Synthetic biology-guided engineering of Pseudomonas putida for biofluorination

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Veröffentlichungen

Structural and catalytic effects of surface loop-helix transplantation within haloalkane dehalogenase family

Autoren: Martin Marek, Radka Chaloupkova, Tatyana Prudnikova, Yukari Sato, Pavlina Rezacova, Yuji Nagata, Ivana Kuta Smatanova, Jiri Damborsky
Veröffentlicht in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Ausgabe 18, 2020, Seite(n) 1352-1362, ISSN 2001-0370
Herausgeber: Elsevier B.V.
DOI: 10.1016/j.csbj.2020.05.019

Engineering Native and Synthetic Pathways in Pseudomonas putida for the Production of Tailored Polyhydroxyalkanoates

Autoren: Mariela P. Mezzina, María Tsampika Manoli, M. Auxiliadora Prieto, Pablo I. Nikel
Veröffentlicht in: Biotechnology Journal, Ausgabe 16/3, 2021, Seite(n) 2000165, ISSN 1860-6768
Herausgeber: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/biot.202000165

Exploring the synthetic biology potential of bacteriophages for engineering non-model bacteria

Autoren: Eveline-Marie Lammens, Pablo Ivan Nikel, Rob Lavigne
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-19124-x

High-throughput Saccharomyces cerevisiae cultivation method for credentialing-based untargeted metabolomics

Autoren: Lorenzo Favilli, Corey M. Griffith, Emma L. Schymanski, and Carole L. Linster
Veröffentlicht in: Analytical and Bioanalytical Chemistry, Ausgabe 415, 2023, Seite(n) 3415–3434, ISSN 1618-2642
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00216-023-04724-5

High-throughput colorimetric assays optimized for detection of ketones and aldehydes produced by microbial cell factories.

Autoren: Pablo Ivan Nikel; Ekaterina Kozaeva; Alex Toftgaard Nielsen; Viviënne Mol
Veröffentlicht in: Kozaeva , E , Mol , V , Nikel , P I & Nielsen , A T 2022 , ' High-throughput colorimetric assays optimized for detection of ketones and aldehydes produced by microbial cell factories ' , Microbial Biotechnology , vol. 15 , no. 9 , pp. 2426-2438 . https://doi.org/10.1111/1751-7915.14097, Ausgabe 1, 2022, ISSN 1751-7915
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd and Applied Microbiology International
DOI: 10.1111/1751-7915.14097

Approaches for completing metabolic networks through metabolite damage and repair discovery

Autoren: Corey M.Griffith, Adhish S.Walvekar, Carole L.Linster
Veröffentlicht in: Current Opinion in Systems Biology, 2021, ISSN 2452-3100
Herausgeber: Current Opinion in Systems Biology
DOI: 10.1016/j.coisb.2021.100379

CaverDock: a molecular docking-based tool to analyse ligand transport through protein tunnels and channels

Autoren: Ondrej Vavra, Jiri Filipovic, Jan Plhak, David Bednar, Sergio M Marques, Jan Brezovsky, Jan Stourac, Ludek Matyska, Jiri Damborsky
Veröffentlicht in: Bioinformatics, 2019, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btz386

Computational Enzyme Stabilization Can Affect Folding Energy Landscapes and Lead to Catalytically Enhanced Domain-Swapped Dimers

Autoren: Klara Markova, Antonin Kunka, Klaudia Chmelova, Martin Havlasek, Petra Babkova, Sérgio M. Marques, Michal Vasina, Joan Planas-Iglesias, Radka Chaloupkova, David Bednar, Zbynek Prokop, Jiri Damborsky, Martin Marek
Veröffentlicht in: ACS Catalysis, Ausgabe 11 (21), 2021, Seite(n) 12864-12885, ISSN 2155-5435
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.1c03343

Identification of Genes Essential for Fluorination and Sulfamylation within the Nucleocidin Gene Clusters of Streptomyces calvus and Streptomyces virens

Autoren: Marta Wojnowska, Xuan Feng, Yawen Chen, Hai Deng, David O'Hagan
Veröffentlicht in: ChemBioChem, Ausgabe Volume 24, Ausgabe 5, 2023, Seite(n) e202200684, ISSN 1439-4227
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cbic.202200684

Automating the design-build-test-learn cycle towards next-generation bacterial cell factories

Autoren: Nicolás Gurdo, Daniel C. Volke, Douglas McCloskey, Pablo Iván Nikel
Veröffentlicht in: New Biotechnology, Ausgabe Volume 74, 2023, Seite(n) Pages 1-15, ISSN 1871-6784
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.nbt.2023.01.002

LoopGrafter: a web tool for transplanting dynamical loops for protein engineering

Autoren: Joan Planas-Iglesias; Filip Opaleny; Pavol Ulbrich; Jan Stourac; Zainab Sanusi; Gaspar P Pinto; Andrea Schenkmayerova; Jan Byska; Jiri Damborsky; Barbora Kozlikova; David Bednar
Veröffentlicht in: Nucleic acids research, Ausgabe 1, 2022, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac249

Time-resolved, deuterium-based fluxomics uncovers the hierarchy and dynamics of sugar processing by Pseudomonas putida

Autoren: Daniel C. Volke, Nicolas Gurdo, Riccardo Milanesi, Pablo I. Nikel
Veröffentlicht in: Metabolic Engineering, Ausgabe Volume 79, 2023, Seite(n) 159-172, ISSN 1096-7176
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ymben.2023.07.004

Modular (de)construction of complex bacterial phenotypes by CRISPR/nCas9-assisted, multiplex cytidine base-editing

Autoren: Daniel C. Volke; Román A. Martino; Ekaterina Kozaeva; Andrea M. Smania; Pablo I. Nikel
Veröffentlicht in: Volke , D C , Martino , R A , Kozaeva , E , Smania , A M & Nikel , P I 2022 , ' Modular (de)construction of complex bacterial phenotypes by CRISPR/nCas9-assisted, multiplex cytidine base-editing ' , Nature Communications , vol. 13 , 3026 . https://doi.org/10.1038/s41467-022-30780-z, Ausgabe 1, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-30780-z

Standardization of regulatory nodes for engineering heterologous gene expression: a feasibility study

Autoren: Nikel, Pablo I.; Benedetti, Ilaria; Wirth, Nicolas T.; de Lorenzo, Víctor; Calles, Belén
Veröffentlicht in: Nikel , P I , Benedetti , I , Wirth , N T , de Lorenzo , V & Calles , B 2022 , ' Standardization of regulatory nodes for engineering heterologous gene expression : a feasibility study ' , Microbial Biotechnology , vol. 15 , no. 8 , pp. 2250-2265 . https://doi.org/10.1111/1751-7915.14063, Ausgabe 1, 2022, ISSN 1751-7915
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd and Applied Microbiology International
DOI: 10.1111/1751-7915.14063

Transcriptional control of 2,4-dinitrotoluene degradation in Burkholderia sp. R34 bears a regulatory patch that eases pathway evolution

Autoren: Danilo Pérez-Pantoja; Pablo I. Nikel; Max Chavarría; Víctor de Lorenzo
Veröffentlicht in: Environmental Microbiology, Ausgabe 23(5):2522-2531, 2021, ISSN 1462-2920
Herausgeber: Society for Applied Microbiology and John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1111/1462-2920.15472

Optimizing microbial networks through metabolic bypasses

Autoren: Orsi E, Claassens NJ, Nikel PI, Lindner SN
Veröffentlicht in: Biotechnology Advances, Ausgabe Volume 60, 2022, Seite(n) 108035, ISSN 0734-9750
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.biotechadv.2022.108035

Optimized enantioselective (S)-2-hydroxypropiophenone synthesis by free- and encapsulated-resting cells of Pseudomonas putida

Autoren: Reihaneh Kordesedehi, Mohammad Ali Asadollahi, Azar Shahpiri, Davoud Biria, Pablo Iván Nikel
Veröffentlicht in: Microbial Cell Factories, Ausgabe 22, 2023, Seite(n) 89, ISSN 1475-2859
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12934-023-02073-7

Growth-coupled selection of synthetic modules to accelerate cell factory development.

Autoren: Enrico Orsi; Nico J. Claassens; Pablo I. Nikel; Steffen N. Lindner
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe Vol 12, Iss 1, 2021, Seite(n) Pp 1-5 (2021), ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-25665-6

Decoding the intricate network of molecular interactions of a hyperstable engineered biocatalyst

Autoren: Klara Markova, Klaudia Chmelova, Sérgio M. Marques, Philippe Carpentier, David Bednar, Jiri Damborsky, Martin Marek
Veröffentlicht in: Chemical Science, Ausgabe 11/41, 2020, Seite(n) 11162-11178, ISSN 2041-6520
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d0sc03367g

Synthetic metabolism for biohalogenation

Autoren: Antonin Cros Gabriela Alfaro-Espinoza Alberto De Maria Nicolas T Wirth Pablo I Nikel
Veröffentlicht in: Current Opinion in Biotechnology, Ausgabe Volume 74, April 2022, Pages 180-193, 2022, ISSN 1879-0429
Herausgeber: Elsevier Ltd.
DOI: 10.1016/j.copbio.2021.11.009

SEVA 4.0: an update of the Standard European Vector Architecture database for advanced analysis and programming of bacterial phenotypes

Autoren: Esteban Martínez-García, Sofía Fraile, Elena Algar, Tomás Aparicio, Elena Velázquez, Belén Calles, Huseyin Tas, Blas Blázquez, Bruno Martín, Clara Prieto, Lucas Sánchez-Sampedro, Morten H H Nørholm, Daniel C Volke, Nicolas T Wirth, Pavel Dvořák, Lorea Alejaldre, Lewis Grozinger, Matthew Crowther, Angel Goñi-Moreno, Pablo I Nikel, Juan Nogales, Víctor de Lorenzo
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe Volume 51, Ausgabe D1, 2022, Seite(n) Pages D1558–D1567, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac1059

4'-Fluoro-nucleosides and nucleotides: from nucleocidin to an emerging class of therapeutics

Autoren: Phillip T Lowe, David O'Hagan
Veröffentlicht in: Chemical Society Reviews, Ausgabe 52(1), 2023, Seite(n) 248-276, ISSN 0306-0012
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2cs00762b

QurvE: user-friendly software for the analysis of biological growth and fluorescence data

Autoren: Nicolas T Wirth, Jonathan Funk, Stefano Donati, Pablo I Nikel
Veröffentlicht in: Nature Protocols, Ausgabe 18(8), 2023, Seite(n) 2401-2403, ISSN 1754-2189
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41596-023-00850-7

When microbial biotechnology meets material engineering

Autoren: Ana M Hernández-Arriaga, Cristina Campano, Virginia Rivero-Buceta, M Auxiliadora Prieto
Veröffentlicht in: Microbial Biotechnology, 2021, ISSN 1751-7915
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd and Society for Applied Microbiology
DOI: 10.1111/1751-7915.13975

Fluorescent substrates for haloalkane dehalogenases: Novel probes for mechanistic studies and protein labeling

Autoren: Veronika Dockalova, Esther M. Sanchez-Carnerero, Zuzana Dunajova, Eduardo Palao, Michaela Slanska, Tomas Buryska, Jiri Damborsky, Petr Klán, Zbynek Prokop
Veröffentlicht in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Ausgabe 18, 2020, Seite(n) 922-932, ISSN 2001-0370
Herausgeber: Elsevier B.V.
DOI: 10.1016/j.csbj.2020.03.029

Screening of World Approved Drugs against Highly Dynamical Spike Glycoprotein of SARS-CoV-2 using CaverDock and Machine Learning

Autoren: Gaspar Pinto; Gaspar Pinto; Ondrej Vavra; Ondrej Vavra; Sérgio M. Marques; Sérgio M. Marques; Jiri Filipovic; David Bednar; David Bednar; Jiri Damborsky; Jiri Damborsky
Veröffentlicht in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Ausgabe 9:3187-3197., 2021, ISSN 2001-0370
Herausgeber: Computational and Structural Biotechnology Journal
DOI: 10.1016/j.csbj.2021.05.043

A Haloalkane Dehalogenase from Saccharomonospora Viridis Strain DSM 43017, a Compost Bacterium with Unusual Catalytic Residues, Unique (S)-Enantiopreference, and High Thermostability

Autoren: Klaudia Chmelova, Eva Sebestova, Veronika Liskova, Andy Beier, David Bednar, Zbynek Prokop, Radka Chaloupkova, Jiri Damborsky
Veröffentlicht in: Applied and Environmental Microbiology, 2020, ISSN 0099-2240
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/aem.02820-19

FireProtASR: A Web Server for Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction.

Autoren: Milos Musil; Rayyan Tariq Khan; Andy Beier; Jan Stourac; Hannes Konegger; Jiri Damborsky; David Bednar
Veröffentlicht in: Briefings in Bioinformatics, Ausgabe Volume 22, Ausgabe 4, 2021, ISSN 1477-4054
Herausgeber: Briefings in Bioinformatics
DOI: 10.1093/bib/bbaa337

Transhalogenation Catalysed by Haloalkane Dehalogenases Engineered to Stop Natural Pathway at Intermediate

Autoren: Andy Beier, Jiri Damborsky, Zbynek Prokop
Veröffentlicht in: Advanced Synthesis and Catalysis, 2019, ISSN 1615-4169
Herausgeber: Wiley-VCH GmbH
DOI: 10.1002/adsc.201900132

Core and auxiliary functions of one-carbon metabolism in Pseudomonas putida exposed by a systems-level analysis of transcriptional and physiological responses

Autoren: Justine Turlin, Òscar Puiggené, Stefano Donati, Nicolas T. Wirth, Pablo I. Nikel,
Veröffentlicht in: mSystems, Ausgabe Volume 8, Number 3, 2023, Seite(n) e00004-23, ISSN 2379-5077
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/msystems.00004-23

Physical decoupling of XylS/ Pm regulatory elements and conditional proteolysis enable precise control of gene expression in Pseudomonas putida

Autoren: Daniel C. Volke, Justine Turlin, Viviënne Mol, Pablo I. Nikel
Veröffentlicht in: Microbial Biotechnology, Ausgabe 13/1, 2020, Seite(n) 222-232, ISSN 1751-7915
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd and Society for Applied Microbiology
DOI: 10.1111/1751-7915.13383

Evolutionary Approaches for Engineering Industrially Relevant Phenotypes in Bacterial Cell Factories

Autoren: Lorena Fernández‐Cabezón, Antonin Cros, Pablo I. Nikel
Veröffentlicht in: Biotechnology Journal, Ausgabe 14/9, 2019, Seite(n) 1800439, ISSN 1860-6768
Herausgeber: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/biot.201800439

An Engineered E. coli Strain for Direct in Vivo Fluorination

Autoren: Konstantinos Markakis, Phillip T. Lowe, Liam Davison‐Gates, David O'Hagan, Susan J. Rosser, Alistair Elfick
Veröffentlicht in: ChemBioChem, Ausgabe 21/13, 2020, Seite(n) 1856-1860, ISSN 1439-4227
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cbic.202000051

Breaking the state-of-the-art in the chemical industry with new-to-Nature products via synthetic microbiology

Autoren: Laura Martinelli, Pablo I. Nikel
Veröffentlicht in: Microbial Biotechnology, Ausgabe 12/2, 2019, Seite(n) 187-190, ISSN 1751-7915
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd and Society for Applied Microbiology
DOI: 10.1111/1751-7915.13372

Accelerated genome engineering of Pseudomonas putida by I‐ Sce I―mediated recombination and CRISPR ‐Cas9 counterselection

Autoren: Nicolas T. Wirth, Ekaterina Kozaeva, Pablo I. Nikel
Veröffentlicht in: Microbial Biotechnology, Ausgabe 13/1, 2020, Seite(n) 233-249, ISSN 1751-7915
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd and Society for Applied Microbiology
DOI: 10.1111/1751-7915.13396

Computational Modelling of Metabolic Burden and Substrate Toxicity in Escherichia coli Carrying a Synthetic Metabolic Pathway

Autoren: Martin Demko, Lukáš Chrást, Pavel Dvořák, Jiří Damborský, David Šafránek
Veröffentlicht in: Microorganisms, Ausgabe 7/11, 2019, Seite(n) 553, ISSN 2076-2607
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/microorganisms7110553

Machine Learning in Enzyme Engineering

Autoren: Stanislav Mazurenko, Zbynek Prokop, Jiri Damborsky
Veröffentlicht in: ACS Catalysis, Ausgabe 10/2, 2019, Seite(n) 1210-1223, ISSN 2155-5435
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.9b04321

Synthetic control of plasmid replication enables target- and self-curing of vectors and expedites genome engineering of Pseudomonas putida

Autoren: Daniel C. Volke, Laura Friis, Nicolas T. Wirth, Justine Turlin, Pablo I. Nikel
Veröffentlicht in: Metabolic Engineering Communications, Ausgabe 10, 2020, Seite(n) e00126, ISSN 2214-0301
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mec.2020.e00126

Intersecting Xenobiology and Neometabolism To Bring Novel Chemistries to Life

Autoren: Manuel Nieto‐Domínguez, Pablo I. Nikel
Veröffentlicht in: ChemBioChem, Ausgabe Online Version of Record before inclusion in an issue, 2020, ISSN 1439-4227
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cbic.202000091

An expanded CRISPRi toolbox for tunable control of gene expression in Pseudomonas putida

Autoren: Christos Batianis, Ekaterina Kozaeva, Stamatios G. Damalas, María Martín‐Pascual, Daniel C. Volke, Pablo I. Nikel, Vitor A.P. Martins dos Santos
Veröffentlicht in: Microbial Biotechnology, Ausgabe 13/2, 2019, Seite(n) 368-385, ISSN 1751-7915
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd and Society for Applied Microbiology.
DOI: 10.1111/1751-7915.13533

Pseudomonas putida

Autoren: Daniel C. Volke, Patricia Calero, Pablo I. Nikel
Veröffentlicht in: Trends in Microbiology, Ausgabe 28/6, 2020, Seite(n) 512-513, ISSN 0966-842X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tim.2020.02.015

Structures of hyperstable ancestral haloalkane dehalogenases show restricted conformational dynamics

Autoren: Petra Babkova, Zuzana Dunajova, Radka Chaloupkova, Jiri Damborsky, David Bednar, Martin Marek
Veröffentlicht in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Ausgabe 18, 2020, Seite(n) 1497-1508, ISSN 2001-0370
Herausgeber: Elsevier B.V
DOI: 10.1016/j.csbj.2020.06.021

Non‐invasive, ratiometric determination of intracellular pH in Pseudomonas species using a novel genetically encoded indicator

Autoren: Alejandro Arce‐Rodríguez, Daniel C. Volke, Sarina Bense, Susanne Häussler, Pablo I. Nikel
Veröffentlicht in: Microbial Biotechnology, 2019, ISSN 1751-7915
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd and Society for Applied Microbiology.
DOI: 10.1111/1751-7915.13439

Caver Web 1.0: identification of tunnels and channels in proteins and analysis of ligand transport

Autoren: Jan Stourac, Ondrej Vavra, Piia Kokkonen, Jiri Filipovic, Gaspar Pinto, Jan Brezovsky, Jiri Damborsky, David Bednar
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 47/W1, 2019, Seite(n) W414-W422, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz378

Industrial biotechnology of Pseudomonas putida: advances and prospects

Autoren: Anna Weimer, Michael Kohlstedt, Daniel C. Volke, Pablo I. Nikel, Christoph Wittmann
Veröffentlicht in: Applied Microbiology and Biotechnology, Ausgabe 104/18, 2020, Seite(n) 7745-7766, ISSN 0175-7598
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00253-020-10811-9

Protocol for absolute quantification of proteins in Gram-negative bacteria based on QconCAT-based labeled peptides

Autoren: Nicolás Gurdo, Shannara Kayleigh Taylor Parkins, Martina Fricano, Tune Wulff, Lars Keld Nielsen, Pablo Iván Nikel
Veröffentlicht in: STAR Protocols, Ausgabe Volume 4, Ausgabe 1, 2023, Seite(n) 102060, ISSN 2666-1667
Herausgeber: Cell Press Elsevier Inc
DOI: 10.1016/j.xpro.2023.102060

Synthetic metabolism for in vitro acetone biosynthesis driven by ATP regeneration

Autoren: Ekaterina Kozaeva, Manuel Nieto-Domínguez, Abril D. Hernández, Pablo I. Nikel
Veröffentlicht in: RSC Chemical Biology, Ausgabe 3(11), 2022, Seite(n) 1331–1341, ISSN 2633-0679
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2cb00170e

EnzymeMiner: automated mining of soluble enzymes with diverse structures, catalytic properties and stabilities

Autoren: Jiri Hon, Simeon Borko, Jan Stourac, Zbynek Prokop, Jaroslav Zendulka, David Bednar, Tomas Martinek, Jiri Damborsky
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 48/W1, 2020, Seite(n) W104-W109, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa372

SoluProt: Prediction of Soluble Protein Expression in Escherichia coli

Autoren: Jiri Hon; Martin Marusiak; Tomáš Martínek; Antonin Kunka; Jaroslav Zendulka; David Bednar; Jiri Damborsky
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe Volume 37, Ausgabe 1, 2021, ISSN 1460-2059
Herausgeber: Bioinformatics
DOI: 10.26434/chemrxiv.13047818.v1

Exploiting synergies between microbial electrochemical technologies and synthetic biology

Autoren: Bin Lai; Jens Krömer; Federico Aulenta; Hui Wu; Pablo Ivan Nikel
Veröffentlicht in: Crossref, Ausgabe 1, 2023, ISSN 1751-7915
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd and Applied Microbiology International
DOI: 10.1111/1751-7915.14208

Emergent CRISPR-Cas-based technologies for engineering non-model bacteria

Autoren: Daniel C Volke, Enrico Orsi, Pablo I Nikel
Veröffentlicht in: Current Opinion in Microbiology, Ausgabe Volume 75, 2023, Seite(n) 102353, ISSN 1369-5274
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mib.2023.102353

Multi-pathogen Infections and Alzheimer’s Disease

Autoren: Damborsky, Jiri; Vigasova, Dana; Nemergut, Michal; Liskova, Barbora
Veröffentlicht in: https://www.preprints.org/manuscript/202101.0184/v1, Ausgabe 1, 2021, ISSN 1475-2859
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12934-021-01520-7

Web-based Tools for Computational Enzyme Design

Autoren: Sérgio Marques; Sérgio Marques; Jiri Damborsky; Jiri Damborsky
Veröffentlicht in: https://www.preprints.org/manuscript/202012.0089/v1, Ausgabe 1, 2021, ISSN 0959-440X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2021.01.010

Grain & Noise - Artists in Synthetic Biology Labs

Autoren: Markus Schmidt, Jens Hauser, Karel Doing, Cathy Moore, Kathrin Göritzer, Julian Ma, Eduardo Reck Miranda, Nicolas Krink, Manuel Nieto-Domínguez, Pablo I. Nikel, Lara Tabet, Víctor de Lorenzo, Isabelle Andriessen, Lee Cronin, Claudia A. Schnugg
Veröffentlicht in: Constructive Disturbances of Art in Science, 2023, ISSN 2365-1806
Herausgeber: transcript Verlag,
DOI: 10.14361/9783839465165

Molecular Basis of Medium-Chain-Length PHA Metabolism of Pseudomonas putida

Autoren: Maria Tsampika Manoli, Natalia Tarazona, Aranzazu Mato, Beatriz Maestro, Jesús M. Sanz, Juan Nogales, M. Auxiliadora Prieto
Veröffentlicht in: 2020
Herausgeber: CRC Press
DOI: 10.1201/9780429296611

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