Wspaniała różnorodność białek
Chorobę monogeniczną, jaką jest mukowiscydoza, zazwyczaj można rozpoznać po dysfunkcji białka CFTR będącego regulatorem przewodności transmembranowej mukowiscydozy. Różne stopnie zaawansowania choroby u poszczególnych pacjentów w dużej mierze wynikają z roli białka w wielu różnych obszarach. Na zróżnicowanie ekspresji choroby mają więc wpływ inne czynniki genotypowe i środowiskowe. Do analizy złożoności interakcji białko-białko, takich jak w przypadku CF, doskonale nadają się badania proteomiczne. Pogłębiona wiedza na temat struktury i funkcji białek biorących udział w kaskadach cząsteczkowych może wyznaczać obszary badań, które pozwolą na dostosowanie terapii do każdego pacjenta. Niemiecka firma ProteoSys AG specjalizuje się w badaniach opartych na proteomice. Jako partner projektu EUROPROCF, którego jednym z głównych celów był odpowiedni dobór analizy białek pochodzących z komórek pacjentów z mukowiscydozą z taką samą mutacją, ale różniących się fenotypami, przeprowadziła badania, używając przystosowanej wersji oprogramowania 2D (dwuwymiarowego) o dużej wydajności przeznaczonego do analizy żeli. Opracowana metoda łączy znakowanie dwóch lub większej liczb próbek białek z zastosowaniem radioaktywnych izotopów jodu i stanowi ona element systemu ProteoTopeTM. Zróżnicowany obraz białek uzyskiwany jest dzięki uwzględnieniu w analizie proteomicznej wariantów splicingowych oraz uzyskanych izoform posttranslacyjnych. Różnie oznakowane białka są pomieszane we wspólnej próbce, a do ich rozdzielenia stosowana jest metoda 2D-PAGE (dwuwymiarowa elektroforeza w żelu poliakrylamidowym). Zasadniczo wynik może stanowić wskaźnik intensywności odseparowanego sygnału radioaktywnego pochodzącego z poszczególnych izotopów promieniotwórczych. Zróżnicowane wzorce białek obecnych w chorobach takich jak mukowiscydoza mają wpływ na proces opracowywania leków. Ponadto system ProteoTopeTM może mieć zastosowanie w innych obszarach zainteresowania proteomiki, w tym w badaniach nad chorobami nowotworowymi.
