Enhancers Decoding the Mechanisms Underlying CAD Risk

Veröffentlichungen

Genetic Regulation of Atherosclerosis-Relevant Phenotypes in Human Vascular Smooth Muscle Cells

Autoren: Redouane Aherrahrou, Liang Guo, V. Peter Nagraj, Aaron Aguhob, Jameson Hinkle, Lisa Chen, Joon Yuhl Soh, Dillon Lue, Gabriel F. Alencar, Arjan Boltjes, Sander W. van der Laan, Emily Farber, Daniela Fuller, Rita Anane-Wae, Ngozi Akingbesote, Ani W. Manichaikul, Lijiang Ma, Minna U. Kaikkonen, Johan L.M. Björkegren, Suna Önengüt-Gümüşcü, Gerard Pasterkamp, Clint L. Miller, Gary K. Owens, Alok
Veröffentlicht in: Circulation Research, Ausgabe 127/12, 2020, Seite(n) 1552-1565, ISSN 0009-7330
Herausgeber: Lippincott Williams & Wilkins Ltd.
DOI: 10.1161/circresaha.120.317415

Elevated circulating follistatin associates with an increased risk of type 2 diabetes

Autoren: Chuanyan Wu, Yan Borné, Rui Gao, Maykel López Rodriguez, William C. Roell, Jonathan M. Wilson, Ajit Regmi, Cheng Luan, Dina Mansour Aly, Andreas Peter, Jürgen Machann, Harald Staiger, Andreas Fritsche, Andreas L. Birkenfeld, Rongya Tao, Robert Wagner, Mickaël Canouil, Mun-Gwan Hong, Jochen M. Schwenk, Emma Ahlqvist, Minna U. Kaikkonen, Peter Nilsson, Angela C. Shore, Faisel Khan, Andrea Natali
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-26536-w

Technological advancements in functional interpretation of genome‐wide association studies (<scp>GWAS</scp>) findings: bridging the gap to clinical translation

Autoren: Redouane Aherrahrou, Minna U Kaikkonen
Veröffentlicht in: FEBS Letters, Ausgabe Apr 29, 2024, ISSN 0014-5793
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1002/1873-3468.14884

Elevated circulating follistatin associates with an increased risk of type 2 diabetes

Autoren: Chuanyan Wu, Yan Borné, Rui Gao, Maykel López Rodriguez, William C. Roell, Jonathan M. Wilson, Ajit Regmi, Cheng Luan, Dina Mansour Aly, Andreas Peter, Jürgen Machann, Harald Staiger, Andreas Fritsche, Andreas L. Birkenfeld, Rongya Tao, Robert Wagner, Mickaël Canouil, Mun-Gwan Hong, Jochen M. Schwenk, Emma Ahlqvist, Minna U. Kaikkonen, Peter Nilsson, Angela C. Shore, Faisel Khan, Andrea Natali
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 12, 2022, Seite(n) 6486, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-26536-w

Meta-Analysis of Smooth Muscle Lineage Transcriptomes in Atherosclerosis and Their Relationships to In Vitro Models

Autoren: Austin C. Conklin, Hitoo Nishi, Florencia Schlamp, Tiit Örd, Kadri Õunap, Minna U. Kaikkonen, Edward A. Fisher, Casey E. Romanoski
Veröffentlicht in: Immunometabolism, 2021, ISSN 2633-0407
Herausgeber: Hapres Limited
DOI: 10.20900/immunometab20210022

Single-Cell Epigenomics and Functional Fine-Mapping of Atherosclerosis GWAS Loci

Autoren: Tiit Örd, Kadri Õunap, Lindsey K. Stolze, Redouane Aherrahrou, Valtteri Nurminen, Anu Toropainen, Ilakya Selvarajan, Tapio Lönnberg, Einari Aavik, Seppo Ylä-Herttuala, Mete Civelek, Casey E. Romanoski, Minna U. Kaikkonen
Veröffentlicht in: Circulation Research, Ausgabe 129/2, 2021, Seite(n) 240-258, ISSN 0009-7330
Herausgeber: Lippincott Williams & Wilkins Ltd.
DOI: 10.1161/circresaha.121.318971

ErbB signaling is a potential therapeutic target for vascular lesions with fibrous component

Autoren: Suvi Jauhiainen, Henna Ilmonen, Pia Vuola, Heta Rasinkangas, Heidi H Pulkkinen, Sara Keränen, Miika Kiema, Jade J Liikkanen, Nihay Laham-Karam, Svetlana Laidinen, Mustafa Beter, Einari Aavik, Kimmo Lappalainen, Jouko Lohi, Johanna Aronniemi, Tiit Örd, Minna U Kaikkonen, Päivi Salminen, Erkki Tukiainen, Seppo Ylä-Herttuala, Johanna P Laakkonen
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 12, 2023, Seite(n) e82543, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.82543

Genetic variation drives differences in obesity-related gene regulation

Autoren: Minna U. Kaikkonen
Veröffentlicht in: Trends in Genetics, Ausgabe 40, 2024, Seite(n) 296-298, ISSN 0168-9525
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tig.2024.02.009

Microanatomy of the Human Atherosclerotic Plaque by Single-Cell Transcriptomics

Autoren: Marie A.C. Depuydt, Koen H.M. Prange, Lotte Slenders, Tiit Örd, Danny Elbersen, Arjan Boltjes, Saskia C.A. de Jager, Folkert W. Asselbergs, Gert J. de Borst, Einari Aavik, Tapio Lönnberg, Esther Lutgens, Christopher K. Glass, Hester M. den Ruijter, Minna U. Kaikkonen, Ilze Bot, Bram Slütter, Sander W. van der Laan, Seppo Yla-Herttuala, Michal Mokry, Johan Kuiper, Menno P.J. de Winther, Gerard P
Veröffentlicht in: Circulation Research, Ausgabe 127/11, 2020, Seite(n) 1437-1455, ISSN 0009-7330
Herausgeber: Lippincott Williams & Wilkins Ltd.
DOI: 10.1161/circresaha.120.316770

The angiopoietin receptor Tie2 is atheroprotective in arterial endothelium

Autoren: Andrey Anisimov, Shentong Fang, Karthik Amudhala Hemanthakumar, Tiit Örd, Kristof van Avondt, Raphael Chevre, Anu Toropainen, Prosanta Singha, Huda Gilani, Su D Nguyen, Sinem Karaman, Emilia A Korhonen, Ralf H Adams, Hellmut G Augustin, Katariina Öörni, Oliver Soehnlein, Minna U Kaikkonen, Kari Alitalo
Veröffentlicht in: Nature Cardiovascular Research, Ausgabe Mar 13;2(3), 2022, Seite(n) 307-321, ISSN 2731-0590
Herausgeber: Nature Portfolio
DOI: 10.1038/s44161-023-00224-y

Single nucleus RNA-sequencing integrated into risk variant colocalization discovers 17 cell-type-specific abdominal obesity genes for metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease

Autoren: Seung Hyuk T. Lee, Kristina M. Garske, Uma Thanigai Arasu, Asha Kar, Zong Miao, Marcus Alvarez, Amogha Koka, Nicholas Darci-Maher, Jihane N. Benhammou, David Z. Pan, Tiit Örd, Dorota Kaminska, Ville Männistö, Sini Heinonen, Martin Wabitsch, Markku Laakso, Vatche G. Agopian, Joseph R. Pisegna, Kirsi H. Pietiläinen, Jussi Pihlajamäki, Minna U. Kaikkonen, Päivi Pajukanta
Veröffentlicht in: eBioMedicine, Ausgabe 106, 2024, Seite(n) 105232, ISSN 2352-3964
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ebiom.2024.105232

Genetic Regulation of SMC Gene Expression and Splicing Predict Causal CAD Genes

Autoren: Rédouane Aherrahrou, Dillon Lue, R Noah Perry, Yonathan Tamrat Aberra, Mohammad Daud Khan, Joon Yuhl Soh, Tiit Örd, Prosanta Singha, Qianyi Yang, Huda Gilani, Ernest Diez Benavente 4 , Doris Wong, Jameson Hinkle, Lijiang Ma, Gloria M Sheynkman, Hester M den Ruijter, Clint L Miller, Johan L M Björkegren, Minna U Kaikkonen, Mete Civelek
Veröffentlicht in: Circulation Research, Ausgabe Feb 3;132(3), 2023, Seite(n) 323-338, ISSN 0009-7330
Herausgeber: Lippincott Williams & Wilkins Ltd.
DOI: 10.1161/circresaha.122.321586

The Power of Single-Cell RNA Sequencing in eQTL Discovery

Autoren: Maleeha Maria, Negar Pouyanfar, Tiit Örd, Minna U Kaikkonen
Veröffentlicht in: Genes, Ausgabe Mar 12;13(3), 2022, Seite(n) 502, ISSN 2073-4425
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/genes13030502

The corepressors GPS2 and SMRT control enhancer and silencer remodeling via eRNA transcription during inflammatory activation of macrophages

Autoren: Huang, Zhiqiang; Liang, Ning; Goñi, Saioa; Damdimopoulos, Anastasios; Wang, Cheng; Ballaire, Raphaelle; Jager, Jennifer; Niskanen, Henri; Han, HongYa; Jakobsson, Tomas; Bracken, Adrian,; Aouadi, Myriam; Venteclef, Nicolas; Kaikkonen, Minna,; Fan, Rongrong; Treuter, Eckardt
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 81/5, 2021, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2020.12.040

Functional non-coding SNPs in human endothelial cells fine-map vascular trait associations

Autoren: Anu Toropainen; Lindsey K. Stolze; Tiit Örd; Michael B. Whalen; Paula Martí Torrell; Verena M. Link; Minna U. Kaikkonen; Casey E. Romanoski
Veröffentlicht in: Crossref, Ausgabe Mar;32(3), 2022, Seite(n) 409-424, ISSN 1088-9051
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/2021.08.03.454513

Dissecting the polygenic basis of atherosclerosis via disease-associated cell state signatures

Autoren: Tiit Örd, Tapio Lönnberg, Valtteri Nurminen, Aarthi Ravindran, Henri Niskanen, Miika Kiema, Kadri Õunap, Maleeha Maria, Pierre R Moreau, Pashupati P Mishra, Senthil Palani, Jenni Virta, Heidi Liljenbäck, Einari Aavik, Anne Roivainen, Seppo Ylä-Herttuala, Johanna P Laakkonen, Terho Lehtimäki, Minna U Kaikkonen
Veröffentlicht in: American Journal of Human Genetics, Ausgabe May 4;110(5), 2023, Seite(n) 722-740, ISSN 0002-9297
Herausgeber: University of Chicago Press
DOI: 10.1016/j.ajhg.2023.03.013

Profiling of Primary and Mature miRNA Expression in Atherosclerosis-Associated Cell Types

Autoren: Pierre R. Moreau, Vanesa Tomas Bosch, Maria Bouvy-Liivrand, Kadri Õunap, Tiit Örd, Heidi H. Pulkkinen, Petri Pölönen, Merja Heinäniemi, Seppo Ylä-Herttuala, Johanna P. Laakkonen, Suvi Linna-Kuosmanen, Minna U. Kaikkonen
Veröffentlicht in: Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology, Ausgabe 41/7, 2021, Seite(n) 2149-2167, ISSN 1079-5642
Herausgeber: Lippincott Williams & Wilkins Ltd.
DOI: 10.1161/atvbaha.121.315579

Integrative analysis of liver-specific non-coding regulatory SNPs associated with the risk of coronary artery disease

Autoren: Ilakya Selvarajan, Anu Toropainen, Kristina M. Garske, Maykel López Rodríguez, Arthur Ko, Zong Miao, Dorota Kaminska, Kadri Õunap, Tiit Örd, Aarthi Ravindran, Oscar H. Liu, Pierre R. Moreau, Ashik Jawahar Deen, Ville Männistö, Calvin Pan, Anna-Liisa Levonen, Aldons J. Lusis, Sami Heikkinen, Casey E. Romanoski, Jussi Pihlajamäki, Päivi Pajukanta, Minna U. Kaikkonen
Veröffentlicht in: The American Journal of Human Genetics, Ausgabe 108/3, 2021, Seite(n) 411-430, ISSN 0002-9297
Herausgeber: University of Chicago Press
DOI: 10.1016/j.ajhg.2021.02.006

Characterization of a functional endothelial super-enhancer that regulates ADAMTS18 and angiogenesis

Autoren: Isidore Mushimiyimana, Henri Niskanen, Mustafa Beter, Johanna P Laakkonen, Minna U Kaikkonen, Seppo Ylä-Herttuala, Nihay Laham-Karam
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2021, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab633

NRF2 is a key regulator of endothelial microRNA expression under proatherogenic stimuli

Autoren: Suvi Linna-Kuosmanen, Vanesa Tomas Bosch, Pierre R Moreau, Maria Bouvy-Liivrand, Henri Niskanen, Emilia Kansanen, Annukka Kivelä, Juha Hartikainen, Mikko Hippeläinen, Hannu Kokki, Pasi Tavi, Anna-Liisa Levonen, Minna U Kaikkonen
Veröffentlicht in: Cardiovascular Research, Ausgabe Jul 19, 2020, ISSN 0008-6363
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1093/cvr/cvaa219

Novel Lipid Long Intervening Noncoding RNA, Oligodendrocyte Maturation‐Associated Long Intergenic Noncoding RNA, Regulates the Liver Steatosis Gene Stearoyl‐Coenzyme A Desaturase As an Enhancer RNA

Autoren: Jihane N. Benhammou, Arthur Ko, Marcus Alvarez, Minna U. Kaikkonen, Carl Rankin, Kristina M. Garske, David Padua, Yash Bhagat, Dorota Kaminska, Vesa Kärjä, Jussi Pihlajamäki, Joseph R. Pisegna, Päivi Pajukanta
Veröffentlicht in: Hepatology Communications, Ausgabe 3/10, 2019, Seite(n) 1356-1372, ISSN 2471-254X
Herausgeber: American Association for the Study of Liver Diseases
DOI: 10.1002/hep4.1413

Systems Genetics in Human Endothelial Cells Identifies Non-coding Variants Modifying Enhancers, Expression, and Complex Disease Traits

Autoren: Lindsey K. Stolze, Austin C. Conklin, Michael B. Whalen, Maykel López Rodríguez, Kadri Õunap, Ilakya Selvarajan, Anu Toropainen, Tiit Örd, Jin Li, Anna Eshghi, Alice E. Solomon, Yun Fang, Minna U. Kaikkonen, Casey E. Romanoski
Veröffentlicht in: The American Journal of Human Genetics, Ausgabe 106/6, 2020, Seite(n) 748-763, ISSN 0002-9297
Herausgeber: University of Chicago Press
DOI: 10.1016/j.ajhg.2020.04.008

Extensive reprogramming of the nascent transcriptome during iPSC to hepatocyte differentiation

Autoren: Leena E. Viiri, Tommi Rantapero, Mostafa Kiamehr, Anna Alexanova, Mikko Oittinen, Keijo Viiri, Henri Niskanen, Matti Nykter, Minna U. Kaikkonen, Katriina Aalto-Setälä
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 9/1, 2019, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-019-39215-0

Genomic Landscapes of Noncoding RNAs Regulating VEGFA and VEGFC Expression in Endothelial Cells

Autoren: Isidore Mushimiyimana, Vanesa Tomas Bosch, Henri Niskanen, Nicholas L. Downes, Pierre R. Moreau, Kiley Hartigan, Seppo Ylä-Herttuala, Nihay Laham-Karam, Minna U. Kaikkonen
Veröffentlicht in: Molecular and Cellular Biology, Ausgabe 41/7, 2021, ISSN 0270-7306
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mcb.00594-20

Deletion of the murine ortholog of human 9p21.3 locus promotes atherosclerosis by increasing macrophage proinflammatory activity

Autoren: Sanna Kettunen, Anna-Kaisa Ruotsalainen, Tiit Örd, Tuisku Suoranta, Janne Heikkilä, Minna U. Kaikkonen, Nihay Laham-Karam, Seppo Ylä-Herttuala
Veröffentlicht in: Frontiers in Cardiovascular Medicine, Ausgabe 10, 2023, Seite(n) Mar 6:10:1113890, ISSN 2297-055X
Herausgeber: Frontiers in Cardiovascular Medicine
DOI: 10.3389/fcvm.2023.1113890

Transcriptomic and spatial dissection of human ex vivo right atrial tissue reveals proinflammatory microvascular changes in ischemic heart disease

Autoren: Suvi Linna-Kuosmanen, Eloi Schmauch, Kyriakitsa Galani, Johannes Ojanen, Carles A. Boix, Tiit Örd, Anu Toropainen, Prosanta K. Singha, Pierre R. Moreau, Kristiina Harju, Adriana Blazeski, Åsa Segerstolpe, Veikko Lahtinen, Lei Hou, Kai Kang, Elamaran Meibalan, Leandro Z. Agudelo, Hannu Kokki, Jari Halonen, Juho Jalkanen, Jarmo Gunn, Calum A. MacRae, Maija Hollmén, Juha E.K. Hartikainen, Minna U.
Veröffentlicht in: Cell Reports Medicine, Ausgabe 5, 2024, Seite(n) 101556, ISSN 2666-3791
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.xcrm.2024.101556

Enhancing prediction accuracy of coronary artery disease through machine learning-driven genomic variant selection

Autoren: Z. Alireza, M. Maleeha, M. Kaikkonen, V. Fortino
Veröffentlicht in: Journal of Translational Medicine, Ausgabe 22, 2024, Seite(n) 356, ISSN 1479-5876
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12967-024-05090-1

Coronary Artery Disease Risk Variant Dampens the Expression of CALCRL by Reducing HSF Binding to Shear Stress Responsive Enhancer in Endothelial Cells In Vitro

Autoren: Ilakya Selvarajan, Miika Kiema, Ru-Ting Huang, Jin Li, Jiayu Zhu, Petri Pölönen, Tiit Örd, Kadri Õunap, Mehvash Godiwala, Anna Kathryn Golebiewski, Aarthi Ravindran, Kiira Mäklin, Anu Toropainen, Lindsey K. Stolze, Maximiliano Arce, Peetra U. Magnusson, Stephen White, Casey E. Romanoski, Merja Heinäniemi, Johanna P. Laakkonen, Yun Fang, Minna U. Kaikkonen
Veröffentlicht in: Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology, Ausgabe 44, 2024, Seite(n) 1330-1345, ISSN 1079-5642
Herausgeber: Lippincott Williams & Wilkins Ltd.
DOI: 10.1161/atvbaha.123.318964

Cross-tissue omics analysis discovers ten adipose genes encoding secreted proteins in obesity-related non-alcoholic fatty liver disease

Autoren: Nicholas Darci-Maher, Marcus Alvarez, Uma Thanigai Arasu, Ilakya Selvarajan, Seung Hyuk T Lee, David Z Pan, Zong Miao, Sankha Subhra Das, Dorota Kaminska, Tiit Örd, Jihane N Benhammou, Martin Wabitsch, Joseph R Pisegna, Ville Männistö, Kirsi H Pietiläinen, Markku Laakso, Janet S Sinsheimer, Minna U Kaikkonen, Jussi Pihlajamäki, Päivi Pajukanta
Veröffentlicht in: EBioMedicine, Ausgabe Jun;92, 2023, Seite(n) 104620, ISSN 2352-3964
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ebiom.2023.104620

Single-Cell Gene-Regulatory Networks of Advanced Symptomatic Atherosclerosis

Autoren: Giuseppe Mocci, Katyayani Sukhavasi, Tiit Örd, Sean Bankier, Prosanta Singha, Uma Thanigai Arasu, Olayinka Oluwasegun Agbabiaje, Petri Mäkinen, Lijiang Ma, Chani J. Hodonsky, Redouane Aherrahrou, Lars Muhl, Jianping Liu, Sonja Gustafsson, Byambajav Byandelger, Ying Wang, Simon Koplev, Urban Lendahl, Gary K. Owens, Nicholas J. Leeper, Gerard Pasterkamp, Michael Vanlandewijck, Tom Michoel, Arno Ru
Veröffentlicht in: Circulation Research, Ausgabe 134, 2024, Seite(n) 1405-1423, ISSN 0009-7330
Herausgeber: Lippincott Williams & Wilkins Ltd.
DOI: 10.1161/circresaha.123.323184

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