Bezpieczniejsza, skuteczniejsza ekstrakcja plazmidowego DNA
Środki antymikrobiologiczne to naturalne lub syntetyczne środki chemiczne, które działają hamująco lub niszcząco na bakterie, przez co mają wyjątkową wartość, gdy chodzi o ograniczanie występowania śmiertelnych chorób zakaźnych. Ich sukces w medycynie człowieka sprawił, że są również używane do przeciwdziałania chorobom bakteryjnym u zwierząt i roślin. Jest to szczególnie ważne w południowo-wschodniej Azji, gdzie akwakultura stanowi dominujący segment produkcji żywego inwentarza. Dotąd niewiele jest dostępnych informacji o rodzajach i ilościach środków antymikrobiologicznych stosowanych na farmach ryb, dlatego wciąż ważnym zadaniem pozostaje ocena potencjalnych zagrożeń zdrowia. Jedno z możliwych zagrożeń polega na powstawaniu bakterii opornych na środki antymikrobiologiczne na skutek wprowadzania tych środków do środowiska, co może negatywnie wpływać na zdrowie ludzi, a także na produktywność hodowli w przyszłości. Wobec tego w toku projektu ASIARESIST zbadano prawdopodobieństwo zaistnienia transferowalnych genów oporności na środki antymikrobiologiczne w akwakulturze południowo-wschodniej Azji. Celem było wskazania krytycznych punktów kontroli (CCP), w których hodowcy ryb mogą przy użyciu systemów monitorujących oddalać lub zwalczać zagrożenia bezpieczeństwa żywności i środowiska. W ramach tych prac ulepszono metodę minipreparacji plazmidowego DNA bakterii występujących w hodowlach wodnych. Ta wykonywana na małą skalę izolacja plazmidowego DNA oparta była na lizie alkalicznej i umożliwiała ekstrakcję plazmidowego DNA o dużej masie cząsteczkowej. Plazmidowe DNA składa się z pierścienia DNA, które nie znajduje się w chromosomie, ale jest zdolne do autonomicznej replikacji. Często służy do oczyszczania określonej sekwencji, ponieważ można się jej łatwo pozbyć z reszty genomu. Dzięki temu można uniknąć stosowania komercyjnych kolumn oczyszczających z DNA oraz szkodliwych rozpuszczalników. Ze względu na te cechy przedstawiona metoda stanowi skuteczny i ekonomiczny środek do badań przesiewowych pod kątem plazmidowego DNA. Ponadto nadaje się do innych grup bakterii charakteryzujących się odmiennymi warunkami rozwoju.
