Wysokoprzepustowe badanie przesiewowe toksycznych alg
Kwitnienie toksycznych lub szkodliwych mikroalg (HAB), stanowi poważne zagrożenie dla zasobów ryb i ludzkiego zdrowia na całym świecie. Zjawisko to wymaga nieustannego monitorowania w celu uniknięcia potencjalnego zagrożenia dla zdrowia i skutków gospodarczych wywołanych przez skażone owoce morza. Tradycyjnie, monitorowanie fitoplanktonu przeprowadzane jest poprzez identyfikację i wyliczenie z użyciem mikroskopii świetlnej. Jednak metoda ta, poza tym, że jest bardzo czasochłonna, jest podatna na błędy z powodu fenotypowego podobieństwa wśród różnych gatunków alg. Aby rozróżnić poszczególne gatunki w złożonych próbkach, wykorzystano różne metody oparte na DNA, takie jak hybrydyzacja fluorescencyjna in situ (FISH). W ramach finansowanego przez UE projektu MIDTAL ("Microarrays for the detection of toxic algae") zaproponowano stworzenie uniwersalnej mikromacierzy w celu testowania dużych próbek wody pod kątem toksycznych gatunków alg i ich toksyn. Metod ta powinna przyspieszyć pracochłonną identyfikację poszczególnych gatunków. W następstwie daleko idącej optymalizacji, partnerzy MIDTAL opracowali macierz zawierającą 163 próbniki obejmujące wszystkie główne szkodliwe gatunki alg wzbudzające obecnie zainteresowanie UE. Mikromacierz została poddana walidacji przy użyciu tradycyjnej metody PCR pod kątem określonych gatunków i mikroskopowego liczenia komórek, co wykazało rozsądną zgodność. Tak zwany filochip uznano za dokładniejszy w przypadkach małych komórek wiciowców i gatunków Pseudo-nitzschia, które są szczególnie trudne do określenia ilościowo za pomocą mikroskopii świetlnej. Kolejny etap pracy zespołu MIDTAL obejmował wykrywanie głównych toksyn produkowanych przez algi poprzez wykorzystanie przeciwciał formatu mikromacierzy. Choć mikromacierz ta nie jest równie czuła jak test ELISA, może być wykorzystywana w próbkach o znacznej toksyczności. Biorąc pod uwagę znaczenie działania produkujących toksyny alg na ludzkie zdrowie, bezpośrednio lub poprzez spożycie skażonej żywności, wyniki projektu MIDTAL pomogą w monitorowaniu i usprawnią identyfikację toksycznych gatunków. Wysokoprzepustowy charakter proponowanej metody znacząco przyspieszy cały proces, pozwalając na szybkie podjęcie odpowiednich działań zapobiegających skażeniu.
