Cappadone C, Sorrentino A, Columbaro M, Farruggia G, Catelli E, Sciutto G, Prati S, Oliete R, Pasini A, Pereiro E, Iotti S, Malucelli E
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, 2023, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms24108559

Workflow and Tools for Crystallographic Fragment Screening at the Helmholtz-Zentrum Berlin

Autoren: Jan Wollenhaupt, Tatjana Barthel, Gustavo M. A. Lima, Alexander Metz, Dirk Wallacher, Elmir Jagudin, Franziska U. Huschmann, Thomas Hauß, Christian G. Feiler, Martin Gerlach, Michael Hellmig, Ronald Förster, Michael Steffien, Andreas Heine, Gerhard Klebe, Uwe Mueller, Manfred S. Weiss
Veröffentlicht in: Journal of Visualized Experiments, Ausgabe 169, 2021, ISSN 1940-087X
Herausgeber: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/62208

Unveiling the dimer/monomer propensities of Smad MH1-DNA complexes

Autoren: Lidia Ruiz, Zuzanna Kaczmarska, Tiago Gomes, Eric Aragon, Carles Torner, Regina Freier, Blazej Baginski, Pau Martin-Malpartida, Natàlia de Martin Garrido, José. A. Marquez, Tiago N. Cordeiro, Radoslaw Pluta, Maria J. Macias
Veröffentlicht in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Ausgabe 19, 2021, Seite(n) 632-646, ISSN 2001-0370
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2020.12.044

In‐cell NMR of functional riboswitch aptamers in eukaryotic cells

Autoren: P. Broft, S. Dzatko, M. Krafcikova, Robert Hansel-Hertsch, A. Wacker, Volker Doetsch, L. Trantirek, Harald Schwalbe
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie International Edition, 2020, ISSN 1433-7851
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202007184

Adding Size Exclusion Chromatography (SEC) and Light Scattering (LS) Devices to Obtain High-Quality Small Angle X-Ray Scattering (SAXS) Data

Autoren: Melissa A. Graewert, Stefano Da Vela, Tobias W. Gräwert, Dmitry S. Molodenskiy, Clément E. Blanchet, Dmitri I. Svergun, Cy M. Jeffries
Veröffentlicht in: Crystals, Ausgabe 10/11, 2020, Seite(n) 975, ISSN 2073-4352
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/cryst10110975

Magnetization transfer to enhance NOE cross‐peaks among labile protons: Applications to imino‐imino sequential walks in SARS‐CoV‐2‐derived RNAs

Autoren: Mihajlo Novakovic, Eriks Kupce, Tali Scherf, Andreas Oxenfarth, Robbin Schnieders, Tassilo Grün, Julia Wirmer-Bartoschek, Christian Richter, Harald Schwalbe, Lucio Frydman
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie International Edition, 2021, ISSN 1433-7851
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202015948

Cryo-EM structure of the fully assembled Elongator complex.

Autoren: Jaciuk M, Scherf D, Kaszuba K, Gaik M, Rau A, Kościelniak A, Krutyhołowa R, Rawski M, Indyka P, Graziadei A, Chramiec-Głąbik A, Biela A, Dobosz D, Lin TY, Abbassi NE, Hammermeister A, Rappsilber J, Kosinski J, Schaffrath R, Glatt S.
Veröffentlicht in: Nucleic Acid Research, 2023, ISSN 1362-4962
Herausgeber: Oxford Academic
DOI: 10.1093/nar/gkac1232

The Molecular Chaperone CCT Sequesters Gelsolin and Protects it from Cleavage by Caspase-3

Autoren: Cuéllar J, Vallin J, Svanström A, Maestro-López M, Bueno-Carrasco MT, Ludlam WG, Willardson BM, Valpuesta JM, Grantham J
Veröffentlicht in: J Mol Biol, 2021, ISSN 0022-2836
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2021.167399

Achieving Efficient Fragment Screening at XChem Facility at Diamond Light Source

Autoren: Alice Douangamath, Ailsa Powell, Daren Fearon, Patrick M. Collins, Romain Talon, Tobias Krojer, Rachael Skyner, Jose Brandao-Neto, Louise Dunnett, Alexandre Dias, Anthony Aimon, Nicholas M. Pearce, Conor Wild, Tyler Gorrie-Stone, Frank von Delft
Veröffentlicht in: Journal of Visualized Experiments, Ausgabe 171, 2021, ISSN 1940-087X
Herausgeber: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/62414

Enlarging the scenario of site directed 19F labeling for NMR spectroscopy of biomolecules

Autoren: Vitali V, Torricella F, Massai L, Messori L, Banci L.
Veröffentlicht in: Scientific reports, 2023, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-49247-2

Engineered Nonviral Protein Cages Modified for MR Imaging

Autoren: Kaster MA, Levasseur MD, Edwardson TGW, Caldwell MA, Hofmann D, Licciardi G, Parigi G, Luchinat C, Hilvert D, Meade TJ
Veröffentlicht in: ACS Applied Bio Materials, 2023, ISSN 2576-6422
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsabm.2c00892

Crystallographic Fragment Screening on the Shigella Type III Secretion System Chaperone IpgC

Autoren: Gárdonyi M, Hasewinkel C, Wallbaum J, Wollenhaupt J, Weiss MS, Klebe G, Reuter K, Heine A
Veröffentlicht in: ACS Omega, 2023, ISSN 2470-1343
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsomega.3c07058

Emerging Themes in CryoEM─Single Particle Analysis Image Processing

Autoren: Vilas JL, Carazo JM, Sorzano COS
Veröffentlicht in: Chemical Reviews, 2022, ISSN 0009-2665
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.chemrev.1c00850

X-ray structure of the metastable SEPT14-SEPT7 coiled coil reveals a hendecad region crucial for heterodimerization

Autoren: Cavini IA, Winter AJ, D'Muniz Pereira H, Woolfson DN, Crump MP, Garratt RC
Veröffentlicht in: Acta Crystallogr D Struct Biol, 2023, ISSN 2059-7983
Herausgeber: IUCr
DOI: 10.1107/s2059798323006514

Mg2+-dependent conformational equilibria in CorA and an integrated view on transport regulation

Autoren: Johansen NT, Bonaccorsi M, Bengtsen T, Larsen AH, Tidemand FG, Pedersen MC, Huda P, Berndtsson J, Darwish T, Yepuri NR, Martel A, Pomorski TG, Bertarello A, Sansom M, Rapp M, Crehuet R, Schubeis T, Lindorff-Larsen K, Pintacuda G, Arleth L.
Veröffentlicht in: Elife, 2022, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.71887

Secretory IgA and T cells targeting SARS-CoV-2 spike protein are transferred to the breastmilk upon mRNA vaccination

Autoren: Juliana Goncalves, A. Margarida Juliano, Nadia Charepe, Marta Alenquer, Diogo Athayde, Filipe Ferreira, Margarida Archer, Maria Joao Amorim, Fatima Serrano, Helena Soares
Veröffentlicht in: Cell Reports Medicine, 2021, ISSN 2666-3791
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.xcrm.2021.100468

The cryo-EM structure of the S-layer deinoxanthin-binding complex of Deinococcus radiodurans informs properties of its environmental interactions

Autoren: Farci D, Haniewicz P, de Sanctis D, Iesu L, Kereïche S, Winterhalter M, Piano D.
Veröffentlicht in: J Biol Chem., 2022, ISSN 0021-9258
Herausgeber: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.jbc.2022.102031

1H‑Detected Biomolecular NMR under Fast Magic-Angle Spinning

Autoren: Le Marchand T, Schubeis T, Bonaccorsi M, Paluch P, Lalli D, Pell AJ, Andreas LB, Jaudzems K, Stanek J, Pintacuda G.
Veröffentlicht in: Chemical Reviews, 2022, ISSN 1520-6890
Herausgeber: ACS
DOI: 10.1021/acs.chemrev.1c00918

iNEXT-Discovery and Instruct-ERIC: Integrating High-End Services for Translational Research in Structural Biology

Autoren: Hans Wienk, Lucia Banci, Susan Daenke, Eva Pereiro, Harald Schwalbe, David Ian Stuart, Manfred S. Weiss, Anastassis Perrakis
Veröffentlicht in: Journal of Visualized Experiments, Ausgabe 177, 2021, ISSN 1940-087X
Herausgeber: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/63435

Molecular basis for transposase activation by a dedicated AAA+ ATPase

Autoren: de la Gándara Á, Spínola-Amilibia M, Araújo-Bazán L, Núñez-Ramírez R, Berger JM, Arias-Palomo E.
Veröffentlicht in: Nature, 2024, ISSN 1476-4687
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41586-024-07550-6

RAPP-containing arrest peptides induce translational stalling by short circuiting the ribosomal peptidyltransferase activity

Autoren: Morici M, Gabrielli S, Fujiwara K, Paternoga H, Beckert B, Bock LV, Chiba S, Wilson DN
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-46761-3

Modelling covalent linkages in CCP 4

Autoren: Robert A. Nicholls, Robbie P. Joosten, Fei Long, Marcin Wojdyr, Andrey Lebedev, Eugene Krissinel, Lucrezia Catapano, Marcus Fischer, Paul Emsley, Garib N. Murshudov
Veröffentlicht in: Acta Crystallographica Section D Structural Biology, Ausgabe 77/6, 2021, ISSN 2059-7983
Herausgeber: IUCr
DOI: 10.1107/s2059798321001753

Combining Solid‐State NMR with Structural and Biophysical Techniques to Design Challenging Protein‐Drug Conjugates

Autoren: Linda Cerofolini, Kristian Vasa, Elisa Bianconi, Maria Salobehaj, Giulia Cappelli, Alice Bonciani, Giulia Licciardi, Anna Pérez‐Ràfols, Luis Padilla‐Cortés, Sabrina Antonacci, Domenico Rizzo, Enrico Ravera, Caterina Viglianisi, Vito Calderone, Giacomo Parigi, Claudio Luchinat, Antonio Macchiarulo, Stefano Menichetti, Marco Fragai
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie International Edition, Ausgabe 62, 2023, ISSN 1433-7851
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202303202

Mixed‐Valence Compounds as Polarizing Agents for Overhauser Dynamic Nuclear Polarization in Solids**

Autoren: Andrei Gurinov, Benedikt Sieland, Andrey Kuzhelev, Hossam Elgabarty, Thomas D. Kühne, Thomas Prisner, Jan Paradies, Marc Baldus, Konstantin L. Ivanov, Svetlana Pylaeva
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie International Edition, Ausgabe 60/28, 2021, Seite(n) 15371-15375, ISSN 1433-7851
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202103215

The structure of the human 80S ribosome at 1.9 Å resolution reveals the molecular role of chemical modifications and ions in RNA

Autoren: Holvec S, Barchet C, Lechner A, Fréchin L, De Silva SNT, Hazemann I, Wolff P, von Loeffelholz O, Klaholz BP
Veröffentlicht in: Nature Structural & Molecular Biology, 2024, ISSN 1545-9985
Herausgeber: Nature Portfolio
DOI: 10.1038/s41594-024-01274-x

Design, Quality and Validation of the EU-OPENSCREEN Fragment Library Poised to a High-Throughput Screening Collection

Autoren: Jalencas X, Berg H, Espeland LO, Sreeramulu S, Kinnen F, Richter C, Georgiou C, Yadrykhinsky V, Specker E, Jaudzems K, Mileti T, Harmel R, Gribbon P, Schwalbe H, Brenk R, Jirgensons A, Zaliani A, Mestres J.
Veröffentlicht in: RSC Medicinal Chemistry, 2024, ISSN 2632-8682
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d3md00724c

AI revolutions in biology: The joys and perils of AlphaFold

Autoren: Anastassis Perrakis, Titia K. Sixma
Veröffentlicht in: EMBO Reports, 2021, ISSN 1469-3178
Herausgeber: EMBO Press
DOI: 10.15252/embr.202154046

Structures of annexin A2-PS DNA complexes show dominance of hydrophobic interactions in phosphorothioate binding

Autoren: Hyjek-Składanowska M, Anderson BA, Mykhaylyk V, Orr C, Wagner A, Poznański JT, Skowronek K, Seth P, Nowotny M
Veröffentlicht in: Nucleic Acid Research, 2022, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac774

Sample preparation strategies for efficient correlation of 3D SIM and soft X-ray tomography data at cryogenic temperatures

Autoren: Chidinma A. Okolo, Ilias Kounatidis, Johannes Groen, Kamal L. Nahas, Stefan Balint, Thomas M. Fish, Mohamed A. Koronfel, Aitziber L. Cortajarena, Ian M. Dobbie, Eva Pereiro, Maria Harkiolaki
Veröffentlicht in: Nature Protocols, Ausgabe 16/6, 2021, Seite(n) 2851-2885, ISSN 1754-2189
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41596-021-00522-4

Preparation and Cryo-FIB micromachining of <em>Saccharomyces cerevisiae</em> for Cryo-Electron Tomography

Autoren: Jana Moravcová, Matyáš Pinkas, Radka Holbová, Jiří Nováček
Veröffentlicht in: Journal of Visualized Experiments, Ausgabe 177, 2021, ISSN 1940-087X
Herausgeber: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/62351

High-resolution structures of a thermophilic eukaryotic 80S ribosome reveal atomistic details of translocation

Autoren: Miglė Kišonaitė, Klemens Wild, Karine Lapouge, Thomas Ruppert, Irmgard Sinning
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-27967-9

Rational design of the zonulin inhibitor AT1001 derivatives as potential anti SARSCoV-2

Autoren: Di Micco S, Rahimova R, Sala M,Scala MC, Vivenzio G, Musella S, Andrei G, Remans K, Mammri L, Snoeck R, Bifulco G, Di Matteo F, Vestuto V, Campiglia P, Márquez JA, Fasano A.
Veröffentlicht in: European Journal of Medicinal Chemistry, Ausgabe 02235234, 2022, ISSN 0223-5234
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ejmech.2022.114857

The translating bacterial ribosome at 1.55 Å resolution generated by cryo-EM imaging services

Autoren: Fromm SA, O'Connor KM, Purdy M, Bhatt PR, Loughran G, Atkins JF, Jomaa A, Mattei S.
Veröffentlicht in: Nature communications, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-36742-3

A multi-scale numerical approach to study monoclonal antibodies in solution

Autoren: Polimeni M, Zaccarelli E, Gulotta A, Lund M, Stradner A, Schurtenberger P
Veröffentlicht in: APL Bioengineering, 2024, ISSN 2473-2877
Herausgeber: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0186642

Estimating conformational landscapes from Cryo-EM particles by 3D Zernike polynomials

Autoren: D. Herreros, R. R. Lederman, J. M. Krieger, A. Jiménez-Moreno, M. Martínez, D. Myška, D. Strelak, J. Filipovic, C. O. S. Sorzano, J. M. Carazo
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 14, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-35791-y

Integration of NMR Spectroscopy in an Analytical Workflow to Evaluate the Effects of Oxidative Stress on Abituzumab: Beyond the Fingerprint of mAbs

Autoren: Cerofolini L, Ravera E, Fischer C, Trovato A, Sacco F, Palinsky W, Angiuoni G, Fragai M, Baroni F.
Veröffentlicht in: Analytical Chemistry, 2023, ISSN 1520-6882
Herausgeber: ACS Publications
DOI: 10.1021/acs.analchem.3c00317

NMR-based Fragment Screening in a Minimum Sample but Maximum Automation Mode

Autoren: Hannes Berg, M. A. Wirtz Martin, A. Niesteruk, C. Richter, S. Sreeramulu, H. Schwalbe
Veröffentlicht in: Journal of Visualized Experiments, Ausgabe 172, 2021, ISSN 1940-087X
Herausgeber: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/62262

Nano-Differential Scanning Fluorimetry for Screening in Fragment-based Lead Discovery

Autoren: Misbha Ud Din Ahmad, Alexander Fish, Jeroen Molenaar, Sridhar Sreeramulu, Christian Richter, Nadide Altincekic, Harald Schwalbe, Hans Wienk, Anastassis Perrakis
Veröffentlicht in: Journal of Visualized Experiments, Ausgabe 171, 2021, ISSN 1940-087X
Herausgeber: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/62469

Higher resolution in cryo-EM by the combination of macromolecular prior knowledge and image-processing tools

Autoren: Ramirez-Aportela E, Carazo JM, Sorzano COS
Veröffentlicht in: IUCrJ, 2022, ISSN 2052-2525
Herausgeber: IUCr
DOI: 10.1107/s2052252522006959

Structural basis of CDNF interaction with the UPR regulator GRP78

Autoren: Melissa A. Graewert, Maria Volkova, Klara Jonasson, Juha A. E. Määttä, Tobias Gräwert, Samara Mamidi, Natalia Kulesskaya, Johan Evenäs, Richard E. Johnsson, Dmitri Svergun, Arnab Bhattacharjee, Henri J. Huttunen
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-52478-0

Controlled pH Alteration Enables Guanine Accumulation and Drives Crystallization within Iridosomes

Autoren: Zohar Eyal, Anna Gorelick-Ashkenazi, Rachael Deis, Yuval Barzilay, Yonatan Broder, Asher Perry Kellum, Neta Varsano, Michal Hartstein, Andrea Sorrentino, Ifat Kaplan-Ashiri, Katya Rechav, Rebecca Metzler, Lothar Houben, Leeor Kronik, Peter Rez, Dvir Gur
Veröffentlicht in: BioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.07.20.604036

TIR domains produce histidine-ADPR conjugates as immune signaling molecules in bacteria

Autoren: Sabonis D, Avraham C, Lu A, Herbst E, Silanskas A, Leavitt A, Yirmiya E, Zaremba M, Amitai G, Kranzusch PJ, Sorek R, Tamulaitiene G.
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.01.03.573942

Macrophage activation of cGAS and TRIM5 distinguish pandemic and non-pandemic HIV

Autoren: Lorena Zuliani Alvarez, Morten L. Govasli, Jane Rasaiyaah, Chris Monit, Stephen O. Perry, Rebecca P. Sumner, Simon McAlpine-Scott, Claire Dickson, K. M. Rifat Faysal, Laura Hilditch, Richard J. Miles, Frederic Bibollet-Ruche, Beatrice H. Hahn, Till Boecking, Nikos Pinotsis, Leo C. James, David A. Jacques, Greg J. Towers
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2022, ISSN 2692-8205
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2022.01.21.477263

An original potentiating mechanism revealed by the cryoEM structures of the human α7 nicotinic receptor in complex with nanobodies

Autoren: Prevost MS, Barilone N, Dejean De La Batie G, Pons S, Ayme G, England P, Gielen M, Bontems F, Pehau-Arnaudet G, Maskos U, Lafaye P, Corringer P-J.
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2023, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.01.03.522595

Phase distortion-free pNMR spectra

Autoren: Enrico Ravera
Veröffentlicht in: arXiv.org, 2021, ISSN 2331-8422
Herausgeber: arXiv.org / Cornell University

Structural mechanisms of autoinhibition and substrate recognition by the ubiquitin ligase HACE1

Autoren: Düring J, Wolter M, Toplak J, Torres C, Dybkov O, Fokkens TJ, Urlaub H, Steinchen W, Dienemann C, Lorenz S.
Veröffentlicht in: Research Square, 2023, ISSN 2693-5015
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.21203/rs.3.rs-3220888/v1

Scipion-EM-ProDy: A Graphical Interface for the ProDy Python Package within the Scipion Workflow Engine enabling Integration of Databases, Simulations and Cryo-Electron Microscopy Image Processing

Autoren: Krieger JM, Sorzano COS, Carazo JM.
Veröffentlicht in: Preprints 2023, 2023080828, 2023, ISSN 2310-287X
Herausgeber: Preprints
DOI: 10.20944/preprints202308.0828.v1

Improved detection of magnetic interactions in proteins based on long-lived coherences

Autoren: Sadet A, Ianc O, Teleanu F, Ciumeică A, Lupulescu A, Vasos P.
Veröffentlicht in: Research Square, 2024, ISSN 2693-5015
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.21203/rs.3.rs-3694602/v1

A Modular Platform for Streamlining Automated Cryo-FIB Workflows

Autoren: Klumpe S, Fung HKH, Goetz SK, Zagoriy I, Hampoetz B, Zhang X, Erdmann PS, Baumbach J, Müller CW, Beck M, Plitzko JM, Mahamid J.
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2021, ISSN 0362-4331
Herausgeber: New York Times Company
DOI: 10.1101/2021.05.19.444745

Structural basis for activation and mechanism of the bacterial hexameric motors RadA and ComM in DNA branch migration during homologous recombination

Autoren: Talachia Rosa L, Vernhes E, Soulet AL, Polard P, Fronzes R.
Veröffentlicht in: BioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.02.15.580443

Iron Oxide Nanoparticles as Positive T1 Contrast Agents for Low-Field Magnetic Resonance Imaging at 64 mT

Autoren: Oberdick S, Jordanova K, Lundstrom J, Parigi G, Poorman M, Poorman G, Keenan K.
Veröffentlicht in: Research Square, 2023, ISSN 2693-5015
Herausgeber: Research Square Company
DOI: 10.21203/rs.3.rs-2485292/v1

EasyGrid: A versatile platform for automated cryo-EM sample preparation and quality control

Autoren: Gemin O, Armijo V, Hons M, Bissardon C, Linares R, Bowler MW, Wolff G, Kovalev K, Babenko A, Salo VT, Schneider S, Rossi C, Lecomte L, Deckers T, Lauzier K, Janocha R, Felisaz F, Sinoir J, Galej WP, Mahamid J, Muller CW, Eustermann S, Mattei S, Cipriani F, Papp G.
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.01.18.576170

Inducible protein expression in stably transfected cells paves the way toward in-cell NMR studies in defined physiological states and 3D tissue cultures

Autoren: Rynes J, Istvankova E, Krafcikova M, Luchinat E, Barbieri L, Banci L, Kamarytova K, Loja T, Fafilek B, Rico-Llanos G, Krejci P, Macurek L, Foldynova-Trantirkova S, Trantirek L.
Veröffentlicht in: ChemRxiv, 2024, ISSN 2573-2293
Herausgeber: Cambridge Unversity Press
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-jqd66-v2

Structure of the dopamine D3 receptor bound to a bitopic agonist reveals a new specificity site in an expanded allosteric pocket

Autoren: Arroyo-Urea S, Nazarova AL, Carrión-Antolí A, Bonifazi A, Battiti FO, Homing Lam J, Hauck Newman A, Katritch V, García-Nafría J.
Veröffentlicht in: Research Square, 2023, ISSN 2693-5015
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.21203/rs.3.rs-3433207/v1

From isolated polyelectrolytes to star-like assemblies: The role of sequence heterogeneity on the statistical structure of the intrinsically disordered Neurofilament-low tail domain

Autoren: Kravikass M, Koren G, Saleh OA, Beck R.
Veröffentlicht in: arXiv, 2023, ISSN 2331-8422
Herausgeber: Cornell University

DNA i-motif levels are overwhelmingly depleted in living human cells: insights from in-cell NMR.

Autoren: Trantirek L, Viskova P, Istvankova E, Rynes J, Dzatko S, Loja T, Lenarcic Zivkovic M, Rigo R, El-Khoury R, Serano I, Damha M, Gonzalez C, Mergny JL, Foldynova-Trantirkova S.
Veröffentlicht in: Research Square, 2023, ISSN 2693-5015
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.21203/rs.3.rs-3734993/v1

Improvements on marker-free images alignment for electron tomography

Autoren: Sorzano COS, De Isidro-Gomez F, Fernandez-Gimenez E, Herreros D, Marco S, Carazo JM, Messaoudi C.
Veröffentlicht in: BioRxiv, Ausgabe May 24 2020, 2020, ISSN 0362-4331
Herausgeber: New York Times Company
DOI: 10.1101/2020.05.22.110445

Multitarget Virtual Screening for Drug Repurposing in COVID19

Autoren: CO Sorzano, E Crisman, JM Carazo, R leon
Veröffentlicht in: ChemRxiv, Ausgabe July 17 2020, 2020, ISSN 2573-2293
Herausgeber: American Chemical Society (ACS), Chinese Chemical Society, Chemical Society of Japan, German Chemical Society (GDCh) and the Royal Society of Chemistry

The BAF A12T mutation reduces BAF affinity to lamin A/C, preventing its recruitment to nuclear ruptures in Nestor Guillermo Progeria Syndrome cells.

Autoren: Janssen AFJ, Marcelot A, Breusegem SY, Legrand P, Zinn-Justin S, Larrieu D
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2022, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.02.25.481780

Intramolecular Structural Heterogeneity altered by Long-range Contacts in an Intrinsically Disordered Protein

Autoren: Koren G, Meir S, Holschuh L, Mertens HDT, Ehm T, Yahalom N, Golombek A, Schwartz T, Svergun DI, Saleh OA, Dzubiella J, Beck R.
Veröffentlicht in: arXiv e-prints, 2022, ISSN 2331-8422
Herausgeber: Cornell University
DOI: 10.48550/arxiv.2212.01894

Plasticity of the binding pocket in peptide transporters underpins 2 promiscuous substrate recognition

Autoren: Kotov V, Killer M, Jungnickel KEJ, Lei J, Finocchio G, Steinke J, Bartels K, Strauss J, Dupeux F, Humm A-S, Cornaciu I, Márquez JA, Pardon E, Steyaert J, Löw C.
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2023, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.02.14.528348

Production and Preparation of Isotopically Labeled Human Membrane Proteins in Pichia pastoris for Fast-MAS-NMR Analyses

Autoren: Barret L, Schubeis T, Kugler V, Guyot L, Pintacuda G, Wagner R.
Veröffentlicht in: Methods Mol Biol. 2022, Ausgabe 2507, 2022, Seite(n) 201-221, ISBN 978-1-0716-2367-1
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1007/978-1-0716-2368-8_11

Cryo-focused ion beam lamella preparation protocol for in situ Structural Biology

Autoren: Jana Moravcová, Radka Dopitová, Matyáš Pinkas, Jiří Nováček
Veröffentlicht in: Methods in Molecular Biology, Ausgabe Vol. 2305, Ch. 15, 2021
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1007/978-1-0716-1406-8

Cryo-Focused Ion Beam Lamella Preparation Protocol for in Situ Structural Biology

Autoren: Moravcova J, Dopitova R, Pinkas M, Novacek J
Veröffentlicht in: Methods. Methods Mol Biol. 2021; 2305, 2021, Seite(n) 301-322, ISBN 978-1-0716-1405-1
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1007/978-1-0716-1406-8_15

Image Processing in Cryo-Electron Microscopy of Single Particles: The Power of Combining Methods

Autoren: Sorzano COS, Jiménez-Moreno A, Maluenda D, Ramírez-Aportela E, Martínez M, Cuervo A, Melero R, Conesa JJ, Sánchez-García R, Strelak D, Filipovic J, Fernández-Giménez E, de Isidro-Gómez F, Herreros D, Conesa P, Del Caño L, Fonseca Y, de la Morena JJ, Macías JR, Losana P, Marabini R, Carazo JM.
Veröffentlicht in: Methods. Methods Mol Biol. 2021; 2305, 2021, Seite(n) 257-289, ISBN 978-1-0716-1405-1
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1007/978-1-0716-1406-8_13

Cryogenic Preparations of Biological Specimens for Cryo-Electron Tomography

Autoren: D’Imprima E, Fung HKH, Zagoriy I, Mahamid J
Veröffentlicht in: Cryo-Electron Tomography - Structural Biology in situ, 2024, Seite(n) 85-114, ISBN 978-3-031-51171-4
Herausgeber: Springer Cham
DOI: 10.1007/978-3-031-51171-4_3

Mixed-valence compounds as polarizing agents for Overhauser dynamic nuclear polarization in solids

Autoren: Andrei Gurinov, Benedikt Sieland, Andrei Kuzhelev, Hossam Elgabarty, Thomas D. Kuhne, Thomas Prisner, Jan Paradies, Marc Baldus, Konstantin L. Ivanov, and Svetlana Pylaeva
Veröffentlicht in: Condensed Matter - arXiv.org, 2021
Herausgeber: Cornell University

Combining scattering experiments and colloid theory to characterize charge effects in concentrated antibody solutions

Autoren: Gulotta A, Polimeni M, Lenton S, Starr CG, Kingsbury JS, Stradner A, Zaccarelli E, Schurtenberger P.
Veröffentlicht in: arXiv, 2023, ISSN 2331-8422
Herausgeber: arXiv

Structural analysis of human ex vivo amyloid fibrils from systemic AA amyloidosis

Autoren: Banerjee S
Veröffentlicht in: 2023
Herausgeber: Banerjee S

Suche nach OpenAIRE-Daten ...

Leistungen

Veröffentlichungen

Diese Seite teilen

Herunterladen