Ulepszone mapowanie genomu bydła mlecznego
Unia Europejska jest jednym z trzech największych eksporterów produktów mlecznych na świecie. Jako że światowy popyt na artykuły mleczarskie jest duży, hodowle bydła mlecznego są bardzo ważnym przemysłem. W celu poprawy danych dotyczących programów hodowlanych partnerzy projektu BOVMAS zaproponowali mapowanie loci cech ilościowych (ang. QTL, quantitative trait loci) w rasach bydła popularnych w Europie. Były to m.in. rasa mięsno-mleczna simental, rasa holsztyńska i brązowa szwajcarska. Zespół na Uniwersytecie Ludwika Maksymiliana w Monachium szukał loci cech ilościowych identycznych względem pochodzenia (ang. IBD, identical by descent). Są to loci, które pochodzą od tego samego allelu w poprzednich pokoleniach. Po pierwsze badali oni haplotypy chromosomalne w sześciu wyznaczonych obszarach w stadzie rasy holsztyńskiej. Haplotypy są połączeniem alleli w wielu sprzężonych loci, które są przekazywane razem. Obiecujące rezultaty wykazały, że na tych obszarach można znaleźć więcej genów identycznych względem pochodzenia. Następną techniką wykorzystaną przez naukowców była analiza nierównowagi sprzężeń (ang. LD, linkage disequlibrium) na chromosomie 13 we wszystkich czterech stadach. Zjawisko nierównowagi sprzężeń występuje, gdy w co najmniej dwóch miejscach na genomie zachodzi nielosowe łączenie alleli. Selekcja markera za pomocą nierównowagi sprzężeń wydawała się skutecznym sposobem selekcji. Po trzecie, badacze opracowali skuteczny protokół implementacji analizy zbioru kosegregującego (alleli segregujących razem) w celu określenia haplotypów buhajów. Identyfikacja haplotypów poszczególnych buhajów ras mlecznych jest niezbędnym wymogiem metody mapowania interwałowego. Można jej również użyć do śledzenia zidentyfikowanych loci cech ilościowych w rodowodach w celu selekcji wspomaganej markerem (ang. MAS, marker assisted selection). Badacze odkryli, że zbiory kosegregujące mogą stanowić skuteczny sposób identyfikacji haplotypów. W wyniku badania opracowano statystycznie potwierdzone metody wspomaganej markerem selekcji pod kątem cech związanych z produkcją mleka u bydła mlecznego i mleczno-mięsnego. Szerokie rozpowszechnienie wyników mogłoby oznaczać, że opracowane protokoły zostaną wprowadzone do komercyjnych programów hodowlanych w celu zwiększenia ilości mleka uzyskiwanego ze stad mlecznych.
