Un diagnostic rapide de la pneumonie
Les infections des voies respiratoires (IVR) provoquées par des pathogènes bactériens, viraux ou fongiques sont responsables de millions de morts chaque année. Les infections contractées dans un cercle communautaire sont appelées les pneumonies communautaires, celles contractées en milieu hospitalier, les pneumonies nosocomiales, dont les pneumonies acquises sous ventilation (PVA). À l'heure actuelle, le diagnostic en laboratoire des infections respiratoires prend jusqu'à deux jours, les patients recevant dans l'intervalle les antibiotiques les plus généralistes. Ce traitement est non seulement souvent inefficace mais il compromet également la santé du patient. Le projet RID-RTI (Rapid identification of respiratory tract infections), financé par l'UE, avait donc pour objectif le développement d'une plateforme capable de diagnostiquer rapidement les différents types de pneumonie en moins de deux heures. La plateforme élaborée par les partenaires du projet s'appuie sur la détection moléculaire des différents pathogènes par isolation de l'ADN pathogène des échantillons respiratoires. Dans un premier temps, les chercheurs ont identifié différentes cibles pathogènes et gènes de résistance aux antibiotiques pour le processus d'amplification par PCR (réaction en chaîne par polymérase). Ils ont sélectionné un ensemble de pathogènes spécifiques pour chaque type de pneumonie (communautaire, nosocomiale et PVA). Ils ont ensuite élaboré des essais PCR multiplexes en temps réel et optimisé pour chaque cas, les sondes d'hybridation. La plateforme finale intègre ainsi la préparation unique d'une cartouche d'échantillonnage, d'amplification des acides nucléiques et de détection par hybridation. Le contrôle du dispositif RID-RTI intégré, le logiciel d'analyse et d'interface utilisateur et la cartouche HAP/VAP ont par ailleurs subi tous les tests analytiques nécessaires. Les infections des voies respiratoires restant des pathologies difficiles à diagnostiquer en raison de la grande disparité des agents pathogènes impliqués, cette plateforme constitue un formidable outil pour l'obtention d'un diagnostic précis. Plus important encore, la promptitude de cette approche facilitera une prise de décisions extrêmement rapide concernant le traitement antibiotique et par conséquent un bien meilleur pronostic pour le patient.
Mots‑clés
Pneumonie, infection des voies respiratoires, RID-RTI, PCR
