Accélérer la recherche d’un remède efficace au COVID-19
Alors que la course contre la montre pour trouver un remède au COVID-19 continue, une équipe d’experts utilise une plate-forme de calcul intensif pour lutter contre l’épidémie actuelle et contrer efficacement les futures pandémies. Au centre de ces efforts se trouve la plate-forme de calcul intensif Exscalate (EXaSCale smArt pLatform Against paThogEns), un résultat du projet ANTAREX financé par l’UE. La plate-forme «exploite une “bibliothèque chimique” de 500 milliards de molécules grâce à une capacité de traitement de plus de 3 millions de molécules par seconde», comme indiqué dans un communiqué de presse. Le consortium public-privé Exscalate4CoV (E4C) est coordonné par le partenaire du projet ANTAREX, Dompé Farmaceutici. Ce même communiqué ajoute: «Le but d’E4C est double: identifier des molécules capables de cibler le coronavirus (2019-nCoV) et développer un outil efficace pour contrer les futures pandémies à consolider avec le temps». La plate-forme CHP d’E4C développera des structures de molécules 3D qui peuvent être utilisées par les scientifiques pour imiter la manière dont les protéines pathogènes interagissent avec des médicaments spécifiques. «Cette activité a déjà démarré», ajoute le communiqué de presse. «La dimension de calcul intensif du projet sera alors exploitée pour modéliser les futures mutations du virus. Ces activités permettront d’identifier les molécules candidates (des bibliothèques de réutilisation ou des bibliothèques de composés propriétaires ou commerciaux) qui seront alors fournies et/ou synthétisées pour être testées. En parallèle, les partenaires d’E4C commenceront la production de protéines pour certaines des séquences identifiées.»
Virus Zika et au-delà
Selon le communiqué de presse, la plate-forme Exscalate sera également disponible pour les «partenaires externes voulant coopérer à la recherche des médicaments, comme ce fut le cas précédemment avec le virus Zika. Ces efforts importants pour tester environ plus de 25 000 composés garantiront qu’E4C ne laissera passer aucune molécule active candidate et évaluera d’autres mécanismes possibles précédemment sous-estimés». «Le projet utilisera également le criblage génétique inverse pour identifier les facteurs hôtes associés à l’infection du virus et l’analyse de la connectivité (connectivity mapping) pour prédire les composés spécifiques à l’hôte à tester.» La plate-forme sera également utilisée comme une «ressource durable pour un moteur d’urgence dédié à l’identification des composés à déployer dans toutes les urgences pandémiques futures», souligne le communiqué de presse de Dompé. Les activités de criblage virtuel de la plate-forme Exscalate seront soutenues et consolidées par trois des centres informatiques les plus puissants d’Europe, à savoir CINECA, l’hôte du supercalculateur Marconi, le Barcelona Supercomputing Center et le Jülich Research Centre, comme indiqué sur le site web d’E4C. Le projet ANTAREX (AutoTuning and Adaptivity appRoach for Energy efficient eXascale HPC systems), actif de septembre 2015 à novembre 2018, a utilisé le supercalculateur Marconi pour accélérer le développement de médicaments. Sur la base du cas réel de la crise pandémique Zika déclenchée par l’épidémie de 2015 au Brésil et qui s’est rapidement propagée à d’autres parties d’Amérique du Sud, d’Amérique du Nord et d’autres régions du monde, les partenaires d’ANTAREX ont identifié 26 sites de liaison des structures de cristal de 5 protéines Zika. Ils ont testé au total 1,2 milliard de molécules via une simulation informatique sur un million d’unités d’exécution de calcul disponibles grâce au supercalculateur Marconi. Pour plus d’informations, veuillez consulter: site web du projet ANTAREX
Mots‑clés
ANTAREX, coronavirus, COVID-19, virus Zika, Exscalate, santé
