Les mutations de SARS-CoV-2 déjouent les efforts des cellules tueuses du corps
Les anticorps jouent un rôle clé dans la lutte permanente contre l’infection au virus du SARS-CoV-2. Cependant, ils ne sont pas seuls à remplir ce rôle. Le second protagoniste de cette lutte est le lymphocyte T tueur dont le rôle est d’identifier et d’éliminer les cellules infectées par le virus. Une nouvelle étude soutenue par le programme EpigenomeProgramming et par le projet CMIL, financés par l’UE, a montré que lorsque le virus du SARS-CoV-2 mute, il est capable de se rendre indétectable par ces lymphocytes T tueurs. L’étude a été publiée dans la revue «Science Immunology». Pour déterminer si les mutations de SARS-CoV-2 sont en mesure de déjouer la réponse immunitaire des lymphocytes T tueurs, des chercheurs issus d’Autriche, de Russie et de Suisse ont procédé à un séquençage profond de 747 génomes viraux obtenus sur des patients atteints de la COVID-19. Ils ont par la suite cherché à comprendre si les mutations du virus disposaient de la capacité à altérer les épitopes des lymphocytes T, à savoir les parties reconnues par les lymphocytes T tueurs et susceptibles de déclencher la réponse immunitaire. «Nos résultats démontrent que de nombreuses mutations de SARS-CoV-2 sont effectivement capables de déjouer ces mécanismes», a déclaré le co-auteur de l’étude Andreas Bergthaler, du Centre de recherche CeMM de médecine moléculaire rattaché à l’Académie autrichienne des sciences, dans un article publié sur le site web «EurekAlert!». «En ayant recours à des études bioinformatiques et biochimiques, ainsi qu’à des expériences en laboratoire avec des cellules sanguines issues de patients atteints de la COVID-19, nous avons pu montrer que les virus mutants ne sont plus reconnus par les lymphocytes T tueurs de ces régions.»
Le rôle des épitopes et du lymphocyte T tueur
Le lymphocyte T tueur constitue un type de lymphocyte, ou leucocyte. Cette cellule cytotoxique, que l’on nomme également lymphocyte T CD8+, est capable de reconnaître et d’éliminer une cellule infectée par une protéine virale, ou par un antigène, à sa surface. Lorsqu’un virus infecte une cellule, celle-ci commence à produire des antigènes. Certains des peptides générés lors de ce processus sont transportés à la surface de la cellule par des molécules CMH de classe I, puis présentés à des récepteurs de lymphocytes T. Ces peptides, ou épitopes de lymphocyte T, signalent aux lymphocytes T tueurs que la cellule a été infectée, afin qu’elles puissent l’éliminer.
Implications pour le développement de futurs vaccins
Un grand nombre d’épitopes est généralement identifiable par les lymphocytes T, de sorte que si un épitope subit une mutation, les autres sont toujours en mesure de signaler la présence du virus. Malheureusement, dans la mesure où la plupart des vaccins actuels contre SARS-CoV-2 ne ciblent qu’une des nombreuses protéines virales, à savoir la protéine S (spike), cela réduit le nombre d’épitopes identifiables par les lymphocytes T. «La protéine S dispose en moyenne d’un à six de ces épitopes de lymphocytes T chez une personne infectée. Si le virus mute dans l’une de ces régions, le risque que les lymphocytes T tueurs ne puissent plus reconnaître les cellules infectées augmente», a observé dans le même article le co-auteur de l’étude Johannes Huppa, de l’Université de médecine de Vienne. «Ces découvertes nous aident à développer des vaccins plus efficaces, susceptibles d’activer autant de lymphocytes T tueurs que possible par la biais d’une variété d’épitopes. L’objectif est de formuler des vaccins capables de déclencher des anticorps neutralisants et des réponses de lymphocytes T tueurs pour parvenir à la protection la plus large possible», a conclu l’équipe de recherche. Les projets EpigenomeProgramming (An experimental and bioinformatic toolbox for functional epigenomics and its application to epigenetically making and breaking a cancer cell) et CMIL (Crosstalk of Metabolism and Inflammation) sont hébergés par le Centre de recherche CeMM de médecine moléculaire rattaché à l’Académie autrichienne des sciences. Les deux projets prennent fin en 2021. Pour plus d’informations, veuillez consulter: page web du projet EpigenomeProgramming page web du projet CMIL
Mots‑clés
EpigenomeProgramming, CMIL, lymphocyte T tueur, SARS-CoV-2, mutation, virus, vaccin, épitope
