Fingerprinting dei vivai ittici per la resistenza agli antibiotici
La resistenza agli antibiotici nei microbi è un problema denunciato da molti. In particolare, i ceppi multiresistenti rappresentano una grave minaccia per la salute pubblica. Sfortunatamente, l'origine di questa resistenza è in parte dovuta all'uso eccessivo e alla prescrizione non appropriata degli antibiotici. Inoltre, quando un batterio è resistente, è possibile che trasmetta i geni responsabili ad altri batteri in un processo chiamato coniugazione. L'industria dell'acquacoltura nel Sud-est Asiatico è un settore florido. Sfortunatamente, data la costante minaccia di infezioni in una situazione monocolturale, l'uso di agenti antimicrobici è molto comune. Il progetto ASIARESIST finanziato dall'UE ha perciò iniziato a valutare il rischio della resistenza trasferibile dai vivai ittici nella regione. Presso l'Unità per la Salute degli Animali Acquatici dell'università di Putra in Malesia, i partner di progetto hanno avuto l'obiettivo di genotipizzare i batteri per identificare la resistenza agli antibiotici cloramfenicolo, streptomicina e sulfonamide. La differenza principale nello studio era che al posto dell'analisi della suscettibilità, è stato usato un approccio genotipico grazie al quale è stata determinata la presenza di geni di resistenza. La tecnica di reazione a catena della polimerasi ripetitiva (rep-PCR) è stata utilizzata per amplificare il DNA da 140 isolamenti batterici provenienti da vivai ittici selezionati. Sono stati usati dei primer (GTG)5 specifici per l'amplificazione di sequenze specifiche di DNA per l'analisi. I risultati dell'amplificazione sono poi stati sottoposti ad elettroforesi e a fluorescenza UV dopo la colorazione. Le impronte (GTG)5 ottenute sono state analizzate con il software GelCompare. Una volta entrati nel regno dell'analisi del DNA, si possono spiegare i veri meccanismi della resistenza. È stata effettuata l'analisi del meccanismo della resistenza al cloramfenicolo ed è stato studiato se è stata contemporaneamente trasferita la resistenza a più di un antibiotico (transconiugazione). Come osservato, questo era il caso della resistenza al cloramfenicolo e al sulfonamide. Inoltre, è stato possibile determinare se l'isolato è multiresistente e quindi il suo livello di minaccia alla salute. Il processo è stato considerato molto efficace nel differenziare i ceppi di batteri. Ciò rende possibile rilevare i patogeni già presenti o appena evoluti e applicare delle appropriate strategie di controllo dei pericoli per evitare una minaccia all'alimentazione o alla sicurezza ambientale. Inoltre, si tratta di un metodo rapido, robusto, sensibile ed economicamente conveniente per identificare la resistenza genetica.
