Skip to main content
European Commission logo
polski polski
CORDIS - Wyniki badań wspieranych przez UE
CORDIS
CORDIS Web 30th anniversary CORDIS Web 30th anniversary

Real-time analysis of ribosomal frameshifting and its impact on immunity and disease

Opis projektu

Badanie rybosomalnych przesunięć ramek odczytu w komórkach ludzkich

Wiele wirusów, między innymi HIV, wykorzystuje proces zwany rybosomalnym przesunięciem ramki odczytu (ang. ribosomal frameshifting, PRF), który polega na przesunięciu rybosomu na inną pozycję podczas syntezy białek. Zmienia to jego kod i prowadzi do powstania różnych białek z tego samego mRNA, co dodaje kolejny poziom do regulacji ekspresji genów. Zespół finansowanego przez UE projektu T-FRAME chce zbadać PRF w komórkach ludzkich i rozpoznać czynniki regulujące ten proces. W tym celu naukowcy wykorzystają ludzkie limfocyty T i HIV-1 jako systemy modelowe do badania wpływu PRF na rozwój zakażenia i działanie odporności nieswoistej. Wyniki ich prac dostarczą nowej wiedzy dotyczącej tej alternatywnej dla standardowego dekodowania metody, przygotowując grunt pod opracowanie nowych terapii przeciwwirusowych.

Cel

The coding region of many genes contains sequence elements that constitute roadblocks during mRNA translation. These roadblocks present problems, but also opportunities for the cell to increase the coding capacity of the genome by so-called programmed ribosome frameshifting (PRF). PRF is a universal gene expression strategy that brings plasticity to the proteome. It is widely studied in viruses and bacteria, yet poorly understood in humans.

My own mechanistic discoveries have highlighted that, regardless of various stimulatory structures and slippery nucleotides involved, PRF in bacterial and viral mRNAs follows one of the two general pathways depending on substrate. In contrast, many questions remain regarding the occurrences of PRF in humans and its regulation by recently discovered trans-acting viral and cellular factors.

In T-FRAME, I will investigate the mechanism of PRF and its role in disease using HIV infection of human-T lymphocytes as an in vivo paradigm. To study molecular details of how trans-factors modulate PRF, I will leverage cutting-edge ensemble and single-molecule techniques to monitor the ribosome as it moves along the mRNA codon per codon. In addition, I will assess mRNA interactions with PRF factors during this process. Using a PRF-RNA-interactome capture assay that we have recently developed, I will search for new trans- factors in human cells. Finally, I will study the translation of T cells and HIV-1 on a global level during infection to understand the full scope and dynamic nature of PRF in this model system.

To summarize, T-FRAME will advance our understanding of how RNA structure and trans-factors shape translation regimes in higher eukaryotes and how deviations from the standard decoding path impact infection and innate immunity. I envision harnessing these findings to develop novel tools for synthetic biology and new design principles for RNA-centric antiviral and immune therapies.

System finansowania

ERC-STG - Starting Grant

Instytucja przyjmująca

HELMHOLTZ-ZENTRUM FUR INFEKTIONSFORSCHUNG GMBH
Wkład UE netto
€ 1 499 852,00
Adres
INHOFFENSTRASSE 7
38124 Braunschweig
Niemcy

Zobacz na mapie

Region
Niedersachsen Braunschweig Braunschweig, Kreisfreie Stadt
Rodzaj działalności
Research Organisations
Linki
Koszt całkowity
€ 1 499 852,00

Beneficjenci (1)