Chromatin-localized central metabolism regulating gene expression and cell identity

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Veröffentlichungen

Metabolic modulation of transcription: The role of one-carbon metabolism

Autoren: Jung-Ming G Lin, Savvas Kourtis, Ritobrata Ghose, Natalia Pardo Lorente, Stefan Kubicek, Sara Sdelci
Veröffentlicht in: Cell Chem Biol., Ausgabe S2451, 2022, Seite(n) 9456(22)00415-9, ISSN 2451-9448
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chembiol.2022.11.009

Acute BAF perturbation causes immediate changes in chromatin accessibility

Autoren: Sandra Schick, Sarah Grosche, Katharina Eva Kohl, Danica Drpic, Martin G. Jaeger, Nara C. Marella, Hana Imrichova, Jung-Ming G. Lin, Gerald Hofstätter, Michael Schuster, André F. Rendeiro, Anna Koren, Mark Petronczki, Christoph Bock, André C. Müller, Georg E. Winter, Stefan Kubicek
Veröffentlicht in: Nature Genetics, Ausgabe 53/3, 2021, Seite(n) 269-278, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-021-00777-3

Single-cell RNA-seq with spike-in cells enables accurate quantification of cell-specific drug effects in pancreatic islets

Autoren: Brenda Marquina-Sanchez, Nikolaus Fortelny, Matthias Farlik, Andhira Vieira, Patrick Collombat, Christoph Bock, Stefan Kubicek
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 21(1), 2020, Seite(n) 106, ISSN 1474-760X
Herausgeber: Biomed Central
DOI: 10.1186/s13059-020-02006-2

Cell-surface SLC nucleoside transporters and purine levels modulate BRD4-dependent chromatin states

Autoren: Kai-Chun Li, Enrico Girardi, Felix Kartnig, Sarah Grosche, Tea Pemovska, Johannes W. Bigenzahn, Ulrich Goldmann, Vitaly Sedlyarov, Ariel Bensimon, Sandra Schick, Jung-Ming G. Lin, Bettina Gürtl, Daniela Reil, Kristaps Klavins, Stefan Kubicek, Sara Sdelci, Giulio Superti-Furga
Veröffentlicht in: Nature Metabolism, Ausgabe 3/5, 2021, Seite(n) 651-664, ISSN 2522-5812
Herausgeber: Nature Metabolism
DOI: 10.1038/s42255-021-00386-8

Therapeutic targeting of chromatin: Status and opportunities

Autoren: Marton Siklos, Stefan Kubicek
Veröffentlicht in: The FEBS Journal, 2021, ISSN 1742-464X
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/febs.15966

SMNDC1 links chromatin remodeling and splicing to regulate pancreatic hormone expression

Autoren: Tamara Casteels; Simon Bajew; Jiří Reiniš; Lennart Enders; Michael Schuster; Frédéric Fontaine; André C. Müller; Bridget K. Wagner; Christoph Bock; Stefan Kubicek
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 1, 2022, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2022.111288

MTHFD1 interaction with BRD4 links folate metabolism to transcriptional regulation

Autoren: Sara Sdelci, André F. Rendeiro, Philipp Rathert, Wanhui You, Jung-Ming G. Lin, Anna Ringler, Gerald Hofstätter, Herwig P. Moll, Bettina Gürtl, Matthias Farlik, Sandra Schick, Freya Klepsch, Matthew Oldach, Pisanu Buphamalai, Fiorella Schischlik, Peter Májek, Katja Parapatics, Christian Schmidl, Michael Schuster, Thomas Penz, Dennis L. Buckley, Otto Hudecz, Richard Imre, Shuang-Yan Wang, Hans M
Veröffentlicht in: Nature Genetics, Ausgabe 51/6, 2019, Seite(n) 990-998, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-019-0413-z

Systematic characterization of BAF mutations provides insights into intracomplex synthetic lethalities in human cancers

Autoren: Sandra Schick, André F. Rendeiro, Kathrin Runggatscher, Anna Ringler, Bernd Boidol, Melanie Hinkel, Peter Májek, Loan Vulliard, Thomas Penz, Katja Parapatics, Christian Schmidl, Jörg Menche, Guido Boehmelt, Mark Petronczki, André C. Müller, Christoph Bock, Stefan Kubicek
Veröffentlicht in: Nature Genetics, Ausgabe 51/9, 2019, Seite(n) 1399-1410, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-019-0477-9

A widespread role for SLC transmembrane transporters in resistance to cytotoxic drugs

Autoren: Enrico Girardi, Adrián César-Razquin, Sabrina Lindinger, Konstantinos Papakostas, Justyna Konecka, Jennifer Hemmerich, Stefanie Kickinger, Felix Kartnig, Bettina Gürtl, Kristaps Klavins, Vitaly Sedlyarov, Alvaro Ingles-Prieto, Giuseppe Fiume, Anna Koren, Charles-Hugues Lardeau, Richard Kumaran Kandasamy, Stefan Kubicek, Gerhard F. Ecker, Giulio Superti-Furga
Veröffentlicht in: Nature Chemical Biology, Ausgabe 16/4, 2020, Seite(n) 469-478, ISSN 1552-4450
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-020-0483-3

PlateFlo – A software-controllable plate-scale perfusion system for culture of adherent cells

Autoren: Robert Pazdzior; Stefan Kubicek
Veröffentlicht in: HardwareX, Ausgabe e00222, 2021, ISSN 2468-0672
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.ohx.2021.e00222

Pooled protein tagging, cellular imaging, and in situ sequencing for monitoring drug action in real time

Autoren: Andreas Reicher, Anna Koren, Stefan Kubicek
Veröffentlicht in: Genome Research, Ausgabe 30, 2020, Seite(n) 1846-1855, ISSN 1088-9051
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.261503.120

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