Risultati finali
Transcriptomics landscape
Transcriptomics landscape in dedicated cohorts (GEPAR-TREIZE, PARTNER, PBCP, ONCOBIOTICS, NIRVANA, CHECK’UP)
"Creating the notion of ""Drugging GOMS or GOMSING drugs"""Identification of commensals from GOMS associated with pro- or anticancer effects
Genomic landscape
Genomic landscape of most of CRC and BC cohorts using a standardized methodology
Freeze of the statistical and machine learning tools
Freeze of the statistical and machine learning tools.
Immunoscore on most of ONCOBIOME cohortsImmunoscore on most of ONCOBIOME cohorts using a standardized methodology
Completion of running the metagenomics protocolsCompletion of running the metagenomics protocols on all the samples included in the project
Epidemiological analysisEpidemiological analysis of main flaws in data interpretation
Discovery of commensal-specific regulatory propertiesDiscovery of commensalspecific regulatory properties on immune cell migration
Banking, sequencing and functional description of new commensalsBanking sequencing and functional description of new commensals
Metabolomics on plasmaMetabolomics on plasma in dedicated cohorts
Preliminary dietary dataPreliminary dietary data from existing cohorts where available
Standardization of shotgun microbiome analysisA detailed technical description of standardization of shotgun microbiome analysis on the unified database
Tumor mutational burdenTumor mutational burden and PDL1 for dedicated cohorts
Discovery of commensal-specific metabolitesDiscovery of commensal one or severalspecific metabolites
Freeze of the database of the profilesFreeze of the database of the profiles from all the metagenomes of the project obtained with the tools of D22
Culturomics of E. hiraeCulturomics of E hirae for most cohorts amenable to ICBs
Completion of the curatedCancerMetagenomicData resourcePubblicazioni
Autori:
Francesca Colombo, Oscar Illescas, Sara Noci, Francesca Minnai, Giulia Pintarelli, Angela Pettinicchio, Alberto Vannelli, Luca Sorrentino, Luigi Battaglia, Maurizio Cosimelli, Tommaso A. Dragani & Manuela Gariboldi
Pubblicato in:
Scientific Reports, Numero 12, 2022, Pagina/e 11424, ISSN 2045-2322
Editore:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41598-022-15230-6
Autori:
Gianluca Ianiro, Michal Punčochář, Nicolai Karcher, Serena Porcari, Federica Armanini, Francesco Asnicar, Francesco Beghini, Aitor Blanco-Míguez, Fabio Cumbo, Paolo Manghi, Federica Pinto, Luca Masucci, Gianluca Quaranta, Silvia De Giorgi, Giusi Desirè Sciumè, Stefano Bibbò, Federica Del Chierico, Lorenza Putignani, Maurizio Sanguinetti, Antonio Gasbarrini, Mireia Valles-Colomer, Giovanni C
Pubblicato in:
Nature Medicine, 2022, ISSN 1078-8956
Editore:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41591-022-01964-3
Autori:
Pačínková A., Popovici V.
Pubblicato in:
BMC Bioinformatics, Numero 23, 2022, Pagina/e 351, ISSN 1471-2105
Editore:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12859-022-04891-9
Autori:
Lisa Derosa, Bertrand Routy, Andrew Maltez Thomas, Valerio Iebba, Gerard Zalcman, Sylvie Friard, Julien Mazieres, Clarisse Audigier-Valette, Denis Moro-Sibilot, François Goldwasser, Carolina Alves Costa Silva, Safae Terrisse, Melodie Bonvalet, Arnaud Scherpereel, Hervé Pegliasco, Corentin Richard, François Ghiringhelli, Arielle Elkrief, Antoine Desilets, Felix Blanc-Durand, Fabio Cumbo, Aitor B
Pubblicato in:
Nature Medicine, Numero 28, 2022, Pagina/e 315-324, ISSN 1078-8956
Editore:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41591-021-01655-5
Autori:
Francesco Asnicar; Emily R Leeming; Eirini Dimidi; Mohsen Mazidi; Paul W. Franks; Haya Al Khatib; Ana M. Valdes; Richard Davies; Elco Bakker; Lucy Francis; Andrew T. Chan; Rachel J. Gibson; George Hadjigeorgiou; Jonathan Wolf; Tim D. Spector; Nicola Segata; Sarah Berry
Pubblicato in:
Gut, Numero 7, 2021, ISSN 0017-5749
Editore:
BMJ Publishing Group
DOI:
10.1136/gutjnl-2020-323877
Autori:
Ferrero G, Carpi S, Polini B, Pardini B, Nieri P, Impeduglia A, Grioni S, Tarallo S, Naccarati A.
Pubblicato in:
Frontiers in pharmacology., 2021, ISSN 1663-9812
Editore:
Frontiers Media S.A.
DOI:
10.3389/fphar.2020.619200
Autori:
Francesco Beghini; Lauren J. McIver; Aitor Blanco-Míguez; Leonard Dubois; Francesco Asnicar; Sagun Maharjan; Sagun Maharjan; Ana Mailyan; Ana Mailyan; Paolo Manghi; Matthias Scholz; Andrew Maltez Thomas; Mireia Valles-Colomer; George Weingart; George Weingart; Yancong Zhang; Yancong Zhang; Moreno Zolfo; Curtis Huttenhower; Curtis Huttenhower; Eric A. Franzosa; Eric A. Franzosa; Nicola Segata; Nic
Pubblicato in:
eLife, Numero 2, 2021, ISSN 2050-084X
Editore:
eLife Sciences Publications
DOI:
10.7554/elife.65088
Autori:
Francesco Asnicar, Sarah E. Berry, Ana M. Valdes, Long H. Nguyen, Gianmarco Piccinno, David A. Drew, Emily Leeming, Rachel Gibson, Caroline Le Roy, Haya Al Khatib, Lucy Francis, Mohsen Mazidi, Olatz Mompeo, Mireia Valles-Colomer, Adrian Tett, Francesco Beghini, Léonard Dubois, Davide Bazzani, Andrew Maltez Thomas, Chloe Mirzayi, Asya Khleborodova, Sehyun Oh, Rachel Hine, Christopher Bonnett, Joan
Pubblicato in:
Nature Medicine, 2021, ISSN 1078-8956
Editore:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41591-020-01183-8
Autori:
Amedeo Gagliardi, Giulia Francescato, Giulio Ferrero, Giovanni Birolo, Sonia Tarallo, Antonio Francavilla, Giulia Piaggeschi, Carla Di Battista, Gaetano Gallo, Alberto Realis Luc, Carlotta Sacerdote, Giuseppe Matullo, Paolo Vineis, Alessio Naccarati, Barbara Pardini
Pubblicato in:
Cancer Medicine, Numero 00, 2022, Pagina/e 1-15, ISSN 2045-7634
Editore:
John Wiley & Sons Ltd
DOI:
10.1002/cam4.5375
Autori:
Antonio Francavilla; Amedeo Gagliardi; Giulia Piaggeschi; Sonia Tarallo; Francesca Cordero; Ruggero G. Pensa; Alessia Impeduglia; Gian Paolo Caviglia; Davide Giuseppe Ribaldone; Gaetano Gallo; Sara Grioni; Giulio Ferrero; Barbara Pardini; Alessio Naccarati
Pubblicato in:
Scientific Reports, Vol 11, Iss 1, Pp 1-15 (2021), Numero 2, 2021, ISSN 2045-2322
Editore:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41598-021-00014-1
Autori:
Karcher, N.; Pasolli, E.; Asnicar, F.; Huang, K. D.; Huang, K. D.; Tett, A.; Manara, S.; Armanini, F.; Bain, D.; Duncan, S. H.; Louis, P.; Zolfo, M.; Manghi, P.; Valles-Colomer, M.; Raffaeta, R.; Rota-Stabelli, O.; Collado, M. C.; Zeller, G.; Falush, D.; Maixner, F.; Walker, A. W.; Huttenhower, C.; Huttenhower, C.; Segata, N.
Pubblicato in:
Genome Biology, Numero 9, 2020, ISSN 1474-7596
Editore:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s13059-020-02042-y
Autori:
Sonia Tarallo; Giulio Ferrero; Francesca De Filippis; Antonio Francavilla; Edoardo Pasolli; Valentina Panero; Francesca Cordero; Nicola Segata; Sara Grioni; Ruggero G. Pensa; Barbara Pardini; Danilo Ercolini; Alessio Naccarati
Pubblicato in:
Gut, Numero 1, 2021, ISSN 1468-3288
Editore:
BMJ
DOI:
10.1136/gutjnl-2021-325168
Autori:
Sander Wuyts, Nicola Segata
Pubblicato in:
Genome Biology, Numero 20/1, 2019, ISSN 1474-760X
Editore:
Springer Nature
DOI:
10.1186/s13059-019-1714-3
Autori:
Adrian Tett, Kun D. Huang, Francesco Asnicar, Hannah Fehlner-Peach, Edoardo Pasolli, Nicolai Karcher, Federica Armanini, Paolo Manghi, Kevin Bonham, Moreno Zolfo, Francesca De Filippis, Cara Magnabosco, Richard Bonneau, John Lusingu, John Amuasi, Karl Reinhard, Thomas Rattei, Fredrik Boulund, Lars Engstrand, Albert Zink, Maria Carmen Collado, Dan R. Littman, Daniel Eibach, Danilo Ercolini, Omar Ro
Pubblicato in:
Cell Host & Microbe, Numero 26/5, 2019, Pagina/e 666-679.e7, ISSN 1931-3128
Editore:
Cell Press
DOI:
10.1016/j.chom.2019.08.018
Autori:
Andrew Maltez Thomas, Nicola Segata
Pubblicato in:
BMC Biology, Numero 17/1, 2019, ISSN 1741-7007
Editore:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12915-019-0667-z
Autori:
Sonia Tarallo, Giulio Ferrero, Gaetano Gallo, Antonio Francavilla, Giuseppe Clerico, Alberto Realis Luc, Paolo Manghi, Andrew Maltez Thomas, Paolo Vineis, Nicola Segata, Barbara Pardini, Alessio Naccarati, Francesca Cordero
Pubblicato in:
mSystems, Numero 4/5, 2019, ISSN 2379-5077
Editore:
American Society for Microbiology Journals
DOI:
10.1128/mSystems.00289-19
Autori:
Moreno Zolfo, Federica Pinto, Francesco Asnicar, Paolo Manghi, Adrian Tett, Frederic D. Bushman, Nicola Segata
Pubblicato in:
Nature Biotechnology, Numero 37/12, 2019, Pagina/e 1408-1412, ISSN 1087-0156
Editore:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41587-019-0334-5
Autori:
Francesco Asnicar, Andrew Maltez Thomas, Francesco Beghini, Claudia Mengoni, Serena Manara, Paolo Manghi, Qiyun Zhu, Mattia Bolzan, Fabio Cumbo, Uyen May, Jon G. Sanders, Moreno Zolfo, Evguenia Kopylova, Edoardo Pasolli, Rob Knight, Siavash Mirarab, Curtis Huttenhower, Nicola Segata
Pubblicato in:
Nature Communications, Numero 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Editore:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-020-16366-7
Autori:
Nicolai Karcher; Eleonora Nigro; Michal Punčochář; Aitor Blanco-Míguez; Matteo Ciciani; Paolo Manghi; Moreno Zolfo; Fabio Cumbo; Serena Manara; Davide Golzato; Anna Cereseto; Manimozhiyan Arumugam; Thi Phuong Nam Bui; Hanne L. P. Tytgat; Hanne L. P. Tytgat; Mireia Valles-Colomer; Willem M. de Vos; Willem M. de Vos; Nicola Segata; Nicola Segata
Pubblicato in:
Genome Biology, Numero 4, 2021, ISSN 1474-7596
Editore:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s13059-021-02427-7
Autori:
Aitor Blanco-Miguez, Francesco Beghini, Fabio Cumbo, Lauren J. McIver, Kelsey N. Thompson, Moreno Zolfo, Paolo Manghi, Leonard Dubois, Kun D. Huang, Andrew Maltez Thomas, Gianmarco Piccinno, Elisa Piperni, Michal Punčochář, Mireia Valles-Colomer, Adrian Tett, Francesca Giordano, Richard Davies, Jonathan Wolf, Sarah E. Berry, Tim D. Spector, Eric A. Franzosa, Edoardo Pasolli, F
Pubblicato in:
Nature Biotechnology, 2023, ISSN 1087-0156
Editore:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41587-023-01688-w
Autori:
Karla A. Lee, Andrew Maltez Thomas, Laura A. Bolte, Johannes R. Björk, Laura Kist de Ruijter, Federica Armanini, Francesco Asnicar, Aitor Blanco-Miguez, Ruth Board, Neus Calbet-Llopart, Lisa Derosa, Nathalie Dhomen, Kelly Brooks, Mark Harland, Mark Harries, Emily R. Leeming, Paul Lorigan, Paolo Manghi, Richard Marais, Julia Newton-Bishop, Luigi Nezi, Federica Pinto, Miriam Potrony, Susana Puig, P
Pubblicato in:
Nature Medicine, Numero 28, 2022, Pagina/e 535-544, ISSN 1078-8956
Editore:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41591-022-01695-5
Autori:
Adrian Tett, Edoardo Pasolli, Giulia Masetti, Danilo Ercolini, Nicola Segata
Pubblicato in:
Nature reviews. Microbiology, 2021, ISSN 1740-1526
Editore:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41579-021-00559-y
Autori:
Sarah E. Berry, Ana M. Valdes, David A. Drew, Francesco Asnicar, Mohsen Mazidi, Jonathan
Wolf, Joan Capdevila, George Hadjigeorgiou, Richard Davies, Haya Al Khatib, Christopher Bonnett, Sajaysurya Ganesh, Elco Bakker, Deborah Hart, Massimo Mangino, Jordi Merino, Inba
Linenberg, Patrick Wyatt, Jose M. Ordovas, Christopher D. Gardner, Linda M. Delahanty, Andrew
T. Chan, Nicola Segata, Paul W. Franks
Pubblicato in:
Nature Medicine, 2020, ISSN 1078-8956
Editore:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41591-020-0934-0
Autori:
Illescas O, Rodríguez-Sosa M, Gariboldi M.
Pubblicato in:
Nutrients, 2021, ISSN 2072-6643
Editore:
Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI:
10.3390/nu13072234
Autori:
Thomas AM, Asnicar F, Kroemer G, Segata N.
Pubblicato in:
Appl Environ Microbiol., 2021, ISSN 0099-2240
Editore:
American Society for Microbiology
DOI:
10.1128/aem.00471-21
Autori:
Yonekura S, Terrisse S, Alves Costa Silva C, Lafarge A, Iebba V, Ferrere G, Goubet AG, Fahrner JE, Lahmar I, Ueda K, Mansouri G, Pizzato E, Ly P, Mazzenga M, Thelemaque C, Fidelle M, Jaulin F, Cartry J, Deloger M, Aglave M, Droin N, Opolon P, Puget A, Mann F, Neunlist M, Bessard A, Aymeric L, Matysiak-Budnik T, Bosq J, Hofman P, Duong CPM, Ugolini S, Quiniou V, Berrard S, Ryffel B, Kepp O, Kroemer
Pubblicato in:
Cancer Discovery, Numero 12, 2022, Pagina/e 1128-1151, ISSN 2159-8274
Editore:
American Association for Cancer Research Inc.
DOI:
10.1158/2159-8290.cd-21-0999
Autori:
Barbora Zwinsová; Vyacheslav A. Petrov; Martina Hrivňáková; Stanislav Smatana; Stanislav Smatana; Lenka Micenková; Natálie Kazdová; Vlad Popovici; Roman Hrstka; Roman Šefr; Beatrix Bencsiková; Lenka Zdražilová-Dubská; Veronika Brychtová; Rudolf Nenutil; Petra Vídeňská; Eva Budinská
Pubblicato in:
Volume 13, Numero 1, 2021, ISSN 2072-6694
Editore:
Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI:
10.3390/cancers13194799
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