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Semantic Indexing of French Biomedical Data Resources - mobility

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Two years later: the landscape of vocabularies and ontologies in the AgroPortal

Auteurs: Jonquet, Clement; Toulet, Anne; Emonet, Vincent
Publié dans: 5th International Workshop on sources and data integration in agriculture, food and environment using ontologies (IN-OVIVE @ EFITA 2017), 2017
Éditeur: EFITA

ICD-10 coding of death certificates with the NCBO and SIFR Annotators at CLEF eHealth 2017

Auteurs: Tchechmedjiev, Andon; Abdaoui, Amine; Emonet, Vincent; Jonquet, Clement
Publié dans: Working Notes of CLEF eHealth Evaluation Lab, 2017
Éditeur: CEUR

AgroPortal: an ontology repository for agronomy

Auteurs: Jonquet, Clement
Publié dans: European conference dedicated to the future use of ICT in the agri-food sector, bioresource and biomass sector, EFITA'17, demonstration session, 2017
Éditeur: EFITA

Enrichment of French Biomedical Ontologies with UMLS Concepts and Semantic Types for Biomedical Named Entity Recognition Though Ontological Semantic Annotation

Auteurs: Tchechmedjiev, Andon; Jonquet, Clement
Publié dans: Language, Ontology, Terminology and Knowledge Structures Workshop (LOKTS 2017), 2017
Éditeur: NA

PGxO: A very lite ontology to reconcile pharmacogenomic knowledge units

Auteurs: Monnin, Pierre; Jonquet, Clément; Legrand, Joël; Napoli, Amedeo; Coulet, Adrien
Publié dans: Methods, tools & platforms for Personalized Medicine in the Big Data Era (NETTAB 2017 Workshop), Numéro 1, 2017
Éditeur: PeerJ
DOI: 10.7287/PEERJ.PREPRINTS.3140V1

French ConText: Détecter la négation, la temporalité et le sujet dans les textes cliniques Français

Auteurs: Abdaoui, Amine; Tchechmedjiev, Andon; Digan, William; Bringay, Sandra; Jonquet, Clement
Publié dans: 4ème Symposium sur l'Ingénierie de l'Information Médicale, SIIM'17, 2017
Éditeur: IRIT

Challenges for ontology repositories and applications to biomedicine & agronomy

Auteurs: Jonquet , Clement
Publié dans: SIMBig: Symposium on Information Management and Big Data, Numéro 1, 2017
Éditeur: None

MuEVo, a breast cancer Consumer Health Vocabulary built out of web forums

Auteurs: Jonquet, Clement; Tapi-Nzali, Mike-Donald; Bringay, Sandra; TAPI NZALI, Mike Donald; Eholié, Solène
Publié dans: A. Paschke; A. Burger; A. Splendiani; M.S. Marshall; P. Romano. SWAT4LS: Semantic Web Applications and Tools for Life Sciences, 2016, Amsterdam, Netherlands. 9th International Semantic Web Applications and Tools for Life Sciences, 2016, Numéro 1, 2016, Page(s) 10
Éditeur: none

Maitriser une technologie de gestion des ontologies et vocabulaires en France : défis et enjeux

Auteurs: Jonquet , Clement
Publié dans: SemWebPro Conference, Numéro 1, 2018, Page(s) 2
Éditeur: SemWebPro

Projet VisaTM : l'interconnexion OpenMinTeD – AgroPortal – ISTEX, un exemple de service de Text et Data Mining pour les scientifiques français

Auteurs: Kettani , Fabienne; Schneider , Stéphane; Aubin , Sophie; Bossy , Robert; François , Claire; Jonquet , Clement; Tchechmedjiev , Andon; Toulet , Anne; Nédellec , Claire
Publié dans: 29es Journées Francophones d'Ingénierie des Connaissances, Session poster, Numéro 1, 2018, Page(s) 247-249
Éditeur: AFIA

YAM-BIO – Results for OAEI 2017

Auteurs: Amina Annane, Zohra Bellahsene, Faiçal Azouaou, Clement Jonquet
Publié dans: System paper Ontology Alignment Evaluation Initiative 2017 Campaign, 2017, Page(s) 5
Éditeur: NA

Assessing the Practice of Ontology Metadata: A Survey Result

Auteurs: Anne Toulet; Biswanath Dutta; Clement Jonquet
Publié dans: Numéro 1, 2018
Éditeur: University of Montpellier and Indian Statistical Institute
DOI: 10.5281/zenodo.3484530

NCBO Ontology Recommender 2.0: an enhanced approach for biomedical ontology recommendation

Auteurs: Marcos Martínez-Romero, Clement Jonquet, Martin J. O’Connor, John Graybeal, Alejandro Pazos, Mark A. Musen
Publié dans: Journal of Biomedical Semantics, Numéro 8/1, 2017, Page(s) Journal of Biomedical Semantics, ISSN 2041-1480
Éditeur: BMC
DOI: 10.1186/s13326-017-0128-y

AgroPortal: A vocabulary and ontology repository for agronomy

Auteurs: Clément Jonquet, Anne Toulet, Elizabeth Arnaud, Sophie Aubin, Esther Dzalé Yeumo, Vincent Emonet, John Graybeal, Marie-Angélique Laporte, Mark A. Musen, Valeria Pesce, Pierre Larmande
Publié dans: Computers and Electronics in Agriculture, Numéro 144, 2018, Page(s) 126-143, ISSN 0168-1699
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.compag.2017.10.012

Building an effective and efficient background knowledge resource to enhance ontology matching

Auteurs: Amina Annane, Zohra Bellahsene, Faiçal Azouaou, Clement Jonquet
Publié dans: Journal of Web Semantics, Numéro 51, 2018, Page(s) 51-68, ISSN 1570-8268
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.websem.2018.04.001

Enhanced functionalities for annotating and indexing clinical text with the NCBO Annotator+

Auteurs: Andon Tchechmedjiev, Amine Abdaoui, Vincent Emonet, Soumia Melzi, Jitendra Jonnagaddala, Clement Jonquet
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 34/11, 2018, Page(s) 1962-1965, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/bty009

Developing data interoperability using standards: A wheat community use case

Auteurs: Esther Dzale Yeumo, Michael Alaux, Elizabeth Arnaud, Sophie Aubin, Ute Baumann, Patrice Buche, Laurel Cooper, Hanna Ćwiek-Kupczyńska, Robert P. Davey, Richard Allan Fulss, Clement Jonquet, Marie-Angélique Laporte, Pierre Larmande, Cyril Pommier, Vassilis Protonotarios, Carmen Reverte, Rosemary Shrestha, Imma Subirats, Aravind Venkatesan, Alex Whan, Hadi Quesneville
Publié dans: F1000Research, Numéro 6, 2017, Page(s) 1843, ISSN 2046-1402
Éditeur: F1000 Research Ltd.
DOI: 10.12688/f1000research.12234.1

Harnessing the Power of Unified Metadata in an Ontology Repository: The Case of AgroPortal

Auteurs: Clement Jonquet, Anne Toulet, Biswanath Dutta, Vincent Emonet
Publié dans: Journal on Data Semantics, 2018, Page(s) 1-31, ISSN 1861-2032
Éditeur: Springer
DOI: 10.1007/s13740-018-0091-5

PGxO and PGxLOD: a reconciliation of pharmacogenomic knowledge of various provenances, enabling further comparison

Auteurs: Pierre Monnin, Joël Legrand, Graziella Husson, Patrice Ringot, Andon Tchechmedjiev, Clément Jonquet, Amedeo Napoli, Adrien Coulet
Publié dans: BMC Bioinformatics, Numéro 20/S4, 2019, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-019-2693-9

SIFR annotator: ontology-based semantic annotation of French biomedical text and clinical notes

Auteurs: Andon Tchechmedjiev, Amine Abdaoui, Vincent Emonet, Stella Zevio, Clement Jonquet
Publié dans: BMC Bioinformatics, Numéro 19/1, 2018, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-018-2429-2

New Generation Metadata Vocabulary for Ontology Description and Publication

Auteurs: Biswanath Dutta, Anne Toulet, Vincent Emonet, Clement Jonquet
Publié dans: Metadata and Semantic Research, Numéro 755, 2017, Page(s) 173-185, ISBN 978-3-319-70862-1
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-319-70863-8_17

Proceedings of the 2nd International Workshop on Semantics for Biodiversity, S4BioDiv'17

Auteurs: Algergawy, Alsayed; Karam, Naouel; Klan, Friederike; Jonquet, Clement
Publié dans: 2nd International Workshop on Semantics for Biodiversity (S4BioDiv 2017), 2017
Éditeur: CEUR

Semantic Indexing of French Biomedical Data Resources

Auteurs: Clement Jonquet
Publié dans: Project Repository Journal, Numéro 3, 2019, Page(s) 16-19, ISSN 2632-4067
Éditeur: EDMA

Ontology Repository and Ontology-Based Services – Challenges, contributions and applications to biomedicine & agronomy

Auteurs: Clement Jonquet
Publié dans: University of Montpellier HDR manuscript, 2019
Éditeur: University of Montpellier

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