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COllaborative Management Platform for detection and Analyses of (Re-)emerging and foodborne outbreaks in Europe

Leistungen

Matrix-dependent sample handling protocols

D2.1 Matrix-dependent sample handling protocols for human, animal, wildlife/vectors and food samples (M12)

Paper on methodology and results of estimating the value of safety

D14.3 A scientific paper describing the methodology and results of estimating the value of safety, with the results from several European countries (Month 45);

Report on NGS based diagnostics in comparison to gold standard methods

D6.1 Report on NGS based diagnostics in comparison to gold standard methods (month 42)

Standardized protocols

D3.3 Standardized protocols for detection of clusters of healthcare associated infections (M42)

Risk based surveillance plans, sampling algorithms and protocols

D1.2 Risk based surveillance plans, sampling algorithms and protocols for surveillance of emerging and foodborne diseases and pathogens not covered by existing surveillance (M40)

Publications and presentations

D13.6 COMPARE acknowledged publications and presentations (month 60).

Algorithm for detection of informative (sub)types

D4.2 Algorithm for detection of informative (sub)types for epidemiological analysis and RA for the main foodborne pathogens (M32)

Cost-effectiveness report

D14.5 A report on the assessment of options for refining selected elements of COMPARE in view of improving the overall cost-effectiveness of the system, with recommendations (Month 60)

Case study cost-effectiveness report

D14.4 Report on the (potential) cost-effectiveness of COMPARE, based on the case studies (scenario/pilot/retrospective studies). Each case study presented will include a section on elements related to the system and on the wider framework (Month 54);

Workshop programme

D13.5 COMPARE workshop programme (10 planned, continuously updated) (month 12);

Prediction algorithm AMR markers

D3.2 Prediction algorithm for antimicrobial resistance markers in sequence data (M24)

Sequencing workflow

D2.3 Sequencing workflow including relevant NGS platforms (M36)

Full technical specifications

D9.5 Full technical specifications and publication submission (Month 60)

Methodologies report

D14.2 State-of-the-art methodologies for the measurement and valuation of the elements specified in the framework. This will include a section on the system itself and on the wider framework (Month 30);

Standard protocol sample processing

D2.2 Standard protocol for sample processing (M24)

CE Framework

D14.1 Framework for assessing cost-effectiveness of COMPARE in which key costs and benefits are highlighted. This will include a section on the system itself and on the wider framework (Month 18);

Initial version COMPARE RCT box V1

D10.3: Initial version COMPARE Risk Communication Tool box V1 (crct box V1) – Month 36

Integrated analytical workflows

D9.4 Integrated analytical workflows from WPs 2, 3, 4 and 5 (Month 48)

Phylogenetic and phylogeographic tools

D5.3 Phylogenetic and phylogeographic tools for epidemiological investigations and rapid risk assessment (M30)

Analytical workflow for clinical diagnostic application

D3.1 Analytical workflow for clinical diagnostic application (M18)

Automated tools for rapid assessment of key transmission parameters

D1.1 Automated tools for rapid assessment of key transmission parameters and rates of spread estimates (M24)

Analytical workflow

D4.3 Analytical workflow for epidemiological handling of and response to food-borne outbreaks in Europe (M48)

Generic RA framework

D1.3 Generic risk assessment framework to target surveillance activities and outbreak investigations (M46)

Methods for prediction of pathogen phenotype from genotype)

D5.5 Methods for prediction of pathogen phenotype from genotype data and structure models (M42)

Beta version COMPARE RCT box V2

D10.4: Beta version COMPARE Risk Communication Tool box V2 integrated and interoperable with the COMPARE platform (crct box V2) – Month 48

Integration with map / tree / network visualisation components to the COMPARE data portal

This deliverable relates to WP9 task 4, and represents the utility of the existing MicroReact map/tree/phylogeny interface, as appropriate, for use within the COMPARE data portal. The work will involve the linking of MicroReact, to the output of db searching within the COMPARE data portal and the extension of APIs to allow the tools to be ‘launched’ in remote servers (eg VMs within the cloud infrastructure) if appropriate.

Tools for rapid sequence based detection of strain specific clusters

D5.2 Tools for rapid sequence based detection of strain specific clusters in time, place and host for the main emerging pathogen classes (M30)

Tools for detecting SNPs

D5.4 Tools for detecting single nucleotide polymorphisms and analyses within and between hosts (M36)

Validated RA model for NGS data

D4.4 Validated SA model for NGS data (M48)

Generic workflow engine

D9.3 Generic workflow engine supporting assembly and functional annotation workflows (Month 36)

Data analysis pipeline

D2.4 Evaluated and documented data analysis pipeline (M24 and onwards)

E-learning materials

D13.4 e-learning materials (continuously updated) (month 12);

Public website

D13.3 COMPARE public website (month 3);

Leaflet and templates

D13.2 Leaflet and templates for promotional material in COMPARE corporate style (month 3);

Veröffentlichungen

Crimean-Congo hemorrhagic fever virus lineages Europe 1 and Europe 2 in Bulgarian ticks

Autoren: Elitsa Panayotova, Anna Papa, Iva Trifonova, Iva Christova
Veröffentlicht in: Ticks and Tick-borne Diseases, 2016, ISSN 1877-959X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ttbdis.2016.05.010

Detection of Hepatitis E Virus in Sewage After an Outbreak on a French Island

Autoren: Takayuki Miura, Sébastien Lhomme, Jean-Claude Le Saux, Philippe Le Mehaute, Yvonnick Guillois, Elizabeth Couturier, Jacques Izopet, Florence Abranavel, Françoise S. Le Guyader
Veröffentlicht in: Food and Environmental Virology, 2016, ISSN 1867-0334
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s12560-016-9241-9

Human norovirus transmission and evolution in a changing world

Autoren: Miranda de Graaf, Janko van Beek, Marion P. G. Koopmans
Veröffentlicht in: Nature Reviews Microbiology, Ausgabe 14/7, 2016, Seite(n) 421-433, ISSN 1740-1526
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nrmicro.2016.48

Emergence of a novel GII.17 norovirus – End of the GII.4 era?

Autoren: M de Graaf, J van Beek, H Vennema, A Podkolzin, J Hewitt, F Bucardo, K Templeton, J Mans, J Nordgren, G Reuter, M Lynch, L Rasmussen, N Iritani, M Chan, V Martella, K Ambert-Balay, J Vinjé, P White, M Koopmans
Veröffentlicht in: Eurosurveillance, Ausgabe 20/26, 2015, Seite(n) 21178, ISSN 1560-7917
Herausgeber: European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC)
DOI: 10.2807/1560-7917.ES2015.20.26.21178

Complete sequence of an IncFII plasmid harbouring the colistin resistance gene mcr-1 isolated from Belgian pig farms

Autoren: B. B. Xavier, C. Lammens, P. Butaye, H. Goossens, S. Malhotra-Kumar
Veröffentlicht in: Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 2016, Seite(n) dkw191, ISSN 0305-7453
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jac/dkw191

Modelling the impact of curtailing antibiotic usage in food animals on antibiotic resistance in humans

Autoren: B. A. D. van Bunnik, M. E. J. Woolhouse
Veröffentlicht in: Royal Society Open Science, Ausgabe 4/4, 2017, Seite(n) 161067, ISSN 2054-5703
Herausgeber: Royal Society Open Science
DOI: 10.1098/rsos.161067

A single amino acid change in the non-structural NV protein impacts the virulence phenotype of Viral hemorrhagic septicemia virus in trout

Autoren: Laury Baillon, Emilie Mérour, Joëlle Cabon, Lénaïg Louboutin, Hélène Quenault, Fabrice Touzain, Thierry Morin, Yannick Blanchard, Stéphane Biacchesi, Michel Brémont
Veröffentlicht in: Journal of General Virology, Ausgabe 98/6, 2017, Seite(n) 1181-1184, ISSN 0022-1317
Herausgeber: Society for General Microbiology
DOI: 10.1099/jgv.0.000830

Virus genomes reveal factors that spread and sustained the Ebola epidemic

Autoren: Gytis Dudas, Luiz Max Carvalho, Trevor Bedford, Andrew J. Tatem, Guy Baele, Nuno R. Faria, Daniel J. Park, Jason T. Ladner, Armando Arias, Danny Asogun, Filip Bielejec, Sarah L. Caddy, Matthew Cotten, Jonathan D’Ambrozio, Simon Dellicour, Antonino Di Caro, Joseph W. Diclaro, Sophie Duraffour, Michael J. Elmore, Lawrence S. Fakoli, Ousmane Faye, Merle L. Gilbert, Sahr M. Gevao, Stephen Gire, Adri
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 544/7650, 2017, Seite(n) 309-315, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nature22040

Rapid and Consistent Evolution of Colistin Resistance in Extensively Drug-Resistant Pseudomonas aeruginosa during Morbidostat Culture

Autoren: Bianca Dößelmann, Matthias Willmann, Matthias Steglich, Boyke Bunk, Ulrich Nübel, Silke Peter, Richard A. Neher
Veröffentlicht in: Antimicrobial Agents and Chemotherapy, Ausgabe 61/9, 2017, Seite(n) e00043-17, ISSN 0066-4804
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/AAC.00043-17

Porcine Epidemic Diarrhea in Europe: In-Detail Analyses of Disease Dynamics and Molecular Epidemiology

Autoren: Dennis Hanke, Anne Pohlmann, Carola Sauter-Louis, Dirk Höper, Julia Stadler, Mathias Ritzmann, Adi Steinrigl, Bernd-Andreas Schwarz, Valerij Akimkin, Robert Fux, Sandra Blome, Martin Beer
Veröffentlicht in: Viruses, Ausgabe 9/7, 2017, Seite(n) 177, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v9070177

Crimean-Congo hemorrhagic fever virus in ticks collected from livestock in Albania

Autoren: Anna Papa, Enkeleda Velo, Perparim Kadiaj, Katerina Tsioka, Anastasia Kontana, Majlinda Kota, Silvia Bino
Veröffentlicht in: Infection, Genetics and Evolution, Ausgabe 54, 2017, Seite(n) 496-500, ISSN 1567-1348
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.meegid.2017.08.017

Multiple detection of zoonotic variegated squirrel bornavirus 1 RNA in different squirrel species suggests a possible unknown origin for the virus

Autoren: Kore Schlottau, Bernd Hoffmann, Timo Homeier-Bachmann, Christine Fast, Rainer G. Ulrich, Martin Beer, Donata Hoffmann
Veröffentlicht in: Archives of Virology, Ausgabe 162/9, 2017, Seite(n) 2747-2754, ISSN 0304-8608
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00705-017-3432-z

Global outbreak of severe Mycobacterium chimaera disease after cardiac surgery: a molecular epidemiological study

Autoren: Jakko van Ingen, Thomas A Kohl, Katharina Kranzer, Barbara Hasse, Peter M Keller, Anna Katarzyna Szafrańska, Doris Hillemann, Meera Chand, Peter Werner Schreiber, Rami Sommerstein, Christoph Berger, Michele Genoni, Christian Rüegg, Nicolas Troillet, Andreas F Widmer, Sören L Becker, Mathias Herrmann, Tim Eckmanns, Sebastian Haller, Christiane Höller, Sylvia B Debast, Maurice J Wolfhagen, Joost
Veröffentlicht in: The Lancet Infectious Diseases, Ausgabe 17/10, 2017, Seite(n) 1033-1041, ISSN 1473-3099
Herausgeber: The Lancet Publishing Group
DOI: 10.1016/S1473-3099(17)30324-9

Ιnfluenza A(H3N2) genetic variants in vaccinated patients in northern Greece

Autoren: A. Melidou, G. Gioula, M. Exindari, E. Ioannou, K. Gkolfinopoulou, T. Georgakopoulou, S. Tsiodras, A. Papa
Veröffentlicht in: Journal of Clinical Virology, Ausgabe 94, 2017, Seite(n) 29-32, ISSN 1386-6532
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jcv.2017.07.003

Pathological findings in the red fox (Vulpes vulpes), stone marten (Martes foina) and raccoon dog (Nyctereutes procyonoides), with special emphasis on infectious and zoonotic agents in Northern Germany

Autoren: Charlotte Lempp, Nicole Jungwirth, Miguel L. Grilo, Anja Reckendorf, Arlena Ulrich, Abbo van Neer, Rogier Bodewes, Vanessa M. Pfankuche, Christian Bauer, Albert D. M. E. Osterhaus, Wolfgang Baumgärtner, Ursula Siebert
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 12/4, 2017, Seite(n) e0175469, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0175469

Global Spread of Norovirus GII.17 Kawasaki 308, 2014–2016

Autoren: Martin C.W. Chan, Yunwen Hu, Haili Chen, Alexander T. Podkolzin, Ekaterina V. Zaytseva, Jun Komano, Naomi Sakon, Yong Poovorawan, Sompong Vongpunsawad, Thanundorn Thanusuwannasak, Joanne Hewitt, Dawn Croucher, Nikail Collins, Jan Vinjé, Xiaoli L. Pang, Bonita E. Lee, Miranda de Graaf, Janko van Beek, Harry Vennema, Marion P.G. Koopmans, Sandra Niendorf, Mateja Poljsak-Prijatelj, Andrej Steyer, Pe
Veröffentlicht in: Emerging Infectious Diseases, Ausgabe 23/8, 2017, Seite(n) 1359-1354, ISSN 1080-6040
Herausgeber: US National Center for Infectious Diseases
DOI: 10.3201/eid2308.161138

Prevalence of Staphylococcus aureus and of methicillin-resistant S. aureus (MRSA) along the production chain of dairy products in north-western Greece

Autoren: Panagiotis Papadopoulos, Theofilos Papadopoulos, Apostolos S. Angelidis, Evridiki Boukouvala, Antonios Zdragas, Anna Papa, Christos Hadjichristodoulou, Daniel Sergelidis
Veröffentlicht in: Food Microbiology, Ausgabe 69, 2018, Seite(n) 43-50, ISSN 0740-0020
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.fm.2017.07.016

Establishment and cryptic transmission of Zika virus in Brazil and the Americas

Autoren: N. R. Faria, J. Quick, I.M. Claro, J. Thézé, J. G. de Jesus, M. Giovanetti, M. U. G. Kraemer, S. C. Hill, A. Black, A. C. da Costa, L. C. Franco, S. P. Silva, C.-H. Wu, J. Raghwani, S. Cauchemez, L. du Plessis, M. P. Verotti, W. K. de Oliveira, E. H. Carmo, G. E. Coelho, A. C. F. S. Santelli, L. C. Vinhal, C. M. Henriques, J. T. Simpson, M. Loose, K. G. Andersen, N. D. Grubaugh, S. Somasekar, C.
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 546/7658, 2017, Seite(n) 406-410, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nature22401

Genomic epidemiology reveals multiple introductions of Zika virus into the United States

Autoren: Nathan D. Grubaugh, Jason T. Ladner, Moritz U. G. Kraemer, Gytis Dudas, Amanda L. Tan, Karthik Gangavarapu, Michael R. Wiley, Stephen White, Julien Thézé, Diogo M. Magnani, Karla Prieto, Daniel Reyes, Andrea M. Bingham, Lauren M. Paul, Refugio Robles-Sikisaka, Glenn Oliveira, Darryl Pronty, Carolyn M. Barcellona, Hayden C. Metsky, Mary Lynn Baniecki, Kayla G. Barnes, Bridget Chak, Catherine A. F
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 546/7658, 2017, Seite(n) 401-405, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nature22400

Zika virus evolution and spread in the Americas

Autoren: Hayden C. Metsky, Christian B. Matranga, Shirlee Wohl, Stephen F. Schaffner, Catherine A. Freije, Sarah M. Winnicki, Kendra West, James Qu, Mary Lynn Baniecki, Adrianne Gladden-Young, Aaron E. Lin, Christopher H. Tomkins-Tinch, Simon H. Ye, Daniel J. Park, Cynthia Y. Luo, Kayla G. Barnes, Rickey R. Shah, Bridget Chak, Giselle Barbosa-Lima, Edson Delatorre, Yasmine R. Vieira, Lauren M. Paul, Amanda
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 546/7658, 2017, Seite(n) 411-415, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nature22402

Crimean-Congo Hemorrhagic Fever: Tick-Host-Virus Interactions

Autoren: Anna Papa, Katerina Tsergouli, Katerina Tsioka, Ali Mirazimi
Veröffentlicht in: Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, Ausgabe 7, 2017, ISSN 2235-2988
Herausgeber: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fcimb.2017.00213

Chronic norovirus infection among solid organ recipients in a tertiary care hospital, the Netherlands, 2006–2014

Autoren: J. van Beek, A.A. van der Eijk, P.L.A. Fraaij, K. Caliskan, K. Cransberg, M. Dalinghaus, R.A.S. Hoek, H.J. Metselaar, J. Roodnat, H. Vennema, M.P.G. Koopmans
Veröffentlicht in: Clinical Microbiology and Infection, Ausgabe 23/4, 2017, Seite(n) 265.e9-265.e13, ISSN 1198-743X
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1016/j.cmi.2016.12.010

Developing a framework to assess the costeffectiveness of COMPARE – a global platform for the exchange of sequence-based pathogen data

Autoren: F. ALLEWELDT, S. KARA, A. OSINSKI, P. VAN BAAL, K. KELLERBORG, F.M. AARESTRUP, M. KOOPMANS
Veröffentlicht in: Revue Scientifique et Technique de l'OIE, Ausgabe 36/1, 2017, Seite(n) 311-322, ISSN 0253-1933
Herausgeber: Office International des Epizooties (OIE)
DOI: 10.20506/rst.36.1.2631

Genome Target Evaluator (GTEvaluator): A workflow exploiting genome dataset to measure the sensitivity and specificity of genetic markers

Autoren: Arnaud Felten, Laurent Guillier, Nicolas Radomski, Michel-Yves Mistou, Renaud Lailler, Sabrina Cadel-Six
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 12/7, 2017, Seite(n) e0182082, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0182082

First molecular investigation of Cryptosporidium spp. in young calves in Algeria

Autoren: Djahida Benhouda, Ahcène Hakem, Anna Rosa Sannella, Afaf Benhouda, Simone M. Cacciò
Veröffentlicht in: Parasite, Ausgabe 24, 2017, Seite(n) 15, ISSN 1776-1042
Herausgeber: EDP SCIENCES S A
DOI: 10.1051/parasite/2017014

Widespread activity of multiple lineages of Usutu virus, western Europe, 2016

Autoren: Daniel Cadar, Renke Lühken, Henk van der Jeugd, Mutien Garigliany, Ute Ziegler, Markus Keller, Jennifer Lahoreau, Lars Lachmann, Norbert Becker, Marja Kik, Bas B Oude Munnink, Stefan Bosch, Egbert Tannich, Annick Linden, Volker Schmidt, Marion P Koopmans, Jolianne Rijks, Daniel Desmecht, Martin H Groschup, Chantal Reusken, Jonas Schmidt-Chanasit
Veröffentlicht in: Eurosurveillance, Ausgabe 22/4, 2017, ISSN 1025-496X
Herausgeber: Centre Europeen pour la Surveillance Epidemiologique du SIDA
DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2017.22.4.30452

Yellow fever in a traveller returning from Suriname to the Netherlands, March 2017

Autoren: Marjan Wouthuyzen-Bakker, Marjolein Knoester, Aad P van den Berg, Corine H GeurtsvanKessel, Marion PG Koopmans, Coretta Van Leer-Buter, Bob Oude Velthuis, Suzan D Pas, Wilhelmina LM Ruijs, Jonas Schmidt-Chanasit, Stephen GS Vreden, Tjip S van der Werf, Chantal BEM Reusken, Wouter FW Bierman
Veröffentlicht in: Eurosurveillance, Ausgabe 22/11, 2017, ISSN 1025-496X
Herausgeber: Centre Europeen pour la Surveillance Epidemiologique du SIDA
DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2017.22.11.30488

Evaluation of Methods for the Concentration and Extraction of Viruses from Sewage in the Context of Metagenomic Sequencing

Autoren: Mathis Hjort Hjelmsø, Maria Hellmér, Xavier Fernandez-Cassi, Natàlia Timoneda, Oksana Lukjancenko, Michael Seidel, Dennis Elsässer, Frank M. Aarestrup, Charlotta Löfström, Sílvia Bofill-Mas, Josep F. Abril, Rosina Girones, Anna Charlotte Schultz
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 12/1, 2017, Seite(n) e0170199, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0170199

Fast and accurate mutation detection in whole genome sequences of multiple isogenic samples with IsoMut

Autoren: O. Pipek, D. Ribli, J. Molnár, Á. Póti, M. Krzystanek, A. Bodor, G. E. Tusnády, Z. Szallasi, I. Csabai, D. Szüts
Veröffentlicht in: BMC Bioinformatics, Ausgabe 18/1, 2017, ISSN 1471-2105
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-017-1492-4

Norovirus Infection in Harbor Porpoises

Autoren: Miranda de Graaf, Rogier Bodewes, Cornelis E. van Elk, Marco van de Bildt, Sarah Getu, Georgina I. Aron, Georges M.G.M. Verjans, Albert D.M.E. Osterhaus, Judith M.A. van den Brand, Thijs Kuiken, Marion P.G. Koopmans
Veröffentlicht in: Emerging Infectious Diseases, Ausgabe 23/1, 2017, Seite(n) 87-91, ISSN 1080-6040
Herausgeber: US National Center for Infectious Diseases
DOI: 10.3201/eid2301.161081

European Nucleotide Archive in 2016

Autoren: Ana Luisa Toribio, Blaise Alako, Clara Amid, Ana Cerdeño-Tarrága, Laura Clarke, Iain Cleland, Susan Fairley, Richard Gibson, Neil Goodgame, Petra ten Hoopen, Suran Jayathilaka, Simon Kay, Rasko Leinonen, Xin Liu, Josué Martínez-Villacorta, Nima Pakseresht, Jeena Rajan, Kethi Reddy, Marc Rosello, Nicole Silvester, Dmitriy Smirnov, Daniel Vaughan, Vadim Zalunin, Guy Cochrane
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 45/D1, 2017, Seite(n) D32-D36, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkw1106

Cross host transmission in the emergence of MERS coronavirus

Autoren: Chantal BEM Reusken, V Stalin Raj, Marion P Koopmans, Bart L Haagmans
Veröffentlicht in: Current Opinion in Virology, Ausgabe 16, 2016, Seite(n) 55-62, ISSN 1879-6257
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.coviro.2016.01.004

Comparison of norovirus genogroup I, II and IV seroprevalence among children in the Netherlands, 1963, 1983 and 2006

Autoren: Janko van Beek, Miranda de Graaf, Ming Xia, Xi Jiang, Jan Vinjé, Mathias Beersma, Erwin de Bruin, David van de Vijver, Melle Holwerda, Marlies van Houten, Annemarie M. Buisman, Rob van Binnendijk, Albert D. M. E. Osterhaus, Fiona van der Klis, Harry Vennema, Marion P. G. Koopmans
Veröffentlicht in: Journal of General Virology, Ausgabe 97/9, 2016, Seite(n) 2255-2264, ISSN 0022-1317
Herausgeber: Society for General Microbiology
DOI: 10.1099/jgv.0.000533

Infections shared with wildlife: an updated perspective

Autoren: C. Gortázar, J. F. Ruiz-Fons, U. Höfle
Veröffentlicht in: European Journal of Wildlife Research, Ausgabe 62/5, 2016, Seite(n) 511-525, ISSN 1612-4642
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s10344-016-1033-x

Low Virulence and Lack of Airborne Transmission of the Dutch Highly Pathogenic Avian Influenza Virus H5N8 in Ferrets

Autoren: Mathilde Richard, Sander Herfst, Judith M. A. van den Brand, Pascal Lexmond, Theo M. Bestebroer, Guus F. Rimmelzwaan, Marion Koopmans, Thijs Kuiken, Ron A. M. Fouchier
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 10/6, 2015, Seite(n) e0129827, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0129827

Complete Genome Sequences of Field Isolates of Mycobacterium bovis and Mycobacterium caprae

Autoren: José de la Fuente, Iratxe Díez-Delgado, Marinela Contreras, Joaquín Vicente, Alejandro Cabezas-Cruz, Marina Manrique, Raquel Tobes, Vladimir López, Beatriz Romero, Lucas Domínguez, Joseba M. Garrido, Ramón Juste, Christian Gortazar
Veröffentlicht in: Genome Announcements, Ausgabe 3/3, 2015, Seite(n) e00247-15, ISSN 2169-8287
Herausgeber: Journals ASM
DOI: 10.1128/genomeA.00247-15

Comparative Genomics of Field Isolates of Mycobacterium bovis and M. caprae Provides Evidence for Possible Correlates with Bacterial Viability and Virulence

Autoren: José de la Fuente, Iratxe Díez-Delgado, Marinela Contreras, Joaquín Vicente, Alejandro Cabezas-Cruz, Raquel Tobes, Marina Manrique, Vladimir López, Beatriz Romero, Javier Bezos, Lucas Dominguez, Iker A. Sevilla, Joseba M. Garrido, Ramón Juste, Guillermo Madico, Edward Jones-López, Christian Gortazar
Veröffentlicht in: PLOS Neglected Tropical Diseases, Ausgabe 9/11, 2015, Seite(n) e0004232, ISSN 1935-2735
Herausgeber: PUBLIC LIBRARY SCIENCE
DOI: 10.1371/journal.pntd.0004232

Comparative Proteomics Identifies Host Immune System Proteins Affected by Infection with Mycobacterium bovis

Autoren: Vladimir López, Margarita Villar, João Queirós, Joaquín Vicente, Lourdes Mateos-Hernández, Iratxe Díez-Delgado, Marinela Contreras, Paulo C. Alves, Pilar Alberdi, Christian Gortázar, José de la Fuente
Veröffentlicht in: PLOS Neglected Tropical Diseases, Ausgabe 10/3, 2016, Seite(n) e0004541, ISSN 1935-2735
Herausgeber: PUBLIC LIBRARY SCIENCE
DOI: 10.1371/journal.pntd.0004541

Neurotropic virus infections as the cause of immediate and delayed neuropathology

Autoren: Martin Ludlow, Jeroen Kortekaas, Christiane Herden, Bernd Hoffmann, Dennis Tappe, Corinna Trebst, Diane E. Griffin, Hannah E. Brindle, Tom Solomon, Alan S. Brown, Debby van Riel, Katja C. Wolthers, Dasja Pajkrt, Peter Wohlsein, Byron E. E. Martina, Wolfgang Baumgärtner, Georges M. Verjans, Albert D. M. E. Osterhaus
Veröffentlicht in: Acta Neuropathologica, Ausgabe 131/2, 2016, Seite(n) 159-184, ISSN 0001-6322
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00401-015-1511-3

Comparison of six commercial kits to extract bacterial chromosome and plasmid DNA for MiSeq sequencing

Autoren: Laura Becker, Matthias Steglich, Stephan Fuchs, Guido Werner, Ulrich Nübel
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 6, 2016, Seite(n) 28063, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/srep28063

Deletion Variants of Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus from Humans, Jordan, 2015

Autoren: Mart M. Lamers, V. Stalin Raj, Mah’d Shafei, Sami Sheikh Ali, Sultan M. Abdallh, Mahmoud Gazo, Samer Nofal, Xiaoyan Lu, Dean D. Erdman, Marion P. Koopmans, Mohammad Abdallat, Aktham Haddadin, Bart L. Haagmans
Veröffentlicht in: Emerging Infectious Diseases, Ausgabe 22/4, 2016, Seite(n) 716-719, ISSN 1080-6040
Herausgeber: US National Center for Infectious Diseases
DOI: 10.3201/eid2204.152065

Presence of atypical porcine pestivirus (APPV) genomes in newborn piglets correlates with congenital tremor

Autoren: Alexander Postel, Florian Hansmann, Christine Baechlein, Nicole Fischer, Malik Alawi, Adam Grundhoff, Sarah Derking, Jörg Tenhündfeld, Vanessa Maria Pfankuche, Vanessa Herder, Wolfgang Baumgärtner, Michael Wendt, Paul Becher
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 6, 2016, Seite(n) 27735, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/srep27735

Emergence of a Clonal Lineage of Multidrug-Resistant ESBL-Producing Salmonella Infantis Transmitted from Broilers and Broiler Meat to Humans in Italy between 2011 and 2014

Autoren: Alessia Franco, Pimlapas Leekitcharoenphon, Fabiola Feltrin, Patricia Alba, Gessica Cordaro, Manuela Iurescia, Rita Tolli, Mario D’Incau, Monica Staffolani, Elisabetta Di Giannatale, Rene S. Hendriksen, Antonio Battisti
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 10/12, 2015, Seite(n) e0144802, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0144802

Biocuration of functional annotation at the European nucleotide archive

Autoren: Richard Gibson, Blaise Alako, Clara Amid, Ana Cerdeño-Tárraga, Iain Cleland, Neil Goodgame, Petra ten Hoopen, Suran Jayathilaka, Simon Kay, Rasko Leinonen, Xin Liu, Swapna Pallreddy, Nima Pakseresht, Jeena Rajan, Marc Rosselló, Nicole Silvester, Dmitriy Smirnov, Ana Luisa Toribio, Daniel Vaughan, Vadim Zalunin, Guy Cochrane
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 44/D1, 2016, Seite(n) D58-D66, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkv1311

Seroprevalence of Antibodies against Seal Influenza A(H10N7) Virus in Harbor Seals and Gray Seals from the Netherlands

Autoren: Rogier Bodewes, Ana Rubio García, Sophie M. Brasseur, Guillermo J. Sanchez Conteras, Marco W. G. van de Bildt, Marion P. G. Koopmans, Albert D. M. E. Osterhaus, Thijs Kuiken
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 10/12, 2015, Seite(n) e0144899, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0144899

Global phylogenetic analysis of Escherichia coli and plasmids carrying the mcr-1 gene indicates bacterial diversity but plasmid restriction

Autoren: Sébastien Matamoros, Jarne M. van Hattem, Maris S. Arcilla, Niels Willemse, Damian C. Melles, John Penders, Trung Nguyen Vinh, Ngo Thi Hoa, Menno D. de Jong, Constance Schultsz
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 7/1, 2017, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-017-15539-7

High Prevalence of Highly Variable Atypical Porcine Pestiviruses Found in Germany

Autoren: M. Beer, K. Wernike, C. Dräger, D. Höper, A. Pohlmann, C. Bergermann, C. Schröder, S. Klinkhammer, S. Blome, B. Hoffmann
Veröffentlicht in: Transboundary and Emerging Diseases, 2016, ISSN 1865-1674
Herausgeber: Blackwell-Wiss.-Verl
DOI: 10.1111/tbed.12532

Rapid outbreak sequencing of Ebola virus in Sierra Leone identifies transmission chains linked to sporadic cases

Autoren: Armando Arias, Simon J. Watson, Danny Asogun, Ekaete Alice Tobin, Jia Lu, My V. T. Phan, Umaru Jah, Raoul Emeric Guetiya Wadoum, Luke Meredith, Lucy Thorne, Sarah Caddy, Alimamy Tarawalie, Pinky Langat, Gytis Dudas, Nuno R. Faria, Simon Dellicour, Abdul Kamara, Brima Kargbo, Brima Osaio Kamara, Sahr Gevao, Daniel Cooper, Matthew Newport, Peter Horby, Jake Dunning, Foday Sahr, Tim Brooks, Andrew J.
Veröffentlicht in: Virus Evolution, Ausgabe 2/1, 2016, Seite(n) vew016, ISSN 2057-1577
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/ve/vew016

Metagenomic approaches to identifying infectious agents

Autoren: D. HÖPER, T.C. METTENLEITER, M. BEER
Veröffentlicht in: Revue Scientifique et Technique de l'OIE, Ausgabe 35/1, 2016, Seite(n) 83-93, ISSN 0253-1933
Herausgeber: Office International des Epizooties (OIE)
DOI: 10.20506/rst.35.1.2419

Bluetongue virus serotype 27: Detection and characterization of two novel variants in Corsica, France

Autoren: Claudia Schulz, Cyril Viarouge, Corinne Sailleau, Martin Beer, Damien Vitour, Dirk Höper, Massimo Palmarini, Maria Jenckel, Stéphan Zientara, Bernd Hoffmann, Emmanuel Bréard, Mélanie Gallois
Veröffentlicht in: Journal of General Virology, 2016, ISSN 0022-1317
Herausgeber: Society for General Microbiology
DOI: 10.1099/jgv.0.000557

Hepatitis E Virus Infection in Dromedaries, North and East Africa, United Arab Emirates, and Pakistan, 1983–2015

Autoren: Andrea Rasche, Muhammad Saqib, Anne M. Liljander, Set Bornstein, Ali Zohaib, Stefanie Renneker, Katja Steinhagen, Renate Wernery, Mario Younan, Ilona Gluecks, Mosaad Hilali, Bakri E. Musa, Joerg Jores, Ulrich Wernery, Jan Felix Drexer, Christian Drosten, Victor Max Corman
Veröffentlicht in: Emerging Infectious Diseases, Ausgabe 22/7, 2016, Seite(n) 1249-1252, ISSN 1080-6040
Herausgeber: US National Center for Infectious Diseases
DOI: 10.3201/eid2207.160168

Challenges in laboratory diagnosis of acute viral central nervous system infections in the era of emerging infectious diseases: the syndromic approach

Autoren: Anna Papa, Tzimoula Kotrotsiou, Elpida Papadopoulou, Chantal Reusken, Corine GeurtsvanKessel, Marion Koopmans
Veröffentlicht in: Expert Review of Anti-infective Therapy, Ausgabe 14/9, 2016, Seite(n) 829-836, ISSN 1478-7210
Herausgeber: Future Drugs Ltd.
DOI: 10.1080/14787210.2016.1215914

Using genomics data to reconstruct transmission trees during disease outbreaks

Autoren: M.D. HALL, M.E.J. WOOLHOUSE, A. RAMBAUT
Veröffentlicht in: Revue Scientifique et Technique de l'OIE, Ausgabe 35/1, 2016, Seite(n) 287-296, ISSN 0253-1933
Herausgeber: Office International des Epizooties (OIE)
DOI: 10.20506/rst.35.1.2433

Porcine Bocavirus Infection Associated with Encephalomyelitis in a Pig, Germany1

Autoren: Vanessa M. Pfankuche, Rogier Bodewes, Kerstin Hahn, Christina Puff, Andreas Beineke, André Habierski, Albert D.M.E. Osterhaus, Wolfgang Baumgärtner
Veröffentlicht in: Emerging Infectious Diseases, Ausgabe 22/7, 2016, Seite(n) 1310-1312, ISSN 1080-6040
Herausgeber: US National Center for Infectious Diseases
DOI: 10.3201/eid2207.152049

Influenza A (H10N7) Virus Causes Respiratory Tract Disease in Harbor Seals and Ferrets

Autoren: Judith M. A. van den Brand, Peter Wohlsein, Sander Herfst, Rogier Bodewes, Vanessa M. Pfankuche, Marco W. G. van de Bildt, Frauke Seehusen, Christina Puff, Mathilde Richard, Ursula Siebert, Kristina Lehnert, Theo Bestebroer, Pascal Lexmond, Ron A. M. Fouchier, Ellen Prenger-Berninghoff, Werner Herbst, Marion Koopmans, Albert D. M. E. Osterhaus, Thijs Kuiken, Wolfgang Baumgärtner
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 11/7, 2016, Seite(n) e0159625, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0159625

Identification of a novel plasmid-mediated colistin-resistance gene, mcr-2 , in Escherichia coli , Belgium, June 2016

Autoren: Basil Britto Xavier, Christine Lammens, Rohit Ruhal, Samir Kumar-Singh, Patrick Butaye, Herman Goossens, Surbhi Malhotra-Kumar
Veröffentlicht in: Eurosurveillance, Ausgabe 21/27, 2016, ISSN 1025-496X
Herausgeber: Centre Europeen pour la Surveillance Epidemiologique du SIDA
DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2016.21.27.30280

The effects of sampling strategy on the quality of reconstruction of viral population dynamics using Bayesian skyline family coalescent methods: A simulation study

Autoren: Matthew D. Hall, Mark E. J. Woolhouse, and Andrew Rambaut
Veröffentlicht in: Virus Evolution, Ausgabe 2016, 2(1), 2016, Seite(n) 1-14, ISSN 2057-1577
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/ve/vew003

Discovery and diagnosis of new viral pathogens: proposal for a generic workflow based on next-generation sequencing and new integrated data analysis approaches

Autoren: Dirk Höper, Anne Pohlmann
Veröffentlicht in: Euroreference, Ausgabe Euroreference 1 - June 2016 METHOD, 2016, Seite(n) 58-62, ISSN 2110-5294
Herausgeber: ANSES

Next-generation sequencing of five new avian paramyxoviruses 8 isolates from Kazakhstan indicates a low genetic evolution rate over four decades

Autoren: Sasan Fereidouni, M. Jenckel, A. Seidalina, K. Karamendin, M. Beer, E. Starick, S. Asanova, E. Kasymbekov, M. Sayatov, A. Kydyrmanov
Veröffentlicht in: Archives of Virology, Ausgabe 163/2, 2018, Seite(n) 331-336, ISSN 0304-8608
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00705-017-3593-9

Genomics-Based Identification of Microorganisms in Human Ocular Body Fluid

Autoren: Philipp Kirstahler, Søren Solborg Bjerrum, Alice Friis-Møller, Morten la Cour, Frank M. Aarestrup, Henrik Westh, Sünje Johanna Pamp
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 8/1, 2018, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-018-22416-4

Full-length genome sequences of porcine epidemic diarrhoea virus strain CV777; Use of NGS to analyse genomic and sub-genomic RNAs

Autoren: Thomas Bruun Rasmussen, Maria Beatrice Boniotti, Alice Papetti, Béatrice Grasland, Jean-Pierre Frossard, Akbar Dastjerdi, Marcel Hulst, Dennis Hanke, Anne Pohlmann, Sandra Blome, Wim H. M. van der Poel, Falko Steinbach, Yannick Blanchard, Antonio Lavazza, Anette Bøtner, Graham J. Belsham
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 13/3, 2018, Seite(n) e0193682, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0193682

Acute viral infections of the central nervous system, 2014-2016, Greece

Autoren: Anna Papa, Elpida Papadopoulou
Veröffentlicht in: Journal of Medical Virology, Ausgabe 90/4, 2018, Seite(n) 644-647, ISSN 0146-6615
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/jmv.24997

Microarray-Based Gene Expression Analysis for Veterinary Pathologists: A Review

Autoren: Barbara B. Raddatz, Ingo Spitzbarth, Katja A. Matheis, Arno Kalkuhl, Ulrich Deschl, Wolfgang Baumgärtner, Reiner Ulrich
Veröffentlicht in: Veterinary Pathology, Ausgabe 54/5, 2017, Seite(n) 734-755, ISSN 0300-9858
Herausgeber: SAGE Publications
DOI: 10.1177/0300985817709887

Whole genome sequencing for typing and characterisation of Listeria monocytogenes isolated in a rabbit meat processing plant

Autoren: Federica Palma, Frédérique Pasquali, Alex Lucchi, Alessandra De Cesare, Gerardo Manfreda
Veröffentlicht in: Italian Journal of Food Safety, Ausgabe 6/3, 2017, ISSN 2239-7132
Herausgeber: PagePress
DOI: 10.4081/ijfs.2017.6879

Listeria monocytogenes Sequence Types 121 and 14 Repeatedly Isolated Within One Year of Sampling in a Rabbit Meat Processing Plant: Persistence and Ecophysiology

Autoren: Frédérique Pasquali, Federica Palma, Laurent Guillier, Alex Lucchi, Alessandra De Cesare, Gerardo Manfreda
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 9, 2018, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2018.00596

Cross-border outbreak of listeriosis caused by cold-smoked salmon, revealed by integrated surveillance and whole genome sequencing (WGS), Denmark and France, 2015 to 2017

Autoren: Susanne Schjørring, Sofie Gillesberg Lassen, Tenna Jensen, Alexandra Moura, Jette S Kjeldgaard, Luise Müller, Stine Thielke, Alexandre Leclercq, Mylene M Maury, Mathieu Tourdjman, Marie-Pierre Donguy, Marc Lecuit, Steen Ethelberg, Eva M Nielsen
Veröffentlicht in: Eurosurveillance, Ausgabe 22/50, 2017, ISSN 1560-7917
Herausgeber: European Centre for Disease Control and Prevention
DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2017.22.50.17-00762

Canine Bocavirus Type 2 Infection Associated With Intestinal Lesions

Autoren: Chutchai Piewbang, Wendy K. Jo, Christina Puff, Martin Ludlow, Erhard van der Vries, Wijit Banlunara, Anudep Rungsipipat, Jochen Kruppa, Klaus Jung, Somporn Techangamsuwan, Wolfgang Baumgärtner, Albert D. M. E. Osterhaus
Veröffentlicht in: Veterinary Pathology, Ausgabe 55/3, 2018, Seite(n) 434-441, ISSN 0300-9858
Herausgeber: SAGE Publications
DOI: 10.1177/0300985818755253

New Avian Hepadnavirus in Palaeognathous Bird, Germany

Autoren: Wendy K. Jo, Vanessa M. Pfankuche, Henning Petersen, Samuel Frei, Maya Kummrow, Stephan Lorenzen, Martin Ludlow, Julia Metzger, Wolfgang Baumgärtner, Albert Osterhaus, Erhard van der Vries
Veröffentlicht in: Emerging Infectious Diseases, Ausgabe 23/12, 2017, Seite(n) 2089-2091, ISSN 1080-6040
Herausgeber: US National Center for Infectious Diseases
DOI: 10.3201/eid2312.161634

Epidemiological characteristics of human-infective RNA viruses

Autoren: Mark E. J. Woolhouse, Liam Brierley
Veröffentlicht in: Scientific Data, Ausgabe 5, 2018, Seite(n) 180017, ISSN 2052-4463
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1038/sdata.2018.17

Draft Genome Sequences of Anaplasma phagocytophilum , A. marginale , and A. ovis Isolates from Different Hosts

Autoren: Sandra Diaz-Sanchez, Angélica Hernández-Jarguín, Isabel G. Fernández de Mera, Pilar Alberdi, Erich Zweygarth, Christian Gortazar, José de la Fuente
Veröffentlicht in: Genome Announcements, Ausgabe 6/5, 2018, Seite(n) e01503-17, ISSN 2169-8287
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/genomeA.01503-17

Human Clade 2.3.4.4 A/H5N6 Influenza Virus Lacks Mammalian Adaptation Markers and Does Not Transmit via the Airborne Route between Ferrets

Autoren: Sander Herfst, Chris K. P. Mok, Judith M. A. van den Brand, Stefan van der Vliet, Miruna E. Rosu, Monique I. Spronken, Zifeng Yang, Dennis de Meulder, Pascal Lexmond, Theo M. Bestebroer, J. S. Malik Peiris, Ron A. M. Fouchier, Mathilde Richard
Veröffentlicht in: mSphere, Ausgabe 3/1, 2018, Seite(n) e00405-17, ISSN 2379-5042
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mSphere.00405-17

Local amplification of highly pathogenic avian influenza H5N8 viruses in wild birds in the Netherlands, 2016 to 2017

Autoren: Marjolein J. Poen, Theo M. Bestebroer, Oanh Vuong, Rachel D. Scheuer, Henk P. van der Jeugd, Erik Kleyheeg, Dirk Eggink, Pascal Lexmond, Judith M.A. van den Brand, Lineke Begeman, Stefan van der Vliet, Gerhard J.D.M. Müskens, Frank A. Majoor, Marion P.G. Koopmans, Thijs Kuiken, Ron A.M. Fouchier
Veröffentlicht in: Eurosurveillance, Ausgabe 23/4, 2018, ISSN 1025-496x
Herausgeber: Centre Europeen pour la Surveillance Epidemiologique du SIDA
DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2018.23.4.17-00449

Isolation and whole-genome sequencing of a Crimean-Congo hemorrhagic fever virus strain, Greece

Autoren: Anna Papa, Elpida Papadopoulou, Katerina Tsioka, Anastasia Kontana, Styliani Pappa, Ageliki Melidou, Nektarios D. Giadinis
Veröffentlicht in: Ticks and Tick-borne Diseases, Ausgabe 9/4, 2018, Seite(n) 788-791, ISSN 1877-959X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ttbdis.2018.02.024

Second International Conference on Crimean-Congo Hemorrhagic Fever

Autoren: Jessica R. Spengler, Dennis A. Bente, Mike Bray, Felicity Burt, Roger Hewson, Gülay Korukluoglu, Ali Mirazimi, Friedemann Weber, Anna Papa
Veröffentlicht in: Antiviral Research, Ausgabe 150, 2018, Seite(n) 137-147, ISSN 0166-3542
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.antiviral.2017.11.019

Ancient hepatitis B viruses from the Bronze Age to the Medieval period

Autoren: Barbara Mühlemann, Terry C. Jones, Peter de Barros Damgaard, Morten E. Allentoft, Irina Shevnina, Andrey Logvin, Emma Usmanova, Irina P. Panyushkina, Bazartseren Boldgiv, Tsevel Bazartseren, Kadicha Tashbaeva, Victor Merz, Nina Lau, Václav Smrčka, Dmitry Voyakin, Egor Kitov, Andrey Epimakhov, Dalia Pokutta, Magdolna Vicze, T. Douglas Price, Vyacheslav Moiseyev, Anders J. Hansen, Ludovic Orlando
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 557/7705, 2018, Seite(n) 418-423, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-018-0097-z

How ownership rights over microorganisms affect infectious disease control and innovation: A root-cause analysis of barriers to data sharing as experienced by key stakeholders

Autoren: Carolina dos S. Ribeiro, Martine Y. van Roode, George B. Haringhuizen, Marion P. Koopmans, Eric Claassen, Linda H. M. van de Burgwal
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 13/5, 2018, Seite(n) e0195885, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0195885

Development and preliminary evaluation of a multiplexed amplification and next generation sequencing method for viral hemorrhagic fever diagnostics

Autoren: Annika Brinkmann, Koray Ergünay, Aleksandar Radonić, Zeliha Kocak Tufan, Cristina Domingo, Andreas Nitsche
Veröffentlicht in: PLOS Neglected Tropical Diseases, Ausgabe 11/11, 2017, Seite(n) e0006075, ISSN 1935-2727
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pntd.0006075

First gene-ontology enrichment analysis based on bacterial coregenome variants: insights into adaptations of Salmonella serovars to mammalian- and avian-hosts

Autoren: Arnaud Felten, Meryl Vila Nova, Kevin Durimel, Laurent Guillier, Michel-Yves Mistou, Nicolas Radomski
Veröffentlicht in: BMC Microbiology, Ausgabe 17/1, 2017, ISSN 1471-2180
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12866-017-1132-1

Loeffler 4.0: Diagnostic Metagenomics

Autoren: Dirk Höper, Claudia Wylezich, Martin Beer
Veröffentlicht in: Advances in Virus Research, Ausgabe volume 99, 2017, Seite(n) 17-37, ISSN 0065-3527
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/bs.aivir.2017.08.001

PulseNet International: Vision for the implementation of whole genome sequencing (WGS) for global food-borne disease surveillance

Autoren: Celine Nadon, Ivo Van Walle, Peter Gerner-Smidt, Josefina Campos, Isabel Chinen, Jeniffer Concepcion-Acevedo, Brent Gilpin, Anthony M. Smith, Kai Man Kam, Enrique Perez, Eija Trees, Kristy Kubota, Johanna Takkinen, Eva Møller Nielsen, Heather Carleton
Veröffentlicht in: Eurosurveillance, Ausgabe 22/23, 2017, ISSN 1025-496X
Herausgeber: Centre Europeen pour la Surveillance Epidemiologique du SIDA
DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2017.22.23.30544

Swarm incursions of reassortants of highly pathogenic avian influenza virus strains H5N8 and H5N5, clade 2.3.4.4b, Germany, winter 2016/17

Autoren: Anne Pohlmann, Elke Starick, Christian Grund, Dirk Höper, Günter Strebelow, Anja Globig, Christoph Staubach, Franz J. Conraths, Thomas C. Mettenleiter, Timm Harder, Martin Beer
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 8/1, 2018, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-017-16936-8

A Versatile Sample Processing Workflow for Metagenomic Pathogen Detection

Autoren: Claudia Wylezich, Anna Papa, Martin Beer, Dirk Höper
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 8/1, 2018, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-018-31496-1

Rapid and precise alignment of raw reads against redundant databases with KMA

Autoren: Philip T. L. C. Clausen, Frank M. Aarestrup, Ole Lund
Veröffentlicht in: BMC Bioinformatics, Ausgabe 19/1, 2018, ISSN 1471-2105
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-018-2336-6

Wild ducks excrete highly pathogenic avian influenza virus H5N8 (2014–2015) without clinical or pathological evidence of disease

Autoren: Judith M. A. van den Brand, Josanne H. Verhagen, Edwin J. B. Veldhuis Kroeze, Marco W. G. van de Bildt, Rogier Bodewes, Sander Herfst, Mathilde Richard, Pascal Lexmond, Theo M. Bestebroer, Ron A. M. Fouchier, Thijs Kuiken
Veröffentlicht in: Emerging Microbes & Infections, Ausgabe 7/1, 2018, ISSN 2222-1751
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41426-018-0070-9

Ancient human parvovirus B19 in Eurasia reveals its long-term association with humans

Autoren: Barbara Mühlemann, Ashot Margaryan, Peter de Barros Damgaard, Morten E. Allentoft, Lasse Vinner, Anders J. Hansen, Andrzej Weber, Vladimir I. Bazaliiskii, Martyna Molak, Jette Arneborg, Wieslaw Bogdanowicz, Ceri Falys, Mikhail Sablin, Václav Smrčka, Sabine Sten, Kadicha Tashbaeva, Niels Lynnerup, Martin Sikora, Derek J. Smith, Ron A. M. Fouchier, Christian Drosten, Karl-Göran Sjögren, Kristia
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 115/29, 2018, Seite(n) 7557-7562, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1804921115

Novel canine circovirus strains from Thailand: Evidence for genetic recombination

Autoren: Chutchai Piewbang, Wendy K. Jo, Christina Puff, Erhard van der Vries, Sawang Kesdangsakonwut, Anudep Rungsipipat, Jochen Kruppa, Klaus Jung, Wolfgang Baumgärtner, Somporn Techangamsuwan, Martin Ludlow, Albert D. M. E. Osterhaus
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 8/1, 2018, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-018-25936-1

One health, multiple challenges: The inter-species transmission of influenza A virus

Autoren: Kirsty R. Short, Mathilde Richard, Josanne H. Verhagen, Debby van Riel, Eefje J.A. Schrauwen, Judith M.A. van den Brand, Benjamin Mänz, Rogier Bodewes, Sander Herfst
Veröffentlicht in: One Health, Ausgabe 1, 2015, Seite(n) 1-13, ISSN 2352-7714
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.onehlt.2015.03.001

Role for migratory wild birds in the global spread of avian influenza H5N8

Autoren: The Global Consortium for H5N8 and Related Influenza Viruses
Veröffentlicht in: Science, Ausgabe 354/6309, 2016, Seite(n) 213-217, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aaf8852

Lack of virological and serological evidence for continued circulation of highly pathogenic avian influenza H5N8 virus in wild birds in the Netherlands, 14 November 2014 to 31 January 2016

Autoren: Marjolein J Poen, Josanne H Verhagen, Ruth J Manvell, Ian Brown, Theo M Bestebroer, Stefan van der Vliet, Oanh Vuong, Rachel D Scheuer, Henk P van der Jeugd, Bart A Nolet, Erik Kleyheeg, Gerhard J D M Müskens, Frank A Majoor, Christian Grund, Ron A M Fouchier
Veröffentlicht in: Eurosurveillance, Ausgabe 21/38, 2016, ISSN 1025-496X
Herausgeber: Centre Europeen pour la Surveillance Epidemiologique du SIDA
DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2016.21.38.30349

A generic framework for spatial quantitative risk assessments of infectious diseases: Lumpy skin disease case study

Autoren: Rachel A. Taylor, Alexander D. C. Berriman, Paul Gale, Louise A. Kelly, Emma L. Snary
Veröffentlicht in: Transboundary and Emerging Diseases, 2018, ISSN 1865-1674
Herausgeber: Blackwell-Wiss.-Verl
DOI: 10.1111/tbed.12993

Microbiological profile of chicken carcasses: A comparative analysis using shotgun metagenomic sequencing

Autoren: Alessandra De Cesare, Federica Palma, Alex Lucchi, Frederique Pasquali, Gerardo Manfreda
Veröffentlicht in: Italian Journal of Food Safety, Ausgabe 7/1, 2018, ISSN 2239-7132
Herausgeber: PagePress
DOI: 10.4081/ijfs.2018.6923

From low to high pathogenicity-Characterization of H7N7 avian influenza viruses in two epidemiologically linked outbreaks

Autoren: Klaas Dietze, Annika Graaf, Timo Homeier-Bachmann, Christian Grund, Leonie Forth, Anne Pohlmann, Christa Jeske, Mattis Wintermann, Martin Beer, Franz J. Conraths, Timm Harder
Veröffentlicht in: Transboundary and Emerging Diseases, 2018, ISSN 1865-1674
Herausgeber: Blackwell-Wiss.-Verl
DOI: 10.1111/tbed.12906

Zoonotic Infection With Pigeon Paramyxovirus Type 1 Linked to Fatal Pneumonia

Autoren: Thijs Kuiken, Mya Breitbart, Martin Beer, Christian Grund, Dirk Höper, Bernadette van den Hoogen, Jean-Louis H Kerkhoffs, Aloys C M Kroes, Karyna Rosario, Peter van Run, Matthias Schwarz, Sanela Svraka, Jens Teifke, Marion Koopmans
Veröffentlicht in: The Journal of Infectious Diseases, Ausgabe 218/7, 2018, Seite(n) 1037-1044, ISSN 0022-1899
Herausgeber: University of Chicago Press
DOI: 10.1093/infdis/jiy036

Comparison of Different In Situ Hybridization Techniques for the Detection of Various RNA and DNA Viruses

Autoren: Vanessa Pfankuche, Kerstin Hahn, Rogier Bodewes, Florian Hansmann, André Habierski, Ann-Kathrin Haverkamp, Stephanie Pfaender, Stephanie Walter, Christine Baechlein, Alexander Postel, Eike Steinmann, Paul Becher, Albert Osterhaus, Wolfgang Baumgärtner, Christina Puff
Veröffentlicht in: Viruses, Ausgabe 10/7, 2018, Seite(n) 384, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v10070384

Convergent Loss of ABC Transporter Genes From Clostridioides difficile Genomes Is Associated With Impaired Tyrosine Uptake and p-Cresol Production

Autoren: Matthias Steglich, Julia D. Hofmann, Julia Helmecke, Johannes Sikorski, Cathrin Spröer, Thomas Riedel, Boyke Bunk, Jörg Overmann, Meina Neumann-Schaal, Ulrich Nübel
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 9, 2018, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2018.00901

Emergence and multiple reassortments of French 2015–2016 highly pathogenic H5 avian influenza viruses

Autoren: F.X. Briand, E. Niqueux, A. Schmitz, E. Hirchaud, H. Quenault, C. Allée, A. Le Prioux, C. Guillou-Cloarec, K. Ogor, M.O. Le Bras, H. Gares, P. Daniel, A. Fediaevsky, C. Martenot, P. Massin, S. Le Bouquin, Y. Blanchard, N. Eterradossi
Veröffentlicht in: Infection, Genetics and Evolution, Ausgabe 61, 2018, Seite(n) 208-214, ISSN 1567-1348
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.meegid.2018.04.007

Spatio-temporal distribution and evolution of the A/H1N1 2009 pandemic virus in pigs in France from 2009 to 2017: identification of a potential swine-specific lineage

Autoren: Amélie Chastagner, Séverine Hervé, Emilie Bonin, Stéphane Quéguiner, Edouard Hirchaud, Dinah Henritzi, Véronique Béven, Stéphane Gorin, Nicolas Barbier, Yannick Blanchard, Gaëlle Simon
Veröffentlicht in: Journal of Virology, 2018, ISSN 0022-538X
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/JVI.00988-18

Crimean-Congo haemorrhagic fever in a Greek worker returning from Bulgaria, June 2018

Autoren: Anna Papa, Filothei Markatou, Helena C. Maltezou, Elpida Papadopoulou, Eirini Terzi, Sarantoula Ventouri, Danai Pervanidou, Sotirios Tsiodras, Efstratios Maltezos
Veröffentlicht in: Eurosurveillance, Ausgabe 23/35, 2018, ISSN 1560-7917
Herausgeber: ECDC
DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2018.23.35.1800432

Further characterization of bovine hepacivirus: Antibody response, course of infection, and host tropism

Autoren: Christine Baechlein, Anna Lena Baron, Denise Meyer, Lara Gorriz-Martin, Vanessa Maria Pfankuche, Wolfgang Baumgärtner, Susanne Polywka, Sven Peine, Nicole Fischer, Jürgen Rehage, Paul Becher
Veröffentlicht in: Transboundary and Emerging Diseases, 2018, ISSN 1865-1674
Herausgeber: Blackwell-Wiss.-Verl
DOI: 10.1111/tbed.12999

Whole Genome Sequence Analysis of CTX-M-15 Producing Klebsiella Isolates Allowed Dissecting a Polyclonal Outbreak Scenario

Autoren: Laura Becker, Stephan Fuchs, Yvonne Pfeifer, Torsten Semmler, Tim Eckmanns, Gerit Korr, Dagmar Sissolak, Michael Friedrichs, Edith Zill, Mei-Lin Tung, Christian Dohle, Martin Kaase, Sören Gatermann, Holger Rüssmann, Matthias Steglich, Sebastian Haller, Guido Werner
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 9, 2018, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2018.00322

Association of Batai Virus Infection and Encephalitis in Harbor Seals, Germany, 2016

Autoren: Wendy K. Jo, Vanessa M. Pfankuche, Annika Lehmbecker, Byron Martina, Ana Rubio-Garcia, Stefanie Becker, Jochen Kruppa, Klaus Jung, Daniela Klotz, Julia Metzger, Martin Ludlow, Wolfgang Baumgärtner, Erhard van der Vries, Albert Osterhaus
Veröffentlicht in: Emerging Infectious Diseases, Ausgabe 24/9, 2018, Seite(n) 1691-1695, ISSN 1080-6040
Herausgeber: US National Center for Infectious Diseases
DOI: 10.3201/eid2409.171829

Molecular epidemiology of Dobrava-Belgrade virus in Greece

Autoren: Katerina Tsergouli, Elpida Papadopoulou, Katerina Tsioka, Anna Papa
Veröffentlicht in: Infection, Genetics and Evolution, Ausgabe 64, 2018, Seite(n) 9-12, ISSN 1567-1348
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.meegid.2018.06.007

Uukuniemi virus, Czech Republic

Autoren: Anna Papa, Hana Zelená, Elpida Papadopoulou, Jakub Mrázek
Veröffentlicht in: Ticks and Tick-borne Diseases, Ausgabe 9/5, 2018, Seite(n) 1129-1132, ISSN 1877-959X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ttbdis.2018.04.011

Biotic and abiotic factors shape the microbiota of wild-caught populations of the arbovirus vector Culicoides imicola

Autoren: S. Díaz-Sánchez, A. Hernández-Jarguín, A. Torina, I. G. Fernández de Mera, A. Estrada-Peña, M. Villar, F. La Russa, V. Blanda, J. Vicente, S. Caracappa, C. Gortazar, J. de la Fuente
Veröffentlicht in: Insect Molecular Biology, 2018, ISSN 0962-1075
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/imb.12526

Integrated metatranscriptomics and metaproteomics for the characterization of bacterial microbiota in unfed Ixodes ricinus

Autoren: Angélica Hernández-Jarguín, Sandra Díaz-Sánchez, Margarita Villar, José de la Fuente
Veröffentlicht in: Ticks and Tick-borne Diseases, Ausgabe 9/5, 2018, Seite(n) 1241-1251, ISSN 1877-959X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ttbdis.2018.04.020

Influenza A/H3N2 virus infection in immunocompromised ferrets and emergence of antiviral resistance

Autoren: Rueshandra Roosenhoff, Erhard van der Vries, Anne van der Linden, Geert van Amerongen, Koert J. Stittelaar, Saskia L. Smits, Martin Schutten, Ron A. M. Fouchier
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 13/7, 2018, Seite(n) e0200849, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0200849

Case of seasonal reassortant A(H1N2) influenza virus infection, the Netherlands, March 2018

Autoren: Adam Meijer, Corien M Swaan, Martin Voerknecht, Edin Jusic, Sharon van den Brink, Lisa A Wijsman, Bettie CG Voordouw, Gé A Donker, Jacqueline Sleven, Wendelien W Dorigo-Zetsma, Sanela Svraka, Michiel van Boven, Manon R Haverkate, Aura Timen, Jaap T van Dissel, Marion PG Koopmans, Theo M Bestebroer, Ron AM Fouchier
Veröffentlicht in: Eurosurveillance, Ausgabe 23/15, 2018, ISSN 1560-7917
Herausgeber: ECDC
DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2018.23.15.18-00160

Infectivity and RNA Persistence of a Norovirus Surrogate, the Tulane Virus, in Oysters

Autoren: David Polo, Julien Schaeffer, Peter Teunis, Vincent Buchet, Françoise S. Le Guyader
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 9, 2018, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2018.00716

Overview of Virus Metagenomic Classification Methods and Their Biological Applications

Autoren: Sam Nooij, Dennis Schmitz, Harry Vennema, Annelies Kroneman, Marion P. G. Koopmans
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 9, 2018, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2018.00749

SCC mec Finder, a Web-Based Tool for Typing of Staphylococcal Cassette Chromosome mec in Staphylococcus aureus Using Whole-Genome Sequence Data

Autoren: Hülya Kaya, Henrik Hasman, Jesper Larsen, Marc Stegger, Thor Bech Johannesen, Rosa Lundbye Allesøe, Camilla Koldbæk Lemvigh, Frank Møller Aarestrup, Ole Lund, Anders Rhod Larsen
Veröffentlicht in: mSphere, Ausgabe 3/1, 2018, ISSN 2379-5042
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mSphere.00612-17

PointFinder: a novel web tool for WGS-based detection of antimicrobial resistance associated with chromosomal point mutations in bacterial pathogens

Autoren: Ea Zankari, Rosa Allesøe, Katrine G Joensen, Lina M Cavaco, Ole Lund, Frank M Aarestrup
Veröffentlicht in: Journal of Antimicrobial Chemotherapy, Ausgabe 72/10, 2017, Seite(n) 2764-2768, ISSN 0305-7453
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jac/dkx217

OUP accepted manuscript

Autoren: Oude Munnink, Bas B; Phan, My V T; VIZIONS, Consortium; Simmonds, Peter; Koopmans, Marion P G; Kellam, Paul; van der Hoek, Lia; Cotten, Matthew
Veröffentlicht in: Virus Evolution, 2017, ISSN 2057-1577
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/ve/vex022

Fatal Encephalitic Borna Disease Virus 1 in Solid-Organ Transplant Recipients

Autoren: Kore Schlottau, Leonie Forth, Klemens Angstwurm, Dirk Höper, Daniel Zecher, Friederike Liesche, Bernd Hoffmann, Victoria Kegel, Daniel Seehofer, Sabine Platen, Bernd Salzberger, Uwe G. Liebert, Hans-Helmut Niller, Barbara Schmidt, Kaspar Matiasek, Markus J. Riemenschneider, Christoph Brochhausen, Bernhard Banas, Lutz Renders, Philipp Moog, Silke Wunderlich, Christian L. Seifert, Ana Barreiros, Ax
Veröffentlicht in: New England Journal of Medicine, Ausgabe 379/14, 2018, Seite(n) 1377-1379, ISSN 0028-4793
Herausgeber: Massachusetts Medical Society
DOI: 10.1056/NEJMc1803115

LVQ-KNN: Composition-based DNA/RNA binning of short nucleotide sequences utilizing a prototype-based k-nearest neighbor approach

Autoren: Ariane Belka, Mareike Fischer, Anne Pohlmann, Martin Beer, Dirk Höper
Veröffentlicht in: Virus Research, Ausgabe 258, 2018, Seite(n) 55-63, ISSN 0168-1702
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.virusres.2018.10.002

Vaccines, Apes, and Conspiracy

Autoren: Emilio Mordini
Veröffentlicht in: The American Journal of Bioethics, Ausgabe 18/10, 2018, Seite(n) 55-57, ISSN 1526-5161
Herausgeber: MIT Press
DOI: 10.1080/15265161.2018.1516001

Threats to timely sharing of pathogen sequence data

Autoren: Carolina dos S. Ribeiro, Marion P. Koopmans, George B. Haringhuizen
Veröffentlicht in: Science, Ausgabe Vol. 362, Ausgabe 6413,, 2018, Seite(n) pp. 404-406, ISSN 1095-9203
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aau5229

A Bacterial Analysis Platform: An Integrated System for Analysing Bacterial Whole Genome Sequencing Data for Clinical Diagnostics and Surveillance

Autoren: Martin Christen Frølund Thomsen, Johanne Ahrenfeldt, Jose Luis Bellod Cisneros, Vanessa Jurtz, Mette Voldby Larsen, Henrik Hasman, Frank Møller Aarestrup, Ole Lund
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 11/6, 2016, Seite(n) e0157718, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0157718

Assessing the Epidemic Potential of RNA and DNA Viruses

Autoren: Mark E.J. Woolhouse, Liam Brierley, Chris McCaffery, Sam Lycett
Veröffentlicht in: Emerging Infectious Diseases, Ausgabe 22/12, 2016, Seite(n) 2037-2044, ISSN 1080-6040
Herausgeber: US National Center for Infectious Diseases
DOI: 10.3201/eid2212.160123

One Health training and research activities in Western Europe

Autoren: Reina Sikkema, Marion Koopmans
Veröffentlicht in: Infection Ecology & Epidemiology, Ausgabe 6/1, 2016, Seite(n) 33703, ISSN 2000-8686
Herausgeber: Co-Action Publishing
DOI: 10.3402/iee.v6.33703

Digital PCR for Quantifying Norovirus in Oysters Implicated in Outbreaks, France

Autoren: David Polo, Julien Schaeffer, Nelly Fournet, Jean-Claude Le Saux, Sylvain Parnaudeau, Catherine McLeod, Françoise S. Le Guyader
Veröffentlicht in: Emerging Infectious Diseases, Ausgabe 22/12, 2016, Seite(n) 2189-2191, ISSN 1080-6040
Herausgeber: US National Center for Infectious Diseases
DOI: 10.3201/eid2212.160841

Improving hazard characterization in microbial risk assessment using next generation sequencing data and machine learning: Predicting clinical outcomes in shigatoxigenic Escherichia coli

Autoren: Patrick Murigu Kamau Njage, Pimlapas Leekitcharoenphon, Tine Hald
Veröffentlicht in: International Journal of Food Microbiology, Ausgabe 292, 2019, Seite(n) 72-82, ISSN 0168-1605
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ijfoodmicro.2018.11.016

Machine Learning Methods as a Tool for Predicting Risk of Illness Applying Next‐Generation Sequencing Data

Autoren: Patrick Murigu Kamau Njage Clementine Henri Pimlapas Leekitcharoenphon Michel‐Yves Mistou Rene S. Hendriksen Tine Hald
Veröffentlicht in: Risk Analysis, Ausgabe 2018, 2018, ISSN 0272-4332
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/risa.13239

Global status of Middle East respiratory syndrome coronavirus in dromedary camels: a systematic review

Autoren: R. S. Sikkema, E. A. B. A. Farag, Mazharul Islam, Muzzamil Atta, C. B. E. M. Reusken, Mohd M. Al-Hajri, M. P. G. Koopmans
Veröffentlicht in: Epidemiology and Infection, Ausgabe 147, 2019, ISSN 0950-2688
Herausgeber: Cambridge University Press
DOI: 10.1017/s095026881800345x

Drivers of MERS-CoV Emergence in Qatar

Autoren: Elmoubasher Farag, Reina Sikkema, Tinka Vinks, Md Islam, Mohamed Nour, Hamad Al-Romaihi, Mohammed Al Thani, Muzzamil Atta, Farhoud Alhajri, Salih Al-Marri, Mohd AlHajri, Chantal Reusken, Marion Koopmans
Veröffentlicht in: Viruses, Ausgabe 11/1, 2019, Seite(n) 22, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v11010022

Global monitoring of antimicrobial resistance based on metagenomics analyses of urban sewage

Autoren: Rene S. Hendriksen, Patrick Munk, Patrick Njage, Bram van Bunnik, Luke McNally, Oksana Lukjancenko, Timo Röder, David Nieuwenhuijse, Susanne Karlsmose Pedersen, Jette Kjeldgaard, Rolf S. Kaas, Philip Thomas Lanken Conradsen Clausen, Josef Korbinian Vogt, Pimlapas Leekitcharoenphon, Milou G. M. van de Schans, Tina Zuidema, Ana Maria de Roda Husman, Simon Rasmussen, Bent Petersen, Clara Amid, Guy C
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-08853-3

Virus detection in high-throughput sequencing data without a reference genome of the host

Autoren: Jochen Kruppa, Wendy K. Jo, Erhard van der Vries, Martin Ludlow, Albert Osterhaus, Wolfgang Baumgaertner, Klaus Jung
Veröffentlicht in: Infection, Genetics and Evolution, Ausgabe 66, 2018, Seite(n) 180-187, ISSN 1567-1348
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.meegid.2018.09.026

Lleida Bat Lyssavirus isolation in Miniopterus schreibersii in France

Autoren: Evelyne Picard-Meyer, Veronique Beven, Edouard Hirchaud, Cédric Guillaume, Gérald Larcher, Emmanuelle Robardet, Alexandre Servat, Yannick Blanchard, Florence Cliquet
Veröffentlicht in: Zoonoses and Public Health, Ausgabe 66/2, 2019, Seite(n) 254-258, ISSN 1863-1959
Herausgeber: Blackwell-Wiss.-Verl
DOI: 10.1111/zph.12535

A retrospective molecular study of Cryptosporidium species and genotypes in HIV-infected patients from Thailand

Autoren: Anna Rosa Sannella, Yupin Suputtamongkol, Ekkarat Wongsawat, Simone M. Cacciò
Veröffentlicht in: Parasites & Vectors, Ausgabe 12/1, 2019, ISSN 1756-3305
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13071-019-3348-4

Rapid cell division of Staphylococcus aureus during colonization of the human nose

Autoren: Anna K. Szafrańska, Vera Junker, Matthias Steglich, Ulrich Nübel
Veröffentlicht in: BMC Genomics, Ausgabe 20/1, 2019, ISSN 1471-2164
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12864-019-5604-6

Genome-wide identification of geographical segregated genetic markers in Salmonella enterica serovar Typhimurium variant 4,[5],12:i:-

Autoren: Federica Palma, Gerardo Manfreda, Mickael Silva, Antonio Parisi, Dillon O. R. Barker, Eduardo N. Taboada, Frédérique Pasquali, Mirko Rossi
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 8/1, 2018, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-018-33266-5

Identification and molecular characterization of spotted fever group rickettsiae in ticks collected from farm ruminants in Lebanon

Autoren: Isabel G. Fernández de Mera, Valeria Blanda, Alessandra Torina, Mayssaa Fawaz Dabaja, Ali El Romeh, Alejandro Cabezas-Cruz, José de la Fuente
Veröffentlicht in: Ticks and Tick-borne Diseases, Ausgabe 9/1, 2018, Seite(n) 104-108, ISSN 1877-959X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ttbdis.2017.10.001

Quantifying the contribution of four resistance mechanisms to ciprofloxacin MIC in Escherichia coli : a systematic review

Autoren: Boas C L van der Putten, Daniel Remondini, Giovanni Pasquini, Victoria A Janes, Sébastien Matamoros, Constance Schultsz
Veröffentlicht in: Journal of Antimicrobial Chemotherapy, Ausgabe 74/2, 2018, Seite(n) 298-310, ISSN 0305-7453
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jac/dky417

Interactomics and tick vaccine development: new directions for the control of tick-borne diseases

Autoren: Sara Artigas-Jerónimo, José De La Fuente, Margarita Villar
Veröffentlicht in: Expert Review of Proteomics, Ausgabe 15/8, 2018, Seite(n) 627-635, ISSN 1478-9450
Herausgeber: Future Drugs Ltd.
DOI: 10.1080/14789450.2018.1506701

Prevalence, antimicrobial susceptibility and characterization of Staphylococcus aureus and methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolated from dairy industries in north-central and north-eastern Greece

Autoren: Panagiotis Papadopoulos, Theofilos Papadopoulos, Apostolos S. Angelidis, Charalampos Kotzamanidis, Antonios Zdragas, Anna Papa, George Filioussis, Daniel Sergelidis
Veröffentlicht in: International Journal of Food Microbiology, Ausgabe 291, 2019, Seite(n) 35-41, ISSN 0168-1605
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ijfoodmicro.2018.11.007

Characterization of the bacterial microbiota in wild-caught Ixodes ventalloi

Autoren: Sandra Díaz-Sánchez, Angélica Hernández-Jarguín, Alessandra Torina, Isabel G. Fernández de Mera, Valeria Blanda, Santo Caracappa, Christian Gortazar, José de la Fuente
Veröffentlicht in: Ticks and Tick-borne Diseases, Ausgabe 10/2, 2019, Seite(n) 336-343, ISSN 1877-959X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ttbdis.2018.11.014

Atypical Cowpox Virus Infection in a Series of Cats

Autoren: N. Jungwirth, C. Puff, K. Köster, R. Mischke, H. Meyer, A. Stark, B. Thoma, G. Zöller, F. Seehusen, M. Hewicker-Trautwein, A. Beineke, W. Baumgärtner, P. Wohlsein
Veröffentlicht in: Journal of Comparative Pathology, Ausgabe 158, 2018, Seite(n) 71-76, ISSN 0021-9975
Herausgeber: W. B. Saunders Co., Ltd.
DOI: 10.1016/j.jcpa.2017.12.003

Use of Next Generation Sequencing to study two cowpox virus outbreaks

Autoren: Markus H. Antwerpen, Enrico Georgi, Alexandra Nikolic, Gudrun Zoeller, Peter Wohlsein, Wolfgang Baumgärtner, Christophe Peyrefitte, Remi Charrel, Hermann Meyer
Veröffentlicht in: PeerJ, Ausgabe 7, 2019, Seite(n) e6561, ISSN 2167-8359
Herausgeber: PeerJ
DOI: 10.7717/peerj.6561

Transmission patterns and evolution of respiratory syncytial virus in a community outbreak identified by genomic analysis

Autoren: Charles N. Agoti, Patrick K. Munywoki, My V. T. Phan, James R. Otieno, Everlyn Kamau, Anne Bett, Ivy Kombe, George Githinji, Graham F. Medley, Patricia A. Cane, Paul Kellam, Matthew Cotten, D. James Nokes
Veröffentlicht in: Virus Evolution, Ausgabe 3/1, 2017, ISSN 2057-1577
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/ve/vex006

A metaproteomics approach reveals changes in mandibular lymph node microbiota of wild boar naturally exposed to an increasing trend of Mycobacterium tuberculosis complex infection

Autoren: João Queirós, Margarita Villar, Angélica Hernández-Jarguín, Vladimir López, Isabel Fernández de Mera, Joaquín Vicente, Paulo C. Alves, Christian Gortazar, José de la Fuente
Veröffentlicht in: Tuberculosis, Ausgabe 114, 2019, Seite(n) 103-112, ISSN 1472-9792
Herausgeber: Churchill Livingstone
DOI: 10.1016/j.tube.2018.12.003

Hospital outbreak due to Clostridium difficile ribotype 018 (RT018) in Southern Germany

Autoren: Fabian K. Berger, Sabine Gfrörer, Sören L. Becker, Rossella Baldan, Daniela Maria Cirillo, Martinique Frentrup, Matthias Steglich, Pit Engling, Ulrich Nübel, Alexander Mellmann, Markus Bischoff, Barbara Gärtner, Lutz von Müller
Veröffentlicht in: International Journal of Medical Microbiology, Ausgabe 309/3-4, 2019, Seite(n) 189-193, ISSN 1438-4221
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ijmm.2019.03.001

Proficiency testing of virus diagnostics based on bioinformatics analysis of simulated in silico high-throughput sequencing datasets

Autoren: Annika Brinkmann, Andreas Andrusch, Ariane Belka, Claudia Wylezich, Dirk Höper, Anne Pohlmann, Thomas Nordahl Petersen, Pierrick Lucas, Yannick Blanchard, Anna Papa, Angeliki Melidou, Bas B. Oude Munnink, Jelle Matthijnssens, Ward Deboutte, Richard J. Ellis, Florian Hansmann, Wolfgang Baumgärtner, Erhard van der Vries, Albert Osterhaus, Cesare Camma, Iolanda Mangone, Alessio Lorusso, Maurilia Ma
Veröffentlicht in: Journal of Clinical Microbiology, 2019, ISSN 0095-1137
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/jcm.00466-19

A PCR-based NGS protocol for whole genome sequencing of West Nile virus lineage 2 directly from biological specimens

Autoren: Serafeim C. Chaintoutis, Elpida Papadopoulou, Angeliki Melidou, Anna Papa, Chrysostomos I. Dovas
Veröffentlicht in: Molecular and Cellular Probes, 2019, ISSN 0890-8508
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.mcp.2019.06.002

Mass Die-Off of Saiga Antelopes, Kazakhstan, 2015

Autoren: Sasan Fereidouni, Graham L. Freimanis, Mukhit Orynbayev, Paolo Ribeca, John Flannery, Donald P. King, Steffen Zuther, Martin Beer, Dirk Höper, Aidyn Kydyrmanov, Kobey Karamendin, Richard Kock
Veröffentlicht in: Emerging Infectious Diseases, Ausgabe 25/6, 2019, Seite(n) 1169-1176, ISSN 1080-6040
Herausgeber: US National Center for Infectious Diseases
DOI: 10.3201/eid2506.180990

Whole-genome sequencing reveals nosocomial Clostridioides difficile transmission and a previously unsuspected epidemic scenario

Autoren: Sergio García-Fernández, Martinique Frentrup, Matthias Steglich, Aitor Gonzaga, Marta Cobo, Nieves López-Fresneña, Javier Cobo, María-Isabel Morosini, Rafael Cantón, Rosa del Campo, Ulrich Nübel
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 9/1, 2019, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-019-43464-4

Characterization of plasmids harboring blaCTX-M genes in Escherichia coli from French pigs

Autoren: Pierrick Lucas, Eric Jouy, Laetitia Le Devendec, Claire de Boisséson, Agnès Perrin-Guyomard, Thomas Jové, Yannick Blanchard, Fabrice Touzain, Isabelle Kempf
Veröffentlicht in: Veterinary Microbiology, Ausgabe 224, 2018, Seite(n) 100-106, ISSN 0378-1135
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.vetmic.2018.08.005

Towards high quality real-time whole genome sequencing during outbreaks using Usutu virus as example

Autoren: B.B. Oude Munnink, M. Kik, N.D. de Bruijn, R. Kohl, A. van der Linden, C.B.E.M. Reusken, M. Koopmans
Veröffentlicht in: Infection, Genetics and Evolution, Ausgabe 73, 2019, Seite(n) 49-54, ISSN 1567-1348
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.meegid.2019.04.015

Diagnostic approaches for Crimean-Congo hemorrhagic fever virus

Autoren: Anna Papa
Veröffentlicht in: Expert Review of Molecular Diagnostics, Ausgabe 19/6, 2019, Seite(n) 531-536, ISSN 1473-7159
Herausgeber: Future Drugs Ltd.
DOI: 10.1080/14737159.2019.1615450

Emergence of West Nile virus lineage 2 belonging to the Eastern European subclade, Greece

Autoren: Anna Papa, Elpida Papadopoulou, Charikleia Chatzixanthouliou, Petros Glouftsios, Styliani Pappa, Danai Pervanidou, Loukas Georgiou
Veröffentlicht in: Archives of Virology, Ausgabe 164/6, 2019, Seite(n) 1673-1675, ISSN 0304-8608
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00705-019-04243-8

Identification of the novel class D β-lactamase OXA-679 involved in carbapenem resistance in Acinetobacter calcoaceticus

Autoren: Manuela Tietgen, Jan S Kramer, Steffen Brunst, Bardya Djahanschiri, Sonali Wohra, Paul G Higgins, Marko Weidensdorfer, Sara Riedel-Christ, Klaas M Pos, Aitor Gonzaga, Matthias Steglich, Ulrich Nübel, Ingo Ebersberger, Ewgenij Proschak, Stephan Göttig
Veröffentlicht in: Journal of Antimicrobial Chemotherapy, Ausgabe 74/6, 2019, Seite(n) 1494-1502, ISSN 0305-7453
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jac/dkz080

Genetic variability of porcine pegivirus in pigs from Europe and China and insights into tissue tropism

Autoren: Johanna Kennedy, Vanessa Maria Pfankuche, Doris Hoeltig, Alexander Postel, Oliver Keuling, Malgorzata Ciurkiewicz, Wolfgang Baumgärtner, Paul Becher, Christine Baechlein
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 9/1, 2019, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-019-44642-0

Salmonella enterica Serovar Typhi in Bangladesh: Exploration of Genomic Diversity and Antimicrobial Resistance

Autoren: Arif M. Tanmoy, Emilie Westeel, Katrien De Bruyne, Johan Goris, Alain Rajoharison, Mohammad S. I. Sajib, Alex van Belkum, Samir K. Saha, Florence Komurian-Pradel, Hubert P. Endtz
Veröffentlicht in: mBio, Ausgabe 9/6, 2018, ISSN 2161-2129
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mbio.02112-18

Co-circulation of Multidrug-resistant Shigella Among Men Who Have Sex With Men in Australia

Autoren: Danielle J Ingle, Marion Easton, Mary Valcanis, Torsten Seemann, Jason C Kwong, Nicola Stephens, Glen P Carter, Anders Gonçalves da Silva, James Adamopoulos, Sarah L Baines, Kathryn E Holt, Eric P F Chow, Christopher K Fairley, Marcus Y Chen, Martyn D Kirk, Benjamin P Howden, Deborah A Williamson
Veröffentlicht in: Clinical Infectious Diseases, 2019, ISSN 1058-4838
Herausgeber: University of Chicago Press
DOI: 10.1093/cid/ciz005

Emergence and divergence of major lineages of Shiga-toxin-producing Escherichia coli in Australia

Autoren: Danielle J. Ingle, Anders Gonçalves da Silva, Mary Valcanis, Susan A. Ballard, Torsten Seemann, Amy V. Jennison, Ivan Bastian, Rolf Wise, Martyn D. Kirk, Benjamin P. Howden, Deborah A. Williamson
Veröffentlicht in: Microbial Genomics, Ausgabe 5/5, 2019, ISSN 2057-5858
Herausgeber: Microbiology Society
DOI: 10.1099/mgen.0.000268

Whole genome sequencing based typing and characterisation of Shiga-toxin producing Escherichia coli strains belonging to O157 and O26 serotypes and isolated in dairy farms

Autoren: Frederique Pasquali, Federica Palma, Marcello Trevisani, Antonio Parisi, Alex Lucchi, Alessandra De Cesare, Gerardo Manfreda
Veröffentlicht in: Italian Journal of Food Safety, Ausgabe 7/4, 2019, ISSN 2239-7132
Herausgeber: PagePress
DOI: 10.4081/ijfs.2018.7673

Animals as Reservoir for Human Norovirus

Autoren: Nele Villabruna, Marion P. G. Koopmans, Miranda de Graaf
Veröffentlicht in: Viruses, Ausgabe 11/5, 2019, Seite(n) 478, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v11050478

Detection of distinct MERS-Coronavirus strains in dromedary camels from Kenya, 2017

Autoren: Stella Kiambi, Victor M. Corman, Rina Sitawa, Jane Githinji, James Ngoci, Abdullahi S. Ozomata, Emma Gardner, Sophie von Dobschuetz, Subhash Morzaria, Joshua Kimutai, Simon Schroeder, Obadiah Njagi, Piers Simpkin, Gabriel Rugalema, Zelalem Tadesse, Juan Lubroth, Yilma Makonnen, Christian Drosten, Marcel A. Müller, Folorunso O. Fasina
Veröffentlicht in: Emerging Microbes & Infections, Ausgabe 7/1, 2018, Seite(n) 1-4, ISSN 2222-1751
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41426-018-0193-z

Co-circulation of genetically distinct highly pathogenic avian influenza A clade 2.3.4.4 (H5N6) viruses in wild waterfowl and poultry in Europe and East Asia, 2017–18

Autoren: Marjolein J Poen, Divya Venkatesh, Theo M Bestebroer, Oanh Vuong, Rachel D Scheuer, Bas B Oude Munnink, Dennis de Meulder, Mathilde Richard, Thijs Kuiken, Marion P G Koopmans, Leon Kelder, Yong-Joo Kim, Youn-Jeong Lee, Mieke Steensels, Benedicte Lambrecht, Adam Dan, Anne Pohlmann, Martin Beer, Vladimir Savic, Ian H Brown, Ron A M Fouchier, Nicola S Lewis
Veröffentlicht in: Virus Evolution, Ausgabe 5/1, 2019, ISSN 2057-1577
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/ve/vez004

How to value safety in economic evaluations in health care? A review of applications in different sectors

Autoren: Meg Perry-Duxbury, Job van Exel, Werner Brouwer
Veröffentlicht in: The European Journal of Health Economics, 2019, ISSN 1618-7598
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s10198-019-01076-9

Bacterial whole genome-based phylogeny: construction of a new benchmarking dataset and assessment of some existing methods

Autoren: Johanne Ahrenfeldt, Carina Skaarup, Henrik Hasman, Anders Gorm Pedersen, Frank Møller Aarestrup, Ole Lund
Veröffentlicht in: BMC Genomics, Ausgabe 18/1, 2017, ISSN 1471-2164
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12864-016-3407-6

Global phylogeography and ancient evolution of the widespread human gut virus crAssphage

Autoren: Robert A. Edwards, Alejandro A. Vega, Holly M. Norman, Maria Ohaeri, Kyle Levi, Elizabeth A. Dinsdale, Ondrej Cinek, Ramy K. Aziz, Katelyn McNair, Jeremy J. Barr, Kyle Bibby, Stan J. J. Brouns, Adrian Cazares, Patrick A. de Jonge, Christelle Desnues, Samuel L. Díaz Muñoz, Peter C. Fineran, Alexander Kurilshikov, Rob Lavigne, Karla Mazankova, David T. McCarthy, Franklin L. Nobrega, Alejandro Reye
Veröffentlicht in: Nature Microbiology, 2019, ISSN 2058-5276
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41564-019-0494-6

Worldwide human mitochondrial haplogroup distribution from urban sewage

Autoren: Orsolya Anna Pipek, Anna Medgyes-Horváth, László Dobos, József Stéger, János Szalai-Gindl, Dávid Visontai, Rolf S. Kaas, Marion Koopmans, Rene S. Hendriksen, Frank M. Aarestrup, István Csabai
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 9/1, 2019, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-019-48093-5

Immunolabelling of non-phosphorylated neurofilament indicates damage of spinal cord axons in TSE-infected goats

Autoren: M. Nadeem, I. Spitzbarth, V. Haist, K. Rohn, K. Tauscher, K. Rohn, A. Bossers, J. Langeveld, P. Papasavva-Stylianou, M. H. Groschup, W. Baumgärtner, I. Gerhauser, C. Fast
Veröffentlicht in: Veterinary Record, Ausgabe 178/6, 2016, Seite(n) 141.1-141, ISSN 0042-4900
Herausgeber: British Veterinary Association
DOI: 10.1136/vr.103425

Sharing Data for Global Infectious Disease Surveillance and Outbreak Detection

Autoren: Frank M. Aarestrup, Marion G. Koopmans
Veröffentlicht in: Trends in Microbiology, Ausgabe 24/4, 2016, Seite(n) 241-245, ISSN 0966-842X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tim.2016.01.009

Complete Genome Sequence of a Porcine Epidemic Diarrhea S Gene Indel Strain Isolated in France in December 2014

Autoren: Béatrice Grasland, Lionel Bigault, Cécilia Bernard, Hélène Quenault, Olivier Toulouse, Christelle Fablet, Nicolas Rose, Fabrice Touzain, Yannick Blanchard
Veröffentlicht in: Genome Announcements, Ausgabe 3/3, 2015, Seite(n) e00535-15, ISSN 2169-8287
Herausgeber: American Society of Microbiologists
DOI: 10.1128/genomeA.00535-15

Influenza A(H5N8) Virus Similar to Strain in Korea Causing Highly Pathogenic Avian Influenza in Germany

Autoren: Timm Harder, Sebastian Maurer-Stroh, Anne Pohlmann, Elke Starick, Detlef Höreth-Böntgen, Karin Albrecht, Gunter Pannwitz, Jens Teifke, Vithiagaran Gunalan, Raphael T.C. Lee, Carola Sauter-Louis, Timo Homeier, Christoph Staubach, Carola Wolf, Günter Strebelow, Dirk Höper, Christian Grund, Franz J. Conraths, Thomas C. Mettenleiter, Martin Beer
Veröffentlicht in: Emerging Infectious Diseases, Ausgabe 21/5, 2015, Seite(n) 860-863, ISSN 1080-6040
Herausgeber: US National Center for Infectious Diseases
DOI: 10.3201/eid2105.141897

Lessons from Ebola: Improving infectious disease surveillance to inform outbreak management

Autoren: M. E. J. Woolhouse, A. Rambaut, P. Kellam
Veröffentlicht in: Science Translational Medicine, Ausgabe 7/307, 2015, Seite(n) 307rv5-307rv5, ISSN 1946-6234
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/scitranslmed.aab0191

Colistin-resistant Escherichia coli harbouring mcr-1 isolated from food animals in Hanoi, Vietnam

Autoren: Surbhi Malhotra-Kumar, Basil Britto Xavier, Anupam J Das, Christine Lammens, Ha Thi Thu Hoang, Ngoc Thi Pham, Herman Goossens
Veröffentlicht in: The Lancet Infectious Diseases, Ausgabe 16/3, 2016, Seite(n) 286-287, ISSN 1473-3099
Herausgeber: The Lancet Publishing Group
DOI: 10.1016/S1473-3099(16)00014-1

Recovering full-length viral genomes from metagenomes

Autoren: Saskia L. Smits, Rogier Bodewes, Aritz Ruiz-González, Wolfgang Baumgärtner, Marion P. Koopmans, Albert D. M. E. Osterhaus, Anita C. Schürch
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 6, 2015, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2015.01069

Dissemination of the mcr-1 colistin resistance gene

Autoren: Maris S Arcilla, Jarne M van Hattem, Sebastien Matamoros, Damian C Melles, John Penders, Menno D de Jong, Constance Schultsz
Veröffentlicht in: The Lancet Infectious Diseases, Ausgabe 16/2, 2016, Seite(n) 147-149, ISSN 1473-3099
Herausgeber: The Lancet Publishing Group
DOI: 10.1016/S1473-3099(15)00541-1

Spatiotemporal analysis of the genetic diversity of seal influenza A(H10N7) virus, Northwestern Europe

Autoren: Rogier Bodewes, Siamak Zohari, Jesper S. Krog, Matthew D. Hall, Timm C. Harder, Theo M. Bestebroer, Marco W.G. van de Bildt, Monique I. Spronken, Lars E. Larsen, Ursula Siebert, Peter Wohlsein, Christina Puff, Frauke Seehusen, Wolfgang Baumgärtner, Tero Härkönen, Saskia L. Smits, Sander Herfst, Albert D.M.E. Osterhaus, Ron A.M. Fouchier, Marion P. Koopmans, Thijs Kuiken
Veröffentlicht in: Journal of Virology, 2016, Seite(n) JVI.03046-15, ISSN 0022-538X
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/JVI.03046-15

Genetic detection of hantaviruses in rodents, Albania

Autoren: Anna Papa, Elton Rogozi, Enkelejda Velo, Evangelia Papadimitriou, Silvia Bino
Veröffentlicht in: Journal of Medical Virology, 2016, Seite(n) n/a-n/a, ISSN 0146-6615
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/jmv.24486

Evolutionary origins of hepatitis A virus in small mammals

Autoren: Jan Felix Drexler, Victor M. Corman, Alexander N. Lukashev, Judith M. A. van den Brand, Anatoly P. Gmyl, Sebastian Brünink, Andrea Rasche, Nicole Seggewiβ, Hui Feng, Lonneke M. Leijten, Peter Vallo, Thijs Kuiken, Andreas Dotzauer, Rainer G. Ulrich, Stanley M. Lemon, Christian Drosten
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 112/49, 2015, Seite(n) 15190-15195, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1516992112

Detection of Circovirus in Foxes with Meningoencephalitis, United Kingdom, 2009–2013

Autoren: Steve Bexton, Lidewij C. Wiersma, Sarah Getu, Peter R. van Run, Georges M.G.M. Verjans, Debby Schipper, Claudia M.E. Schapendonk, Rogier Bodewes, Lucy Oldroyd, Bart L. Haagmans, Marion M.P. Koopmans, Saskia L. Smits
Veröffentlicht in: Emerging Infectious Diseases, Ausgabe 21/7, 2015, Seite(n) 1205-1208, ISSN 1080-6040
Herausgeber: US National Center for Infectious Diseases
DOI: 10.3201/eid2107.150228

Detection of mcr-1 encoding plasmid-mediated colistin-resistant Escherichia coli isolates from human bloodstream infection and imported chicken meat, Denmark 2015

Autoren: Henrik Hasman, Anette M. Hammerum, Frank Hansen, Rene S. Hendriksen, Bente Olesen, Yvonne Agersø, Ea Zankari, Pimlapas Leekitcharoenphon, Marc Stegger, Rolf S. Kaas, Lina M. Cavaco, Dennis S. Hansen, Frank M. Aarestrup, Robert L. Skov
Veröffentlicht in: Eurosurveillance, Ausgabe 20/49, 2015, ISSN 1025-496X
Herausgeber: Centre Europeen pour la Surveillance Epidemiologique du SIDA
DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2015.20.49.30085

Consolidating and Exploring Antibiotic Resistance Gene Data Resources

Autoren: Basil Britto Xavier, Anupam J. Das, Guy Cochrane, Sandra De Ganck, Samir Kumar-Singh, Frank Møller Aarestrup, Herman Goossens, Surbhi Malhotra-Kumar
Veröffentlicht in: Journal of Clinical Microbiology, Ausgabe 54/4, 2016, Seite(n) 851-859, ISSN 0095-1137
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/JCM.02717-15

Genotypic anomaly in Ebola virus strains circulating in Magazine Wharf area, Freetown, Sierra Leone, 2015

Autoren: Saskia L Smits, Suzan D Pas, Chantal B Reusken, Bart L Haagmans, Peirro Pertile, Corrado Cancedda, Kerry Dierberg, Isata Wurie, Abdul Kamara, David Kargbo, Sarah L Caddy, Armando Arias, Lucy Thorne, Jia Lu, Umaru Jah, Ian Goodfellow, Marion P Koopmans
Veröffentlicht in: Eurosurveillance, Ausgabe 20/40, 2015, ISSN 1025-496X
Herausgeber: Centre Europeen pour la Surveillance Epidemiologique du SIDA
DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2015.20.40.30035

Molecular epidemiology of Crimean-Congo hemorrhagic fever in Bulgaria-An update

Autoren: Anna Papa, Styliani Pappa, Elitsa Panayotova, Elpida Papadopoulou, Iva Christova
Veröffentlicht in: Journal of Medical Virology, Ausgabe 88/5, 2016, Seite(n) 769-773, ISSN 0146-6615
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/jmv.24400

Colistin resistance gene mcr-1 harboured on a multidrug resistant plasmid

Autoren: Surbhi Malhotra-Kumar, Basil Britto Xavier, Anupam J Das, Christine Lammens, Patrick Butaye, Herman Goossens
Veröffentlicht in: The Lancet Infectious Diseases, Ausgabe 16/3, 2016, Seite(n) 283-284, ISSN 1473-3099
Herausgeber: The Lancet Publishing Group
DOI: 10.1016/S1473-3099(16)00012-8

Meta-genomic analysis of toilet waste from long distance flights; a step towards global surveillance of infectious diseases and antimicrobial resistance

Autoren: Thomas Nordahl Petersen, Simon Rasmussen, Henrik Hasman, Christian Carøe, Jacob Bælum, Anna Charlotte Schultz, Lasse Bergmark, Christina A. Svendsen, Ole Lund, Thomas Sicheritz-Pontén, Frank M. Aarestrup
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 5, 2015, Seite(n) 11444, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/srep11444

Wild bird surveillance around outbreaks of highly pathogenic avian influenza A(H5N8) virus in the Netherlands, 2014, within the context of global flyways

Autoren: J Verhagen, H van der Jeugd, B Nolet, R Slaterus, S Kharitonov, P de Vries, O Vuong, F Majoor, T Kuiken, R Fouchier
Veröffentlicht in: Eurosurveillance, Ausgabe 20/12, 2015, Seite(n) 21069, ISSN 1560-7917
Herausgeber: European Commission
DOI: 10.2807/1560-7917.ES2015.20.12.21069

The Risk of Infection by African Swine Fever Virus in European Swine Through Boar Movement and Legal Trade of Pigs and Pig Meat

Autoren: Rachel A. Taylor, Roberto Condoleo, Robin R. L. Simons, Paul Gale, Louise A. Kelly, Emma L. Snary
Veröffentlicht in: Frontiers in Veterinary Science, Ausgabe 6, 2020, ISSN 2297-1769
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fvets.2019.00486

Science-based wildlife disease response

Autoren: Joaquín Vicente, Marco Apollonio, Jose A. Blanco-Aguiar, Tomasz Borowik, Francesca Brivio, Jim Casaer, Simon Croft, Göran Ericsson, Ezio Ferroglio, Dolores Gavier-Widen, Christian Gortázar, Patrick A. Jansen, Oliver Keuling, Rafał Kowalczyk, Karolina Petrovic, Radim Plhal, Tomasz Podgórski, Marie Sange, Massimo Scandura, Krzysztof Schmidt, Graham C. Smith, Ramon Soriguer, Hans-Hermann Thulke,
Veröffentlicht in: Science, Ausgabe 364/6444, 2019, Seite(n) 943.2-944, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aax4310

The COMPARE Data Hubs

Autoren: Clara Amid, Nima Pakseresht, Nicole Silvester, Suran Jayathilaka, Ole Lund, Lukasz D Dynovski, Bálint Á Pataki, Dávid Visontai, Basil Britto Xavier, Blaise T F Alako, Ariane Belka, Jose L B Cisneros, Matthew Cotten, George B Haringhuizen, Peter W Harrison, Dirk Höper, Sam Holt, Camilla Hundahl, Abdulrahman Hussein, Rolf S Kaas, Xin Liu, Rasko Leinonen, Surbhi Malhotra-Kumar, David F Nieuwenhui
Veröffentlicht in: Database, Ausgabe 2019, 2019, ISSN 1758-0463
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/database/baz136

Evolutionary dynamics of lineage 2 West Nile virus in Europe, 2004–2018: Phylogeny, selection pressure and phylogeography

Autoren: Serafeim C. Chaintoutis, Anna Papa, Danai Pervanidou, Chrysostomos I. Dovas
Veröffentlicht in: Molecular Phylogenetics and Evolution, Ausgabe 141, 2019, Seite(n) 106617, ISSN 1055-7903
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ympev.2019.106617

Virus persistence in pig herds led to successive reassortment events between swine and human influenza A viruses, resulting in the emergence of a novel triple-reassortant swine influenza virus

Autoren: Amélie Chastagner, Emilie Bonin, Christelle Fablet, Stéphane Quéguiner, Edouard Hirchaud, Pierrick Lucas, Stéphane Gorin, Nicolas Barbier, Véronique Béven, Emmanuel Garin, Yannick Blanchard, Nicolas Rose, Séverine Hervé, Gaëlle Simon
Veröffentlicht in: Veterinary Research, Ausgabe 50/1, 2019, ISSN 1297-9716
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13567-019-0699-y

Bidirectional Human–Swine Transmission of Seasonal Influenza A(H1N1)pdm09 Virus in Pig Herd, France, 2018

Autoren: Amélie Chastagner, Vincent Enouf, David Peroz, Séverine Hervé, Pierrick Lucas, Stéphane Quéguiner, Stéphane Gorin, Véronique Beven, Sylvie Behillil, Philippe Leneveu, Emmanuel Garin, Yannick Blanchard, Sylvie van der Werf, Gaëlle Simon
Veröffentlicht in: Emerging Infectious Diseases, Ausgabe 25/10, 2019, Seite(n) 1940-1943, ISSN 1080-6040
Herausgeber: US National Center for Infectious Diseases
DOI: 10.3201/eid2510.190068

A Field Recombinant Strain Derived from Two Type 1 Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus (PRRSV-1) Modified Live Vaccines Shows Increased Viremia and Transmission in SPF Pigs

Autoren: Julie Eclercy, Patricia Renson, Arnaud Lebret, Edouard Hirchaud, Valérie Normand, Mathieu Andraud, Frédéric Paboeuf, Yannick Blanchard, Nicolas Rose, Olivier Bourry
Veröffentlicht in: Viruses, Ausgabe 11/3, 2019, Seite(n) 296, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v11030296

A Deep-Sequencing Workflow for the Fast and Efficient Generation of High-Quality African Swine Fever Virus Whole-Genome Sequences

Autoren: Jan Forth, Leonie Forth, Jacqueline King, Oxana Groza, Alexandra Hübner, Ann Olesen, Dirk Höper, Linda Dixon, Christopher Netherton, Thomas Rasmussen, Sandra Blome, Anne Pohlmann, Martin Beer
Veröffentlicht in: Viruses, Ausgabe 11/9, 2019, Seite(n) 846, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v11090846

Genomic polymorphism of Mycoplasma flocculare revealed by a newly developed multilocus sequence typing scheme

Autoren: Sarah Fourour, Pierrick Lucas, Fabrice Touzain, Véronique Tocqueville, Anne V. Gautier-Bouchardon, Isabelle Kempf, Corinne Marois-Créhan
Veröffentlicht in: Veterinary Microbiology, Ausgabe 237, 2019, Seite(n) 108422, ISSN 0378-1135
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.vetmic.2019.108422

Pathogen surveillance in the informal settlement, Kibera, Kenya, using a metagenomics approach

Autoren: Rene S. Hendriksen, Oksana Lukjancenko, Patrick Munk, Mathis H. Hjelmsø, Jennifer R. Verani, Eric Ng’eno, Godfrey Bigogo, Samuel Kiplangat, Traoré Oumar, Lasse Bergmark, Timo Röder, John C. Neatherlin, Onyango Clayton, Tine Hald, Susanne Karlsmose, Sünje J. Pamp, Barry Fields, Joel M. Montgomery, Frank M. Aarestrup
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 14/10, 2019, Seite(n) e0222531, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0222531

Specific gut microbiome members are associated with distinct immune markers in pediatric allogeneic hematopoietic stem cell transplantation

Autoren: Anna Cäcilia Ingham, Katrine Kielsen, Malene Skovsted Cilieborg, Ole Lund, Susan Holmes, Frank M. Aarestrup, Klaus Gottlob Müller, Sünje Johanna Pamp
Veröffentlicht in: Microbiome, Ausgabe 7/1, 2019, ISSN 2049-2618
Herausgeber: NLM (Medline)
DOI: 10.1186/s40168-019-0745-z

Application of different DNA extraction procedures, library preparation protocols and sequencing platforms: impact on sequencing results

Autoren: F. Pasquali, I. Do Valle, F. Palma, D. Remondini, G. Manfreda, G. Castellani, R.S. Hendriksen, A. De Cesare
Veröffentlicht in: Heliyon, Ausgabe 5/10, 2019, Seite(n) e02745, ISSN 2405-8440
Herausgeber: Elsevier Ltd
DOI: 10.1016/j.heliyon.2019.e02745

Genetic Characterization and Zoonotic Potential of Highly Pathogenic Avian Influenza Virus A(H5N6/H5N5), Germany, 2017–2018

Autoren: Anne Pohlmann, Donata Hoffmann, Christian Grund, Susanne Koethe, Daniela Hüssy, Simone M. Meier, Jacqueline King, Jan Schinköthe, Reiner Ulrich, Timm Harder, Martin Beer
Veröffentlicht in: Emerging Infectious Diseases, Ausgabe 25/10, 2019, Seite(n) 1973-1976, ISSN 1080-6040
Herausgeber: US National Center for Infectious Diseases
DOI: 10.3201/eid2510.181931

Metagenomics for broad and improved parasite detection: a proof-of-concept study using swine faecal samples

Autoren: Claudia Wylezich, Ariane Belka, Dennis Hanke, Martin Beer, Sandra Blome, Dirk Höper
Veröffentlicht in: International Journal for Parasitology, Ausgabe 49/10, 2019, Seite(n) 769-777, ISSN 0020-7519
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ijpara.2019.04.007

IS26-Mediated Transfer of blaNDM–1 as the Main Route of Resistance Transmission During a Polyclonal, Multispecies Outbreak in a German Hospital

Autoren: Robert E. Weber, Michael Pietsch, Andre Frühauf, Yvonne Pfeifer, Maria Martin, Dirk Luft, Sören Gatermann, Niels Pfennigwerth, Martin Kaase, Guido Werner, Stephan Fuchs
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 10, 2019, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2019.02817

Analysis of isolates from Bangladesh highlights multiple ways to carry resistance genes in Salmonella Typhi

Autoren: Nicholas Costa Barroso Lima, Arif M. Tanmoy, Emilie Westeel, Luiz Gonzaga Paula de Almeida, Alain Rajoharison, Maksuda Islam, Hubert P. Endtz, Samir K. Saha, Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos, Florence Komurian-Pradel
Veröffentlicht in: BMC Genomics, Ausgabe 20/1, 2019, ISSN 1471-2164
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12864-019-5916-6

Nosocomial infections caused by Crimean-Congo haemorrhagic fever virus

Autoren: Katerina Tsergouli, Theodoros Karampatakis, Anna-Bettina Haidich, Symeon Metallidis, Anna Papa
Veröffentlicht in: Journal of Hospital Infection, 2019, ISSN 0195-6701
Herausgeber: W. B. Saunders Co., Ltd.
DOI: 10.1016/j.jhin.2019.12.001

Staphylococcus aureus and methicillin-resistant S. aureus (MRSA) in bulk tank milk, livestock and dairy-farm personnel in north-central and north-eastern Greece: Prevalence, characterization and genetic relatedness

Autoren: Panagiotis Papadopoulos, Apostolos S. Angelidis, Theofilos Papadopoulos, Charalampos Kotzamanidis, Antonios Zdragas, Anna Papa, George Filioussis, Daniel Sergelidis
Veröffentlicht in: Food Microbiology, Ausgabe 84, 2019, Seite(n) 103249, ISSN 0740-0020
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.fm.2019.103249

Molecular detection of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus in ticks, Greece, 2012–2014

Autoren: Anna Papa, Anastasia Kontana, Katerina Tsioka, Ilias Chaligiannis, Smaragda Sotiraki
Veröffentlicht in: Parasitology Research, Ausgabe 116/11, 2017, Seite(n) 3057-3063, ISSN 0932-0113
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00436-017-5616-6

Informal genomic surveillance of regional distribution of Salmonella Typhi genotypes and antimicrobial resistance via returning travellers

Autoren: Danielle J. Ingle, Satheesh Nair, Hassan Hartman, Philip M. Ashton, Zoe A. Dyson, Martin Day, Joanne Freedman, Marie A. Chattaway, Kathryn E. Holt, Timothy J. Dallman
Veröffentlicht in: PLOS Neglected Tropical Diseases, Ausgabe 13/9, 2019, Seite(n) e0007620, ISSN 1935-2727
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pntd.0007620

Source Attribution of Salmonella in Macadamia Nuts to Animal and Environmental Reservoirs in Queensland, Australia

Autoren: Nanna Munck, James Smith, John Bates, Kathryn Glass, Tine Hald, Martyn D. Kirk
Veröffentlicht in: Foodborne Pathogens and Disease, 2019, ISSN 1535-3141
Herausgeber: Mary Ann Liebert Inc.
DOI: 10.1089/fpd.2019.2706

A Simple and Robust Statistical Method to Define Genetic Relatedness of Samples Related to Outbreaks at the Genomic Scale – Application to Retrospective Salmonella Foodborne Outbreak Investigations

Autoren: Nicolas Radomski, Sabrina Cadel-Six, Emeline Cherchame, Arnaud Felten, Pauline Barbet, Federica Palma, Ludovic Mallet, Simon Le Hello, François-Xavier Weill, Laurent Guillier, Michel-Yves Mistou
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 10, 2019, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2019.02413

Genetic Diversity of Salmonella Derby from the Poultry Sector in Europe

Autoren: Yann Sévellec, Arnaud Felten, Nicolas Radomski, Sophie Granier, Simon Le Hello, Liljana Petrovska, Michel-Yves Mistou, Sabrina Cadel-Six
Veröffentlicht in: Pathogens, Ausgabe 8/2, 2019, Seite(n) 46, ISSN 2076-0817
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/pathogens8020046

Genetic and metabolic signatures of Salmonella enterica subsp. enterica associated with animal sources at the pangenomic scale

Autoren: Meryl Vila Nova, Kévin Durimel, Kévin La, Arnaud Felten, Philippe Bessières, Michel-Yves Mistou, Mahendra Mariadassou, Nicolas Radomski
Veröffentlicht in: BMC Genomics, Ausgabe 20/1, 2019, ISSN 1471-2164
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12864-019-6188-x

Evolutionary Insights into the Tick Hologenome

Autoren: Sandra Díaz-Sánchez, Agustín Estrada-Peña, Alejandro Cabezas-Cruz, José de la Fuente
Veröffentlicht in: Trends in Parasitology, Ausgabe 35/9, 2019, Seite(n) 725-737, ISSN 1471-4922
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.pt.2019.06.014

An evolutionary divergent pestivirus lacking the N pro gene systemically infects a whale species

Autoren: Wendy K. Jo, Cornelis van Elk, Marco van de Bildt, Peter van Run, Monique Petry, Sonja T. Jesse, Klaus Jung, Martin Ludlow, Thijs Kuiken, Albert Osterhaus
Veröffentlicht in: Emerging Microbes & Infections, Ausgabe 8/1, 2019, Seite(n) 1383-1392, ISSN 2222-1751
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1080/22221751.2019.1664940

Characterization of Norovirus and Other Human Enteric Viruses in Sewage and Stool Samples Through Next-Generation Sequencing

Autoren: Sofia Strubbia, My V. T. Phan, Julien Schaeffer, Marion Koopmans, Matthew Cotten, Françoise S. Le Guyader
Veröffentlicht in: Food and Environmental Virology, Ausgabe 11/4, 2019, Seite(n) 400-409, ISSN 1867-0334
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s12560-019-09402-3

Metavirome Sequencing to Evaluate Norovirus Diversity in Sewage and Related Bioaccumulated Oysters

Autoren: Sofia Strubbia, Julien Schaeffer, Bas B. Oude Munnink, Alban Besnard, My V. T. Phan, David F. Nieuwenhuijse, Miranda de Graaf, Claudia M. E. Schapendonk, Candice Wacrenier, Matthew Cotten, Marion P. G. Koopmans, Françoise S. Le Guyader
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 10, 2019, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2019.02394

Detection of flaviviruses and alphaviruses in mosquitoes in Central Macedonia, Greece, 2018

Autoren: Anna Papa, Sandra Gewehr, Katerina Tsioka, Stella Kalaitzopoulou, Styliani Pappa, Spiros Mourelatos
Veröffentlicht in: Acta Tropica, Ausgabe 202, 2020, Seite(n) 105278, ISSN 0001-706X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.actatropica.2019.105278

Transmission dynamics between infected waterfowl and terrestrial poultry: Differences between the transmission and tropism of H5N8 highly pathogenic avian influenza virus (clade 2.3.4.4a) among ducks, chickens and turkeys

Autoren: Anita Puranik, Marek J. Slomka, Caroline J. Warren, Saumya S. Thomas, Sahar Mahmood, Alexander M.P. Byrne, Andrew M. Ramsay, Paul Skinner, Samantha Watson, Helen E. Everett, Alejandro Núñez, Ian H. Brown, Sharon M. Brookes
Veröffentlicht in: Virology, Ausgabe 541, 2020, Seite(n) 113-123, ISSN 0042-6822
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.virol.2019.10.014

Enzootic patterns of Middle East respiratory syndrome coronavirus in imported African and local Arabian dromedary camels: a prospective genomic study

Autoren: Sherif A El-Kafrawy, Victor M Corman, Ahmed M Tolah, Saad B Al Masaudi, Ahmed M Hassan, Marcel A Müller, Tobias Bleicker, Steve M Harakeh, Abdulrahman A Alzahrani, Ghaleb A Alsaaidi, Abdulaziz N Alagili, Anwar M Hashem, Alimuddin Zumla, Christian Drosten, Esam I Azhar
Veröffentlicht in: The Lancet Planetary Health, Ausgabe 3/12, 2019, Seite(n) e521-e528, ISSN 2542-5196
Herausgeber: Elsevier B.V.
DOI: 10.1016/s2542-5196(19)30243-8

Microbiota analysis and microbiological hazard assessment in poultry carcasses from conventional and antibiotic free farms

Autoren: Alessandra De Cesare, Antonio Parisi, Alex Lucchi, Loredana Capozzi, Angela Bianco, Frederique Pasquali, Gerardo Manfreda
Veröffentlicht in: Italian Journal of Food Safety, Ausgabe 7/4, 2018, ISSN 2239-7132
Herausgeber: PagePress
DOI: 10.4081/ijfs.2018.7706

Attenuation of replication by a 29 nucleotide deletion in SARS-coronavirus acquired during the early stages of human-to-human transmission

Autoren: Doreen Muth, Victor Max Corman, Hanna Roth, Tabea Binger, Ronald Dijkman, Lina Theresa Gottula, Florian Gloza-Rausch, Andrea Balboni, Mara Battilani, Danijela Rihtarič, Ivan Toplak, Ramón Seage Ameneiros, Alexander Pfeifer, Volker Thiel, Jan Felix Drexler, Marcel Alexander Müller, Christian Drosten
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 8/1, 2018, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-018-33487-8

Novel composite SCCmec type III element in ST239 MRSA isolated from an Indian hospital

Autoren: Jasmine Coppens, Basil Britto Xavier, Lavanya Vanjari, Sarah De Backer, Christine Lammens, Lakshmi Vemu, Herman Goossens, Surbhi Malhotra-Kumar
Veröffentlicht in: Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 2018, ISSN 0305-7453
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/JAC/DKY399

Prediction of Acquired Antimicrobial Resistance for Multiple Bacterial Species Using Neural Networks

Autoren: D. Aytan-Aktug, P. T. L. C. Clausen, V. Bortolaia, F. M. Aarestrup, O. Lund
Veröffentlicht in: mSystems, Ausgabe 5/1, 2020, ISSN 2379-5077
Herausgeber: American Society for Microbiology Journals
DOI: 10.1128/msystems.00774-19

Metaphylogenetic analysis of global sewage reveals that bacterial strains associated with human disease show less degree of geographic clustering

Autoren: Johanne Ahrenfeldt, Madina Waisi, Isabella C. Loft, Philip T. L. C. Clausen, Rosa Allesøe, Judit Szarvas, Rene S. Hendriksen, Frank M. Aarestrup, Ole Lund
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 10/1, 2020, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-59292-w

Large scale automated phylogenomic analysis of bacterial isolates and the Evergreen Online platform

Autoren: Judit Szarvas, Johanne Ahrenfeldt, Jose Luis Bellod Cisneros, Martin Christen Frølund Thomsen, Frank M. Aarestrup, Ole Lund
Veröffentlicht in: Communications Biology, Ausgabe 3/1, 2020, ISSN 2399-3642
Herausgeber: Nature Publishing Group UK
DOI: 10.1038/s42003-020-0869-5

Emerging arboviral human diseases in Southern Europe

Autoren: Anna Papa
Veröffentlicht in: Journal of Medical Virology, Ausgabe 89/8, 2017, Seite(n) 1315-1322, ISSN 0146-6615
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/jmv.24803

Effect of blood type on anti-α-Gal immunity and the incidence of infectious diseases

Autoren: Alejandro Cabezas-Cruz, Lourdes Mateos-Hernández, Pilar Alberdi, Margarita Villar, Gilles Riveau, Emmanuel Hermann, Anne-Marie Schacht, Jamal Khalife, Margarida Correia-Neves, Christian Gortazar, José de la Fuente
Veröffentlicht in: Experimental & Molecular Medicine, Ausgabe 49/3, 2017, Seite(n) e301, ISSN 1226-3613
Herausgeber: Korean Society of Medical Biochemistry and Molecular Biology
DOI: 10.1038/emm.2016.164

Human influence and biotic homogenization drive the distribution of Escherichia coli virulence genes in natural habitats

Autoren: Adriana Cabal, Joaquin Vicente, Julio Alvarez, Jose Angel Barasona, Mariana Boadella, Lucas Dominguez, Christian Gortazar
Veröffentlicht in: MicrobiologyOpen, Ausgabe 6/3, 2017, Seite(n) e00445, ISSN 2045-8827
Herausgeber: John Wiley and Sons Inc.
DOI: 10.1002/mbo3.445

Next-generation sequencing and norovirus

Autoren: Matthew Cotten, Marion Koopmans
Veröffentlicht in: Future Virology, Ausgabe 11/11, 2016, Seite(n) 719-722, ISSN 1746-0794
Herausgeber: Future Medicine Ltd.
DOI: 10.2217/fvl-2016-0099

Severe acute respiratory infection caused by swine influenza virus in a child necessitating extracorporeal membrane oxygenation (ECMO), the Netherlands, October 2016

Autoren: Pieter L A Fraaij, Enno D Wildschut, Robert J Houmes, Corien M Swaan, Christian J Hoebe, H C C de Jonge, Paulien Tolsma, Isme de Kleer, Suzan D Pas, Bas B Oude Munnink, My V T Phan, Theo M Bestebroer, R Shanty Roosenhoff, Jeroen J A van Kampen, Matthew Cotten, Nancy Beerens, Ron A M Fouchier, Johannes H van den Kerkhof, Aura Timen, Marion P Koopmans
Veröffentlicht in: Eurosurveillance, Ausgabe 21/48, 2016, ISSN 1025-496X
Herausgeber: Centre Europeen pour la Surveillance Epidemiologique du SIDA
DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2016.21.48.30416

Epidemiological and Molecular Analysis of an Outbreak of Highly Pathogenic Avian Influenza H5N8 clade 2.3.4.4 in a German Zoo: Effective Disease Control with Minimal Culling

Autoren: A. Globig, E. Starick, T. Homeier, A. Pohlmann, C. Grund, P. Wolf, A. Zimmermann, C. Wolf, D. Heim, H. Schlößer, S. Zander, M. Beer, F. J. Conraths, T. C. Harder
Veröffentlicht in: Transboundary and Emerging Diseases, 2016, ISSN 1865-1674
Herausgeber: Blackwell-Wiss.-Verl
DOI: 10.1111/tbed.12570

Dual Emergence of Usutu Virus in Common Blackbirds, Eastern France, 2015

Autoren: Sylvie Lecollinet, Yannick Blanchard, Christine Manson, Steeve Lowenski, Eve Laloy, Hélène Quenault, Fabrice Touzain, Pierrick Lucas, Cyril Eraud, Céline Bahuon, Stéphan Zientara, Cécile Beck, Anouk Decors
Veröffentlicht in: Emerging Infectious Diseases, Ausgabe 22/12, 2016, Seite(n) 2225-2225, ISSN 1080-6040
Herausgeber: US National Center for Infectious Diseases
DOI: 10.3201/eid2212.161272

Genome Sequences of a Novel Vietnamese Bat Bunyavirus

Autoren: Bas B. Oude Munnink, My V. T. Phan, Lia van der Hoek, Paul Kellam, Matthew Cotten
Veröffentlicht in: Genome Announcements, Ausgabe 4/6, 2016, Seite(n) e01366-16, ISSN 2169-8287
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/genomeA.01366-16

Bacterial pathogens and endosymbionts in ticks

Autoren: Anna Papa, Katerina Tsioka, Anastasia Kontana, Christos Papadopoulos, Nektarios Giadinis
Veröffentlicht in: Ticks and Tick-borne Diseases, Ausgabe 8/1, 2017, Seite(n) 31-35, ISSN 1877-959X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ttbdis.2016.09.011

A novel alphaherpesvirus associated with fatal diseases in banded Penguins

Autoren: Florian Pfaff​, Christoph Schulze​, Patricia König​, Kati Franzke​, Sabine Bock​, Andreas Hlinak​, Jens Kämmerling​, Andreas Ochs​, André Schüle​, Thomas C. Mettenleiter​, Dirk Höper1​, Martin Beer
Veröffentlicht in: Journal of General Virology, Ausgabe 98/1, 2017, Seite(n) 89-95, ISSN 0022-1317
Herausgeber: Society for General Microbiology
DOI: 10.1099/jgv.0.000698

A novel astrovirus associated with encephalitis and ganglionitis in domestic sheep

Autoren: F. Pfaff, K. Schlottau, S. Scholes, A. Courtenay, B. Hoffmann, D. Höper, M. Beer
Veröffentlicht in: Transboundary and Emerging Diseases, Ausgabe 64/3, 2017, Seite(n) 677-682, ISSN 1865-1674
Herausgeber: Blackwell-Wiss.-Verl
DOI: 10.1111/tbed.12623

Unbiased whole-genome deep sequencing of human and porcine stool samples reveals circulation of multiple groups of rotaviruses and a putative zoonotic infection

Autoren: My V. T. Phan, Pham Hong Anh, Nguyen Van Cuong, Bas B. Oude Munnink, Lia van der Hoek, Phuc Tran My, Tue Ngo Tri, Juliet E. Bryant, Stephen Baker, Guy Thwaites, Mark Woolhouse, Paul Kellam, Maia A. Rabaa, Matthew Cotten
Veröffentlicht in: Virus Evolution, Ausgabe 2/2, 2016, Seite(n) vew027, ISSN 2057-1577
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/ve/vew027

Outbreaks among Wild Birds and Domestic Poultry Caused by Reassorted Influenza A(H5N8) Clade 2.3.4.4 Viruses, Germany, 2016

Autoren: Anne Pohlmann, Elke Starick, Timm Harder, Christian Grund, Dirk Höper, Anja Globig, Christoph Staubach, Klaas Dietze, Günter Strebelow, Reiner G. Ulrich, Jan Schinköthe, Jens P. Teifke, Franz J. Conraths, Thomas C. Mettenleiter, Martin Beer
Veröffentlicht in: Emerging Infectious Diseases, Ausgabe 23/4, 2017, Seite(n) 633-636, ISSN 1080-6040
Herausgeber: US National Center for Infectious Diseases
DOI: 10.3201/eid2304.161949

Variegated Squirrel Bornavirus 1 in Squirrels, Germany and the Netherlands

Autoren: Kore Schlottau, Maria Jenckel, Judith van den Brand, Christine Fast, Christiane Herden, Dirk Höper, Timo Homeier-Bachmann, Jens Thielebein, Niels Mensing, Bert Diender, Donata Hoffmann, Rainer G. Ulrich, Thomas C. Mettenleiter, Marion Koopmans, Dennis Tappe, Jonas Schmidt-Chanasit, Chantal B.E.M. Reusken, Martin Beer, Bernd Hoffmann
Veröffentlicht in: Emerging Infectious Diseases, Ausgabe 23/3, 2017, Seite(n) 477-481, ISSN 1080-6040
Herausgeber: US National Center for Infectious Diseases
DOI: 10.3201/eid2303.161061

The challenge of detecting indels in bacterial genomes from short-read sequencing data

Autoren: Matthias Steglich, Ulrich Nübel
Veröffentlicht in: Journal of Biotechnology, Ausgabe 250, 2017, Seite(n) 11-15, ISSN 0168-1656
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jbiotec.2017.02.026

Evaluating next-generation sequencing for direct clinical diagnostics in diarrhoeal disease

Autoren: K. G. Joensen, A. L. Ø. Engsbro, O. Lukjancenko, R. S. Kaas, O. Lund, H. Westh, F. M. Aarestrup
Veröffentlicht in: European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases, Ausgabe 36/7, 2017, Seite(n) 1325-1338, ISSN 0934-9723
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s10096-017-2947-2

Zoonotic Transmission of mcr-1 Colistin Resistance Gene from Small-Scale Poultry Farms, Vietnam

Autoren: Nguyen Vinh Trung, Sébastien Matamoros, Juan J. Carrique-Mas, Nguyen Huu Nghia, Nguyen Thi Nhung, Tran Thi Bich Chieu, Ho Huynh Mai, Willemien van Rooijen, James Campbell, Jaap A. Wagenaar, Anita Hardon, Nguyen Thi Nhu Mai, Thai Quoc Hieu, Guy Thwaites, Menno D. de Jong, Constance Schultsz, Ngo Thi Hoa
Veröffentlicht in: Emerging Infectious Diseases, Ausgabe 23/3, 2017, Seite(n) 529-532, ISSN 1080-6040
Herausgeber: US National Center for Infectious Diseases
DOI: 10.3201/eid2303.161553

Adaptive MCMC in Bayesian phylogenetics: an application to analyzing partitioned data in BEAST

Autoren: Guy Baele, Philippe Lemey, Andrew Rambaut, Marc A. Suchard
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 33/12, 2017, Seite(n) 1798-1805, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btx088

The evolution of Ebola virus: Insights from the 2013–2016 epidemic

Autoren: Edward C. Holmes, Gytis Dudas, Andrew Rambaut, Kristian G. Andersen
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 538/7624, 2016, Seite(n) 193-200, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nature19790

SpreaD3: Interactive Visualization of Spatiotemporal History and Trait Evolutionary Processes

Autoren: Filip Bielejec, Guy Baele, Bram Vrancken, Marc A. Suchard, Andrew Rambaut, Philippe Lemey
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution, Ausgabe 33/8, 2016, Seite(n) 2167-2169, ISSN 0737-4038
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msw082

Metagenomic Sequencing for Surveillance of Food- and Waterborne Viral Diseases

Autoren: David F. Nieuwenhuijse, Marion P. G. Koopmans
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 8, 2017, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2017.00230

Discordant detection of avian influenza virus subtypes in time and space between poultry and wild birds; Towards improvement of surveillance programs

Autoren: Josanne H. Verhagen, Pascal Lexmond, Oanh Vuong, Martin Schutten, Judith Guldemeester, Albert D. M. E. Osterhaus, Armin R. W. Elbers, Roy Slaterus, Menno Hornman, Guus Koch, Ron A. M. Fouchier
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 12/3, 2017, Seite(n) e0173470, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0173470

Novel phlebovirus detected in Haemaphysalis parva ticks in a Greek island

Autoren: Anna Papa, Anastasia Kontana, Katerina Tsioka, Anastasios Saratsis, Smaragda Sotiraki
Veröffentlicht in: Ticks and Tick-borne Diseases, Ausgabe 8/1, 2017, Seite(n) 157-160, ISSN 1877-959X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ttbdis.2016.10.012

The Biodefense Field

Autoren: Emilio Mordini
Veröffentlicht in: Bioethics, Ausgabe 30/6, 2016, Seite(n) 382-383, ISSN 0269-9702
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/bioe.12269

Research Priorities and Trends in Infections Shared with Wildlife

Autoren: Christian Gortázar, Joaquín Vicente, Margarita Villar, Francisco Ruiz-Fons, Ursula Höfle, José de la Fuente
Veröffentlicht in: Current Trends in Wildlife Research, Ausgabe Part of the Wildlife Research Monographs book series (WIREMO, volume 1), 2016, Seite(n) 55-78, ISBN 978-3-319-27910-7
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-319-27912-1_3

ND-GiST: A Novel Method for Disk-Resident k-mer Indexing

Autoren: János Márk Szalai-Gindl, Attila Kiss, Gábor Halász, László Dobos, István Csabai
Veröffentlicht in: New Knowledge in Information Systems and Technologies - Volume 2, Ausgabe 931, 2019, Seite(n) 663-672, ISBN 978-3-030-16183-5
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-16184-2_63

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