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Virus discovery and epidemic tracing from high throughput metagenomic sequencing

Risultati finali

Pubblicazioni

Phylogenetic analysis as a forensic tool in HIV transmission investigations

Autori: Ana B. Abecasis, Marta Pingarilho, Anne-Mieke Vandamme
Pubblicato in: AIDS, 2018, Pagina/e 1, ISSN 0269-9370
Editore: Lippincott Williams & Wilkins Ltd.
DOI: 10.1097/QAD.0000000000001728

SpreaD3: Interactive Visualization of Spatiotemporal History and Trait Evolutionary Processes

Autori: Filip Bielejec, Guy Baele, Bram Vrancken, Marc A. Suchard, Andrew Rambaut, Philippe Lemey
Pubblicato in: Molecular Biology and Evolution, Numero 33/8, 2016, Pagina/e 2167-2169, ISSN 0737-4038
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msw082

Virus genomes reveal factors that spread and sustained the Ebola epidemic

Autori: Gytis Dudas, Luiz Max Carvalho, Trevor Bedford, Andrew J. Tatem, Guy Baele, Nuno R. Faria, Daniel J. Park, Jason T. Ladner, Armando Arias, Danny Asogun, Filip Bielejec, Sarah L. Caddy, Matthew Cotten, Jonathan D’Ambrozio, Simon Dellicour, Antonino Di Caro, Joseph W. Diclaro, Sophie Duraffour, Michael J. Elmore, Lawrence S. Fakoli, Ousmane Faye, Merle L. Gilbert, Sahr M. Gevao, Stephen Gire, Adri
Pubblicato in: Nature, Numero 544/7650, 2017, Pagina/e 309-315, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nature22040

The multi-faceted dynamics of HIV-1 transmission in Northern Alberta: A combined analysis of virus genetic and public health data

Autori: B. Vrancken, D. Adachi, M. Benedet, A. Singh, R. Read, S. Shafran, G.D. Taylor, K. Simmonds, C. Sikora, P. Lemey, C.L. Charlton, J.W. Tang
Pubblicato in: Infection, Genetics and Evolution, Numero 52, 2017, Pagina/e 100-105, ISSN 1567-1348
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.meegid.2017.04.005

Challenges in the analysis of viral metagenomes

Autori: Rebecca Rose, Bede Constantinides, Avraam Tapinos, David L Robertson, Mattia Prosperi
Pubblicato in: Virus Evolution, Numero 2/2, 2016, Pagina/e vew022, ISSN 2057-1577
Editore: Oxford Journals
DOI: 10.1093/ve/vew022

Visual programming for next-generation sequencing data analytics

Autori: Franco Milicchio, Rebecca Rose, Jiang Bian, Jae Min, Mattia Prosperi
Pubblicato in: BioData Mining, Numero 9/1, 2016, ISSN 1756-0381
Editore: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13040-016-0095-3

Genome Sequences of a Novel Vietnamese Bat Bunyavirus

Autori: Bas B. Oude Munnink, My V. T. Phan, Lia van der Hoek, Paul Kellam, Matthew Cotten
Pubblicato in: Genome Announcements, Numero 4/6, 2016, Pagina/e e01366-16, ISSN 2169-8287
Editore: Genome Announcements
DOI: 10.1128/genomeA.01366-16

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