Le criblage à haut débit pour les algues toxiques
Les efflorescences de micro-algues nuisibles ou toxiques (en anglais HAB, pour harmful algal bloom) représentent une menace importante aux ressources halieutiques et à la santé humaine dans le monde entier. Ces phénomènes demandent un suivi continu pour éviter les dangers de santé potentiels et les impacts économiques de la contamination des fruits de mer. Traditionnellement, le suivi du phytoplancton est mené par l''identification et l''énumération par la microscopie optique. Pourtant, cette méthode, en plus d''être lente, est peu fiable en raison de la similarité phénotypique entre plusieurs espèces algales. Pour distinguer ces différentes espèces dans les échantillons complexes, plusieurs méthodes à base d''ADN comme l''hybridation fluorescente in situ (FISH) ont été développées. Financé par l''UE, le projet MIDTAL («Microarrays for the detection of toxic algae») proposait de développer un micro-réseau universel pour tester des échantillons d''eau afin de déterminer la présence des espèces algales toxiques et leurs toxines. Cette méthode permettrait d''accélérer l''identification laborieuse des espèces individuelles. Suite à cette optimisation importante, les partenaires de MIDTAL ont développé un réseau de 163 sondes couvrant les principales espèces algales dangereuses d''intérêt dans l''UE. Le réseau a été validé à l''aide de tests traditionnels de PCR pour des espèces spécifiques et des comptes de cellules par microscopie qui ont démontré des concordances raisonnables. La «phylopuce» était considérée comme étant plus précise dans les cas de petites cellules flagellées et l''espèce de Pseudo nitzschia, particulièrement difficiles à quantifier par microscopie optique. Un autre aspect du travail de MIDTAL impliquait la détection des principales toxines produites par les algues par l''exploitation d''anticorps dans un format de micro-réseau. Bien qu''elle ne soit pas aussi sensible qu''un test ELISA, la puce peut être utilisée dans des échantillons présentant une toxicité élevée. Étant donné l''importance des algues productrices de toxines pour la santé humaine, par voie directe ou par la consommation de fruits de mer contaminés, les résultats de MIDTAL contribueront au suivi et renforcement de l''identification des espèces toxiques. La nature élevée de la méthode proposée permettra d''accélérer le processus général, assurant que des mesures contre la contamination soient prises rapidement.
