Opis projektu
Nowe ramy pozwolą na rozszyfrowanie interakcji biomolekularnych
Próby poprawy funkcjonowania mikrobiomu zwierząt i roślin w dużej mierze kończą się porażkami ze względu na ledwie powierzchowną wiedzę na temat interakcji pomiędzy procesami biologicznymi gospodarza i jego mikrobiomem. Pewne jest to, że funkcje mikrobiomu można zoptymalizować pod kątem zrównoważonej i ekologicznej produkcji żywności – nie wiemy jednak jak to zrobić. Z tego powodu zespół finansowanego ze środków Unii Europejskiej projektu FindingPheno zamierza opracować całościowe ramy statystyczne, które pozwolą na rozszyfrowanie interakcji biomolekularnych pomiędzy gospodarzem i mikrobiomem. Badacze skupią się przede wszystkim na połączeniu wiedzy biologicznej oraz najbardziej zaawansowanych metod statystycznych – przyczynowego modelowania strukturalnego, doboru zmiennych, redukcji wymiarowości i wykrywaniu cech. Kolejny etap badań oprze się na wykorzystaniu tych ram do studiów przypadków opartych na istniejących systemach produkcji żywności. Celem jest wykazanie użyteczności nowych ram, a także zapewnienie możliwości szybkiego i łatwego wdrożenia nowego podejścia.
Cel
Animal and plant microbiome functions can be modulated, and thereby optimized, for sustainable food production. However, the outcome, i.e. the microbial response, can vary greatly depending on (e.g.)Animal and plant microbiome functions can be modulated, and thereby optimized, for sustainable food production. However, the outcome, i.e. the microbial response, can vary greatly depending on (e.g.) the genetic background and developmental stage of the host, and the farming environment. The interactions between the biological process of the host and their microbiome are still only superficially understood, even though microbial interventions have been used for years. This incomplete understanding means that new attempts to improve microbiome functions are both inefficient and costly, and unlikely to hit upon the optimal solutions. An approach that recognizes the intimate biological interactions between host genome and microbiome functions holds the potential to greatly reduce cost and improve the outcome.
To that end, FindingPheno will develop a holistic statistical framework to decipher biomolecular interactions between host and microbiome by combining biological knowledge and state-of-the-art statistical methods: structural causal modelling, variable selection, dimensionality reduction and feature detection. We will then apply the framework to case studies from actual food production systems, using a unique multi-omics data set from three biological systems – chicken, salmon and maize – derived from ongoing research projects. In addition, we demonstrate the utility of the framework to obtain biological insights from publicly available data sets from tomato and bees.
We expect to show how to improve the effectiveness of microbiome interventions in sustainable food production, and simultaneously, we will offer avenues for quick and easy application of this new approach to other relevant biotechnology-based industries, e.g. enzyme production and fermentation.
Dziedzina nauki
- agricultural sciencesagriculture, forestry, and fisheriesagriculturesustainable agriculture
- natural sciencesbiological sciencesbiological behavioural sciencesethologybiological interactions
- natural sciencesbiological sciencesgeneticsgenomes
- natural sciencesbiological sciencesmicrobiology
- natural sciencesbiological sciencesbiochemistrybiomoleculesproteinsenzymes
Słowa kluczowe
Program(-y)
Zaproszenie do składania wniosków
Zobacz inne projekty w ramach tego zaproszeniaSzczegółowe działanie
H2020-NMBP-TR-IND-2020-twostage
System finansowania
RIA - Research and Innovation actionKoordynator
1165 Kobenhavn
Dania