Structural biology of mammalian transcription regulation

Informations projet

TRANSREGULON

N° de convention de subvention: 693023

DOI 10.3030/693023

Projet clôturé

Date de signature de la CE 24 Mai 2016

Date de début 1 Juillet 2016

Date de fin 30 Juin 2020

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total € 2 496 250,00

Contribution de l’UE € 2 496 250,00

Coordonné par

MAX-PLANCK-GESELLSCHAFT ZUR FORDERUNG DER WISSENSCHAFTEN EV
Germany

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Peer reviewed articles (38)

CTCF is dispensable for immune cell transdifferentiation but facilitates an acute inflammatory response

Auteurs: Grégoire Stik, Enrique Vidal, Mercedes Barrero, Sergi Cuartero, Maria Vila-Casadesús, Julen Mendieta-Esteban, Tian V. Tian, Jinmi Choi, Clara Berenguer, Amaya Abad, Beatrice Borsari, François le Dily, Patrick Cramer, Marc A. Marti-Renom, Ralph Stadhouders, Thomas Graf
Publié dans: Nature Genetics, Numéro 52/7, 2020, Page(s) 655-661, ISSN 1061-4036
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-020-0643-0

TT‐seq captures enhancer landscapes immediately after T‐cell stimulation

Auteurs: Margaux Michel, Carina Demel, Benedikt Zacher, Björn Schwalb, Stefan Krebs, Helmut Blum, Julien Gagneur, Patrick Cramer
Publié dans: Molecular Systems Biology, Numéro 13/3, 2017, Page(s) 920, ISSN 1744-4292
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.20167507

Accurate Promoter and Enhancer Identification in 127 ENCODE and Roadmap Epigenomics Cell Types and Tissues by GenoSTAN

Auteurs: Benedikt Zacher, Margaux Michel, Björn Schwalb, Patrick Cramer, Achim Tresch, Julien Gagneur
Publié dans: PLOS ONE, Numéro 12/1, 2017, Page(s) e0169249, ISSN 1932-6203
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0169249

CDK9-dependent RNA polymerase II pausing controls transcription initiation

Auteurs: Saskia Gressel, Björn Schwalb, Tim Michael Decker, Weihua Qin, Heinrich Leonhardt, Dirk Eick, Patrick Cramer
Publié dans: eLife, Numéro 6, 2017, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/eLife.29736

Mechanism of RNA polymerase II stalling by DNA alkylation

Auteurs: Stefano Malvezzi, Lucas Farnung, Claudia M. N. Aloisi, Todor Angelov, Patrick Cramer, Shana J. Sturla
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 114/46, 2017, Page(s) 12172-12177, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1706592114

RNA-dependent chromatin association of transcription elongation factors and Pol II CTD kinases

Auteurs: Sofia Battaglia, Michael Lidschreiber, Carlo Baejen, Phillipp Torkler, Seychelle M Vos, Patrick Cramer
Publié dans: eLife, Numéro 6, 2017, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/eLife.25637

Architecture of the RNA polymerase II-Paf1C-TFIIS transcription elongation complex

Auteurs: Youwei Xu, Carrie Bernecky, Chung-Tien Lee, Kerstin C. Maier, Björn Schwalb, Dimitry Tegunov, Jürgen M. Plitzko, Henning Urlaub, Patrick Cramer
Publié dans: Nature Communications, Numéro 8, 2017, Page(s) 15741, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ncomms15741

Structure of transcribing RNA polymerase II-nucleosome complex

Auteurs: Lucas Farnung, Seychelle M. Vos, Patrick Cramer
Publié dans: Nature Communications, Numéro 9/1, 2018, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-07870-y

Structures of transcription pre-initiation complex with TFIIH and Mediator

Auteurs: S. Schilbach, M. Hantsche, D. Tegunov, C. Dienemann, C. Wigge, H. Urlaub, P. Cramer
Publié dans: Nature, 2017, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nature24282

Genome-wide Analysis of RNA Polymerase II Termination at Protein-Coding Genes

Auteurs: Carlo Baejen, Jessica Andreani, Phillipp Torkler, Sofia Battaglia, Bjoern Schwalb, Michael Lidschreiber, Kerstin C. Maier, Andrea Boltendahl, Petra Rus, Stephanie Esslinger, Johannes Söding, Patrick Cramer
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 66/1, 2017, Page(s) 38-49.e6, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2017.02.009

Structural Basis of Mitochondrial Transcription Initiation

Auteurs: Hauke S. Hillen, Yaroslav I. Morozov, Azadeh Sarfallah, Dmitry Temiakov, Patrick Cramer
Publié dans: Cell, Numéro 171/5, 2017, Page(s) 1072-1081.e10, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2017.10.036

Architecture of a transcribing-translating expressome

Auteurs: R. Kohler, R. A. Mooney, D. J. Mills, R. Landick, P. Cramer
Publié dans: Science, Numéro 356/6334, 2017, Page(s) 194-197, ISSN 0036-8075
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aal3059

The APT complex is involved in non-coding RNA transcription and is distinct from CPF

Auteurs: Michael Lidschreiber, Ashley D Easter, Sofia Battaglia, Juan B Rodríguez-Molina, Ana Casañal, Manuel Carminati, Carlo Baejen, Pawel Grzechnik, Kerstin C Maier, Patrick Cramer, Lori A Passmore
Publié dans: Nucleic Acids Research, 2018, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky845

Structure of paused transcription complex Pol II–DSIF–NELF

Auteurs: Seychelle M. Vos, Lucas Farnung, Henning Urlaub, Patrick Cramer
Publié dans: Nature, Numéro 560/7720, 2018, Page(s) 601-606, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-018-0442-2

Structural Molecular Biology—A Personal Reflection on the Occasion of John Kendrew's 100th Birthday

Auteurs: Patrick Cramer
Publié dans: Journal of Molecular Biology, Numéro 429/17, 2017, Page(s) 2603-2610, ISSN 0022-2836
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2017.05.007

Nucleosome–Chd1 structure and implications for chromatin remodelling

Auteurs: Lucas Farnung, Seychelle M. Vos, Christoph Wigge, Patrick Cramer
Publié dans: Nature, Numéro 550/7677, 2017, Page(s) 539-542, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nature24046

Structural Basis of RNA Polymerase I Transcription Initiation

Auteurs: Christoph Engel, Tobias Gubbey, Simon Neyer, Sarah Sainsbury, Christiane Oberthuer, Carlo Baejen, Carrie Bernecky, Patrick Cramer
Publié dans: Cell, Numéro 169/1, 2017, Page(s) 120-131.e22, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2017.03.003

Spt5 Plays Vital Roles in the Control of Sense and Antisense Transcription Elongation

Auteurs: Ameet Shetty, Scott P. Kallgren, Carina Demel, Kerstin C. Maier, Dan Spatt, Burak H. Alver, Patrick Cramer, Peter J. Park, Fred Winston
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 66/1, 2017, Page(s) 77-88.e5, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2017.02.023

Mechanism of Transcription Anti-termination in Human Mitochondria

Auteurs: Hauke S. Hillen, Andrey V. Parshin, Karen Agaronyan, Yaroslav I. Morozov, James J. Graber, Aleksandar Chernev, Kathrin Schwinghammer, Henning Urlaub, Michael Anikin, Patrick Cramer, Dmitry Temiakov
Publié dans: Cell, Numéro 171/5, 2017, Page(s) 1082-1093.e13, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2017.09.035

The Implication of Early Chromatin Changes in X Chromosome Inactivation

Auteurs: Jan Jakub Żylicz, Aurélie Bousard, Kristina Žumer, Francois Dossin, Eusra Mohammad, Simão Teixeira da Rocha, Björn Schwalb, Laurène Syx, Florent Dingli, Damarys Loew, Patrick Cramer, Edith Heard
Publié dans: Cell, Numéro 176/1-2, 2019, Page(s) 182-197.e23, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2018.11.041

Conserved RNA polymerase II initiation complex structure

Auteurs: Merle Hantsche, Patrick Cramer
Publié dans: Current Opinion in Structural Biology, Numéro 47, 2017, Page(s) 17-22, ISSN 0959-440X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2017.03.013

Structural basis of TFIIH activation for nucleotide excision repair

Auteurs: Goran Kokic, Aleksandar Chernev, Dimitry Tegunov, Christian Dienemann, Henning Urlaub, Patrick Cramer
Publié dans: Nature Communications, Numéro 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-10745-5

Transcriptome maps of general eukaryotic RNA degradation factors

Auteurs: Salma Sohrabi-Jahromi, Katharina B Hofmann, Andrea Boltendahl, Christian Roth, Saskia Gressel, Carlo Baejen, Johannes Soeding, Patrick Cramer
Publié dans: eLife, Numéro 8, 2019, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.47040

Global donor and acceptor splicing site kinetics in human cells

Auteurs: Leonhard Wachutka, Livia Caizzi, Julien Gagneur, Patrick Cramer
Publié dans: eLife, Numéro 8, 2019, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.45056

NASC-seq monitors RNA synthesis in single cells

Auteurs: Gert-Jan Hendriks, Lisa A. Jung, Anton J. M. Larsson, Michael Lidschreiber, Oscar Andersson Forsman, Katja Lidschreiber, Patrick Cramer, Rickard Sandberg
Publié dans: Nature Communications, Numéro 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-11028-9

Structure of activated transcription complex Pol II–DSIF–PAF–SPT6

Auteurs: Seychelle M. Vos, Lucas Farnung, Marc Boehning, Christoph Wigge, Andreas Linden, Henning Urlaub, Patrick Cramer
Publié dans: Nature, Numéro 560/7720, 2018, Page(s) 607-612, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-018-0440-4

Structure of a transcribing RNA polymerase II–DSIF complex reveals a multidentate DNA–RNA clamp

Auteurs: Carrie Bernecky, Jürgen M Plitzko, Patrick Cramer
Publié dans: Nature Structural & Molecular Biology, Numéro 24/10, 2017, Page(s) 809-815, ISSN 1545-9993
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nsmb.3465

Structure of SWI/SNF chromatin remodeller RSC bound to a nucleosome

Auteurs: Felix R. Wagner, Christian Dienemann, Haibo Wang, Alexandra Stützer, Dimitry Tegunov, Henning Urlaub, Patrick Cramer
Publié dans: Nature, Numéro 579/7799, 2020, Page(s) 448-451, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2088-0

Structure of H3K36-methylated nucleosome–PWWP complex reveals multivalent cross-gyre binding

Auteurs: Haibo Wang, Lucas Farnung, Christian Dienemann, Patrick Cramer
Publié dans: Nature Structural & Molecular Biology, Numéro 27/1, 2020, Page(s) 8-13, ISSN 1545-9993
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-019-0345-4

Structure of replicating SARS-CoV-2 polymerase

Auteurs: Hauke S. Hillen, Goran Kokic, Lucas Farnung, Christian Dienemann, Dimitry Tegunov, Patrick Cramer
Publié dans: Nature, 2020, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2368-8

The pause-initiation limit restricts transcription activation in human cells

Auteurs: Saskia Gressel, Björn Schwalb, Patrick Cramer
Publié dans: Nature Communications, Numéro 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-11536-8

Real-time cryo-electron microscopy data preprocessing with Warp

Auteurs: Dimitry Tegunov, Patrick Cramer
Publié dans: Nature Methods, Numéro 16/11, 2019, Page(s) 1146-1152, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-019-0580-y

Structure of the super-elongation complex subunit AFF4 C-terminal homology domain reveals requirements for AFF homo- and heterodimerization

Auteurs: Ying Chen, Patrick Cramer
Publié dans: Journal of Biological Chemistry, Numéro 294/27, 2019, Page(s) 10663-10673, ISSN 0021-9258
Éditeur: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1074/jbc.ra119.008577

Nucleosome-CHD4 chromatin remodeler structure maps human disease mutations

Auteurs: Lucas Farnung, Moritz Ochmann, Patrick Cramer
Publié dans: eLife, Numéro 9, 2020, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.56178

Organization and regulation of gene transcription

Auteurs: Patrick Cramer
Publié dans: Nature, Numéro 573/7772, 2019, Page(s) 45-54, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-019-1517-4

Nucleosome-bound SOX2 and SOX11 structures elucidate pioneer factor function

Auteurs: Svetlana O. Dodonova, Fangjie Zhu, Christian Dienemann, Jussi Taipale, Patrick Cramer
Publié dans: Nature, Numéro 580/7805, 2020, Page(s) 669-672, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2195-y

Structure of complete Pol II–DSIF–PAF–SPT6 transcription complex reveals RTF1 allosteric activation

Auteurs: Seychelle M. Vos, Lucas Farnung, Andreas Linden, Henning Urlaub, Patrick Cramer
Publié dans: Nature Structural & Molecular Biology, Numéro 27/7, 2020, Page(s) 668-677, ISSN 1545-9993
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-020-0437-1

Structure of the transcription coactivator SAGA

Auteurs: Haibo Wang, Christian Dienemann, Alexandra Stützer, Henning Urlaub, Alan C. M. Cheung, Patrick Cramer
Publié dans: Nature, Numéro 577/7792, 2020, Page(s) 717-720, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-1933-5