Un atlas fonctionnel du génome de la souris
Le décodage des génomes de l'homme et de la souris a découvert environ 20 000 gènes codant pour des protéines, parmi un nombre colossal de régions non codantes mais régulatrices. Pour annoter la fonction d'un génome de mammifère, comme celui de la souris, les scientifiques doivent induire des mutations dans ces gènes, et étudier les conséquences pour la souris. En 2007, le projet mondial de mutagenèse International Knockout Mouse Consortium (IKMC), visait à accélérer l'annotation fonctionnelle du génome de la souris en induisant des mutations dans quasiment tous les gènes codant pour une protéine. Le projet EUCOMMTOOLS (EUCOMM: Tools for functional annotation of the mouse genome), financé par l'UE, est sur le point de terminer la ressource de mutations IKMC. Les chercheurs ont mis au point de nouveaux outils conditionnels, comme une nouvelle stratégie de ciblage pour les gènes à un seul exon, et un système efficace de modification du génome afin de générer des allèles conditionnels complexes. Ils ont aussi réalisé de nouveaux outils génétiques universels pour l'expression de gènes ectopiques, le marquage de protéines par fluorescence et l'ablation cellulaire, et les ont mis à la disposition des scientifiques. Les chercheurs d'EUCOMMTOOLS ont généré 3 500 autres lignées de cellules souches embryonnaires ciblées conditionnelles, et 223 nouvelles lignées Cre-driver, exprimant la Cre-recombinase d'une façon inductible. Les programmes EUCOMM et EUCOMMTOOLS, financés par l'UE, ont généré environ 13 000 cellules souches embryonnaires à mutation conditionnelle, soit la grande majorité des mutants conditionnels de l'IKMC. La diffusion auprès des scientifiques, au niveau international, est un objectif majeur du projet. L'unité de diffusion European Mouse Mutant Cell Repository (EUMMCR) a déjà livré plus de 12 000 clones de cellules souches embryonnaires mutées et plus de 1 000 vecteurs de ciblage. En s'appuyant sur les ressources d'EUCOMM, d'EUCOMMTOOLS et de l'IKMC, l'International Mouse Phenotyping Consortium (IMPC) a généré plus de 5 000 souris mutées et déterminé les modifications du phénotype. Les travaux d'EUCOMMTOOLS ont fait progresser l'annotation de la fonction des gènes, le génie génétique des mammifères en général et la mutagenèse conditionnelle en particulier. Ils devraient renforcer les connaissances sur les mécanismes responsables des maladies, ce qui est essentiel pour concevoir des interventions thérapeutiques. Grâce à cette recherche en collaboration, chaque gène de la souris disposera d'une bibliothèque complète de ressources de mutations.
Mots‑clés
Génome de la souris, codage de protéine, annotation fonctionnelle, mutations, IKMC, lignées pilote, cellules souches embryonnaires
