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Retrospective genomic analyses of shortfin Mako shark (Isurus oxyrinchus) using DNA from archived jaws

Descrizione del progetto

Comprendere l’impatto dei cambiamenti climatici sulle popolazioni di squali Mako pinna corta

I cambiamenti climatici rappresentano la principale minaccia alla biodiversità. Comprendere l’impatto che questi hanno avuto nel passato su determinate specie è fondamentale per la loro futura conservazione. Le popolazioni di molte specie di squalo stanno scomparendo, eppure si sa poco riguardo alle loro storie genetiche e agli effetti ecologici sulle loro popolazioni. Il progetto DiMaS, finanziato dall’UE, condurrà analisi genomiche sui resti di scheletro dello squalo Mako pinna corta, al fine di studiare i modelli ubicativi e temporali delle sue popolazioni globali. Ciò aiuterà a determinare la microevoluzione di queste specie a rischio e a prevedere la loro futura reazione ai cambiamenti climatici. Lo studio aprirà la strada a future ricerche sulla genomica delle popolazioni marine.

Obiettivo

Understanding species responses to environmental changes is vital for conservation of biodiversity. In this respect, DNA from archived specimens represents an exclusive source of temporal genetic data. Although sharks are keystone apex predators in marine systems, there is a complete absence of temporal genetic studies for any species. DiMaS aims to investigate past and contemporary spatio-temporal patterns of effective population size (Ne), genetic diversity and population connectivity of shortfin mako (Isurus oxyrinchus – SMA), using a comparative approach across the globe. Most shark species have experienced significant population decreases documented throughout their range, with SMA currently listed as Vulnerable by the IUCN Red List of Threatened Species. In this project, I will use archived skeletal material (jaws, vertebrae and teeth) and an exome capture method for generating high throughput data. The data will be analysed through and eco-evolutionary framework to understand the effects of past climatic changes and anthropogenic pressures on the recent micro-evolutionary history of the species, and to predict the most likely responses to future climatic changes. In this context, DiMaS has the potential to become a seminal work in marine population genomics, as it will help describe and understand micro-evolutionary and demographic effects in marine apex species, shaped by natural and anthropogenic-induced environmental processes. In addition, by using a training-through-research approach, DiMaS will greatly contribute to strengthen my theoretical knowledge on evolutionary theory, and acquire new skills in population genomics and bioinformatics analyses. These skills, in combination with training to enhance management and supervisory/teaching competencies, will significantly contribute to my career development.

Campo scientifico

CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP.

Coordinatore

DANMARKS TEKNISKE UNIVERSITET
Contribution nette de l'UE
€ 207 312,00
Indirizzo
ANKER ENGELUNDS VEJ 101
2800 Kongens Lyngby
Danimarca

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Regione
Danmark Hovedstaden Københavns omegn
Tipo di attività
Higher or Secondary Education Establishments
Collegamenti
Costo totale
€ 207 312,00