Understanding (harmful) virus-host interactions by linking virology and bioinformatics

Leistungen

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Veröffentlichungen

VILOCA: Sequencing quality-aware haplotype reconstruction and mutation calling for short- and long-read data

Autoren: Lara Fuhrmann, Benjamin Langer, Ivan Topolsky, Niko Beerenwinkel
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.06.06.597712

High Resolution Kinetic Characterization and Dynamic Mathematical Modeling of the RIG-I Signaling Pathway and the Antiviral Responses

Autoren: Sandy S. Burkart, Darius Schweinoch, Jamie Frankish, Carola Sparn, Sandra Wüst, Christian Urban, Antonio Piras, Andreas Pichlmair, Joschka Willemsen, Lars Kaderali, Marco Binder
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.08.05.502818

The International Virus Bioinformatics Meeting 2022

Autoren: Franziska Hufsky; Denis Beslic; Dimitri Boeckaerts; Sebastian Duchene; Enrique González-Tortuero; Andreas J. Gruber; Jiarong Guo; Daan Jansen; John Juma; Kunaphas Kongkitimanon; Antoni Luque; Muriel Ritsch; Gabriel Lencioni Lovate; Luca Nishimura; Célia Pas; Esteban Domingo; Emma Hodcroft; Philippe Lemey; Matthew B. Sullivan; Friedemann Weber; Fernando González-Candelas; Sarah Krautwurst; Alba
Veröffentlicht in: Viruses, Ausgabe 19994915, 2022, Seite(n) 973, ISSN 1999-4915
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/v14050973

Demultiplexing and barcode-specific adaptive sampling for nanopore direct RNA sequencing

Autoren: Wiep van der Toorn, Patrick Bohn, Wang Liu-Wei, Marco Olguin-Nava, Redmond P Smyth, Max von Kleist
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.07.22.604276

Prediction of virus-host associations using protein language models and multiple instance learning

Autoren: Dan Liu, Francesca Young, David L Robertson, Ke Yuan
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2023, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.04.07.536023

Metagenomic analyses of single phages and phage cocktails show instances of contamination with temperate phages and bacterial DNA

Autoren: Xue Peng, Sophie Elizabeth Smith, Wanqi Huang, Jinlong Ru, Mohammadali Khan Mirzaei, Li Deng
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.09.12.612727

Screening great ape museum specimens for DNA viruses

Autoren: Michelle Hämmerle, Meriam Guellil, Olivia Cheronet, Susanna Sawyer, Irune Ruiz-Gartzia, Esther Lizano, Aigerim Rymbekova, Pere Gelabert, Paolo Bernardi, Sojung Han, Lovro Trgovec-Greif, Thomas Rattei, Verena J. Schuenemann, Tomas Marques-Bonet, Katerina Guschanski, Sebastien Calvignac-Spencer, Ron Pinhasi, Martin Kuhlwilm
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.04.25.591107

HCMV exploits STING signaling and counteracts IFN and ISG induction to facilitate dendritic cell infection

Autoren: Bibiana Costa, Jennifer Becker, Tobias Krammer, Felix Mulenge, Verónica Durán, Andreas Pavlou, Xiaojing Chu, Yang Li, Luka Cicin-Sain, Britta Eiz-Vesper, Lars Dolken, Antoine-Emmanuel Saliba, Florian Erhard, Ulrich Kalinke
Veröffentlicht in: Research Square, 2024, ISSN 2693-5015
Herausgeber: Research Square Platform LLC
DOI: 10.21203/rs.3.rs-953016/v1

Replidec - Use naive Bayes classifier to identify virus lifecycle from metagenomics data

Autoren: Xue Peng, Jinlong Ru, Mohammadali Khan Mirzaei, Li Deng
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2022, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.07.18.500415

FrameRate: learning the coding potential of unassembled metagenomic reads

Autoren: Wang Liu-Wei, Wayne Aubrey, Amanda Clare, Robert Hoehndorf, Christopher J. Creevey, Nicholas J. Dimonaco
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2023, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.09.16.508314

Jaeger: an accurate and fast deep-learning tool to detect bacteriophage sequences

Autoren: Yasas Wijesekara, Ling-Yi Wu, Rick Beeloo, Piotr Rozwalak, Ernestina Hauptfeld, Swapnil P. Doijad, Bas E. Dutilh, Lars Kaderali
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.09.24.612722

ITN—VIROINF: Understanding (Harmful) Virus-Host Interactions by Linking Virology and Bioinformatics

Autoren: Winfried Goettsch; Niko Beerenwinkel; Li Deng; Lars Dölken; Bas E. Dutilh; Florian Erhard; Lars Kaderali; Max von Kleist; Roland Marquet; Jelle Matthijnssens; Shawna McCallin; Dino McMahon; Thomas Rattei; Ronald P. Van Rij; David L. Robertson; Martin Schwemmle; Noam Stern-Ginossar; Manja Marz
Veröffentlicht in: Viruses, Ausgabe 13(5), 2021, Seite(n) 766, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.17169/refubium-30621

Virus taxonomy and the role of the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV)

Autoren: Stuart G. Siddell, Donald B. Smith, Evelien Adriaenssens, Poliane Alfenas-Zerbini, Bas E. Dutilh, Maria Laura Garcia, Sandra Junglen, Mart Krupovic, Jens H. Kuhn, Amy J. Lambert, Elliot J. Lefkowitz, Małgorzata Łobocka, Arcady R. Mushegian, Hanna M. Oksanen, David L. Robertson, Luisa Rubino, Sead Sabanadzovic, Peter Simmonds, Nobuhiro Suzuki, Koenraad Van Doorslaer, Anne-Mieke Vandamme, Arvind V
Veröffentlicht in: Journal of General Virology, Ausgabe 104, 2023, ISSN 0022-1317
Herausgeber: Society for General Microbiology
DOI: 10.1099/jgv.0.001840

Antibiotic Exposure Leads to Reduced Phage Susceptibility in Vancomycin Intermediate Staphylococcus aureus (VISA)

Autoren: Shawna McCallin; Carmen Menzi; Swenja Lassen; Jean Daraspe; Frank Oechslin; Philippe Moreillon
Veröffentlicht in: Antimicrobial Agents and Chemotherapy, Ausgabe Ahead of Print, 2022, ISSN 0066-4804
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/aac.02247-21

Phylogeny and disease associations of a widespread and ancient intestinal bacteriophage lineage

Autoren: Patrick A. de Jonge, Bert-Jan H. van den Born, Aeilko H. Zwinderman, Max Nieuwdorp, Bas E. Dutilh, Hilde Herrema
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-50777-0

Human cytomegalovirus exploits STING signaling and counteracts IFN/ISG induction to facilitate infection of dendritic cells

Autoren: Bibiana Costa, Jennifer Becker, Tobias Krammer, Felix Mulenge, Verónica Durán, Andreas Pavlou, Olivia Luise Gern, Xiaojing Chu, Yang Li, Luka Čičin-Šain, Britta Eiz-Vesper, Martin Messerle, Lars Dölken, Antoine-Emmanuel Saliba, Florian Erhard, Ulrich Kalinke
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-45614-3

Abolishment of morphology-based taxa and change to binomial species names: 2022 taxonomy update of the ICTV bacterial viruses subcommittee

Autoren: Dann Turner, Andrey N. Shkoporov, Cédric Lood, Andrew D. Millard, Bas E. Dutilh, Poliane Alfenas-Zerbini, Leonardo J. van Zyl, Ramy K. Aziz, Hanna M. Oksanen, Minna M. Poranen, Andrew M. Kropinski, Jakub Barylski, J Rodney Brister, Nina Chanisvili, Rob A. Edwards, François Enault, Annika Gillis, Petar Knezevic, Mart Krupovic, Ipek Kurtböke, Alla Kushkina, Rob Lavigne, Susan Lehman, Malgorzata L
Veröffentlicht in: Archives of Virology, Ausgabe 168, 2023, ISSN 0304-8608
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00705-022-05694-2

Rational Design of Profile HMMs for Sensitive and Specific Sequence Detection with Case Studies Applied to Viruses, Bacteriophages, and Casposons

Autoren: Liliane S. Oliveira, Alejandro Reyes, Bas E. Dutilh, Arthur Gruber
Veröffentlicht in: Viruses, Ausgabe 15, 2023, Seite(n) 519, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v15020519

Known and novel viruses in Belgian honey bees: yearly differences, spatial clustering, and associations with overwintering loss

Autoren: Ward Deboutte, Lina De Smet, Marleen Brunain, Nikolas Basler, Riet De Rycke, Lena Smets, Dirk C. de Graaf, Jelle Matthijnssens
Veröffentlicht in: Microbiology Spectrum, Ausgabe 12, 2024, ISSN 2165-0497
Herausgeber: ASM Press
DOI: 10.1128/spectrum.03581-23

Quantitative measures of within-host viral genetic diversity

Autoren: Lara Fuhrmann, Kim Philipp Jablonski, Niko Beerenwinkel
Veröffentlicht in: Current Opinion in Virology, Ausgabe 49, 2022, Seite(n) 157-163, ISSN 1879-6257
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.coviro.2021.06.002

Expanding epidemic of recently acquired HCV in HIV-coinfected patients over a period of 10 years

Autoren: Christiana Graf, Lara Fuhrmann, Thomas Lutz, Christoph Stephan, Gaby Knecht, Peter Gute, Markus Bickel, Kai-Henrik Peiffer, Fabian Finkelmeier, Georg Dultz, Antonia Mondorf, Nils Wetzstein, Natalie Filmann, Eva Herrmann, Stefan Zeuzem, Niko Beerenwinkel, Julia Dietz, Christoph Sarrazin
Veröffentlicht in: JHEP Reports, Ausgabe 5, 2023, Seite(n) 100701, ISSN 2589-5559
Herausgeber: Elsevier B.V.
DOI: 10.1016/j.jhepr.2023.100701

Comprehensive Survey of Conserved RNA Secondary Structures in Full-Genome Alignment of Hepatitis C Virus

Autoren: Sandra Triebel, Kevin Lamkiewicz, Nancy Ontiveros, Blake Sweeney, Peter F. Stadler, Anton I. Petrov, Michael Niepmann, Manja Marz
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 14, 2023, Seite(n) 15145, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2023.11.15.567179

Sequential disruption of SPLASH-identified vRNA–vRNA interactions challenges their role in influenza A virus genome packaging

Autoren: Celia Jakob, Gabriel L. Lovate, Daniel Desir, Lara Gießler, Redmond P. Smyth, Roland Marquet, Kevin Lamkiewicz, Manja Marz, Martin Schwemmle, and Hardin Bolte
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 51 (12), 2023, Seite(n) 6479–6494, ISSN 1362-4962
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad442

Navigating the Landscape: A Comprehensive Review of Current Virus Databases

Autoren: Muriel Ritsch, Noriko A. Cassman, Shahram Saghaei, Manja Marz
Veröffentlicht in: Viruses, Ausgabe 15, 2023, Seite(n) 1834, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v15091834

Benchmarking Bioinformatic Virus Identification Tools Using Real-World Metagenomic Data across Biomes

Autoren: Ling-Yi Wu, Nikolaos Pappas, Yasas Wijesekara, Gonçalo J. Piedade, Corina P.D. Brussaard, Bas E. Dutilh
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 25, 2023, Seite(n) 97, ISSN 1474-760X
Herausgeber: BioMed Central Ltd
DOI: 10.1101/2023.04.26.538077

Endogenous Bornavirus-like Elements in Bats: Evolutionary Insights from the Conserved Riboviral L-Gene in Microbats and Its Antisense Transcription in Myotis daubentonii

Autoren: Muriel Ritsch, Tom Eulenfeld, Kevin Lamkiewicz, Andreas Schoen, Friedemann Weber, Martin Hölzer, Manja Marz
Veröffentlicht in: Viruses, Ausgabe 16, 2024, Seite(n) 1210, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v16081210

V-pipe 3.0: a sustainable pipeline for within-sample viral genetic diversity estimation

Autoren: Lara Fuhrmann, Kim Philipp Jablonski, Ivan Topolsky, Aashil A Batavia, Nico Borgsmüller, Pelin Icer Baykal, Matteo Carrara, Chaoran Chen, Arthur Dondi, Monica Dragan, David Dreifuss, Anika John, Benjamin Langer, Michal Okoniewski, Louis du Plessis, Uwe Schmitt, Franziska Singer, Tanja Stadler, Niko Beerenwinkel
Veröffentlicht in: GigaScience, Ausgabe 13, 2024, ISSN 2047-217X
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gigascience/giae065

iPHoP: An integrated machine learning framework to maximize host prediction for metagenome-derived viruses of archaea and bacteria

Autoren: Simon Roux, Antonio Pedro Camargo, Felipe H. Coutinho, Shareef M. Dabdoub, Bas E. Dutilh, Stephen Nayfach, Andrew Tritt
Veröffentlicht in: PLOS Biology, Ausgabe 21, 2023, Seite(n) e3002083, ISSN 1544-9173
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pbio.3002083

grandR: a comprehensive package for nucleotide conversion RNA-seq data analysis

Autoren: Teresa Rummel, Lygeri Sakellaridi, Florian Erhard
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 14, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-39163-4

VOGDB—Database of Virus Orthologous Groups

Autoren: Lovro Trgovec-Greif, Hans-Jörg Hellinger, Jean Mainguy, Alexander Pfundner, Dmitrij Frishman, Michael Kiening, Nicole Suzanne Webster, Patrick William Laffy, Michael Feichtinger, Thomas Rattei
Veröffentlicht in: Viruses, Ausgabe 16, 2024, Seite(n) 1191, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v16081191

Parallel evolution and enhanced virulence upon <i>in vivo</i> passage of an RNA virus in <i>Drosophila melanogaster</i>

Autoren: Oscar M Lezcano, Lara Fuhrmann, Gayatri Ramakrishnan, Niko Beerenwinkel, Martijn A Huynen, Ronald P van Rij
Veröffentlicht in: Virus Evolution, Ausgabe 9, 2023, ISSN 2057-1577
Herausgeber: Oxford Academic Press
DOI: 10.1093/ve/vead074

Sequencing accuracy and systematic errors of nanopore direct RNA sequencing

Autoren: Wang Liu-Wei, Wiep van der Toorn, Patrick Bohn, Martin Hölzer, Redmond P. Smyth, Max von Kleist
Veröffentlicht in: BMC Genomics, Ausgabe 25, 2024, ISSN 1471-2164
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12864-024-10440-w

The influenza A virus genome packaging network — complex, flexible and yet unsolved.

Autoren: Celia Jakob; Rithu Paul-Stansilaus,; Martin Schwemmle; Roland Marquet; Hardin Bolte.
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 03051048, 2022, Seite(n) 9023-9038, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac688

Ultraconserved bacteriophage genome sequence identified in 1300-year-old human palaeofaeces

Autoren: Piotr Rozwalak, Jakub Barylski, Yasas Wijesekara, Bas E. Dutilh, Andrzej Zielezinski
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-44370-0

The International Virus Bioinformatics Meeting 2023

Autoren: Franziska Hufsky, Ana B. Abecasis, Artem Babaian, Sebastian Beck, Liam Brierley, Simon Dellicour, Christian Eggeling, Santiago F. Elena, Udo Gieraths, Anh D. Ha, Will Harvey, Terry C. Jones, Kevin Lamkiewicz, Gabriel L. Lovate, Dominik Lücking, Martin Machyna, Luca Nishimura, Maximilian K. Nocke, Bernard Y. Renard, Shoichi Sakaguchi, Lygeri Sakellaridi, Jannes Spangenberg, Maria Tarradas-Alemany,
Veröffentlicht in: Viruses, Ausgabe 15, 2023, Seite(n) 2031, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v15102031

Seasonal dynamics and diversity of Antarctic marine viruses reveal a novel viral seascape

Autoren: Gonçalo J. Piedade, Max E. Schön, Cédric Lood, Mikhail V. Fofanov, Ella M. Wesdorp, Tristan E. G. Biggs, Lingyi Wu, Henk Bolhuis, Matthias G. Fischer, Natalya Yutin, Bas E. Dutilh, Corina P. D. Brussaard
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, Seite(n) 9192, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-53317-y

How might bacteriophages shape biological invasions?

Autoren: Jannick Van Cauwenberghe, Ellen L. Simms
Veröffentlicht in: mBio, Ausgabe 14, 2024, ISSN 2150-7511
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mbio.01886-23

Guidelines for public database submission of uncultivated virus genome sequences for taxonomic classification

Autoren: Evelien M. Adriaenssens, Simon Roux, J. Rodney Brister, Ilene Karsch-Mizrachi, Jens H. Kuhn, Arvind Varsani, Tong Yigang, Alejandro Reyes, Cédric Lood, Elliot J. Lefkowitz, Matthew B. Sullivan, Robert A. Edwards, Peter Simmonds, Luisa Rubino, Sead Sabanadzovic, Mart Krupovic, Bas E. Dutilh
Veröffentlicht in: Nature Biotechnology, Ausgabe 41, 2023, Seite(n) 898-902, ISSN 1087-0156
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-023-01844-2

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