Descrizione del progetto
Un nuovo quadro per decifrare l’interazione biomolecolare
Gli sforzi tesi a migliorare le funzioni del microbioma animale e vegetale hanno per lo più esito negativo in quanto sono ancora poco note le interazioni tra il processo biologico dell’ospite e il relativo microbioma. Quel che è certo è che le funzioni del microbioma posso essere ottimizzate per una produzione alimentare sostenibile. La domanda è: come? In tale contesto, il progetto FindingPheno, finanziato dall’UE, svilupperà un quadro statistico di tipo olistico al fine di decifrare le interazioni biomolecolari tra ospite e microbioma. In particolare, abbinerà conoscenze biologiche e metodi statistici all’avanguardia, quali la modellizzazione casuale di sistema, la selezione variabile, la riduzione di dimensionalità e il rilevamento di funzionalità. Il passo successivo sarà l’adozione di questo quadro nei casi di studio provenienti dagli attuali sistemi di produzione alimentare. L’obiettivo sarà dimostrare l’utilità di questo nuovo approccio e fornire nuove prospettive per una sua veloce e pratica applicazione.
Obiettivo
Animal and plant microbiome functions can be modulated, and thereby optimized, for sustainable food production. However, the outcome, i.e. the microbial response, can vary greatly depending on (e.g.)Animal and plant microbiome functions can be modulated, and thereby optimized, for sustainable food production. However, the outcome, i.e. the microbial response, can vary greatly depending on (e.g.) the genetic background and developmental stage of the host, and the farming environment. The interactions between the biological process of the host and their microbiome are still only superficially understood, even though microbial interventions have been used for years. This incomplete understanding means that new attempts to improve microbiome functions are both inefficient and costly, and unlikely to hit upon the optimal solutions. An approach that recognizes the intimate biological interactions between host genome and microbiome functions holds the potential to greatly reduce cost and improve the outcome.
To that end, FindingPheno will develop a holistic statistical framework to decipher biomolecular interactions between host and microbiome by combining biological knowledge and state-of-the-art statistical methods: structural causal modelling, variable selection, dimensionality reduction and feature detection. We will then apply the framework to case studies from actual food production systems, using a unique multi-omics data set from three biological systems – chicken, salmon and maize – derived from ongoing research projects. In addition, we demonstrate the utility of the framework to obtain biological insights from publicly available data sets from tomato and bees.
We expect to show how to improve the effectiveness of microbiome interventions in sustainable food production, and simultaneously, we will offer avenues for quick and easy application of this new approach to other relevant biotechnology-based industries, e.g. enzyme production and fermentation.
Campo scientifico
- agricultural sciencesagriculture, forestry, and fisheriesagriculturesustainable agriculture
- natural sciencesbiological sciencesbiological behavioural sciencesethologybiological interactions
- natural sciencesbiological sciencesgeneticsgenomes
- natural sciencesbiological sciencesmicrobiology
- natural sciencesbiological sciencesbiochemistrybiomoleculesproteinsenzymes
Parole chiave
Programma(i)
Invito a presentare proposte
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H2020-NMBP-TR-IND-2020-twostage
Meccanismo di finanziamento
RIA - Research and Innovation actionCoordinatore
1165 Kobenhavn
Danimarca