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Publications
Auteurs:
Martin Marek, Radka Chaloupkova, Tatyana Prudnikova, Yukari Sato, Pavlina Rezacova, Yuji Nagata, Ivana Kuta Smatanova, Jiri Damborsky
Publié dans:
Computational and Structural Biotechnology Journal, Numéro 18, 2020, Page(s) 1352-1362, ISSN 2001-0370
Éditeur:
Elsevier B.V.
DOI:
10.1016/j.csbj.2020.05.019
Auteurs:
Mariela P. Mezzina, María Tsampika Manoli, M. Auxiliadora Prieto, Pablo I. Nikel
Publié dans:
Biotechnology Journal, Numéro 16/3, 2021, Page(s) 2000165, ISSN 1860-6768
Éditeur:
Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI:
10.1002/biot.202000165
Auteurs:
Eveline-Marie Lammens, Pablo Ivan Nikel, Rob Lavigne
Publié dans:
Nature Communications, Numéro 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-020-19124-x
Auteurs:
Lorenzo Favilli, Corey M. Griffith, Emma L. Schymanski, and Carole L. Linster
Publié dans:
Analytical and Bioanalytical Chemistry, Numéro 415, 2023, Page(s) 3415–3434, ISSN 1618-2642
Éditeur:
Springer Verlag
DOI:
10.1007/s00216-023-04724-5
Auteurs:
Pablo Ivan Nikel; Ekaterina Kozaeva; Alex Toftgaard Nielsen; Viviënne Mol
Publié dans:
Kozaeva , E , Mol , V , Nikel , P I & Nielsen , A T 2022 , ' High-throughput colorimetric assays optimized for detection of ketones and aldehydes produced by microbial cell factories ' , Microbial Biotechnology , vol. 15 , no. 9 , pp. 2426-2438 . https://doi.org/10.1111/1751-7915.14097, Numéro 1, 2022, ISSN 1751-7915
Éditeur:
John Wiley & Sons Ltd and Applied Microbiology International
DOI:
10.1111/1751-7915.14097
Auteurs:
Corey M.Griffith, Adhish S.Walvekar, Carole L.Linster
Publié dans:
Current Opinion in Systems Biology, 2021, ISSN 2452-3100
Éditeur:
Current Opinion in Systems Biology
DOI:
10.1016/j.coisb.2021.100379
Auteurs:
Ondrej Vavra, Jiri Filipovic, Jan Plhak, David Bednar, Sergio M Marques, Jan Brezovsky, Jan Stourac, Ludek Matyska, Jiri Damborsky
Publié dans:
Bioinformatics, 2019, ISSN 1367-4803
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btz386
Auteurs:
Klara Markova, Antonin Kunka, Klaudia Chmelova, Martin Havlasek, Petra Babkova, Sérgio M. Marques, Michal Vasina, Joan Planas-Iglesias, Radka Chaloupkova, David Bednar, Zbynek Prokop, Jiri Damborsky, Martin Marek
Publié dans:
ACS Catalysis, Numéro 11 (21), 2021, Page(s) 12864-12885, ISSN 2155-5435
Éditeur:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acscatal.1c03343
Auteurs:
Marta Wojnowska, Xuan Feng, Yawen Chen, Hai Deng, David O'Hagan
Publié dans:
ChemBioChem, Numéro Volume 24, Numéro 5, 2023, Page(s) e202200684, ISSN 1439-4227
Éditeur:
John Wiley & Sons Ltd.
DOI:
10.1002/cbic.202200684
Auteurs:
Nicolás Gurdo, Daniel C. Volke, Douglas McCloskey, Pablo Iván Nikel
Publié dans:
New Biotechnology, Numéro Volume 74, 2023, Page(s) Pages 1-15, ISSN 1871-6784
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.nbt.2023.01.002
Auteurs:
Joan Planas-Iglesias; Filip Opaleny; Pavol Ulbrich; Jan Stourac; Zainab Sanusi; Gaspar P Pinto; Andrea Schenkmayerova; Jan Byska; Jiri Damborsky; Barbora Kozlikova; David Bednar
Publié dans:
Nucleic acids research, Numéro 1, 2022, ISSN 0305-1048
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/nar/gkac249
Auteurs:
Daniel C. Volke, Nicolas Gurdo, Riccardo Milanesi, Pablo I. Nikel
Publié dans:
Metabolic Engineering, Numéro Volume 79, 2023, Page(s) 159-172, ISSN 1096-7176
Éditeur:
Academic Press
DOI:
10.1016/j.ymben.2023.07.004
Auteurs:
Daniel C. Volke; Román A. Martino; Ekaterina Kozaeva; Andrea M. Smania; Pablo I. Nikel
Publié dans:
Volke , D C , Martino , R A , Kozaeva , E , Smania , A M & Nikel , P I 2022 , ' Modular (de)construction of complex bacterial phenotypes by CRISPR/nCas9-assisted, multiplex cytidine base-editing ' , Nature Communications , vol. 13 , 3026 . https://doi.org/10.1038/s41467-022-30780-z, Numéro 1, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-022-30780-z
Auteurs:
Nikel, Pablo I.; Benedetti, Ilaria; Wirth, Nicolas T.; de Lorenzo, Víctor; Calles, Belén
Publié dans:
Nikel , P I , Benedetti , I , Wirth , N T , de Lorenzo , V & Calles , B 2022 , ' Standardization of regulatory nodes for engineering heterologous gene expression : a feasibility study ' , Microbial Biotechnology , vol. 15 , no. 8 , pp. 2250-2265 . https://doi.org/10.1111/1751-7915.14063, Numéro 1, 2022, ISSN 1751-7915
Éditeur:
John Wiley & Sons Ltd and Applied Microbiology International
DOI:
10.1111/1751-7915.14063
Auteurs:
Danilo Pérez-Pantoja; Pablo I. Nikel; Max Chavarría; Víctor de Lorenzo
Publié dans:
Environmental Microbiology, Numéro 23(5):2522-2531, 2021, ISSN 1462-2920
Éditeur:
Society for Applied Microbiology and John Wiley & Sons Ltd.
DOI:
10.1111/1462-2920.15472
Auteurs:
Orsi E, Claassens NJ, Nikel PI, Lindner SN
Publié dans:
Biotechnology Advances, Numéro Volume 60, 2022, Page(s) 108035, ISSN 0734-9750
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.biotechadv.2022.108035
Auteurs:
Reihaneh Kordesedehi, Mohammad Ali Asadollahi, Azar Shahpiri, Davoud Biria, Pablo Iván Nikel
Publié dans:
Microbial Cell Factories, Numéro 22, 2023, Page(s) 89, ISSN 1475-2859
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12934-023-02073-7
Auteurs:
Enrico Orsi; Nico J. Claassens; Pablo I. Nikel; Steffen N. Lindner
Publié dans:
Nature Communications, Numéro Vol 12, Iss 1, 2021, Page(s) Pp 1-5 (2021), ISSN 2041-1723
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-021-25665-6
Auteurs:
Klara Markova, Klaudia Chmelova, Sérgio M. Marques, Philippe Carpentier, David Bednar, Jiri Damborsky, Martin Marek
Publié dans:
Chemical Science, Numéro 11/41, 2020, Page(s) 11162-11178, ISSN 2041-6520
Éditeur:
Royal Society of Chemistry
DOI:
10.1039/d0sc03367g
Auteurs:
Antonin Cros
Gabriela Alfaro-Espinoza
Alberto De Maria
Nicolas T Wirth
Pablo I Nikel
Publié dans:
Current Opinion in Biotechnology, Numéro Volume 74, April 2022, Pages 180-193, 2022, ISSN 1879-0429
Éditeur:
Elsevier Ltd.
DOI:
10.1016/j.copbio.2021.11.009
Auteurs:
Esteban Martínez-García, Sofía Fraile, Elena Algar, Tomás Aparicio, Elena Velázquez, Belén Calles, Huseyin Tas, Blas Blázquez, Bruno Martín, Clara Prieto, Lucas Sánchez-Sampedro, Morten H H Nørholm, Daniel C Volke, Nicolas T Wirth, Pavel Dvořák, Lorea Alejaldre, Lewis Grozinger, Matthew Crowther, Angel Goñi-Moreno, Pablo I Nikel, Juan Nogales, Víctor de Lorenzo
Publié dans:
Nucleic Acids Research, Numéro Volume 51, Numéro D1, 2022, Page(s) Pages D1558–D1567, ISSN 0305-1048
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/nar/gkac1059
Auteurs:
Phillip T Lowe, David O'Hagan
Publié dans:
Chemical Society Reviews, Numéro 52(1), 2023, Page(s) 248-276, ISSN 0306-0012
Éditeur:
Royal Society of Chemistry
DOI:
10.1039/d2cs00762b
Auteurs:
Nicolas T Wirth, Jonathan Funk, Stefano Donati, Pablo I Nikel
Publié dans:
Nature Protocols, Numéro 18(8), 2023, Page(s) 2401-2403, ISSN 1754-2189
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41596-023-00850-7
Auteurs:
Ana M Hernández-Arriaga, Cristina Campano, Virginia Rivero-Buceta, M Auxiliadora Prieto
Publié dans:
Microbial Biotechnology, 2021, ISSN 1751-7915
Éditeur:
John Wiley & Sons Ltd and Society for Applied Microbiology
DOI:
10.1111/1751-7915.13975
Auteurs:
Veronika Dockalova, Esther M. Sanchez-Carnerero, Zuzana Dunajova, Eduardo Palao, Michaela Slanska, Tomas Buryska, Jiri Damborsky, Petr Klán, Zbynek Prokop
Publié dans:
Computational and Structural Biotechnology Journal, Numéro 18, 2020, Page(s) 922-932, ISSN 2001-0370
Éditeur:
Elsevier B.V.
DOI:
10.1016/j.csbj.2020.03.029
Auteurs:
Gaspar Pinto; Gaspar Pinto; Ondrej Vavra; Ondrej Vavra; Sérgio M. Marques; Sérgio M. Marques; Jiri Filipovic; David Bednar; David Bednar; Jiri Damborsky; Jiri Damborsky
Publié dans:
Computational and Structural Biotechnology Journal, Numéro 9:3187-3197., 2021, ISSN 2001-0370
Éditeur:
Computational and Structural Biotechnology Journal
DOI:
10.1016/j.csbj.2021.05.043
Auteurs:
Klaudia Chmelova, Eva Sebestova, Veronika Liskova, Andy Beier, David Bednar, Zbynek Prokop, Radka Chaloupkova, Jiri Damborsky
Publié dans:
Applied and Environmental Microbiology, 2020, ISSN 0099-2240
Éditeur:
American Society for Microbiology
DOI:
10.1128/aem.02820-19
Auteurs:
Milos Musil; Rayyan Tariq Khan; Andy Beier; Jan Stourac; Hannes Konegger; Jiri Damborsky; David Bednar
Publié dans:
Briefings in Bioinformatics, Numéro Volume 22, Numéro 4, 2021, ISSN 1477-4054
Éditeur:
Briefings in Bioinformatics
DOI:
10.1093/bib/bbaa337
Auteurs:
Andy Beier, Jiri Damborsky, Zbynek Prokop
Publié dans:
Advanced Synthesis and Catalysis, 2019, ISSN 1615-4169
Éditeur:
Wiley-VCH GmbH
DOI:
10.1002/adsc.201900132
Auteurs:
Justine Turlin, Òscar Puiggené, Stefano Donati, Nicolas T. Wirth, Pablo I. Nikel,
Publié dans:
mSystems, Numéro Volume 8, Number 3, 2023, Page(s) e00004-23, ISSN 2379-5077
Éditeur:
American Society for Microbiology
DOI:
10.1128/msystems.00004-23
Auteurs:
Daniel C. Volke, Justine Turlin, Viviënne Mol, Pablo I. Nikel
Publié dans:
Microbial Biotechnology, Numéro 13/1, 2020, Page(s) 222-232, ISSN 1751-7915
Éditeur:
John Wiley & Sons Ltd and Society for Applied Microbiology
DOI:
10.1111/1751-7915.13383
Auteurs:
Lorena Fernández‐Cabezón, Antonin Cros, Pablo I. Nikel
Publié dans:
Biotechnology Journal, Numéro 14/9, 2019, Page(s) 1800439, ISSN 1860-6768
Éditeur:
Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI:
10.1002/biot.201800439
Auteurs:
Konstantinos Markakis, Phillip T. Lowe, Liam Davison‐Gates, David O'Hagan, Susan J. Rosser, Alistair Elfick
Publié dans:
ChemBioChem, Numéro 21/13, 2020, Page(s) 1856-1860, ISSN 1439-4227
Éditeur:
John Wiley & Sons Ltd.
DOI:
10.1002/cbic.202000051
Auteurs:
Laura Martinelli, Pablo I. Nikel
Publié dans:
Microbial Biotechnology, Numéro 12/2, 2019, Page(s) 187-190, ISSN 1751-7915
Éditeur:
John Wiley & Sons Ltd and Society for Applied Microbiology
DOI:
10.1111/1751-7915.13372
Auteurs:
Nicolas T. Wirth, Ekaterina Kozaeva, Pablo I. Nikel
Publié dans:
Microbial Biotechnology, Numéro 13/1, 2020, Page(s) 233-249, ISSN 1751-7915
Éditeur:
John Wiley & Sons Ltd and Society for Applied Microbiology
DOI:
10.1111/1751-7915.13396
Auteurs:
Martin Demko, Lukáš Chrást, Pavel Dvořák, Jiří Damborský, David Šafránek
Publié dans:
Microorganisms, Numéro 7/11, 2019, Page(s) 553, ISSN 2076-2607
Éditeur:
MDPI
DOI:
10.3390/microorganisms7110553
Auteurs:
Stanislav Mazurenko, Zbynek Prokop, Jiri Damborsky
Publié dans:
ACS Catalysis, Numéro 10/2, 2019, Page(s) 1210-1223, ISSN 2155-5435
Éditeur:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acscatal.9b04321
Auteurs:
Daniel C. Volke, Laura Friis, Nicolas T. Wirth, Justine Turlin, Pablo I. Nikel
Publié dans:
Metabolic Engineering Communications, Numéro 10, 2020, Page(s) e00126, ISSN 2214-0301
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.mec.2020.e00126
Auteurs:
Manuel Nieto‐Domínguez, Pablo I. Nikel
Publié dans:
ChemBioChem, Numéro Online Version of Record before inclusion in an issue, 2020, ISSN 1439-4227
Éditeur:
John Wiley & Sons Ltd.
DOI:
10.1002/cbic.202000091
Auteurs:
Christos Batianis, Ekaterina Kozaeva, Stamatios G. Damalas, María Martín‐Pascual, Daniel C. Volke, Pablo I. Nikel, Vitor A.P. Martins dos Santos
Publié dans:
Microbial Biotechnology, Numéro 13/2, 2019, Page(s) 368-385, ISSN 1751-7915
Éditeur:
John Wiley & Sons Ltd and Society for Applied Microbiology.
DOI:
10.1111/1751-7915.13533
Auteurs:
Daniel C. Volke, Patricia Calero, Pablo I. Nikel
Publié dans:
Trends in Microbiology, Numéro 28/6, 2020, Page(s) 512-513, ISSN 0966-842X
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.tim.2020.02.015
Auteurs:
Petra Babkova, Zuzana Dunajova, Radka Chaloupkova, Jiri Damborsky, David Bednar, Martin Marek
Publié dans:
Computational and Structural Biotechnology Journal, Numéro 18, 2020, Page(s) 1497-1508, ISSN 2001-0370
Éditeur:
Elsevier B.V
DOI:
10.1016/j.csbj.2020.06.021
Auteurs:
Alejandro Arce‐Rodríguez, Daniel C. Volke, Sarina Bense, Susanne Häussler, Pablo I. Nikel
Publié dans:
Microbial Biotechnology, 2019, ISSN 1751-7915
Éditeur:
John Wiley & Sons Ltd and Society for Applied Microbiology.
DOI:
10.1111/1751-7915.13439
Auteurs:
Jan Stourac, Ondrej Vavra, Piia Kokkonen, Jiri Filipovic, Gaspar Pinto, Jan Brezovsky, Jiri Damborsky, David Bednar
Publié dans:
Nucleic Acids Research, Numéro 47/W1, 2019, Page(s) W414-W422, ISSN 0305-1048
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/nar/gkz378
Auteurs:
Anna Weimer, Michael Kohlstedt, Daniel C. Volke, Pablo I. Nikel, Christoph Wittmann
Publié dans:
Applied Microbiology and Biotechnology, Numéro 104/18, 2020, Page(s) 7745-7766, ISSN 0175-7598
Éditeur:
Springer Verlag
DOI:
10.1007/s00253-020-10811-9
Auteurs:
Nicolás Gurdo, Shannara Kayleigh Taylor Parkins, Martina Fricano, Tune Wulff, Lars Keld Nielsen, Pablo Iván Nikel
Publié dans:
STAR Protocols, Numéro Volume 4, Numéro 1, 2023, Page(s) 102060, ISSN 2666-1667
Éditeur:
Cell Press Elsevier Inc
DOI:
10.1016/j.xpro.2023.102060
Auteurs:
Ekaterina Kozaeva, Manuel Nieto-Domínguez, Abril D. Hernández, Pablo I. Nikel
Publié dans:
RSC Chemical Biology, Numéro 3(11), 2022, Page(s) 1331–1341, ISSN 2633-0679
Éditeur:
Royal Society of Chemistry
DOI:
10.1039/d2cb00170e
Auteurs:
Jiri Hon, Simeon Borko, Jan Stourac, Zbynek Prokop, Jaroslav Zendulka, David Bednar, Tomas Martinek, Jiri Damborsky
Publié dans:
Nucleic Acids Research, Numéro 48/W1, 2020, Page(s) W104-W109, ISSN 0305-1048
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/nar/gkaa372
Auteurs:
Jiri Hon; Martin Marusiak; Tomáš Martínek; Antonin Kunka; Jaroslav Zendulka; David Bednar; Jiri Damborsky
Publié dans:
Bioinformatics, Numéro Volume 37, Numéro 1, 2021, ISSN 1460-2059
Éditeur:
Bioinformatics
DOI:
10.26434/chemrxiv.13047818.v1
Auteurs:
Bin Lai; Jens Krömer; Federico Aulenta; Hui Wu; Pablo Ivan Nikel
Publié dans:
Crossref, Numéro 1, 2023, ISSN 1751-7915
Éditeur:
John Wiley & Sons Ltd and Applied Microbiology International
DOI:
10.1111/1751-7915.14208
Auteurs:
Daniel C Volke, Enrico Orsi, Pablo I Nikel
Publié dans:
Current Opinion in Microbiology, Numéro Volume 75, 2023, Page(s) 102353, ISSN 1369-5274
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.mib.2023.102353
Auteurs:
Damborsky, Jiri; Vigasova, Dana; Nemergut, Michal; Liskova, Barbora
Publié dans:
https://www.preprints.org/manuscript/202101.0184/v1, Numéro 1, 2021, ISSN 1475-2859
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12934-021-01520-7
Auteurs:
Sérgio Marques; Sérgio Marques; Jiri Damborsky; Jiri Damborsky
Publié dans:
https://www.preprints.org/manuscript/202012.0089/v1, Numéro 1, 2021, ISSN 0959-440X
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.sbi.2021.01.010
Auteurs:
Markus Schmidt, Jens Hauser, Karel Doing, Cathy Moore, Kathrin Göritzer, Julian Ma, Eduardo Reck Miranda, Nicolas Krink, Manuel Nieto-Domínguez, Pablo I. Nikel, Lara Tabet, Víctor de Lorenzo, Isabelle Andriessen, Lee Cronin, Claudia A. Schnugg
Publié dans:
Constructive Disturbances of Art in Science, 2023, ISSN 2365-1806
Éditeur:
transcript Verlag,
DOI:
10.14361/9783839465165
Auteurs:
Maria Tsampika Manoli, Natalia Tarazona, Aranzazu Mato, Beatriz Maestro, Jesús M. Sanz, Juan Nogales, M. Auxiliadora Prieto
Publié dans:
2020
Éditeur:
CRC Press
DOI:
10.1201/9780429296611
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