Concevoir des molécules
L'ingénierie métabolique consiste à optimiser les processus génétiques ou ceux de régulation dans la cellule vivante afin que celle-ci accroisse la production d'un composé bien spécifique. On peut la voir comme une science appliquée dont les travaux cherchent soit à développer de nouvelles unités de production cellulaire soit à optimiser celles déjà en activité. Elle utilise des outils de pointe afin d'identifier les cibles susceptibles d'être modifiées génétiquement et des modèles mathématiques qui lui permettent de concevoir in silico des unités de production cellulaire pour l'industrie biotechnologique. Les modèles mathématiques étant de plus en plus utilisés pour la conception de ces nouvelles unités de production cellulaire, l'UE a décidé de financer le projet Sysinbio («Systems biology as a driver for industrial biotechnology») qui coordonne maintenant les efforts européens de recherche dans ce domaine. Le rôle de premier plan de Sysinbio dans les activités d'ingénierie métabolique à partir de modèles mathématiques a permis la création de la banque de données Biomet-Toolbox. Cette banque contient les modèles métaboliques pour plusieurs microorganismes importants pour l'industrie et divers outils de simulation. Les chercheurs de Sysinbio développent actuellement de nouveaux modèles mathématiques qui seront plus efficaces en ingénierie métabolique. L'activité des modèles stoechiométriques (modèle de réactifs) et des modèles cinétiques (énergie produite par le mouvement) ont déjà été coordonnés. Jusqu'à présent, l'équipe du projet a réussi à montrer que la coordination de développement de modèles microbiens plus fiables et mieux standardisés garantissait une meilleure capacité prédictive. Cette meilleure capacité a permis aux chercheurs d'appliquer des algorithmes de simulation et d'optimisation capables d'identifier les modifications génétiques susceptibles d'augmenter le rendement de production de composés sélectionnés. Un autre versant non négligeable du travail des partenaires de Sysinbio impliquait la coordination en Europe de cours et de formations dans le domaine de l'ingénierie métabolique. Ils ont ainsi soutenu des étudiants participant à certaines conférences majeures et organisé divers cours consacrés à la biologie des systèmes. Les travaux de ce projet devraient avoir un impact significatif sur le long terme en améliorant la compétitivité de l'industrie biotechnologique européenne. Les bénéfices concrets apportés par le projet sont déjà visibles dans l'amélioration du dialogue entre université et industrie, la meilleure formation des chercheurs et la génération de meilleurs standards et méthodes qui seront utilisés dans l'industrie biotechnologique.
