Adaptive immunity in prokaryotes: how Bacteria do not forgive and do not forget their enemies

Informations projet

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N° de convention de subvention: 639707

DOI 10.3030/639707

Projet clôturé

Date de signature de la CE 11 Février 2015

Date de début 1 Juin 2015

Date de fin 31 Mai 2020

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total € 1 499 183,75

Contribution de l’UE € 1 499 183,75

Coordonné par

TECHNISCHE UNIVERSITEIT DELFT
Netherlands

Publications

Peer reviewed articles (21)

Evolution of BACON Domain Tandem Repeats in crAssphage and Novel Gut Bacteriophage Lineages

Auteurs: Patrick A. de Jonge, F. A. Bastiaan von Meijenfeldt, Laura E. van Rooijen, Stan J. J. Brouns, Bas E. Dutilh
Publié dans: Viruses, Numéro 11/12, 2019, Page(s) 1085, ISSN 1999-4915
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v11121085

An educational guide for nanopore sequencing in the classroom

Auteurs: Alex N. Salazar, Franklin L. Nobrega, Christine Anyansi, Cristian Aparicio-Maldonado, Ana Rita Costa, Anna C. Haagsma, Anwar Hiralal, Ahmed Mahfouz, Rebecca E. McKenzie, Teunke van Rossum, Stan J. J. Brouns, Thomas Abeel
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 16/1, 2020, Page(s) e1007314, ISSN 1553-7358
Éditeur: PLOS Computational Biology
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1007314

Direct Visualization of Native CRISPR Target Search in Live Bacteria Reveals Cascade DNA Surveillance Mechanism

Auteurs: Jochem N.A. Vink, Koen J.A. Martens, Marnix Vlot, Rebecca E. McKenzie, Cristóbal Almendros, Boris Estrada Bonilla, Daan J.W. Brocken, Johannes Hohlbein, Stan J.J. Brouns
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 77/1, 2020, Page(s) 39-50.e10, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2019.10.021

Adsorption Sequencing as a Rapid Method to Link Environmental Bacteriophages to Hosts

Auteurs: Patrick A. de Jonge, F.A. Bastiaan von Meijenfeldt, Ana Rita Costa, Franklin L. Nobrega, Stan J.J. Brouns, Bas E. Dutilh
Publié dans: iScience, Numéro 23/9, 2020, Page(s) 101439, ISSN 2589-0042
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.isci.2020.101439

Harnessing type I CRISPR–Cas systems for genome engineering in human cells

Auteurs: Peter Cameron, Mary M. Coons, Sanne E. Klompe, Alexandra M. Lied, Stephen C. Smith, Bastien Vidal, Paul D. Donohoue, Tomer Rotstein, Bryan W. Kohrs, David B. Nyer, Rachel Kennedy, Lynda M. Banh, Carolyn Williams, Mckenzi S. Toh, Matthew J. Irby, Leslie S. Edwards, Chun-Han Lin, Arthur L. G. Owen, Tim Künne, John van der Oost, Stan J. J. Brouns, Euan M. Slorach, Chris K. Fuller, Scott Gradia, Stev
Publié dans: Nature Biotechnology, Numéro 37/12, 2019, Page(s) 1471-1477, ISSN 1087-0156
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-019-0310-0

Conserved motifs in the CRISPR leader sequence control spacer acquisition levels in Type I-D CRISPR-Cas systems

Auteurs: Sebastian N Kieper, Cristóbal Almendros, Stan J J Brouns
Publié dans: FEMS Microbiology Letters, Numéro 366/11, 2019, ISSN 1574-6968
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/femsle/fnz129

Systematic analysis of Type I‐E Escherichia coli CRISPR‐Cas PAM sequences ability to promote interference and primed adaptation

Auteurs: Olga Musharova, Vasily Sitnik, Marnix Vlot, Ekaterina Savitskaya, Kirill A. Datsenko, Andrey Krivoy, Ivan Fedorov, Ekaterina Semenova, Stan J. J. Brouns, Konstantin Severinov
Publié dans: Molecular Microbiology, Numéro 111/6, 2019, Page(s) 1558-1570, ISSN 0950-382X
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/mmi.14237

Molecular and Evolutionary Determinants of Bacteriophage Host Range

Auteurs: Patrick A. de Jonge, Franklin L. Nobrega, Stan J.J. Brouns, Bas E. Dutilh
Publié dans: Trends in Microbiology, Numéro 27/1, 2019, Page(s) 51-63, ISSN 0966-842X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tim.2018.08.006

Complete Genome Sequences of Two T4-Like Escherichia coli Bacteriophages

Auteurs: Ana Rita Costa, Stan J. J. Brouns, Franklin L. Nobrega
Publié dans: Genome Announcements, Numéro 6/26, 2018, ISSN 2169-8287
Éditeur: American Society for Microbiology Journals
DOI: 10.1128/genomea.00586-18

Bacteriophage DNA glucosylation impairs target DNA binding by type I and II but not by type V CRISPR–Cas effector complexes

Auteurs: Marnix Vlot, Joep Houkes, Silke J A Lochs, Daan C Swarts, Peiyuan Zheng, Tim Kunne, Prarthana Mohanraju, Carolin Anders, Martin Jinek, John van der Oost, Mark J Dickman, Stan J J Brouns
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 46/2, 2017, Page(s) 873-885, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkx1264

Cas4 Facilitates PAM-Compatible Spacer Selection during CRISPR Adaptation

Auteurs: Sebastian N. Kieper, Cristóbal Almendros, Juliane Behler, Rebecca E. McKenzie, Franklin L. Nobrega, Anna C. Haagsma, Jochem N.A. Vink, Wolfgang R. Hess, Stan J.J. Brouns
Publié dans: Cell Reports, Numéro 22/13, 2018, Page(s) 3377-3384, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2018.02.103

Complete Genome Sequence of the Escherichia coli Phage Ayreon

Auteurs: Marnix Vlot, Franklin L. Nobrega, Che F. A. Wong, Yue Liu, Stan J. J. Brouns
Publié dans: Genome Announcements, Numéro 6/2, 2018, ISSN 2169-8287
Éditeur: American Society for Microbiology Journals
DOI: 10.1128/genomea.01354-17

Repetitive DNA Reeling by the Cascade-Cas3 Complex in Nucleotide Unwinding Steps

Auteurs: Luuk Loeff, Stan J.J. Brouns, Chirlmin Joo
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 70/3, 2018, Page(s) 385-394.e3, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2018.03.031

Role of nucleotide identity in effective CRISPR target escape mutations

Auteurs: Tim Künne, Yifan Zhu, Fausia da Silva, Nico Konstantinides, Rebecca E McKenzie, Ryan N Jackson, Stan JJ Brouns
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 46/19, 2018, Page(s) 10395-10404, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky687

CRISPR-Cas: Adapting to change

Auteurs: Simon A. Jackson, Rebecca E. McKenzie, Robert D. Fagerlund, Sebastian N. Kieper, Peter C. Fineran, Stan J. J. Brouns
Publié dans: Science, Numéro 356/6333, 2017, Page(s) eaal5056, ISSN 0036-8075
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aal5056

Targeting mechanisms of tailed bacteriophages

Auteurs: Franklin L. Nobrega, Marnix Vlot, Patrick A. de Jonge, Lisa L. Dreesens, Hubertus J. E. Beaumont, Rob Lavigne, Bas E. Dutilh, Stan J. J. Brouns
Publié dans: Nature Reviews Microbiology, Numéro 16, 2018, Page(s) 760 - 773, ISSN 1740-1526
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41579-018-0070-8

Cas3-Derived Target DNA Degradation Fragments Fuel Primed CRISPR Adaptation

Auteurs: Tim Künne, Sebastian N. Kieper, Jasper W. Bannenberg, Anne I.M. Vogel, Willem R. Miellet, Misha Klein, Martin Depken, Maria Suarez-Diez, Stan J.J. Brouns
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 63/5, 2016, Page(s) 852-864, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2016.07.011

An updated evolutionary classification of CRISPR–Cas systems

Auteurs: Kira S. Makarova, Yuri I. Wolf, Omer S. Alkhnbashi, Fabrizio Costa, Shiraz A. Shah, Sita J. Saunders, Rodolphe Barrangou, Stan J. J. Brouns, Emmanuelle Charpentier, Daniel H. Haft, Philippe Horvath, Sylvain Moineau, Francisco J. M. Mojica, Rebecca M. Terns, Michael P. Terns, Malcolm F. White, Alexander F. Yakunin, Roger A. Garrett, John van der Oost, Rolf Backofen, Eugene V. Koonin
Publié dans: Nature Reviews Microbiology, Numéro 13/11, 2015, Page(s) 722-736, ISSN 1740-1526
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nrmicro3569

CRISPR interference and priming varies with individual spacer sequences

Auteurs: Chaoyou Xue, Arun S. Seetharam, Olga Musharova, Konstantin Severinov, Stan J. J. Brouns, Andrew J. Severin, Dipali G. Sashital
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 43/22, 2015, Page(s) 10831-10847, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkv1259

Using CAPTURE to detect spacer acquisition in native CRISPR arrays

Auteurs: Rebecca E. McKenzie, Cristóbal Almendros, Jochem N. A. Vink, Stan J. J. Brouns
Publié dans: Nature Protocols, Numéro 14/3, 2019, Page(s) 976-990, ISSN 1754-2189
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41596-018-0123-5

Cas4–Cas1 fusions drive efficient PAM selection and control CRISPR adaptation

Auteurs: Cristóbal Almendros, Franklin L Nobrega, Rebecca E McKenzie, Stan J J Brouns
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 47/10, 2019, Page(s) 5223-5230, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz217

Non-peer reviewed articles (1)

CRISPR sabotage

Auteurs: John van der Oost, Stan J. J. Brouns
Publié dans: Genome Biology, Numéro 16/1, 2015, Page(s) 1-3, ISSN 1474-760X
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13059-015-0820-0