Adaptive immunity in prokaryotes: how Bacteria do not forgive and do not forget their enemies

Informazioni relative al progetto

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ID dell’accordo di sovvenzione: 639707

DOI 10.3030/639707

Progetto chiuso

Data della firma CE 11 Febbraio 2015

Data di avvio 1 Giugno 2015

Data di completamento 31 Maggio 2020

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale € 1 499 183,75

Contributo UE € 1 499 183,75

Coordinato da

TECHNISCHE UNIVERSITEIT DELFT
Netherlands

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (21)

Evolution of BACON Domain Tandem Repeats in crAssphage and Novel Gut Bacteriophage Lineages

Autori: Patrick A. de Jonge, F. A. Bastiaan von Meijenfeldt, Laura E. van Rooijen, Stan J. J. Brouns, Bas E. Dutilh
Pubblicato in: Viruses, Numero 11/12, 2019, Pagina/e 1085, ISSN 1999-4915
Editore: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v11121085

An educational guide for nanopore sequencing in the classroom

Autori: Alex N. Salazar, Franklin L. Nobrega, Christine Anyansi, Cristian Aparicio-Maldonado, Ana Rita Costa, Anna C. Haagsma, Anwar Hiralal, Ahmed Mahfouz, Rebecca E. McKenzie, Teunke van Rossum, Stan J. J. Brouns, Thomas Abeel
Pubblicato in: PLOS Computational Biology, Numero 16/1, 2020, Pagina/e e1007314, ISSN 1553-7358
Editore: PLOS Computational Biology
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1007314

Direct Visualization of Native CRISPR Target Search in Live Bacteria Reveals Cascade DNA Surveillance Mechanism

Autori: Jochem N.A. Vink, Koen J.A. Martens, Marnix Vlot, Rebecca E. McKenzie, Cristóbal Almendros, Boris Estrada Bonilla, Daan J.W. Brocken, Johannes Hohlbein, Stan J.J. Brouns
Pubblicato in: Molecular Cell, Numero 77/1, 2020, Pagina/e 39-50.e10, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2019.10.021

Adsorption Sequencing as a Rapid Method to Link Environmental Bacteriophages to Hosts

Autori: Patrick A. de Jonge, F.A. Bastiaan von Meijenfeldt, Ana Rita Costa, Franklin L. Nobrega, Stan J.J. Brouns, Bas E. Dutilh
Pubblicato in: iScience, Numero 23/9, 2020, Pagina/e 101439, ISSN 2589-0042
Editore: Elsevier
DOI: 10.1016/j.isci.2020.101439

Harnessing type I CRISPR–Cas systems for genome engineering in human cells

Autori: Peter Cameron, Mary M. Coons, Sanne E. Klompe, Alexandra M. Lied, Stephen C. Smith, Bastien Vidal, Paul D. Donohoue, Tomer Rotstein, Bryan W. Kohrs, David B. Nyer, Rachel Kennedy, Lynda M. Banh, Carolyn Williams, Mckenzi S. Toh, Matthew J. Irby, Leslie S. Edwards, Chun-Han Lin, Arthur L. G. Owen, Tim Künne, John van der Oost, Stan J. J. Brouns, Euan M. Slorach, Chris K. Fuller, Scott Gradia, Stev
Pubblicato in: Nature Biotechnology, Numero 37/12, 2019, Pagina/e 1471-1477, ISSN 1087-0156
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-019-0310-0

Conserved motifs in the CRISPR leader sequence control spacer acquisition levels in Type I-D CRISPR-Cas systems

Autori: Sebastian N Kieper, Cristóbal Almendros, Stan J J Brouns
Pubblicato in: FEMS Microbiology Letters, Numero 366/11, 2019, ISSN 1574-6968
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/femsle/fnz129

Systematic analysis of Type I‐E Escherichia coli CRISPR‐Cas PAM sequences ability to promote interference and primed adaptation

Autori: Olga Musharova, Vasily Sitnik, Marnix Vlot, Ekaterina Savitskaya, Kirill A. Datsenko, Andrey Krivoy, Ivan Fedorov, Ekaterina Semenova, Stan J. J. Brouns, Konstantin Severinov
Pubblicato in: Molecular Microbiology, Numero 111/6, 2019, Pagina/e 1558-1570, ISSN 0950-382X
Editore: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/mmi.14237

Molecular and Evolutionary Determinants of Bacteriophage Host Range

Autori: Patrick A. de Jonge, Franklin L. Nobrega, Stan J.J. Brouns, Bas E. Dutilh
Pubblicato in: Trends in Microbiology, Numero 27/1, 2019, Pagina/e 51-63, ISSN 0966-842X
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tim.2018.08.006

Complete Genome Sequences of Two T4-Like Escherichia coli Bacteriophages

Autori: Ana Rita Costa, Stan J. J. Brouns, Franklin L. Nobrega
Pubblicato in: Genome Announcements, Numero 6/26, 2018, ISSN 2169-8287
Editore: American Society for Microbiology Journals
DOI: 10.1128/genomea.00586-18

Bacteriophage DNA glucosylation impairs target DNA binding by type I and II but not by type V CRISPR–Cas effector complexes

Autori: Marnix Vlot, Joep Houkes, Silke J A Lochs, Daan C Swarts, Peiyuan Zheng, Tim Kunne, Prarthana Mohanraju, Carolin Anders, Martin Jinek, John van der Oost, Mark J Dickman, Stan J J Brouns
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 46/2, 2017, Pagina/e 873-885, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkx1264

Cas4 Facilitates PAM-Compatible Spacer Selection during CRISPR Adaptation

Autori: Sebastian N. Kieper, Cristóbal Almendros, Juliane Behler, Rebecca E. McKenzie, Franklin L. Nobrega, Anna C. Haagsma, Jochem N.A. Vink, Wolfgang R. Hess, Stan J.J. Brouns
Pubblicato in: Cell Reports, Numero 22/13, 2018, Pagina/e 3377-3384, ISSN 2211-1247
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2018.02.103

Complete Genome Sequence of the Escherichia coli Phage Ayreon

Autori: Marnix Vlot, Franklin L. Nobrega, Che F. A. Wong, Yue Liu, Stan J. J. Brouns
Pubblicato in: Genome Announcements, Numero 6/2, 2018, ISSN 2169-8287
Editore: American Society for Microbiology Journals
DOI: 10.1128/genomea.01354-17

Repetitive DNA Reeling by the Cascade-Cas3 Complex in Nucleotide Unwinding Steps

Autori: Luuk Loeff, Stan J.J. Brouns, Chirlmin Joo
Pubblicato in: Molecular Cell, Numero 70/3, 2018, Pagina/e 385-394.e3, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2018.03.031

Role of nucleotide identity in effective CRISPR target escape mutations

Autori: Tim Künne, Yifan Zhu, Fausia da Silva, Nico Konstantinides, Rebecca E McKenzie, Ryan N Jackson, Stan JJ Brouns
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 46/19, 2018, Pagina/e 10395-10404, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky687

CRISPR-Cas: Adapting to change

Autori: Simon A. Jackson, Rebecca E. McKenzie, Robert D. Fagerlund, Sebastian N. Kieper, Peter C. Fineran, Stan J. J. Brouns
Pubblicato in: Science, Numero 356/6333, 2017, Pagina/e eaal5056, ISSN 0036-8075
Editore: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aal5056

Targeting mechanisms of tailed bacteriophages

Autori: Franklin L. Nobrega, Marnix Vlot, Patrick A. de Jonge, Lisa L. Dreesens, Hubertus J. E. Beaumont, Rob Lavigne, Bas E. Dutilh, Stan J. J. Brouns
Pubblicato in: Nature Reviews Microbiology, Numero 16, 2018, Pagina/e 760 - 773, ISSN 1740-1526
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41579-018-0070-8

Cas3-Derived Target DNA Degradation Fragments Fuel Primed CRISPR Adaptation

Autori: Tim Künne, Sebastian N. Kieper, Jasper W. Bannenberg, Anne I.M. Vogel, Willem R. Miellet, Misha Klein, Martin Depken, Maria Suarez-Diez, Stan J.J. Brouns
Pubblicato in: Molecular Cell, Numero 63/5, 2016, Pagina/e 852-864, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2016.07.011

An updated evolutionary classification of CRISPR–Cas systems

Autori: Kira S. Makarova, Yuri I. Wolf, Omer S. Alkhnbashi, Fabrizio Costa, Shiraz A. Shah, Sita J. Saunders, Rodolphe Barrangou, Stan J. J. Brouns, Emmanuelle Charpentier, Daniel H. Haft, Philippe Horvath, Sylvain Moineau, Francisco J. M. Mojica, Rebecca M. Terns, Michael P. Terns, Malcolm F. White, Alexander F. Yakunin, Roger A. Garrett, John van der Oost, Rolf Backofen, Eugene V. Koonin
Pubblicato in: Nature Reviews Microbiology, Numero 13/11, 2015, Pagina/e 722-736, ISSN 1740-1526
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nrmicro3569

CRISPR interference and priming varies with individual spacer sequences

Autori: Chaoyou Xue, Arun S. Seetharam, Olga Musharova, Konstantin Severinov, Stan J. J. Brouns, Andrew J. Severin, Dipali G. Sashital
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 43/22, 2015, Pagina/e 10831-10847, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkv1259

Using CAPTURE to detect spacer acquisition in native CRISPR arrays

Autori: Rebecca E. McKenzie, Cristóbal Almendros, Jochem N. A. Vink, Stan J. J. Brouns
Pubblicato in: Nature Protocols, Numero 14/3, 2019, Pagina/e 976-990, ISSN 1754-2189
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41596-018-0123-5

Cas4–Cas1 fusions drive efficient PAM selection and control CRISPR adaptation

Autori: Cristóbal Almendros, Franklin L Nobrega, Rebecca E McKenzie, Stan J J Brouns
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 47/10, 2019, Pagina/e 5223-5230, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz217

Non-peer reviewed articles (1)

CRISPR sabotage

Autori: John van der Oost, Stan J. J. Brouns
Pubblicato in: Genome Biology, Numero 16/1, 2015, Pagina/e 1-3, ISSN 1474-760X
Editore: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13059-015-0820-0