De meilleurs fruits grâce à la génomique
Au cours des dernières années, des chercheurs ont produit de nombreuses informations génomiques sur les arbres fruitiers, ainsi qu'un grand nombre d'outils de sélection utiles. Cependant, ces informations doivent être rassemblées et ordonnées pour que les phytogénéticiens professionnels puissent en tirer avantage. L'initiative FRUIT BREEDOMICS (Integrated approach for increasing breeding efficiency in fruit tree crops), financée par l'UE, a été lancée pour améliorer l'efficacité de la sélection pour les pommiers et les pêchers. Les partenaires du projet ont développé des outils moléculaires et bioinformatiques pour exploiter la diversité que l'on retrouve dans les collections d'arbres fruitiers et les populations de sélection en Europe. Les chercheurs ont créé de nouveaux cultivars de pommes résistants à la tavelure du pommier, à l'oïdium et au feu bactérien, ainsi que des cultivars de pêche résistants aux pucerons verts et à la pourriture brune. À l'aide d'outils génomiques, ils ont réussi cela en moins de sept ans, ce qui est bien plus rapide qu'avec les programmes de sélection traditionnels. Le projet a également créé une méthode de travail standard pour utiliser la génomique pour la sélection des pommiers et des pêchers. Un autre volet du projet FRUIT BREEDOMICS a consisté à développer un essai commercial haut débit pour identifier des polymorphismes à un seul nucléotide associés à des caractéristiques intéressantes du point de vue économique pour les pommes. Ces caractéristiques incluent la résistance à la maladie, la qualité des fruits et la résistance aux stress biotiques. Une base de données relationnelle pour la collecte des phénotypes a été développée et une interface utilisateur-base de données a été créée pour la gestion et l'exploration du contenu de la base de données. Les chercheurs ont également étudié et rassemblé un large ensemble d'outils pour associer la génétique aux traits physiques et ils ont testé ces outils sur divers cultivars. Ensemble, ces ressources constituent une nouvelle plateforme appelée FruitBreedomics Marker Assisted Breeding Services, qui permettra de mettre ces technologies à disposition des entreprises de sélection végétale. Le projet FRUIT BREEDOMICS a créé de nouveaux outils pour améliorer la sélection des fruits et démontré la valeur de ces outils en les utilisant pour développer de nouveaux cultivars améliorés. Ce travail aura un impact important sur les pratiques modernes en matière de sélection végétale.
Mots‑clés
Génomique, pomme, pêche, résistance à la maladie, cultivars, arbres fruitiers, FRUIT BREEDOMICS