Une nouvelle ère dans le diagnostic microbiologique
La technologie NGS autorise le séquençage parallèle haut débit de plusieurs échantillons, ce qui profitera grandement à la microbiologie de diagnostic. Parmi les avantages obtenus figure la capacité d'identifier simultanément de nombreux micro-organismes dans un seul échantillon ainsi que des traces virales. L'intégration de la technologie NGS aux laboratoires de diagnostic pour séquencer des génomes entiers d'agents pathogènes devrait aider à la gestion du patient et la santé. La portée du projet PATHSEEK (Automated next generation sequencing for diagnostic microbiology), financé par l'UE, consistait à développer une plateforme de NGS qui puisse offrir des informations pertinentes d'un point de vue clinique sur toutes les mutations de pharmacorésistance possibles en l'espace de 24 à 48 heures. La mise en place a inclus une étape d'enrichissement de l'acide nucléique, durant laquelle de petites sondes d'ARN 120bp ou des appâts ont été utilisés pour extraire le matériel génétique spécifique au pathogène, tandis que l'ADN humain et commensal a été écarté. L'évaluation de la plateforme sur huit pathogènes clés a impliqué l'analyse comparative de presque 2 500 échantillons. Les résultats ont démontré des sensibilités pertinentes d'un point de vue clinique à des profondeurs de lecture qui ont apporté des informations utiles à la gestion clinique et à la surveillance des épidémies. Pour surmonter les limitations bioinformatiques actuelles qui empêchent l'utilisation des méthodes NGS à fins de diagnostic, le consortium a mis au point un processus standardisé et automatique des données de séquençage avec une interface respectueuse de l'utilisateur et un format de rapport. La plateforme PATHSEEK a été mise en place avec réussite pour le diagnostic de routine de la résistance antimicrobienne et la détection de la transmission nosocomiale dans deux hôpitaux du Royaume-Uni. Par ailleurs, un des partenaires a proposé la plateforme sous forme de service centralisé à des laboratoires universitaires, de diagnostic et de santé publique. Au final, le temps d'exécution adapté à la pratique clinique et la capacité à détecter toutes les mutations de pharmacorésistance possibles rendent la plateforme PATHSEEK idéale pour le diagnostic de routine. Par ailleurs, les données de séquençage du génome entier générées pourraient aider à identifier de nouvelles mutations de résistance dans des échantillons cliniques de patients réfractaires au traitement avec certains médicaments antimicrobiens.
Mots‑clés
Microbiologie, diagnostic, NGS, PATHSEEK, mutations de la pharmacorésistance
