Une bactérie associée à l’hôpital dont la résistance remonte au milieu du XIXe siècle
Au cours des dernières décennies, les entérocoques sont devenus une cause majeure d’infection nosocomiale. Parmi ces bactéries, E. faecalis porte une grande part de responsabilité dans les infections nosocomiales à entérocoques humaines et reste en outre l’un des types de bactéries les plus résistants aux antibiotiques. Une équipe de recherche internationale, soutenue par les projets SCARABEE et SCIENTIA-FELLOWS II, financés par l’UE, vient d’identifier les caractéristiques d’E. faecalis qui l’ont aidée à survivre malgré les avancées modernes en matière de développement d’antibiotiques et de contrôle des infections dans les établissements de santé. Les conclusions de l’équipe ont été publiées dans la revue «Nature Communications». Communément présente dans l’intestin, E. faecalis peut provoquer une infection lorsqu’elle pénètre dans une plaie, le sang ou l’urine. Les patients hospitalisés sont plus exposés à ce type de risque en raison de l’affaiblissement de leur système immunitaire. La bactérie peut contribuer à des infections telles que l’empoisonnement du sang, l’inflammation de la paroi interne du cœur et la méningite à entérocoques. Les chercheurs ont étudié des échantillons d’E. faecalis prélevés sur une grande variété d’espèces hôtes, y compris des oiseaux sauvages, des mammifères, des personnes en bonne santé et des patients hospitalisés, et ce depuis l’ère pré-antibiotique, soit de 1936 jusqu’à 2018. Des techniques de séquençage de l’ADN à lectures courtes et longues ont été utilisées pour séquencer les génomes bactériens. «Nous avons eu l’occasion rare d’étudier des échantillons cliniques datant de l’époque précédant l’introduction généralisée des antibiotiques», explique le professeur Jukka Corander, co-auteur de l’étude, dans un communiqué de presse publié sur le site de l’université d’Helsinki. «Le plus ancien échantillon que nous avons analysé a été prélevé dans un hôpital néerlandais en 1936. Déterminer le génome exact de ces vieilles bactéries nous a donné la possibilité de les comparer avec des spécimens cliniques modernes et de retracer l’évolution de la population bactérienne avec une précision incroyable», poursuit le professeur Corander, rattaché aux Université d’Oslo et d’Helsinki.
Les plus anciennes lignées d’E. faecalis associées aux hôpitaux
L’étude a mis en évidence plusieurs lignées d’E. faecalis dans le monde qui sont associées aux hôpitaux. Leurs derniers ancêtres communs remontent au milieu du XIXe siècle, soit bien avant l’émergence des environnements hospitaliers modernes. «Au XIXe siècle, il n’y avait ni antibiotiques ni solutions antibactériennes similaires à celles disponibles dans les hôpitaux modernes. Et pourtant, une sorte de pression sélective a conduit à la naissance de ces souches bactériennes. Grâce aux caractéristiques ajoutées à leur génome, ces bactéries continuent de survivre et de se propager encore aujourd’hui dans les hôpitaux», souligne le professeur Corander. L’équipe a trouvé dans les anciens échantillons d’E. faecalis des gènes qui rendaient la bactérie résistante à l’arsenic et au mercure, identifiant ces éléments comme de probables pressions sélectives externes. Parmi tous les échantillons prélevés, les spécimens de certaines espèces d’oiseaux sauvages étaient particulièrement intrigants. «Nous avons trouvé des souches d’E. faecalis dans les fèces d’un certain nombre d’oiseaux sauvages, qui étaient similaires aux souches spécialisées identifiées dans les hôpitaux. Comme la plupart des échantillons ont été prélevés sur des espèces d’oiseaux qui ne sont pas en contact étroit avec les populations humaines, nous pouvons conclure que les traits qui font le succès des souches associées aux hôpitaux leur donnent la capacité de vivre et de se propager également dans les populations d’oiseaux.» L’étude souligne l’importance de la surveillance des patients hospitalisés pour détecter le plus tôt possible les souches d’entérocoques associées aux hôpitaux et prévenir leur transmission. Les projets SCARABEE (Scalable inference algorithms for Bayesian evolutionary epidemiology) et SCIENTIA-FELLOWS II (SCIENTIA-FELLOWS II: International Postdoctoral Fellowship Programme) sont tous deux coordonnés par l’université d’Oslo. Ils prendront fin respectivement en 2022 et 2024. Pour plus d’informations, veuillez consulter: projet SCARABEE projet SCIENTIA-FELLOWS II
Mots‑clés
SCARABEE, SCIENTIA-FELLOWS II, Enterococcus faecalis, E. faecalis, bactéries, hôpital, infection