Wymiana danych i wiedzy oraz ujednolicenie wykorzystywanych narzędzi pomogą w skutecznej reakcji na COVID-19
Chociaż w działaniach przeciwko pandemii zjednoczyła się największa jak dotąd liczba inicjatyw naukowych, szybka i skoordynowana wymiana danych i wiedzy, która ma na celu wspomóc prace nad lekami i szczepionkami, jest utrudniona. Zespół finansowanego ze środków UE projektu ELIXIR-CONVERGE zdecydował się sprostać temu wyzwaniu, gromadząc w tym celu dane naukowe pochodzące z systemów opieki zdrowotnej z całej Europy. Zespół ELIXIR CONVERGE, Europejskie Laboratorium Biologii Molekularnej – Europejski Instytut Bioinformatyki i kilka innych podmiotów pracują nad europejską platformą danych dotyczących COVID-19, która przyspieszy zbieranie i wymianę kompleksowych danych pochodzących z różnych źródeł. Dane te wspomogą prace europejskich i światowych środowisk naukowych. Portal danych dotyczących COVID-19 zostanie połączony z europejską chmurą dla otwartej nauki. „Portal umożliwi naukowcom udostępnianie, wyświetlanie i analizowanie danych referencyjnych i specjalistycznych zestawów danych dotyczących COVID-19. Portal danych dotyczących COVID-19 stanowić będzie główny punkt dostępu do funkcji większego projektu – europejskiej platformy danych dotyczących COVID-19”, jak czytamy w sekcji „O projekcie” na portalu danych. Europejska platforma danych dotyczących COVID-19 składa się z dwóch połączonych ze sobą komponentów: „centrum danych SARS-CoV-2, które będzie zarządzać przepływem danych sekwencyjnych dotyczących pandemii i umożliwi kompleksową, otwartą wymianę danych pomiędzy europejskimi i światowymi środowiskami naukowymi” i „portal danych dotyczących COVID-19, gdzie zebrane zostaną narzędzia i istotne zestawy danych dotyczących COVID-19, które będą stale aktualizowane. Portal umożliwiać będzie ponadto wymianę danych sekwencyjnych i ułatwi dostęp do innych zasobów dotyczących SARS-CoV-2”. Cytowany w komunikacie prasowym dyrektor ELIXIR, dr Niklas Blomberg, mówi: „Musimy opracować uniwersalne metody, które zapewnią naukowcom dostęp do danych z różnych państw. Nawet jeśli dane będą musiały pozostać w instytucie, z którego pochodzą, nie oznacza to, że inni badacze nie mogą mieć do nich dostępu”. Jak napisano w tym samym komunikacie prasowym, dr Blomberg podkreśla, że „pandemia uwidoczniła zapotrzebowanie Europy na infrastrukturę, która zapewni naukowcom dostęp do danych dotyczących zdrowia i umożliwi ich porównywanie, co pomoże decydentom opracować skuteczniejsze strategie reakcji w przypadku przyszłych kryzysów”.
Skoordynowane działania
Realizacja projektu ELIXIR-CONVERGE (Connect and align ELIXIR Nodes to deliver sustainable FAIR life-science data management services), który wspiera prace nad portalem danych dotyczących COVID-19, potrwa do stycznia 2023 roku. Projekt powstał w celu standaryzacji zarządzania danymi dotyczącymi nauk przyrodniczych w Europie. „Początkowa faza operacyjna organizacji ELIXIR, wspierana przez projekt ELIXIR-EXCELERATE realizowany w ramach programu »Horyzont 2020« w latach 2015–2019, skupiała się na koordynacji i dostarczaniu usług bioinformatycznych przez krajowe sieci skupiające ośrodki badawcze”, jak podano na stronie projektu. „Przygotowało to grunt pod skoordynowaną europejską infrastrukturę dotyczącą nauk przyrodniczych. Działania te staną się podstawą dla projektu ELIXIR-CONVERGE, którego celem jest dostarczenie innego istotnego komponentu zapewniającego lokalne wsparcie w zakresie zarządzania danymi ośrodkom w całej Europie. Rozwiązanie oparte będzie na zestawie narzędzi dla naukowców, który umożliwia zarządzanie cyklem życia danych, i będzie spełniać międzynarodowe standardy”. Projekt ELIXIR-CONVERGE pomoże „stworzyć europejską federację danych, w ramach której wzajemnie powiązane krajowe infrastruktury badawcze zapewniać będą użytkownikom dostęp do dużych, zróżnicowanych i rozproszonych zestawów danych dotyczących nauk przyrodniczych”. W projekt zaangażowało się 29 instytutów z 22 państw. Więcej informacji: strona projektu ELIXIR-CONVERGE
Słowa kluczowe
ELIXIR-CONVERGE, ELIXIR, COVID-19, koronawirus, pandemia, SARS-CoV-2, dane
