Mapowanie potencjału hodowli bydła
Ogólnym celem europejskiego projektu BOVGEN było utworzenie mapy genomu bydła, którą można by następnie porównać lub połączyć z poprzednimi mapami bydła. Do osiągnięcia tego celu użyto kombinacji starterów łańcuchowej reakcji polimerazy (PCR, polymerase chain reaction) i sekwencji znaczników ulegających ekspresji (EST, expressed sequence tags) pochodzących z wcześniejszego projektu finansowanego przez WE i z innych współpracujących laboratoriów. Zastosowano technikę mapowania radiacyjnego, w której odległości między sekwencjami są proporcjonalne do przerw wywołanych przez promieniowanie, które z kolei są związane z rzeczywistymi odległościami. Zaletą tej metody jest to, że markery nie muszą być polimorficzne, jak w przypadku konwencjonalnych map. W genomie bydła występuje 29 par autosomów i zwykłe chromosomy płci X oraz Y i dla pełnego zestawu utworzono mapy RH. Powstały dwie niezależne mapy. Najpierw, przy użyciu znaczników EST, obliczono całkowitą długość całego genomu wraz z odległościami markerów i porównano z mapą sprzężeń MARC 2004. W celu utworzenia drugiej mapy z wykorzystaniem znaczników EST markery mikrosatelitarne i markery polimorfizmu długości amplifikowanego fragmentu przeanalizowano za pomocą systemu Illumina „Bead Station” i uzyskano ponad 5000 markerów. Markery zostały zmapowane za pomocą analizy sprzężeń dwupunktowych na ustalonych już zestawach wektorów RH. Uzyskane mapy można zastosować do dalszych porównań i ulepszenia map utworzonych za pomocą innych technik genetycznych. W kontekście hodowli bydła może to oznaczać lepsze zrozumienie genetyki odpowiadającej za cechy o znaczeniu komercyjnym.
