Les dangers de l'utilisation des eaux usées pour l'agriculture urbaine
Près de 20 millions d'hectares de terres arables dans le monde entier sont irrigués avec des eaux usées, pour 10 % de la production alimentaire de la population mondiale. Pourtant, malgré cette utilisation importante, l'on ne sait presque rien de la présence, de l'évolution ou de la propagation de bactéries et de gènes résistantes aux antibiotiques – ou de leur éventuelle transmission aux humains et aux animaux par l'intermédiaire de la chaîne alimentaire. Pour combler ce manque de connaissances, les chercheurs du projet ARBUATEM financé par l'UE ont tenté de sensibiliser aux dangers de l'utilisation des eaux usées pour l'agriculture urbaine dans les pays à faibles revenus et à moyens revenus (PFMR). 'Le but du projet est d'étudier dans le détail le rôle de l'environnement et des eaux usées comme source pour l'émergence et la propagation de la résistance antimicrobienne dans deux pays africains ', explique la coordinatrice du projet Laura Piddock. 'En mesurant le potentiel des eaux usées utilisées dans l'agriculture urbaine pour propager la résistance antibactérienne dans les PFMR, nous pourrons mieux protéger nos chaînes alimentaires.' Comprendre la résistance Le projet vise à relier l'agriculture, l'environnement et la santé. Dans les PFMR, l'agriculture urbaine a été développé par des agriculteurs urbains pour fournir des aliments aux habitants de la ville. En raison de la rareté et du coût de l'eau, les agriculteurs urbains utilisent généralement des eaux usées non traitées pour l'irrigation. Dans trois villes différentes, les chercheurs ont récolté de manière aléatoire des échantillons d'eaux usées pour l'agriculture urbaine dans des canaux à proximité de champs agricoles. Ces trois villes étaient Ouagadougou au Burkina Faso et Ngaoundere et Yaounde au Cameroun. 'À l'aide du séquençage d'ADN métagénomique de pointe et les pipelines bioinformatiques, nous avons analysé la présence de bactéries et de gènes résistants aux médicaments trouvés dans les eaux usées' explique Piddock. Avec le séquençage de l'ADN, les chercheurs d'ARBUATEM ont également utilisé la chimie analytique, la biologie moléculaire, les approches de la métagénomique et la biologie computationnelle pour caractériser les structures des communautés bactériennes résistantes aux antibiotiques et les gènes résistants aux antibiotiques (GRA) dans les eaux usées non traitées et les sites agricoles irrigués correspondants. 'Les nouvelles données scientifiques résultant de ce projet fourniront de nouvelles informations sur des facteurs qui stimulent la résistance', explique Piddock. 'Nous pouvons maintenant travailler à minimiser ces facteurs en développant des stratégies pour empêcher la poursuite de la propagation des bactéries résistantes aux antibiotiques et des GRA dans le monde.' Leadership européen La résistance antimicrobienne (RAM) est une menace mondiale qui ne connaît pas de frontières. Elles se diffusent très rapidement via la chaîne alimentaire, les voyages et le tourisme médical. Si elle n'est pas traitée rapidement, la résistance aux médicaments dans les PRFM deviendra probablement une question mondiale, mettant une pression supplémentaire sur les institutions de soins de santé européennes. 'Ce projet met en évidence le leadership de l'Europe dans la recherche RAM', déclare Piddock. Même si ce projet est en cours, des résultats ont déjà été produits. 'Nous avons trouvé que les eaux usées offrent une grande variété de bactéries pathogènes, ainsi que des gènes résistants aux antibiotiques', ajoute Piddock. 'Tous les facteurs impliqués dans la résistance antibactérienne ont été découverts dans ces eaux usées, révélant ainsi qu'elles sont des réservoirs pour la diffusion de la résistance aux antibiotique.' Selon Piddock, la solution est l'assainissement de l'eau et de bons systèmes de santé publique. Avec l'avancée du projet, Piddock affirme que le défi sera d'obtenir un financement pour construire sur leurs résultats. 'Il est essentiel d'approfondir l'étude de la dynamique de la résistance antimicrobienne dans les écosystèmes des eaux usées et de mieux comprendre dans quelle mesure les populations humaines et animales exposées sont touchées', déclare-t-elle. Au terme du projet, Piddock dit que toutes les informations tomberont dans le domaine public, où elles aideront les scientifiques et les décideurs à améliorer les politiques de lutte contre la résistance antibactérienne.
Mots‑clés
ARBUATEM, eaux usées, agriculture urbaine, résistance antibactérienne, séquençage ADN métagénomique, pipelines bioinformatiques