Protéger les cultures et la biodiversité européennes contre les nouvelles maladies et les nouveaux nuisibles
Les agents pathogènes et les nuisibles exotiques provoquent des ravages sur les cultures et les forêts, affectant ainsi la sécurité alimentaire et les moyens de subsistance, ainsi que la biodiversité et les services écosystémiques. Le projet EMPHASIS, financé par l’UE, a été conçu en tant qu’approche généralisée de détection et de prévention contre la menace que représentent les nuisibles exotiques envahissants et les agents pathogènes locaux. «Le commerce international, additionné au changement climatique, affecte réellement le déplacement des nuisibles, des moisissures, des bactéries et des insectes, qui arrivent de manière ininterrompue en Europe avec des matières végétales et des semences», a indiqué Maria Lodovica Gullino de l’Université de Turin en Italie, directrice du Centre de compétence pour l’innovation dans le secteur agro‑environnemental (AGROINNOVA) et coordinatrice du projet. «Il est indispensable de disposer de bons outils et de bons modèles d’analyse du risque, afin d’appréhender les cultures qui présentent le risque le plus élevé en Europe et les agents pathogènes pouvant les affecter», a déclaré Gullino. Des modèles épidémiologiques ont été mis en place et les modèles existants ont été enrichis afin de prédire l’arrivée de nouveaux agents pathogènes, notamment celle d’espèces exotiques dont la détection en avance peut s’avérer complexe. Des outils de prévention et de protection opportunes, qui peuvent réduire l’utilisation de pesticides conformément aux règles environnementales de l’UE, ont également été élaborés. Des outils diagnostiques Des outils diagnostiques à l’échelle moléculaire et basés sur la technique LAMP (Loop Mediated Isothermal Amplification) ont été élaborés, afin de détecter les agents pathogènes spécifiques en se basant sur l’amplification de l’ADN. «Ce système basé sur la molécule est très simple; il permet une extraction très rapide de l’ADN qui peut être effectuée sur le terrain, permettant ainsi d’obtenir des résultats en seulement quelques minutes», a expliqué Gullino, ajoutant par la suite: «Cette méthode diagnostique a été mise au point pour de nombreux agents pathogènes au cours de tests désormais disponibles dans le commerce et actuellement utilisés par des techniciens directement sur le terrain». Cela réduit grandement les délais engendrés par l’attente des résultats des cultures laboratoires. «Si vous disposez d’instruments pour une détection rapide, notamment des outils moléculaires, vous aurez alors à disposition une méthode de prévention puisque vous pourrez détecter très rapidement l’agent pathogène et réduire le nombre d’interventions directes ultérieurement», a‑t‑elle indiqué. «Dans le cadre de ce projet, le système basé sur la technique LAMP a été étendu à des essais sur site concernant différents agents pathogènes qui affectent les légumes, les céréales et les produits sylvicoles», indique Gullino. Sont inclus la rouille noire sur le blé, le mildiou sur le basilic, le chancre de la tige sur le colza et bien d’autres. Des plantes sentinelles «Nous avons également utilisé des plantes sentinelles, des plantes particulières déposées sur le terrain et affectées très rapidement, permettant ainsi une détection très rapide de l’arrivée de nombreux agents pathogènes.» Il s’agit d’un simple système utilisant des plantes ou des parcelles, dont les variétés comportent une résistance ou une prédisposition, et des cultures traitées et non traitées, comme un système d’avertissement précoce. Cela s’avère également utile dans le minutage des premières pulvérisations, réduisant ainsi la surutilisation de pesticides. L’analyse de spores fongiques et d’insectes piégés faisait partie des autres approches de surveillance spécifique non ciblée. Le metabarcoding utilisant le séquençage ADN à haut débit pour l’identification a été conçu afin de surveiller les échantillons de spores piégés pour les agents pathogènes fongiques, et pour la surveillance des pièges encollés afin de détecter les pics dans le nombre des insectes envahissants. Le traitement des semences, l’utilisation de composts spécialisés afin d’améliorer la santé des plantes et leur résistance à la maladie, de sols comportant des micro-organismes réduisant la croissance des maladies transmises par le sol et de systèmes intégrés de prise en charge des nuisibles constituaient d’autres méthodes de prévention. Des associations d’agriculteurs ont été impliquées dans des expériences menées au niveau des exploitations. «Cela aide la prévention, et promeut également la sensibilisation, et cela permet aux nouvelles technologies et aux nouvelles méthodes de gestion élaborées d’être utilisées par un plus grand nombre d’agriculteurs», a indiqué Gullino.
Mots‑clés
EMPHASIS, cultures, sylviculture, environnement, changement climatique, semences, nuisibles, pesticides, séquençage ADN, moisissures, sol, agents pathogènes des plantes, commerce, agriculteurs, codage à barres de l’ADN