European Network linking informatics and genomics of helper T cells

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Cellular Stress in the Context of an Inflammatory Environment Supports TGF-β-Independent T Helper-17 Differentiation

Auteurs: Verena Brucklacher-Waldert, Cristina Ferreira, Marisa Stebegg, Olivier Fesneau, Silvia Innocentin, Julien C. Marie, Marc Veldhoen
Publié dans: Cell Reports, Numéro 19/11, 2017, Page(s) 2357-2370, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2017.05.052

ROTS: An R package for reproducibility-optimized statistical testing

Auteurs: Tomi Suomi, Fatemeh Seyednasrollah, Maria K. Jaakkola, Thomas Faux, Laura L. Elo
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 13/5, 2017, Page(s) e1005562, ISSN 1553-7358
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1005562

Follicular T Helper Cells: A New Marker of Type 1 Diabetes Risk?

Auteurs: Frank Heuts, Natalie M. Edner, Lucy S.K. Walker
Publié dans: Diabetes, Numéro 66/2, 2017, Page(s) 258-260, ISSN 0012-1797
Éditeur: American Diabetes Association
DOI: 10.2337/dbi16-0062

Regulation of the Germinal Center Response

Auteurs: Marisa Stebegg, Saumya D. Kumar, Alyssa Silva-Cayetano, Valter R. Fonseca, Michelle A. Linterman, Luis Graca
Publié dans: Frontiers in Immunology, Numéro 9, 2018, ISSN 1664-3224
Éditeur: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fimmu.2018.02469

Single-Cell Transcriptomics of Regulatory T Cells Reveals Trajectories of Tissue Adaptation

Auteurs: Ricardo J. Miragaia, Tomás Gomes, Agnieszka Chomka, Laura Jardine, Angela Riedel, Ahmed N. Hegazy, Natasha Whibley, Andrea Tucci, Xi Chen, Ida Lindeman, Guy Emerton, Thomas Krausgruber, Jacqueline Shields, Muzlifah Haniffa, Fiona Powrie, Sarah A. Teichmann
Publié dans: Immunity, Numéro 50/2, 2019, Page(s) 493-504.e7, ISSN 1074-7613
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.immuni.2019.01.001

Genome-wide analyses reveal the IRE1a-XBP1 pathway promotes T helper cell differentiation by resolving secretory stress and accelerating proliferation

Auteurs: Jhuma Pramanik, Xi Chen, Gozde Kar, Johan Henriksson, Tomás Gomes, Jong-Eun Park, Kedar Natarajan, Kerstin B. Meyer, Zhichao Miao, Andrew N. J. McKenzie, Bidesh Mahata, Sarah A. Teichmann
Publié dans: Genome Medicine, Numéro 10/1, 2018, ISSN 1756-994X
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13073-018-0589-3

Genome-wide CRISPR Screens in T Helper Cells Reveal Pervasive Crosstalk between Activation and Differentiation

Auteurs: Johan Henriksson, Xi Chen, Tomás Gomes, Ubaid Ullah, Kerstin B. Meyer, Ricardo Miragaia, Graham Duddy, Jhuma Pramanik, Kosuke Yusa, Riitta Lahesmaa, Sarah A. Teichmann
Publié dans: Cell, Numéro 176/4, 2019, Page(s) 882-896.e18, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2018.11.044

CTLA-4–mediated transendocytosis of costimulatory molecules primarily targets migratory dendritic cells

Auteurs: Vitalijs Ovcinnikovs, Ellen M. Ross, Lina Petersone, Natalie M. Edner, Frank Heuts, Elisavet Ntavli, Alexandros Kogimtzis, Alan Kennedy, Chun Jing Wang, Clare L. Bennett, David M. Sansom, Lucy S. K. Walker
Publié dans: Science Immunology, Numéro 4/35, 2019, Page(s) eaaw0902, ISSN 2470-9468
Éditeur: AAAS
DOI: 10.1126/sciimmunol.aaw0902

T Cell/B Cell Collaboration and Autoimmunity: An Intimate Relationship

Auteurs: Lina Petersone, Natalie M. Edner, Vitalijs Ovcinnikovs, Frank Heuts, Ellen M. Ross, Elisavet Ntavli, Chun J. Wang, Lucy S. K. Walker
Publié dans: Frontiers in Immunology, Numéro 9, 2018, ISSN 1664-3224
Éditeur: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fimmu.2018.01941

Heterochronic faecal transplantation boosts gut germinal centres in aged mice

Auteurs: Marisa Stebegg, Alyssa Silva-Cayetano, Silvia Innocentin, Timothy P. Jenkins, Cinzia Cantacessi, Colin Gilbert, Michelle A. Linterman
Publié dans: Nature Communications, Numéro 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-10430-7

RepViz: a replicate-driven R tool for visualizing genomic regions

Auteurs: Thomas Faux, Kalle T. Rytkönen, Asta Laiho, Laura L. Elo
Publié dans: BMC Research Notes, Numéro 12/1, 2019, ISSN 1756-0500
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13104-019-4473-z

Molecular Markers Distinguishing T Cell Subtypes With TSDR Strand-Bias Methylation

Auteurs: Ekaterina Minskaia, Barbara C. Saraiva, Maria M. V. Soares, Rita I. Azevedo, Ruy M. Ribeiro, Saumya D. Kumar, Ana I. S. Vieira, João F. Lacerda
Publié dans: Frontiers in Immunology, Numéro 9, 2018, ISSN 1664-3224
Éditeur: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fimmu.2018.02540

Immune Cell Dynamics Unfolded by Single-Cell Technologies

Auteurs: Daniel J. Kunz, Tomás Gomes, Kylie R. James
Publié dans: Frontiers in Immunology, Numéro 9, 2018, ISSN 1664-3224
Éditeur: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fimmu.2018.01435

Immunology Driven by Large-Scale Single-Cell Sequencing

Auteurs: Tomás Gomes, Sarah A. Teichmann, Carlos Talavera-López
Publié dans: Trends in Immunology, Numéro 40/11, 2019, Page(s) 1011-1021, ISSN 1471-4906
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.it.2019.09.004

Re-evaluation of human BDCA-2+ DC during acute sterile skin inflammation

Auteurs: Yi-Ling Chen, Tomas Gomes, Clare S. Hardman, Felipe A. Vieira Braga, Danuta Gutowska-Owsiak, Maryam Salimi, Nicki Gray, David A. Duncan, Gary Reynolds, David Johnson, Mariolina Salio, Vincenzo Cerundolo, Jillian L. Barlow, Andrew N.J. McKenzie, Sarah A. Teichmann, Muzlifah Haniffa, Graham Ogg
Publié dans: The Journal of Experimental Medicine, Numéro 217/3, 2020, ISSN 0022-1007
Éditeur: Rockefeller University Press
DOI: 10.1084/jem.20190811

Metabolic pathways in T cell activation and lineage differentiation

Auteurs: Luís Almeida, Matthias Lochner, Luciana Berod, Tim Sparwasser
Publié dans: Seminars in Immunology, Numéro 28/5, 2016, Page(s) 514-524, ISSN 1044-5323
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.smim.2016.10.009

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